종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용불가함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1988.8.20. OOO 단독주택(청구인 지분 1/2, 이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 종전주택을 멸실하고 그 지상에 다세대주택(총 9호)을 신축하고, 2007.1.17. 그 중 401호(이하 “신축주택”이라 한다)를 양도한 후, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액을 계산하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3의 규정에 따라 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 기획점검 계획에 의거 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3의 감면대상에 해당하지 아니하므로 감면을 부인하여 2013.4.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 O,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.1. 이의신청을 거쳐 2013.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 신축주택의 감면소득금액 계산시 [양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 취득당시의 기준시가) = 감면대상 소득금액]의 산식을 적용하였으나, 이 계산방식은 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정에 의한 산식으로서 조특법 제99조의3 제1항 및 동법 시행령 제99조의3 제2항의 규정에 의하면 신축주택 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 산식으로 규정하고 있는 바, 청구인과 같이 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 위 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용할 수 없음에도 불구하고, 처분청은 아무런 법적 근거 없이 위 산출식 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에는 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에는 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 적용하여 계산하였는바, 이는 세법상 근거없이 세액의 산출방식을 자의적으로 변경한 것으로서 위법하고, 처분청은 양도소득세 계산시 종전주택에 대한 소득금액을 반영하지 않았으며, 신축건물에 대한 건축비가 취득가액에 반영되지 않아 불합리하므로 신축주택의 양도소득과 종전주택의 양도소득을 별도로 계산하는 방식으로 재계산하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항의 규정에 의하면, 당해 신축주택을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액이라고 규정하고 있다. 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정은 신규주택 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택건설경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로서 자기가 건설한 주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하거나 5년이 경과하여 양도하거나 신축주택 취득일로보터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면한다는 것이고, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면대상이 아니라고 해석하는 것이 타당하므로 처분청이 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. 또한, 청구인은 신축주택 건축을 위하여 부담한 건축비를 취득가액으로 반영하여 소득금액을 재계산하여야 한다는 주장이나, 소득세법 시행령제164조 (토지․건물의 기준시가 산정) 제7항에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득가액의 환산방법으로 명시된 것이 아니므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1988.8.20. 종전주택을 취득하였다가 이를 멸실한 후 2003.1.21. 다세대주택을 신축하여 소유권보존등기를 한 후 2007.1.17. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 조특법 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면을 부인하고, 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 것으로 나타난다.

(4) 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 규정하고 있는 조특법 제99조의3 제1항은 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항의 규정에 의하면, 당해 신축주택을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액이라고 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 조특법 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있는 것으로서, 자기가 건설한 주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하거나 5년이 경과하여 양도하거나 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면한다는 것이고, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면대상이 아니라고 해석하는 것이 타당하므로 처분청이 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한, 신축주택 건축을 위하여 부담한 건축비를 취득가액 으로 반영하여 소득금액을 재계산하여야 한다는 등의 청구인의 주장은 그 근거가 없으므로 받아들이기 어렵다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.