종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 소재 무허가주택 (이하 “종전주택”이라 한다)을 재건축한 OOOOO OOO OOOOO OOO OOOOOO OOOO OOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2005.6.16. 취득(신축)하여 소유하다가 2007.12.31. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고 납부하였다. 청구인은 2008.12.23. 쟁점주택이조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조 제1항에서 규정한 신축주택 감면요건에 해당한다는 취지로 관할 세무서에 경정청구를 하였으며 관할 세무서장은 청구인의 경정청구를 받아들여 청구인이 납부한 쟁점주택의 양도 소득세 전액을 환급하였다.
• 나. 그 후 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액 중 종전주택 취득일(2001.7.21.)부터 쟁점주택의 취득일(2005.6.16.)까지 발생한 양도소득금 액은조세특례제한법제99조 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 2013.5.20. 청구인에게 쟁점주택의 양도에 따른 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(이하 “이 건 양도소득세”라 한다)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.17. 이의신청을 거쳐 2013.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 신축한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 기간 동안 발생한 양도소득금액의 100%를 면제해 주고 그 후 양도한 경우에는 이를 감면해 주기로 하는 등 신축주택 취득 후 양도시점 5년을 기준으로 양도소득금액 감면기준을 구별하여 규정하는 방법으로 침체된 부동산 경기를 활성화하는데 그 입법취지가 있었던 점, 조세특례제한법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19811호로 개정된 것, 이하 같다) 제40조 제1항 계산식(이하 “쟁점계산식”이라 한다)의 분자 규정에는 “취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가”라고 규정하여 취득 후 5년이 지난 후 양도한 경우를 예정하고 있는 점, 위 시행령의 위임에 따라 제정된 시행규칙에서 주택의 양도시점이 5년 이내인 경우와 그 후인 경우를 구별하여 각 감면소득금액 계산의 방식을 규정하고 있는데, 이는 상위법령의 위임에 따라 추상적인 규정의 집행을 위해 세부적인 내용이나 요건, 처리 기준 등을 구체화 한 것인 점, 신축주택의 취득 후 5년 이내 양도와 5년 후 양도를 구별하여 감면소득금액 계산을 구별한 시행규칙은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면조항으로 배분기준을 기준시가 상승률로 삼아 그에 비례하여 배분하고자 하였던 모법의 입법취지에 충실하고 특별히 부당하다고 할 수 없는 점 등을 고려한다면, 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어서 쟁점계산식의 해석 및 적용을 위해 이를 좀 더 구체화시켜 놓은 조세특례제한법 시행규칙제61조 제1항 제38호 별지 제37호에 따라 5년 이내 양도한 경우와 5년 후에 양도한 경우를 각 구별하여 계산하여야 한다.

(2) 가사 5년간 발생한 양도소득금액의 계산에 있어 주택의 양도시점이 취득 후 5년 이내인지 5년 이후인지 관계없이 쟁점계산식을 적용하여 계산한다고 하더라도 법률상 동일한 과세요건은 동일한 개념으로 적용 해석해야 하므로, 쟁점계산식의 분모 및 분자는 “취득당시 기준시가”는 동일한 개념으로 모두 “신축주택의 취득당시 기준시가”로 하여 적용되어야 함에도 처분청은 분모는 “종전주택의 취득당시 기준시가로”, 분자는 “신축주택의 취득당시 기준시가”로 하여 감면소득금액을 계산한 것은조세특례제한법제99조 제3항의 입법취지에도 반 하고, 쟁점주택의 양도소득 감면소득을 산출함에 있어서 신축(취득)을 위한 추가분담금 등의 기준시가를 쟁점계산식의 분모에서 차감하여야 처분청은 이를 반영하지 않았으므로 이를 기준으로 하여 산출한 이 건 양도소득세는 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조 제1항의 규정은 일정요건을 충족하는 신축주택에 대한 양도소득의 과세특례 조항으로, “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 뺀다”고 규정하여 감면대상 양도소득 발생기산일을 신축주택의 취득일로 명시하고 있다. 따라서, 청구인의 경우와 같이 재개발 조합원으로서 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 신주택을 양도함으로써 발생하는 총 양도소득금액 중 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득까지 양도소득세를 면제하는 것으로 해석할 수는 없으며, 청구인의 주장과 같이 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하기만 하면 종전 주택의 취득시기에 불분하고 모든 양도소득세를 면제하는 것으로 해석 하는 것은 확장해석 또는 유추해석으로 부당하다.

(2) 위와 같이 쟁점주택의 양도로 인한 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년 이내 발생한 소득에 한정하는 것이며, 쟁점계산식은 전체 보유기간에 걸쳐 발생한소득세법상 양도소득 중 신축주택 취득일로부터 5년간 양도소득을 기준시가의 차이로 안분하는 것이므로 분모의 취득시 기준시가는 종전취득시 기준시가로, 분자의 취득시 기준시가는 신축주택 취득시 기준시가로 함이 타당하다. 또한, 청구인은 쟁점계산식을 적용할 때 재개발주택을 취득하기 위 하여 납부한 추가분담금을 기준시가로 계산하여 양도당시 기준시가에서 차감하여야 한다고 주장하나 이는 관련규정에서 별도로 규정하고 있지 아니하므로 조세법률주의에 어긋난다.

• 가. 쟁 점 종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득(신축)일 전까지 발생한 양도 소득금액이조세특례제한법제99조 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택과 종전주택의 기준시가는 아래와 같다.

(2) 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득은 OOO원이고, 양도소득세 과세표준은 OO,OOO,OOO원이며, 그 산출세액은 OOO원이라는 점은 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(3) 쟁점주택의 관할 세무서장은 2009년 3월 쟁점주택의 양도소득이 전액 감면대상 소득 이라고 보아 청구인이 쟁점주택을 양도하고 납부한 OOO원을 전액 환급하였으나, 그 후 쟁점주택의 양도소득 감면소득은 쟁점주택을 신축한 날부터 양도한 날까지 발생한 양도소득만 해당된다고 보아 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시 가”를 쟁점주택의 신축 당시의 기준시가 가 아닌 종전주택의 취득 당시 기준시가인 OOO원 으로 보아 양도소득 감면소득의 비율을 17.02%로 하여 양도소득 감면소득 OOO원을 산출한 후, 감면소득을 과세표준(OO,OOO,OOOO)으로 나눈 17.55%를 산출세액 (OO,OOO,OOOO)에 곱하여 산출한 OOO원을 감면세액으로 결정 하고 산출세액에서 감면세액과 예정신고납부세액을 공제하여 산출한양도소득세 OOO원을 청구인에게 경정․고지하였다. (4) 조세특례제한법제99조 제1항 본문 및 제1호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도 함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당 하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다 고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 1)

• 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(5) 청구인은 종전주택의 보유기간 동안 발생한 양도소득도 감면 대상에 포함하여야 한다고 주장하면서 위 산식에서 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를 모두 쟁점주택의 신축당시의 기준시가로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(6) 살피건대,조세특례제한법제99조 제1항 명문의 규정상 신축 주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년내 양도하는 경우 쟁점주택의 신축 후 발생한 양도소득금액만을 감면대상 양도소득으로 보아야 할 것인바, 종전주택 취득시 부터 쟁점주택 취득(신축)전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이므로조세특례제한법제99조 제4항의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 “취득당시의 기준 시가”는 쟁점주택의 신축 당시 기준시가로, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22.외 다수 ; 같은 뜻).

(7) 한편, 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액을 산출함에 있어서 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호의 규정을 적용하여 청구인이 쟁점주택을 취득하기 위해 납부한 추가분담금을 필요경비로 보아 양도 가액에서 공제하여 양도소득금액을 산출하였으므로 청구주장과 같이 쟁점계산식의 분모를 계산함에 있어서 추가분담금에 대한 기준시가도 종전주택의 기준시가와 마찬가지로 쟁점주택의 양도 당시 기준시가에서 차감하는 경우 이는 사실상 이중 공제에 해당된다고 할 것이므로 이에 대한 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 청구인은 쟁점주택을 취득일부터 5년이내 양도하였으므로 취득일부터 5년이 되는 기준시가와 양도당시 기준시가가 동일하다.