조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1988.2.2. 취득하여 보유하던 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2003.7.8. 취득한 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2007.10.23. 양도한 후, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 규정하고 있는 조세특례제한법제99조의3에 따라 양도소득세 OOO을 전액 감면신청하고, 양도소득세 감면에 따른 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보고 감면소득금액을 재산정하여 2013.4.18. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.17. 이의신청을 거쳐 2013.10.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 조세특례제한법제99조의3 제1항의 전문이 적용되는 이 건에 대해 면제되는 양도소득세액을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산하였으나, 이 계산식은 신축주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액에 대해 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하기 위하여 준용하는 규정으로써 이 건과 같이 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 준용할 수 있는 법적 근거는 전혀 없고, 만약 이 계산식을 준용하더라도 분모와 분자의 취득당시 기준시가는 동일한 금액이 되어 100% 감면되는데도 불구하고, 처분청은 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로, 분자의 취득당시 기준시가를 신축주택의 기준시가로 해석하여 계산함으로써 결과적으로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득에 대해 감면을 배제하였는데, 이는 법률의 근거 없이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식을 준용하여 조세법률주의에 위반되고, 법령을 자의적으로 해석하여 조세법률주의의 엄격해석 원칙에도 위반된다(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결, 같은 뜻).
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3의 취지가 신축주택을 취득한 후 5년 내에 양도하든 5년 경과 후에 양도하든 간에 신축주택 취득일로부터 최대 5년까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해 주겠다는 취지이고, ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 법령에 규정되어 있으므로 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득’도 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용하여 계산하고, 감면대상소득은 전체 양도소득 중 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도일(또는 5년이 되는 날)까지의 양도소득만 해당하며, 전체 양도소득은 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득이므로 계산 산식의 분모․분자 취득기준시가를 분모는 종전주택 취득당시 기준시가, 분자는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 법 취지에 부합하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보고 감면소득금액을 재산정한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이의신청결정서 등 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 신축주택에 대한 양도소득세 신고 내역 (OO: O) (나) 처분청의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지 산정한 감면대상 양도소득금액은 다음과 같다. 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 ※ 분자에 있는 취득당시의 기준시가: 신축주택의 취득당시 기준시가 분모에 있는 취득당시의 기준시가: 종전주택의 취득당시 기준시가 (다) 처분청이 소득세법 제90조 에 의한 세액을 감면하는 방식으로 산정한 감면대상 양도소득 감면세액은 다음과 같다. 양도소득 산출세액 × (감면자산의 소득금액

• 과세자산의 소득금액에서 미공제된 양도소득기본공제액) / 양도소득 과세표준 × 감면율 OOO,OOO,OOOO O (OOO,OOO,OOOO

• O) O OOO,OOO,OOO O OOOO O OO,OOO,OOOO

(2) 조세특례제한법제99조의3에 의하면, 같은 조 제1항은 “거주자가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”고 규정하면서, 같은 항 제1호는 “주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우”라고 규정하고 있고, 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우는 “2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택”이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3에 의하면, 같은 조 제2항은 “같은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “같은 법 제43조 제1항에서 ‘당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익 중 산식[위 (1)(나)의 산식]에 의하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식을 준용할 수 있는 법적 근거가 전혀 없고, 동 계산식을 준용하더라도 분모와 분자의 취득당시 기준시가는 동일한 금액이 되어 100% 감면되는데도 불구하고, 처분청은 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로, 분자의 취득당시 기준시가를 신축주택의 기준시가로 해석하여 계산함으로써 결과적으로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득에 대해 감면을 배제하였다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서 “조세특례제한법제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 명시하고 있는 바, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취 득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이므로(조심 2013서3328, 2013.10.4. 등 다수 같은 뜻), 처분청이 조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보고 감면소득금액을 재산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.