종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이 과세특례에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 소재 무허가주택 (이하 “종전주택”이라 한다)을 재건축한 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOO OOOO OOOO (이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2001.12.3. 취득 (신축)하여 소유하다가 2008.4.29. 쟁점주택을 OOO에 양도한 후, 쟁점주택의 신축 후 5년간 발생한 양도소득에 대하여 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조 제1항에 따라 양도소득세가 감면되는 것으로 보아 양도소득세 OOO을 신고․납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액 중 종전주택 취득일(1992.2.14.)부터 쟁점주택의 취득일(2001.12.3.)까지 발생한 양도소득금 액은조세특례제한법제99조 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 2013.4.8. 청구인에게 쟁점주택의 양도에 따른 2008년 귀속 양도소득세 OOO(이하 “이 건 양도소득세”라 한다)을 경정 ․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.28. 이의신청을 거쳐 2013.11.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택을 양도하고 적법하게 양도소득세를 신고․납부하였음에도 쟁점주택을 양도한지 4년이 지난 후에 양도소득세에 납부불성실가산세를 포함하여 이 건 양도소득세를 과세하는 것은 부당하며, 쟁점주택이 소재하는 동일한 단지 내의 아파트를 청구인과 비슷한 조건으로 양도한 다른 납세자에게는 양도소득세를 과세하지 않으면서 청구인에 게만 양도소득세를 과세하는 것은 불평등할 뿐 아니라 종전주택의 경우 부속토지는 서울특별시의 소유이고 건축물만 청구인 소유인 무허가 주택으로서 이와 같은 무허가건축물에 대하여도 양도소득세를 부과한 것도 부당하므로 청구인이 이미 납부한 이 건 양도소득세는 환급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조 제1항 명문의 규정상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않음에도 청구인이 이를 감면소득으로 보아 양도소득세를 신고․납부하였으므로 처분청이 과소납부한 양도소득세에 납부불성실가산세를 포함하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않으며, 자산의 “양도”란 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것으로서 무허가건축물이라도 유상으로 양도한 경우 양도소득세가 과세되는 것이므로 무허가 건축물에 대하여 양도소득세 과세가 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득(신축)일 전까지 발생한 양도 소득금액이조세특례제한법제99조 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 처분청이 양도소득세와 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택과 종전주택의 기준시가는 아래와 같다.

(2) 청구인은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득을 OOO으로, 양도소득세 과세표준은 OOO으로, 산출세액은 OOO으로 각각 산출한 후, 종전주택의 보유기간 (1992.2.14.～2001.12.3. 이하 같 다)에 발생한 양도소득도 감면소득에 해당된다고 보아조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 쟁점주택의 신축 당시 기준시가인 OOO(처분청은 OOO 으로 보았다)으로 보고 양도소득 중 감면소득의 비율을 43.57%로 보아 양도소득세 감면 소득을 OOO으로 산출한 후,소득세법제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 OOO(산출세액의 45.01%)으로 산출하여 OOO(예정신고납부세액 공제 후)을 양도소득세로 신고 납부하였다.

(3) 한편 처분청은 재건축을 하기 전 종전주택 보유기간 에 발생한 양도소득금액은 감면소득에서 제외하여야 한다는 국세청의 통보에 따라 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 종전주택의 기준시가인 OOO 으로 보고 양도소득 중 감면소득의 비율을 24.11%로 보아 양도소득세 감면 소득을 OO,OOO,OOOO 으로 산출한 후, 쟁점주택의 양도소득(OO,OOO,OOOO)에서 감면 소득(OO,OOO,OOOO)을 직접 차감한 OOO(양도소득 기본 공제 후)을 과세표준으로 하여 OOO(예정신고납부세액 공제 후)을 쟁점주택의 양도소득세로 산출하였다. 처분청은 쟁점주택의 양도에 따른 적법한 양도소득세는 OOO 이나, 청구인이 OOO만 납부하였다고 보아 그 과소 납부한 세액 OOO에서 청구인이 기 납부한 농어촌특별세를 차감하고 납부불 성실가산세OOO을 더하여 산출한 O,OOO,OOOO을 청구인에게 경정 ․고지하였다. (4) 조세특례제한법제99조 제1항 본문 및 제1호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도 함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당 하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다 고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(5) 살피건대,조세특례제한법제99조 제1항 명문의 규정상 신축 주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년내 양도하는 경우 쟁점주택의 신축 후 발생한 양도소득금액만을 감면대상 양도소득으로 보아야 할 것인바, 종전주택 취득시 부터 쟁점주택 취득(신축)전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이므로조세특례제한법제99조 제4항의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 “취득당시의 기준 시가”는 쟁점주택의 신축 당시 기준시가로, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22.외 다수 ; 같은 뜻).

(7) 한편, 청구인은 쟁점주택이 소재하는 동일한 단지 내의 아파트를 청구인과 비슷한 조건으로 양도한 다른 납세자에게는 양도소득세를 과세하지 않으면서 청구인에 게만 양도소득세를 과세하는 것은 불평등 하다고 주장하고 있으나, 이 건 양도소득세는 관련 법령에 따라 적법하게 산출하여 청구인에게 부과한 것으로서 청구인만이 불이익한 처분을 받았 다고 볼 수 없으며, 양도소득세가 과세되는 “ 자산의 양도”란 그 자산이 유상 으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것으로서 무허가 건축물이라도 유상 으로 양도한 경우에는 당연히 양도소득세가 과세되는 것이므로 무허가 건축물에 대하여 양도소득세 과세가 부당하다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 할 것이다

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.