이중으로 손금계상한 쟁점금액을 손금부인한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1989.11.1. 개업하여 서울특별시 OOO에서 OOO 등을 영위하는 법인사업자로, OOO세무서장은 2008사업연도에 OOO주식회사(이하 “거래상대법인”이라 한다)로부터 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서를 과다하게 수취하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 나. 처분청은 이에 따라 쟁점금액을 법인소득금액 계산상 손금불산입 하는 등 법인세를 경정하고, 대표자에게 상여로 소득처분하여 2013.8.27. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원(쟁점금액 관련 세액 OOO 원)을 경정․고지하고 소 득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점금액과 관련한 부가가치세 매입세액 이중공제에 대하여 소명기한 내 소명을 하지 못함에 따라 부가가치세 과세처분을 하였으며, 또한, 2008사업연도에 쟁점금액을 이중으로 손금산입함으로써 법인세액을 과다하게 감소시킨 것으로 보아 과세처분하였으나, 매입금액이 이중으로 청구법인의 장부에 계상되었다면 매입채무 또는 미지급금 역시 과다계상되었을 것이고 거래상대법인은 대금을 중복 회수하였을 것이나, 거래상대법인에 확인한 결과 동일한 건에 대해 이중으로 대금이 회수된 적은 없었고, 청구법인 역시 동 건과 관련하여 거래상대법인 에 대한 미지급 잔액이 있거나 채무면제이익 등 다른 계정으로 처리한 금액이 없는 것으로 미루어 청구법인의 장부에 매입금액이 이중 계상되지 않았음을 보여주고 있는바, 부가가치세 매입세액이 중복 신고되었다는 근거만으로 법인세 신고시 해당 매입금액이 이중으로 손금산입되었다고 추정하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2008년 제1기 부가가치세 과세기간에 청구법인과 거래상대법인과 의 거래에서 발생한 세금계산서 거래차이분 공급가액 OOO원에 대하여 거래상대법인은 공급가액 OOO원의 매출과소, 청구법인은 공급가액 OOO원의 세금계산서를 중복신고한 것으로 양 법인의 전표 확인서를 통해 나타나므로, 2008사업연도에 이중으로 손금계상한 쟁점금액을 손금부인하고, 대표자에게 상여처분하여 법인세를 과세하고, 소득금액변동통지를 한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점금액의 세금계산서 공급가액을 중복하여 손금산입한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환 급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순 자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조 【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제106조 【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 거래상대법인의 세금계산서합계표 조회현황은 다음과 같다. (2) 청구법인과 거래상대법인의 거래에서 부가가치세 신고와 관련하여 발생한 불부합 내역은 다음과 같고, OOO세무서장은 거래상대법인의 매출과소신고 공급가액 OOO원에 대해서는 거래상대법인이 매출과소신고한 것으로 처리하고, 나머지 OOO원은 매입자인 청구법인의 과다공제에 기인한 것으로 보아 처분청에 자료통보하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 쟁점금액과 관련한 부가가치세 매입세액 이중공제에 대하여 처분청이 소명을 요청하였으나, 청구법인은 매입세액이 중복으로 공제되지 않았음을 기한 내에 소명하지 아니하여 처분청이 부가가치세를 과세한 것으로 나타나고, 이와 관련하여 청구법인이 불복을 제기한 사실이 확인되지 아니하는바, 청구법인은 쟁점금액의 세금계산서상 매입세액을 중복하여 공제하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니하였다고 주장만 할 뿐, 이를 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 아니하므로, 처분청이 쟁점금액을 손금불산입하고 대표자에게 상여처분하여 청구법인에게 2008사업연도 법인세를 과세하고 소 득금액변동통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.