퇴직연금 운용수익 등에 대하여 해운소득이 아닌 것으로 보고 법인세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 컨테이너선 5척을 이용하여 외항운송업을 영위하고 있는 법인으로, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의10에 따라 해운소득에 대하여 톤세를 적용하여 법인세를 신고하면서 퇴직연금 운용수익, 만기가 6개월 이내인 정기예금 이자, 만기가 6개월 이내인 환매조건부채권 이자(모두 합하여 이하 “쟁점소득”이라 한다)를 해운소득으로 보고 이에 대하여 톤세를 적용하여 법인세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 정기세무조사를 하여 쟁점소득은 비해운소득이므로 톤세를 적용하지 아니하고 법인세를 과세하라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2013.10.16. 청구법인에게 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조특법 제104조의10은 해운소득에 대하여 톤세를 적용함에 있어 소득세법 제16조의 이자소득과 같은 법 제17조 제1항 제5호의 투자신탁수익의 분배금을 해운소득으로 규정하고 있으므로 청구법인이 투자자산과 관련 없는 퇴직연금 운용수익, 정기예금 이자, 환매채 이자를 해운소득으로 분류하여 법인세를 신고한 것은 적법하다. 조특법이 2005사업연도부터 해운소득에 대하여 톤세를 적용한 이후로 모든 해운기업이 기업회계기준에 의한 투자자산과 관련이 없는 이자수익을 해운소득으로 분류하여 법인세를 신고납부하여 왔는데 과세관청이 자의적으로 새로운 해석을 하여 투자자산과 관련 없는 이자소득을 비해운소득이라고 보아 톤세를 적용하지 아니하고 법인세를 과세함은 소급과세금지원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제104조의10에 따라 톤세가 적용되는 이자소득은 외항운송 활동과 관련된 이자소득에 한정되는 것인바, 퇴직연금 운용수익은 종업원 퇴직시 퇴직금 지불을 위하여 보험회사에 불입한 퇴직연금 운용자산에서 발생된 운용수익이고, 정기예금 이자는 이자수익을 얻을 목적으로 일정기간 예금을 예치하고 얻은 이자이며, 환매채 이자는 단기 채권거래로 얻는 이자로 위 각 소득은 외항운송 활동과 관련 없이 회사내 보유자금을 이용한 재투자활동 및 퇴직급여 불입활동 관련 소득이므로 이를 톤세 적용대상 해운소득으로 볼 수 없다. 소급과세금지원칙에 반하기 위하여는 비과세관행이 성립하였어야 하는데 청구주장과 같은 비과세관행이 성립하였다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 퇴직연금 운용수익, 6개월 미만 정기예금 이자, 6개월 미만 환매채 이자가 모두 외항운송활동과 관련되지 아니하여 톤세 적용대상 해운소득이 아니라고 보고 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점이자소득 내역은 아래 [표]와 같다.

○○○

(2) 조특법 제104조의10에서 규정하고 있는 톤세제도는 해운산업의 국제경쟁력 제고를 위하여 도입된 것으로, 해운회사의 실제 소득과 관계없이 선박순톤수와 운항일수 등을 기준으로 산출한 선박표준이익에 대해 법인세를 납부하도록 함으로써 세부담에 대한 예측가능성을 높이고 세액계산을 간편하게 하여 중장기 사업을 추진할 수 있도록 하려는 것인바, 조특법 제104조의10 제1항은 내국법인 중 해운기업의 외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(해운소득)에 대해서는 선박별 개별선박표준이익(=개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익 × 운항일수 × 사용률)의 합계액을 법인세 과세표준으로 하고 해운소득 외의 소득(비해운소득)에 대해서는 법인세법 제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액을 법인세 과세표준으로 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제104조의7 제2항 제3호 가목은 해운소득으로 “외항운송 활동과 관련하여 발생”한 소득세법 제16조의 이자소득, 같은 법 제17조 제1항 제5호의 투자신탁수익의 분배금 및 지급이자를 들면서 다만 기업회계기준에 의한 투자자산에서 발생하는 이자소득 등과 그 밖에 기획재정부령이 정하는 이자소득 등을 제외한다고 규정하고 있다.

(3) 위의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례의 일종인 톤세 적용대상 해운소득의 범위는 엄격히 해석하여야 하고, 조특법에서 톤세 적용대상 해운소득으로 규정한 것은 “외항해상운송활동과 관련하여 발생”한 소득세법 제16조의 이자소득 등이므로 외항해상운송활동과 관련하여 발생하지 아니하고 단순히 해운회사가 외항운송사업의 수입금을 금융기관에 예치하는 등으로 얻은 이자소득 등까지 톤세가 적용되는 해운소득이 된다고 확대해석 할 수는 없다 할 것(대법원 1984.6.12. 선고 83누70 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 쟁점소득을 외항운송활동과 관련하여 얻었는지 여부가 확인되지 아니하므로 쟁점소득은 해운소득에 해당한다고 보기 어렵다할 것이다. 뿐만 아니라, 해운기업들이 투자자산과 관련 없는 이자소득 등을 외항운송활동과 관련하여 얻었는지 여부를 불문하고 전부 해운소득이라고 보고 톤세를 적용하여 법인세를 신고하여 왔고 이에 대하여 과세관청이 법인세 과세표준과 세액을 경정하지 아니하여 왔다고 하여 그와 같은 사정만으로는 과세관청이 외항운송활동과 관련하여 얻었는지 여부가 확인되지 아니하는 이자소득 등까지 해운소득으로 보아 톤세를 적용한다는 과세관행이 성립된 것으로 인정할 수는 없다. 따라서 처분청이 쟁점소득을 비해운소득으로 보아 톤세를 적용하지 아니하고 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.