쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2013.9.13. 청구법인에게 한 2013년 제1기 부가가치세OOO원의 환급처분은 청구법인이 2013.4.29. 및 2013.6.10.OOO로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서에 대한매입세액을 공제하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2006.4.26.부터 일반건축공사 건설업으로 사업자등록한 법인으로, 2013년 제1기 부가가치세 과세기간에 건물신축공사와 관련하여 OOO로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다) 및 OOO로부터 공급가액 OOO원(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다, 쟁점①세금계산서와 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급신고를 하였다.
• 나. 처분청은 부가가치세 환급조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2013.9.13. 청구법인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점①세금계산서는 2012.12.1.부터 2013.6.10.까지 경기도 OOO 공장(이하 OOO이라고 한다) 보수공사 등을 진행한 후 발급받은 세금계산서이고, 쟁점②세금계산서는2012.3.25.부터 2013.3.30.까지 경기도 OOO(이하 OOO이라고 한다)의 신축 철구공사를 진행한 후 발급받은 세금계산서로, 2013년 제1기 부가가치세 과세기간 중 공사를 완료한 후 발급받은 적법한 세금계산서이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2013년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO 증축공사 및 OOO 신축 철구공사를 진행하고 쟁점세금계산서를 발급받았다고 주장하나, OOO은 2011.11.24. 소유권보존등기되고, OOO은 2012.9.11. 소유권보존등기된 바, 위 공장 건설공사는 단기공사로 공사완료시점을 공급시기로 보아 OOO은 2011년, OOO은 2012년에 공사가 각 완료된 것이므로 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 불공제한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제9조【거래 시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】②법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013년 제1기 부가가치세 신고를 하면서 다음 <표1>,<표2>와 같이 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여 매입세액을 공제하였다. OOO

(2) 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여, 쟁점①세금계산서는 OOO이 2011년 11월 소유권보존등기된 점을 들어 공사완료시점인 2011년을 공급시기로 보았고, 쟁점②세금계산서는 OOO이 2012년 9월에 소유권보존등기된 점을 들어 공사완료시점인 2012년을 공급시기로 보아 쟁점세금계산서를 공급시기 이후 수취한 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하였다. OOO

(3) 부동산등기부등본, 건축물 사용승인(증축) 및 건축물대장 등에 따르면, OOO은 2011.11.24. 소유자를 청구법인으로 하여 소유권보존등기되었고, OOO은 2012.9.11. 소유자를 박OOO으로 하여 소유권보존등기되었으며, OOO은 2011.11.21. 신규작성(신축) 사용승인된 후 2013년 OOO 증축허가-23호에 따라 증축 허가(금회 증축 사용승인 B동 709.91㎡)되어 2013.7.16. 증축[사용승인(허가)]되었고, OOO은 2012.9.6. 신규작성(신축) 사용승인된 것으로 확인되며, 2013년 제2기부터 OOO에 대한 부동산 임대수입과 관련하여 세금계산서를 발행하였고, 2012년 청구법인이 OOO 신축공사에 대한 매출세금계산서를 발행하여 신고한 사실이 나타난다.

(4) 청구법인은 2013년 제1기 부가가치세 과세기간 중 공사를 진행하고 다음과 같이 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장한다. (가) 청구법인은 OOO 임대를 위하여 2012.12.1.부터 2013.2.28.까지 OOO로부터 바닥공사, 칸막이공사, 화장실 공사용역을 제공받고 2013.2.28. OOO로부터 OOO 외 부자재 명목으로 OOO원(공급가액)의 세금계산서를 수취하였다고 주장하며 계약서, 거래처 원장을 제시하였고, 계약서 등의 주요내용은 다음과 같다. OOO (나) 청구법인은 2013.5.10.부터 1개월여간 OOO B동 증축 허가를 받아 증축하고 2013.6.10. OOO로부터 부자재 명목으로 OOO원(공급가액)의 세금계산서를 수취하였다고 주장하며 계약서, 입금표, 거래처 원장 등을 제시하였고, 계약서 등의 주요내용은 다음과 같다. OOO (다) 청구법인은 2013.3.29.부터 1개월여간 OOO A동과 B동 사이, C동과 D동 사이 이임새를 막는 OOO 및 지붕공사를 진행하고 2013.4.29. OOO로부터 OOO 외 부자재 명목으로 OOO원(공급가액)의 세금계산서를 수취하였다고 주장하며 계약서, 입금표, 거래처 원장 등을 제시하였고, 계약서 등의 주요내용은 다음과 같다. OOO (라) 청구법인은 2012.3.25.부터 2013.3.30.까지 OOO 신축철구공사를 진행하고 2013.3.30. OOO로부터 OOO원(공급가액)의 세금계산서를 수취하였다고 주장하며 계약서, 은행거래명세, 입금표 등을 제시하였고, 계약서 등의 주요내용은 다음과 같다. OOO

(5) 청구법인은 쟁점세금계산서가 2013년 제1기 중 OOO 및 OOO 관련 공사를 진행하고 발급받은 적법한 세금계산서라고 주장하므로 이에 대해 본다. (가) 쟁점①세금계산서 중 OOO원의 매입세금계산서는 OOO에 대한 부동산 임대수입과 관련하여 2013년 제2기 과세기간부터 세금계산서를 발행한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인 주장과 같이 OOO 임대를 위하여 공사를 진행하였을 것으로 보이는 점, OOO이 2013.4.29. 보수공사 및 지붕공사 명목으로 발행한 OOO원(공급가액)의 수기 입금표 및 청구법인의 장부에 2013.4.29. OOO외 부자재 외상대 지급 OOO원이 기록되어 있는 점 등에 비추어 2013년 제1기 중 OOO에 대한 보수공사를 진행하고 위의 세금계산서를 발급받았다는 청구주장이 신빙성이 있어 보인다. (나) 쟁점①세금계산서 중 OOO원의 매입세금계산서는 OOO이 2013년 OOO 증축허가-23호에 따라 증축 허가되어 2013.7.16. 증축[사용승인(허가)]된 점, OOO이 2013.6.10. 조립식 칸막이 및 OOO 명목으로 발행한 OOO원(공급가액)의 수기 입금표가 작성되고, 청구법인의 장부에 2013.6.10. OOO외 외상대지급 OOO원이 기록되어 있는 점 등에 비추어 2013년 제1기 중 OOO에 대한 증축공사를 진행하고 위의 세금계산서를 발급받은 것이라는 청구주장이 신빙성이 있어 보인다. (다) 이와 달리 청구법인이 쟁점①세금계산서 중 OOO원의 매입세금계산서를 발급받았다고 소명하며 제출한 계약서는 공사장소가 OOO이 아닌 OOO이고, 수급인이 OOO이 아닌 OOO이며, 도급금액도 OOO원(공급가액)이 아닌 OOO원(공급대가)으로 기재되어 있으므로, 2013년 제1기 중 OOO 보수공사를 진행하고 위의 세금계산서를 수취하였다고 보기 어렵고, OOO 신축OOO를 진행하고 쟁점②세금계산서를 발급받았다고 주장하나, OOO은 2012.9.11. 소유자를 박OOO으로 하여 소유권 보존등기된 점에 비추어 2013년 제1기 중 OOO 신축OOO공사를 진행하고 쟁점②세금계산서를 발급받았다고 보이지 아니한다. (라) 따라서, 청구법인이 OOO로부터 수취한 2013.6.10.자 공급가액 OOO원의 세금계산서 및 2013.4.29.자 공급가액 OOO원의 세금계산서를 공급시기에 수취한 적법한 세금계산서로 보아 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.