조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO아파트 29동 507호 전용면적 42.81㎡(이하 “종전주택”이라 한다)이 재건축됨에 따라 2000.10.29. 취득(사용승인)한 같은 동 1 OOO아파트 1 28동 1302호 전용면적 84.96㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2007.1.27. 양도한 후 2007.5.3. 양도소득세를 신고납부하였다가 2008.9.24. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 쟁점주택 양도소득 OOO원 전부에 대하여 양도소득세 감면을 요구하는 경정청구를 신청하였으며, 2008.10.2. 처분청이 이를 받아들여 당초 신고납부한 양도소득세를 청구인에게 전액 환급결정하였다.
• 나. 처분청은 2013.2.28. 종전주택 취득일로부터 쟁점주택 취득일 전일까지는 감면대상이 아니라는 OOO지방국세청장의 지시에 따라 양도소득세가 감면되는 소득인 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산하여 2013.4.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.17. 이의신청을 거쳐 2013.11.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3은 극심한 건설경기 침체를 활성화하기 위하여 조세지원을 하는 규정으로 종전주택의 양도소득을 감면대상에서 배제한다는 문구가 없으므로 당연히 신축주택을 신축주택 취득일로부터 5년이내에 양도한 경우는 종전주택의 양도소득도 양도소득세가 감면되는 것이고, 과세관청과 조세심판원에서 수년 동안 종전주택 취득일로부터 양도소득세를 전액 감면하는 결정을 함으로써 비과세 관행이 성립되었으며, 처분청도 이러한 내용의 청구인의 양도소득세 신고내용을 용인하다가 부과제척기간 만료일 직전에 이를 부인하고 양도소득세를 과세하면서 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세감면규정은 특별한 사정이 없는 한 문리해석을 하여야 하고, 조특법 제99조의3에서는 신축주택 취득일로부터 5년 이내 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다고 명시하고 있으므로 종전주택취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 감면을 배제하고 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여만 감면을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없으며, 종전주택의 양도소득에 대하여까지 감면규정을 적용한다는 과세관행이 성립하였다거나 과세관청의 공적 견해가 표명되었다고 보기도 어렵다.

• 가. 쟁점 처분청이 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 감면소득을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취 득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 공급계약서․임시사용승인서, 청구인의 양도소득세 신고서(양도소득세액 감면신청서 포함), 처분청의 양도소득세 경정결의서(양도소득세 결정결의 검토표 포함) 및 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 종전주택을 재건축하여 취득한 쟁점주택을 OOO백만원에 양도하고, 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면 을 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고․납부하였다가 처분청에 경정청구를 통하여 양도소득 전액에 양도소득세를 감면받았다. (나) 처분청은 OOO지방국세청장의 지시(기획점검계획)에 따라 이 건 양도소득세를 과세하면서 아래 산식과 같이 쟁점 주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가OOO를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가OOO에서 종전주택 또는 나대지 취득당시의 기준시가OOO를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액OOO을 곱하여 감면소득금액을 OOO원으로 산출하였다. OOO

(2) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만이 그 대상이라고 할 것이다. (나) 그리고, 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 외 다수 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득 을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (다) 한편, 청구인은 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.5.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택양도가액-종전주택취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도 새로운 예규(재산 세과-227, 2009.1.20.)를 생산․소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 장기간 유지된 국세청의 유권해석을 믿고 따른 데 대한 가산세의 부과는 위법하다고 주장하고 있으나, 위 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수는 없다 할 것이다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점주택 양도에 따른 양도소득 중 쟁점주택 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.