종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.2.10. OOO 소재 대 32㎡ 및 무허가주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 주택재개발사업에 따라 2002.9.26. 같은 동 1013 OOOOO OOOO OOOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2007.9.7. 양OOO에게 양도하고, 양도소득세 예정신고를 하면서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상 양도소득금액으로 하여 신고하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보고 감면금액을 재산정하여 2013.4.4. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.17. 이의신청을 거쳐 2013.10.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항의 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)에서 분자와 분모에 명문으로 ‘취득당시의 기준시가’로 규정되어 있는데도 불구하고, 처분청이 분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 취득당시의 기준시가로, 분모의 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시의 기준시가로 대입한 것은 자의적인 해석이다. 또한,국세기본법제18조 제1항은 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제19조는 세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 인정되는 한계를 엄수하여야 한다고 규정하고 있어 세법을 해석함에 있어 엄격해석하여야 함에도 처분청은 법령에 규정된 계산식을 별도의 위임 규정없이 자의적으로 변경․적용함으로써 위법한 처분을 하였을 뿐만 아니라, 그 계산식으로 산출된 결과물 역시 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 등 부당한 부과처분을 하였으므로 처분청이 청구인에게 한 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결 참조).
• 나. 처분청 의견 조합원인 청구인이 종전주택을 주택재개발사업에 제공하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우조세특례제한법제99조의3의 규정에 따른 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은조세특례제한법제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 쟁점산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시의 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시의 기준시가’를 말하는 것이라 하겠으므로(조심 2012서4623, 2013.2.8. 외 다수 같은 뜻임), 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 ‘신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액’이라고 규정되어 있다.

(2) 살피건대,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26. 외 다수 같은 뜻임), 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점 등으로 볼 때, 쟁점산식의 분모와 분자를 달리 적용하는 것이 자의적인 해석으로서 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 등 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2012서2839, 2012.8.27., 조심 2012서3124, 2012.9.18., 조심 2012서4675, 2012.12.18. 참조). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.