구주택을 멸실하고 신축하여 양도한 1세대 1주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제 적용시 구주택 보유기간을 포함

OOO세무서장이 2013.8.16. 청구인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2000.11.24. 서울특별시 OOO 및 같은 동 120-22 주택 169.52㎡(이하 “구주택”이라 한다) 및 그 부수토지 대지 220㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 구주택을 멸실하고 2005.9.16.(사용승인일) 쟁점토지 지상에 주택 129.11㎡(1세대 1주택 고가주택에 해당하며, 이하 “신축주택”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 2012.7.13. OOO원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2012.8.30 쟁점토지의 양도차익에 대해 구주택과 신축주택의 보유기간을 통산한 11년 3개월에 해당하는 장기보유특별 공제율 80%(보유기간 10년 이상)를 적용하여 산정한 장기보유특별 공제액을 공제(신축주택에 대하여는 장기보유특별공제 미적용)하는 것으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 장기보유특별공제 관련 보유기간 산정시 구주택 보유기간은 포함되지 아니하고 신축주택의 취득일부터 기산한다고 보아 신축주택의 사용승인일(2005.9.16.)부터 양도일(2012.7.13.)까지의 보유기간(6년 이상 7년 미만)에 해당하는 장기보유특별 공제율 48%를 적용한 장기보유특별 공제액을 공제하여 2013.8.16. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.26. 이의신청을 거쳐 2013.10.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 기획재정부 유권해석(재산세제과-1126, 2008.12.31.) 및 조세심판원 선결정례(조심 2012서2469, 2012.10.11. 외 다수)에서 구주택을 멸실하고 그 토지에 주택을 신축하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우 그 주택의 부수토지에 대한 장기보유특별 공제율을 적용에 있어 보유기간은 멸실된 구주택의 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하여 적용하는 것으로 판단하고 있으므로 보유기간 10년 이상을 적용하여 장기보유특별 공제율 80%를 적용하여야 한다.

(2) 소득세법시행령 제154조 제8항에서 1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실․도괴․노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산하는 것으로 규정하고 있으므로 장기보유특별공제를 적용함에 있어서 동일하게 적용하여야 한다.

(3) 처분청은 신축주택의 경우 사용승인일을 기준으로 취득가액을 산정하고 있으므로 그 부수토지의 장기보유특별공제를 적용함에 있어서도 사용승인일이 취득일에 해당한다는 의견이나, 이 건은 주택이 아닌 부수토지에 관한 것으로서 주택의 취득가액 산정과 동일하게 적용하는 것은 타당하지 아니하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 기획재정부 유권해석(재산세제과-1597, 2009.10.27.)에 따르면 노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축(도시 및 주거환경정비법에 의한 재건축은 제외)한 주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 재건축한 당해 주택의 취득일부터 기산하는 것이므로 신축주택의 취득일(사용승인일)부터 양도일까지의 기간에 해당하는 장기보유특별 공제율 48%(6년 이상 7년 미만)를 적용함이 타당하다.

(2) 소득세법시행령 제154조 제8항의 규정은 1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어서 거주기간 및 보유기간을 통산한다는 규정이지 장기보유특별공제의 적용에 대한 규정이 아니므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(3) 신축주택의 경우 사용승인일을 기준으로 취득가액을 산정하고 있으므로 그 부수토지의 장기보유특별공제를 적용함에 있어서도 사용승인일을 취득일로 보아야 한다.

• 가. 쟁 점 임의재건축을 통해 구주택을 멸실하고 주택을 신축한 경우 1세대 1주택 부수토지의 장기보유특별공제 관련 보유기간 산정시 구주택 보유기간을 포함하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 소득세법제95조 제2항 단서는 “장기보유특별 공제액”이란 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 <표2>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있고, <표2>에 보유기간이 10년 이상인 경우 공제율이 80%, 보유기간이 6년 이상 7년 미만인 경우 공제율이 48%라고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 2000.11.24. 구주택 및 쟁점토지를 취득한 후, 구주택을 멸실하고 쟁점토지 지상에 신축주택을 신축(사용승인일 2005.9.16.)하여 보유하다가 2012.7.13. 양도한 사실이 일반건축물관리대장 및 등기부등본에 의하여 확인된다.

(3) 신축주택과 쟁점토지를 양도한 후 청구인의 양도소득세 신고내역과 처분청의 경정내역은 다음의 <표>와 같다. 처<표> 양도소득세 신고 및 경정내역 (4) 청구인은 쟁점토지의 양도차익에 대하여 구주택과 신축주택의 보유기간을 통산한 장기보유특별 공제율 80%(보유기간 10년 이상)에 해당하는 금액을 공제하여야 한다고 주장하고 있으나, 처분청은 보유기간 계산시 구주택의 보유기간을 제외하고 신축주택의 사용승인일(2005.9.16.)부터 기산한 장기보유특별 공제율 48%(보유기간 6년 이상 7년 미만)에 해당하는 금액을 공제함이 타당하다는 의견이다. (5) 살피건대, 구주택을 멸실하고 그 토지에 주택을 신축하여 1세대1주택으로 양도하는 경우 그 주택의 부수토지에 대한 장기보유특별 공제율을 적용에 있어 보유기간은 멸실된 구주택의 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하여 적용하는 것(조심 2012중184, 2012.6.27. 같은 뜻)인바, 청구인이 구주택을 취득한 2000.11.24.부터 신축주택을 양도하기 전일 2012.7.12.까지의 보유기간을 통산하면 10년 이상에 해 당하여 그 장기보유특별 공제율은 80%라 할 것이므로 처분청이 쟁점토지에서 발생한 양도차익에 대해 보유기간이 7년 미만이라 하여 48%의 장기보유특별 공제율을 적용함은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.