신축주택의 취득자에 대한 양도소득세는 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면하는 것임

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 2000.3.3. OOO 무허가 주택(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던중 종전주택이 재개발 사업구역으로 지정됨에 따라 재개발조합의 조합원의 자격으로 OOO(전용면적 84.95㎡이며, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2003.6.5.(사용승인일) 취득하여 2007.11.20. 양도하고, 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득시까지에 대하여도조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 특례규정(이하 “쟁점특례규정”이라 한다)을 적용대상으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면소득은 쟁점신축 주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도소득만 해당된다고 보아, 2013.8.12. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO 원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 시행규칙제61조 제1항 제38호 및 별지 서식 제37호 작성요령에 의하면, 양도소득세 감면이 되는 5년간 발생한 양도소득금액 계산은 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우와 5년 이후 양도한 경우로 구별하고 있고 5년 이내에 양도한 경우에는 동 석식 ⑦란 양도소득금액을 ⑪란 ‘5년 이내 발생한 양도소득금액’으로 그대로 기재하여 계산하도록 되어 있다. 일견 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 규정에 의한 산식(이하 “쟁점계산식”이라 한다)과는 일치하지 않는다는 오해가 있을 수 있는데, 쟁점특례규정이 5년 이내에 신축주택을 양도하는 경우에는 그 기간 동안 발생한 양도소득금액의 100%를 면제해 주고 그 후 양도한 경우에는 이를 감면해 주기로 하는 등 신축주택 취득 후 양도시점 5년을 기준으로 양도소득금액 감면기준을 구별하여 규정하는 방법으로 침체된 부동산 경기를 활성화하고자 하는데 그 입법취지가 있었던 점, 쟁점계산식의 분자 규정에는 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’라고 규정하여 취득 후 5년이 지난 후 양도한 경우를 예정하고 있는 점, 동 시행령의 위임에 따라 제정된 시행규칙에서는 주택의 양도시점이 5년 이내인 경우와 그 후인 경우를 구별하여 각 감면소득금액 계산의 방식을 규정하고 있는데, 법체계상 시행규칙은 상위법인 시행령의 위임에 따라 시행령의 추상적인 규정의 집행을 위해 시행령의 세부적인 내용이나 요건, 처리 기준 등을 구체화는 규범구체화 시행규칙이라는 점, 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도를 한 경우와 5년 후 양도를 한 경우를 구별하여 감면소득금액 계산을 구별한 시행규칙은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면조항으로 배분기준을 기준시가 상승률로 삼아 그에 비례하여 배분하고자 하였던 모법의 입법취지에 충실하고 특별히 부당하다고 할 수 없는 점 등을 고려한다면, 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어서 쟁점계산식의 해석 및 적용을 위해 이를 좀 더 구체화시켜 놓은 조세특례제한법 시행규칙제61조 제1항 제38호 별지 제37호에 따라 5년 이내 양도한 경우와 5년 후에 양도한 경우를 각 구별하여 계산하여야 한다.

(2) 가사 5년간 발생한 양도소득금액의 계산에 있어 주택의 양도시점이 취득 후 5년 이내인지 5년 이후인지 관계없이 쟁점계산식을 적용하여 계산한다고 하더라도 법률상 동일한 과세요건은 동일한 개념으로 적용 해석해야 하므로, 쟁점계산식의 분모 및 분자는 ‘취득당시 기준시가’는 동일한 개념으로 모두 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’로 하여 적용되어야 함에도 처분청은 분모는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가로, 분자는 ’신축주택의 취득당시 기준시가‘로 감면소득금액을 계산하여 쟁점특례규정의 입법취지에도 반하고, 신축주택 취득을 위한 추가분담금 등의 기준시가는 전혀 반영되지 않는 결과가 되어 이 건 양도소득세 과세처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 쟁점특례규정은 일정요건을 충족하는 신축주택에 대한 양도소득의 과세특례 조항으로, ‘신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 뺀다’고 규정하여 감면대상 양도소득 발생기산일을 신축주택의 취득일로 명시하고 있다. 따라서, 청구인의 경우와 같이 재개발 조합원으로서 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 신주택을 양도함으로써 발생하는 총 양도소득금액 중 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득까지 양도소득세를 면제하는 것으로 해석할 수는 없으며, 청구인의 주장대로 ‘신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하기만 하면 구주택의 취득시기에 불분하고 모든 양도소득세를 면제하는 것’으로 해석하는 것은 지나친 확장해석 또는 유추해석으로 부당하다. 위와 같이 쟁점주택의 양도로 인한 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년 이내 발생한 소득에 한정하는 것이며, 쟁점계산식은 전체 보유기간에 걸쳐 발생한소득세법상 양도소득 중 신축주택 취득일로부터 5년간 양도소득을 기준시가의 차이로 안분하는 것이므로 분모의 취득시 기준시가는 종전취득시 기준시가로, 분자의 취득시 기준시가는 신축주택 취득시 기준시가로 함이 타당하다. 또한, 청구인은 쟁점계산식을 적용할 때 재개발주택을 취득하기 위하여 납부한 추가분담금을 기준시가로 계산하여 양도당시 기준시가에서 차감하여야 한다고 주장하나 이는 관련규정에서 별도로 규정하고 있지 아니하므로 조세법률주의에 어긋난다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세는 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2000.3.3. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 재개발되어 쟁점신축주택을 2003.6.5. 취득(사용승인일)하였으며, 2007.11.20. 양도하였다. (나) 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득금액은 OOO원이며, 종전주택과 쟁점신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 기준시가 내역 (다) 처분청은 쟁점계산식의 분모인 “취득당시 기준시가”를 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 쟁점특례규정의 감면소득금액을 계산하였다. (2) 청구인은 쟁점특례규정 적용시 구주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일까지의 양도차익에 대하여도 감면해야 한다고 주장하고 있다. (3)조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에는 거주자가 같은 항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조에는 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한 법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주 택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 쟁점계산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취 득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이므로(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻임), 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.