종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소 득금액에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.4.2. OOO 소재 266호 시유지 점유주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 주택재개발사업에 따라 2003.12.30. 같은 동 OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(승인일: 2001.8.29.)한 후 2008.5.28. 김OOO에게 양도하고 2008.7.30. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으나, 2009.1.29. 경정청구를 통하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상 양도소득금액으로 보아 양도소득세를 환급받았다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보고 감면금액을 재산정하여 2013.6.17. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.17. 이의신청을 거쳐 2013.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정은 취득일로부터 5년이내 양도하는 경우 양도소득금액 전액을 감면하도록 되어 있고, 법원 판결(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결 참조)에 의하면 조합에 종전주택을 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도하여조세특례제한법제99조의3 제1항 전문 적용시 면제되는 양도소득세액을 계산함에 있어 법적 근거없이 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산한 처분은 위법하다고 판시하였는바, 처분청의 처분은 위법한 처분이므로 청구인에게 부과된 양도소득세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 제1항 전문은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 조항으로서, 양도소득의 발생 기산일이 신축주택의 취득일이므로 재건축․재개발의 경우에 발생하는 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득은 위 조항이 규정하는 감면대상이라고 볼 수 없으며 이는 청구인이 언급한 서울고등법원 판결문에도 판시한 내용이다. 처분청은 감면대상이 아닌 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액’에 상당하는 양도소득세를 계산하기 위해 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식을 준용하였고 그 계산식의 분모에 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 계산하였으며,소득세법제90조 제1항에 의한 세액감면방식으로 감면세액을 계산하였는데 청구인은 처분청의 이러한 계산이 위법한 처분이라고 주장하나, 청구인이 언급한 서울고등법원 판결은 현재 대법원에 상고장을 제출하여 계류 중인바 아직 확정 판결되지 않았으므로 처분청의 처분이 위법하다고 할 수 없다. 따라서, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 판단하여 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식을 준용하여 감면소득금액을 계산하고소득세법제90조 제1항에 의한 세액감면방식으로 감면세액을 계산하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 ‘신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액’이라고 규정되어 있다.

(2) 살피건대,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26. 외 다수 같은 뜻임), 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하며,조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항의 규정 등으로 볼 때, 법적 근거없이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산한 처분이 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.