조세법률주의, 신의성실 및 소급과세금지의 원칙 등에 위배되지 않음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1990.1.15. 취득한 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)의 주택재건축사업에 따라 2002.7.30. 서울특별시 OOO OOO OOOO OOOOOOO OOO O OOOOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)의 사용승인을 받고, 2002.9.18. 소유권보존등기를 한 후 보유하다가 2007.10.15. 류OOO과 정OOO에게 OOO원에 양도하고, 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하 여 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니고, 청구인이 쟁점신축주택을 취득일부터 5년이 되는 날 이후에 양도하였 으므로 세액감면대상이 아니라 소득감면대상에 해당한다 하여 감 면세액을 OOO원으로 하고, 감면소득금액을 OOO원으로 하여 2013.4.12. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정 ‧ 고지하고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 환급결정하 였 다가, 청구인이 2013.7.10. 이의신청을 제기하자 농어촌특별세 과 다납부세액 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실 가산세를 재계산하여 양도소득세 OOO원을 직권으로 감액경정하였 다(감액경정후 잔여세액 OOO원). 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 조세특례제한법 시행령 제40조 에 규정된 계산식에 의하는 것이고, 동 계산식의 분모와 분자에서 차감하는 취득당시 기준시가는 신축주택의 사용승인일의 기준시가로서 동일함에도 처분청에서는 분모의 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를, 분자의 기준시가는 쟁점신축주택의 준공당시 기준시가를 적용하였는바, 처분청과 같이 계산할 경우 분모에 청산금이 포함되지 않음으로 인해 분모 금액이 과다하게 산정되고, 결과적으로 감면소득금액이 과소하게 산정되게 되므로 이 건 과세처분은 조세법규를 엄격하게 해석하지 아니하고 법령상 근거 없이 계산 식을 자의적으로 해석하여 행한 것으로서 조세법률주의의 원칙 에 위배되는 점, 일반분양자의 경우에는 사용승인에 따른 신축주택의 준공당시 기준시가를 적용하고, 재건축 조합원의 경우에는 청산금이 반영되지 않은 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 산정하는 것은 공평과세의 원칙과 실질과세의 원칙에 위배되는 점, 과세관청에서는 과세 관행상 쟁점신축주택이 속해 있는 아파트 단지를 포함하여 다수의 재건축아파트 양도에 대하여 신축후 5년 이내에 양도한 경우에는 종전주택의 양도차익을 포함하여 100% 세액감면되는 것으로 신고시인, 조사결정 등을 해왔음에도 새로운 해석을 적용하여 소급과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 처분에 해당하는 점으로 볼 때, 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택취득에 대한 감면 규정을 적용함에 있어 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것이고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간의 감면소득금액을 계산함에 있어 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이며, 청산금은 감면소득계산시 고려하지 아니하는 것인 점, 조세특례제한법 제99조의3 의 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액 에 대한 양도소득세이고, 신축주택의 취득일은 사 용승인일이므로 사업계획승인일 이후 양도소득금액을 감면대상으로 한다면 신축주택 취득일보다 앞선 시점부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과를 초래하고, 일반분양자는 신축주택으로 전환되기 전의 구주택을 소유한 적이 없어 조합원과의 형평을 고려하는 것은 타당하지 않은 점으로 볼 때, 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건 과세처분이 조세법률주의, 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙 등에 위배되는 처분인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. (2) 국세기본법 제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지]

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (3) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(4) 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. { 양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택과 쟁점신축주택의 등기부등본 및 집합건축물대장에 의하면, 청구인은 1990.1.15. 종전주택을 취득하였고, 동 주택의 재건축사업에 따라 2002.7.30. 쟁점신축주택의 사용승인을 받아 2002.9.18. 소유권보존등기를 한 후 취득일(사용승인일)로부터 5년 이후인 2007.10.15. 쟁점신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니고, 세액감면대상이 아니라 소득감면대상에 해당한다 하여 감면세액을 OOO원으로 하고, 감면소득금액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 경정‧ 고지하고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원은 환급결정하 였다가 청구인이 이의신청을 제기하자 농어촌특별세 과다납부세액을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 재계산하여 양도소득세OOO원을 직권으로 감액경정하고, 나머지 처분에 대하여는 기각결정한 것으로 나타난다(감액경정후 잔여세액 OOO원).

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에 규정된 감면대상 양도소득금액의 계산식의 분자, 분모 모두에서 “취득당시 기준시가”로 동일하게 규정하고 있음에도 처분청에서 분자와 분모의 “취득당시 기준시가”를 다른 가액을 적용한 것은 조세법률주의의 원칙에 위배된다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 의 내용상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기는 어려운데 처분청과 같은 방식으로 산식을 적용할 경우 신축주택 취득일부터 기산하여 5년이 되는 날까지의 양도소득금액이 감면대상소득금액으로 산정되고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외되는 결과가 되어 결국 동 조항의 입법취지에 따라 감면소득금액이 합리적으로 산정된 것으로 보이는 점(조심 2012서5062, 2013.3.8., 조심 2012서5122, 2013.3.19. 등 같은 뜻임), 청구인은 일반분양자의 경우에는 신축주택의 준공당시 기준시가 를 적용함으로써 사업계획승인일부터 사용승인일까지의 기간에 대하여 양도소득세가 과세되지 않는 반면, 재건축 조합원의 경우에는 청산금이 반영되지 아니한 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 산정하는 것은 공평과세의 원칙과 실질과세의 원칙에 위배된다고 주 장하나, 조합원을 일반분양자나 승계조합원과 동일하게 취급할 이유가 없는 점, 청구인은 신축후 5년 이내에 신축주택을 양도하는 경우 종전주택의 양도차익을 포함하여 100% 세액감면되는 것으로 과세관행이 성립되어 있었음에도 새로운 해석을 적용하여 소급과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 비과세 관행이 성립하려면 상당 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하고, 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하 여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하는바(대법원 2001두7855, 2003.9.5. 등 같은 뜻임), 재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택을 5년 내에 양도하는 경우에 과세관청이 납세자에 부과된 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다 하더라도 그러한 사정만으로는 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기 어려우므로 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 점(조심 2012서1777, 2012.8.1., 조 2012서2444, 2012.7.18. 등 같은 뜻임)으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.