조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법

[참조결정] 조심2013서0612

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구인은 2002.1.17. 취득한 경기도 OOO 대지 225.7㎡(지적 확정전 표시 ; OOO 대지 225.7㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 3층 겸용주택(1층 근린생활시설 124.38㎡, 2층 다가구주택 133.36㎡, 3층 다가구주택 133.36㎡, 이하 주택부분을 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하여 2007.2.6. 양도하고, 2007.2.21. 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법제99조의3에따라 주택부분에 대한 구주택(나대지) 취득시점부터 양도시까지의전체 양도소득금액에 대하여 100% 감면하여 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 OOO원)을 신고·납부하였다.

• 나. 처분청은 조세특례제한법제99조의3의 신축주택에 대한 감면세액 계산시 구주택(나대지) 보유기간(쟁점토지 취득일부터 쟁점주택 신축전까지)에 발생한 양도소득금액에 대해서는 감면배제하여 2013.4.22. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.10. 이의신청을 거쳐 2013.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (1)청구인은 경기도 OOO 내 한국토지공사가 개발한 쟁점토지를 2002.1.17. 취득 후 건축설계와 건축허가 과정을 거쳐 2002.2.4.쟁점주택이 포함된 건물을 착공하였고 2002.6.14. 사용승인을 받고(소요일수 149일) 2007.2.6.양도(4년 8개월 보유)하면서, 주택부분은 조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에의하여 감면적용하고, 상가부분은 양도소득세 신고·납부를 하였다. 위 규정의 취지는 신축주택에 대한 신규수요창출을 통한 건설경기의 부양과 부동산시장의 활성화를 도모하기 위하여 거주자가 신축주택 취득기간 내에 취득하여 5년 내 양도시에는 양도소득세를 전액 면제, 5년 이상 보유 후 양도시에는 5년간 발생하는 양도차익에 대한 양도소득세의 면제 혜택이 주어진 것으로 청구인은 주택건설촉진법또는 도시재개발법에 의한 조합원이 아니며, 신축주택취득과 관련하여 종전주택을 보유한 사실도 없으나, 신축주택취득기간 내에 한국토지공사가 개발한 순수 토지를 취득하여 지체하지 않고 건축설계와 동시에 건축허가를 받아 즉시 착공하였으며, 주택이나 일반 건축물을 신축취득하기 위해서는 필연적으로 건축물에 대한 공사기간이 필요하여 토지의 취득부터 건축물의 완공까지 약 5개월 정도 소요되었는바, 조세특례제한법제99조의3 제1항 본문에서와 같이 토지 취득일로부터 5년 이내에 양도하였으므로 쟁점주택에 대한 양도소득세를 전액 감면하여야 입법취지에도 부합할 것이며, 주택건설 사업자로부터 분양받은 경우에 계약일로부터 사용승인일까지 발생한 양도차익도 과세대상에서 제외하는 것과 같이 형평성이 유지될 것이다.

(2) 다만, 토지취득일(2002.1.17.)부터 쟁점주택 취득일(2002.6.14.)의 전일까지의 기간에 발생한 양도소득금액을 감면배제하여야 한다면, 토지취득일로부터 쟁점주택 양도일까지의 전체 양도소득금액을 계산한 후 각각의 기준시가차액을 기준으로 하여 토지 취득일로부터 쟁점주택 취득일 전일까지의 기간에 해당하는 양도소득금액을 산출하여 감면배제하여야 합리적일 것이며, 토지(나대지)만 보유한 이 기간은 개별주택가격의 고시와는 관련이 없고 토지의 새로운 기준시가가 고시되지 않은 경우에 해당하므로 소득세법 시행령제164조 제8항에 의한 산식을 준용[주택취득일의 토지기준시가= 토지취득일의 토지기준시가 + (토지취득일의 토지기준시가 - 토지취득일 전기의 토지기준시가) × 토지취득일부터 주택취득일까지의 보유기간 월수/기준시가 조정월수]하여 그 기준시가차액을 계산할 수 있고, 쟁점주택 보유기간(주택취득일～양도일)은 고시한 개별주택가격을 기준으로 기준시가차액을 계산하여,쟁점주택 전체 양도소득금액에서 감면배제 양도소득금액을 제외하면 합리적인 계산이 될 것이다.

(3) 위 (2)와 같이 계산하지 않는 경우에는, 처분청과 같이 감면대상인 주택부분의 양도소득금액만을 대상으로 세액감면방식을 적용하는 것은 타당하지 아니하며, 감면대상 양도소득금액과 과세대상 양도소득금액을 합산하여 전체의 양도소득세 과세표준에서 소득세법 제90조의 규정에 의하여 당해세율을 적용하여 계산한 금액이 양도소득과세표준에서 감면소득(OOO원)이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 하여야 할 것인바, 감면세액은 처분청이주택부분만 계산하여 산출한 OOO원(=OOO원)이 아니고, 주택부분과 상가부분을 합산하여 산출한 OOO원(=OOO원)이 되어야 할 것이다. OOO

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3에 의거한 양도소득세 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한정된 것이며 토지(나대지)의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아니므로, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식에 의하여 계산하여야 하는바, 동 산식 중 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택(나대지)의 취득당시기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득금액을 구하는 적법한 방법이므로 당초 과세처분은 정당하다(서울고등법원 2011누45193, 2012.12.21,서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9, 법규과-684, 2012.6.18외 다수 같은 뜻임).

(2) 청구인은 소득세법 시행령제164조 제8항에 의한 산식을 준용하여 토지 취득일부터 쟁점주택 양도일까지의 전체 양도소득금액을 계산한 후 각각의 기준시가를 기준으로 하여, 토지취득일부터 쟁점주택취득일(사용승인일) 전일까지의 기간에 해당하는 양도소득금액을 산출하여 감면배제해야 한다고 주장하나 이는 보유기간 중 새로운 기준시가가 고시되지 아니함으로써 소득세법 제99조 제1항 제1호의규정에 의한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에 적용되는 방법으로 2005년부터 2012년(양도일인 2007년 포함)까지 개별주택가격이 고시된 쟁점주택에는 해당사항이 없다 할 것이다.

(3) 또한, 쟁점주택은 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 겸용주택으로, 1세대1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서는 주택면적이 주택 외의 면적보다 큰 경우에는 전체를 주택으로 보아 비과세 규정을 적용하나, 신축주택 감면규정은 주택면적이 주택 외의 면적보다 큰 경우라고 하더라도 주택부분에 한하여 감면대상 주택으로 보는 것이므로, 감면대상 양도소득금액과 과세대상 양도소득금액을 합산하여 감면할 양도소득세액을 산출하는 방법이 아닌 감면대상 양도소득금액만을 대상으로 5년 이내 양도에 해당되는 세액감면방식을 적용하여 양도소득세액을 산출하여야 하는바, 감면세액 계산방식도 적정하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택 감면소득 계산시 토지취득일부터 주택취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면배제한 과세처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항 제2호에 의하면 자기가 건설한 신축주택 등의 경우, 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가)부동산 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 2002.1.17. 취득하여, 쟁점주택을 신축한 후 2002.6.14. 사용승인받고, 2002.6.28. 소유권보존등기하여 2007.2.6. 양도한 사실이 확인된다. (나)청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 다음과 같다. OOO (다) 경기도OOO 소재 3층 겸용주택의 상가 및쟁점주택에 대한 처분청의 양도소득세 산출세액 계산내역은 다음과 같다. OOO (라) 처분청은 쟁점주택의 고시가액 및 토지기준시가 등(양도시OOO원, 최초고시당시 OOO원, 주택취득시 OOO원,종전토지취득시 OOO원)을 기초로 하여 쟁점주택의 감면소득금액을 OOO원[= OOO원)]으로 계산하고 동 주택부분의 양도소득금액을 대상으로 세액감면방식을 적용하여 OOO원(=OOO원)을 감면세액으로 결정한 사실이 확인된다.

(3) 살피건대, 청구인은 종전주택을 취득한 것이 아니고 나대지를 취득하여 주택을 신축하여 양도한 것이므로 쟁점주택에 대한 양도소득세 전액을 감면해야 한다고 주장하나, 나대지를 취득하여주택을 신축하고 양도한 경우에 대하여 조세특례제한법제99조의3을 적용하는 때에도 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것이며(조심 2013서612, 2013.4.29. 같은 뜻임), 또한 청구인은 토지취득일부터 주택취득일 전일까지, 주택취득일부터 양도일까지의 각각의 기준시가차액을 계산하고, 이에 따라 토지취득일부터 양도일까지의 쟁점주택 전체 양도소득금액에서 주택취득일 전일까지의 양도소득금액을 제외하여 양도소득세를 계산하는 방법 및 상가부분과 주택부분의 양도소득과세표준을 합산하여 산출한 세액을 기준으로 감면세액을 계산하는 방법 등을 적용하여야 한다는 주장이나, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에 따라 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 방법에 의하도록 되어 있고,조세특례제한법제99조의3은 주택(신축주택)을 취득하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 감면하도록 되어 있으므로 청구인이 제시한 감면세액 계산방법을 적용하여야 한다는 청구주장 또한받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점주택에 대한 감면세액 계산시 쟁점토지 취득일부터 쟁점주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여 감면적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.