청구법인이 제공한 전산용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 과세한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2013.7.25. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제1기 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인 은 각종 전산시스템 등을 구입․개발․운영 하면서 OOO, 자회사 등에게 동 전산시스템을 사용할 수 있도록 하면서 이에 소요된 비용을 수취하고 이 중 OOO으로부터 받은 대가에 대하여는 조세특례제한법 시행령(이하 “조세특례제한법”을 “조특법”이라 한다) 제106조 제8항 등에서 규정한 고유목적사업인 교육․지원사업에 따라 공급한 용역에 대한 대가라는 이유로 부가가치세 면제대상으로 보고 2008년 제1기 부가가치세 신고시 OOO으로부터 수취한 OOO원 상당의 전산용역(이하 “쟁점전산용역”이라 한다)에 대하여 부가가치세 면제로 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점전산용역이 사실상 신용사업(은행업)에 사용되어 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제2호 등에 따라 부가가치세 과세대상인 것으로 보아 2013.7.25. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점전산용역은 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제2호의 ‘은행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매·대여용역’ 즉, 금융보험업의 부수업무로서 제공한 것이 아니라OOO(이하 “OOO”이라 한다) 제134조 제1항 제1호 라목의 ‘회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축, 정보화의 교육 및 보 급 등을 위한 사업’ 즉, 청구법인의 고유목적사업 중 ‘교육․지원사업’의 일환으로 제공된 것이므로 이 건 과세처분은 부당하다. 청구법인의 사업은 위 교육․지원사업 외 OOO 등으로 구분되며, 신용사업은은행법에 따른 은행업무를 포함하므로 청구법인의 사업 중 은행업에 해당하는 것은 신용사업에 한정되는 것이므로, 쟁점전산용역은 이와는 무관한 것이며, OOO을 주관하는 OOO 또한 청구법인이 OOO에 전산용역을 제공하는 것에 대하여 OOO 제134조 제1항 제1호 라목의 ‘회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축, 정보화의 교육 및 보급 등을 위한 사업’에 해당한다고 회신한바 있다. 처분청이 과세근거로 삼은 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제2호는 2003.12.30. 신설된 것으로서 금융기관이 새로운 부수업무들을 수행하게 됨에 따라 금융기관의 각종 대행용역 중 과세 또는 면세되는 용역의 범위를 명확히 정하기 위하여 제정된 것이고, 청구법인과 같은 정부업무대행단체의 부가가치세 면제규정은 이와 별도로 조특법에서 규정하고 있어 양자는 명확히 구분되는 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 은행업을 영위하고 있고, OOO 또한 대출․예금 등 은행업과 동일한 여․수신 업무를 수행하고 있으며, 실제 청구법인이 OOO에 제공하고 있는 쟁점전산용역의 OOO% 이상이 은행업무에 사용되면서 그 사용대가로 일정금액을 수취하고 있는 이상 이는 고유목적사업인 교육․지원사업이 아닌 수익사업의 일환으로 판단되므로 조특법 시행규칙 [별지 10] 제5호 단서, 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제2호 또는 제4호의 규정에 따라 은행업의 부수업무로서 ‘은행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매․대여용역’ 및 그와 유사한 용역에 해당하므로 부가가치세 과세대상이며, 청구법인의 고유목적사업인 교육․지원사업 중 ‘정보망의 구축, 정보화의 교육 및 보급 등을 위한 사업’이라 함은 정보화 낙후지역인 농촌지역 농민 등을 대상으로 컴퓨터 사용을 위한 인터넷 교육, 홈페이지 개설 등 일반적인 범위 내에서의 전산 활용 능력 함양을 위한 범위내로 국한된다고 볼 때, 조합원뿐 아니라 불특정 다수 비조합원을 대상으로 여․수신 등 은행업무를 수행하는 OOO에 쟁점전산용역을 제공한 것은 고유목적사업에 해당하지 않으며, 실제 전산용역에 대한 예산의 집행과 수입금액 관리 등이 교육․지원회계가 아닌 관리회계에서 이루어지고 그 업무 또한 교육지원부서가 아닌 IT부서에서 이루어지고 있다. 이외 OOO의 유권해석은 청구법인이 제공한 동일한 전산시스템에 대하여 거래상대방이 일반 은행인 경우 소프트판매․대여용역이고, 지역조합일 경우 은행업과 관련된 것이 아닌 것으로 해석하여 거래상대방에 따라 소프트웨어 판매․대여용역 해당여부를 판단하고 있는 취지인바, 실제 지역조합이 일반 은행과 동일한 은행업을 영위하고 있어서 차등을 둘 이유가 없으므로 부가가치세 과세대상으로 보아야 한다.

• 가. 쟁점 청구법인이 OOO에 공급한 전산용역이 부가가치세가 면제되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제12조 (면세) ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

10. 금융·보험용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령 제33조 (금융·보험용역의 범위) ① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각 호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

1. 은행법에 의한 은행업

③ 은행법외의 다른 법률에 의하여 설립된 은행,금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률에 의한 한국자산관리공사,한국주택금융공사법에 의한 한국주택금융공사와예금자보호법에 의한 예금보험공사 및 정리금융기관,농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 농업협동조합자산관리회사 및 상호금융예금자보호기금과수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 의한 상호금융예금자보호기금의 사업은 제1항 제1호의 규정에 의한 은행업에 포함되는 것으로 본다.

④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융·보험용역으로 보지 아니한다.

1. 복권·입장권·상품권·지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역. 다만, 수익증권 등 금융업자의 금융상품 판매대행용역, 유가증권의 명의개서대행용역, 수납·지급대행용역 및 국가·지방자치단체의 금고대행용역은 제외한다.

2. 기업합병 또는 기업매수의 중개·주선·대리, 신용정보서비스 및 은행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매·대여용역

4. 제1호 및 제2호에 규정된 것과 유사한 용역 및 그 밖에 기획재정부령이 정하는 용역 (3) 조세특례제한법 제106조 (부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (4) 조세특례제한법 시행령 제106조 (부가가치세 면제 등) ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

5. 농업협동조합법에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령제37조 제1호의 규정에 불구하고 적용한다.

1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업

2. 부가가치세법 시행령제2조 제2항에 규정된 사업

4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업

(5) 조세특례제한법 시행규칙 제48조 (부가가치세의 면제등) ① 영 제106조 제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. [별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업 (제48조 제1항 관련) 단체명 면세사업

5. 농업협동조합법에 따른 조합·조합공동사업법인 및 중앙회 농업협동조합법 제57조 (제2호 마목 및 자목을 제외한다)·제106조(제2호 마목을 제외한다)·제111조 및 제134조에 규정된 사업. 다만, 식품가공사업(식품위생법 시행령에 따른 식품제조·가공업 및 식품첨가물제조업을 말한다), 인삼제조업(백삼제조업을 제외한다), 인삼·홍삼제품제조업, 사료제조사업, 사료포장재사업, 도축업(농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 따른 수탁판매를 위한 도축업을 제외한다), 농업용자재제조업(농업용필름·골판지포장상자·폴리프로필렌포대·종이포대 제조업을 말한다) 및 도매업(농산물수탁판매업 및 그 부수업무를 제외한다)과 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제1호 내지 제4호에 따른 용역을 제공하는 사업을 제외한다. OOO

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 및 기획재정부 국세예규심사위원회 심리자료 등을 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인(IT본부)은 전산시스템을 구입․개발․운영하고, OOO, OOO 및 자회사에 전산시스템을 이용하여 업무를 처리하도록 전산용역을 제공하고 그 대가(연 4회)를 수령하고 있는바, OOO은 약 1,084개, OOO 81개이며 자회사로는 OOO 등이 있다. (나) 전산센터 및 관련 사업장의 각종 전산기기 운영과 전산업무개발에 소요되는 제반비용을 포함하는 전산용역 대가는 별도의 사전 계약없이 이사회의결, OOO 정산규정 등에 따라 배분되고 있는바, 이 건 과세기간 중 전산시스템 비용 정산 내역을 아래 <표>와 같다. <표> 2008년 제1기 중 전산시스템 비용 정산 내역 (다) OOO에 공급된 전산용역은 금융, 경영, 관리 및 경제통합시 스템 등으로 구성되며, 신용사업(은행업)과 관련된 것이 전체 전산시스템 공급량의 OOO% 이상을 점유하고 있다. (라) 한편, 청구법인이 OOO 등에 제공하는 전산 개발 및 관리용역이 OOO 제134조에서 규정한 청구법인의 사업 중 어느 사업에 해당하는지에 대하여 질의하자, OOO을 관할하는 OOO은 동 용역시 OOO 제134조 제1항 제1호 라목의 “회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축, 정보화의 교육 및 보급 등을 위한 사업”에 해당하나, 이를 은행업을 영위하는 타 사업자에게 제공하거나 대여한다면 이는 “은행업과 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매․대여용역”에 해당될 수 있다는 취지의 답변을 하였다OOO.

(2) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 제공한 쟁점전산용역의 거의 전부가 신용사업(곧, 은행업)에 사용되고 있는 이상, 이는 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제2호 및 4호 소정 은행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매·대여용역 혹은 이와 유사한 용역으로 보아야 한다고 보아 이 건 과세처분을 하였고, OOO 제11조는 청구법인 의 사업 중 신용사업에 대하여는은행법을 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점전산용역이 위 OOO 제11조 및 제134조 제1항 제4호 소정의 신용사업과 관련된 것이라면, 부가가치세 과세대상이라고 할 것이나, (가) 조특법 제106조 제1항 제6호와 같은 법 시행령 제106조 제7항 및 제8항은 OOO의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형있는 발전에 기여하기 위할 목적으로 설립된 청구법인과 같은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 과세하지 아니하고, 과세형평상 민간 사경제부분과 경합이 발생하는 등의 사정으로 조특법 시행령에서 제외대상으로 정하고 있는 분야에 대해서는 과세하자는 취지로 보이고, (나) OOO을 관할하는 주무부처인 OOO이 쟁점전산용역이 은행업을 영위하는 타사업자에게 공급되는 경우에는 은행업과 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매․대여용역(이는 곧 처분청이 과세근거로 적용한 부가가치세법 시행령조항의 내용과 같다)에 해당하나, OOO에 공급되는 쟁점전산용역은 청구법인의 고유목적사업 중 교육지원사업에 속하는 것으로 해석한바 있고, 이는 열악한 상황에 있는 OOO이 전산시스템을 개발하는 것은 호환성이나 비용 측면에서 많은 문제점이 있어 청구법인이 전국적인 네트워크를 구성하여 업무효율화를 도모하기 위한 것이고, 형식상 OOO을 지원하는 것이나 그를 통하여 조합원들의 이익도 증진되는 것임을 감안할 필요가 있다 할 것이고, 낙후 지역에 소재하는 OOO은 거의 유일한 금융기관이므로 부가가치세 면제 등으로 인한 타 금융기관과의 경쟁을 저해할 가능성도 없어 이를 과세하는 것은 위 조특법의 취지에 부합하지 아니한 것으로 보인다. (다) 따라서, 쟁점전산용역은 청구법인이 신용사업(은행업)이 아닌 그외 고유목적사업(교육·지원사업)을 수행하는 과정에서 공급한 것이므로 이는 부가가치세가 면제되는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.