경정청구를 받아들여 감액경정하였다가 이후에 동 세액을 다시 부과하면서 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2013.4.8. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 납부불성실가산세 OOO원을 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1992.3.30. 취득한 OOO아파트 3동 202호(이하 “종전주택”이라 한다)를 보유하던 중, 종전주택의 재건축으로 2004.9.30. 취득한 OOOOO OOO OOO OO OOO아파트 118동 1501호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2 007.12.20. 양도하고 2008.1.6. 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 2008.9.22.조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 2 008.10.7. 양도소득세 전액을 감면결정하여 환급하였다.
• 다. 처분청은 신축주택취득자에 대한 기획점검계획(OOOOOOO OO OOOO-OOO, OOOOOOOOO)에 따라, 조특법 제99조의3 규정을 적용함에 있어 양도소득 세가 감면되는 소득은 신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득이므로 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대해서는 감면 배제하여 2 013.4.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 O O,OOO,OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.28. 이의신청을 거쳐 2 013.10.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2008년 1월 양도소득세를 자진 신고․납부하였고, 6개월이 지난 이후 처분청의 안내와 권유로 경정청구를 하여 환급받 았으나, 5년이 경과한 후에 처분청은 양도소득세와 가산세를 고지하였다. 처분청은 2008년과 2013년에 행정처분을 한 바 있고, 2013년에 재결정을 하기 까지는 2008년의 결정으로 발생된 행정처분의 효력은 유효하다 할 것이므로, 처분청이 동일사안에 대한 2008년의 결정을 2013년에 변경한 것으로 보아야 하며, 청구인의 세금납부가 늦어진 것은 과세관청의 행정처분의 과실에 따라 발생한 것이므로, 청구인에게 2008년부터 5년의 기간에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다. 양도소득세를 완납한 청구인에게 처분청이 안내하고 권유하여 세금을 돌려주었다가 상당한 시일이 지난 후에 관련예규를 달리 적용하여 환급한 세액의 추징과 납부불성실가산세를 부과한 것은 청구인에게 귀책사유가 없다할 것이고, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며, 더욱이 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하는 의미도 있지만, 세법상 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있다. 당초 청구인의 잘못된 판단에 따른 신고 오인으로 양도소득세 감면결정이 부인되는 것은 납세자의 신고납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 과소납부분에 대하여 납부불성실가산세 적용은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 경정청구를 받아들여 당초 신고한 세액을 감액경정하였다가 사후에 동 세액을 다시 부과하면서 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1992.3.5. 취득한 종전주택을 재건축하여 2004.11.26. 신축주택을 소유권보존등기하였으며, 2007.12.20. 신축주택을 양도한 후, 2008.1.16. 양도소득세 신고시 신축주택취득자에 대한 과세특례규정을 적용하지 아니하고, 양도소득세 OOO,OOO,OOO원을 신고․납부하였다.

(2) 청구인은 2008.9.22. 조특법 제99조의3에 따라 양도소득세가 전부 감면되는 것으로 경정청구를 하였으며, 처분청은 2008.10.7. 양도소득세를 전액 감면결정하여, 양도소득세 OOO원과 환급가산금 OOO원을 환급결정하고, 농어촌특별세 OOO원을 결정․고지하였다.

(3) 처분청은 2013.4.1. 조특법 제99조의3의 규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도 소 득금액은 감면대상이 아니라고 보아 납부불성실가산세 O O,OOO,OOO원을 포함한 양도소득세 OOO원을 청구인에게 재경정고지하고, 감면부인에 따른 농어촌특별세 OOO원을 환급결정하였다.

(4) 세법에서 규정한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재라 할 것이므로 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 과세할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다(대법원 2003.9.5.선고 2010두403 외 다수 같은 뜻임).

(5) 살피건대, 청구인이 신축주택 양도로 신축주택취득자에 대한 과세특례규정을 적용하지 아니하고, 양도소득세를 신고․납부한 이후, 조특법 제99조의3에 따라 양도소득세가 전부 감면되는 것으로 경정청구를 하여, 처분청이 이를 적법한 경정청구로 받아들여 양도소득세를 환급하였다가, OOO지방국세청장의 기획점검에 따라 다시 감면적용 방법을 달리하여 기 환급한 양도소득세를 추징하였다면 청구인에게 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세를 경정하면서 납부불성실가산세를 적용한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.