해당 기금이 2013사업연도에 청산하면서 금융기관에 출연금을 반환한 것으로 재무제표를 작성공시하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 2009사업연도에 기금으로부터 받은 금원을 출연금의 반환이라고 보기는 어렵고, 연구 및 인력개발용역을 재수탁한 업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 아니한 경우에 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용할 수 없음
해당 기금이 2013사업연도에 청산하면서 금융기관에 출연금을 반환한 것으로 재무제표를 작성공시하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 2009사업연도에 기금으로부터 받은 금원을 출연금의 반환이라고 보기는 어렵고, 연구 및 인력개발용역을 재수탁한 업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 아니한 경우에 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용할 수 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 청구법인은 기업회계기준 및 금감원 질의회신에 따라 부실채권정리기금으로부터 2009년에 받은 금액을 그 실질에 따라 1997년의 출연금 원본반환으로 회계상 인식하고도 법인세 신고시에는 이를 배당수익으로 세무조정[익금산입(유보)]하였으나, 부실채권정리기금 출연 반환금에 대하여 별로도 세법상 처리기준을 정하고 있지 아니하므로 기업회계상 처리기준에 따라 이를 출연금 원본반환으로 처리하여 2009년 법인세를 감액경정함이 타당하다.
(2) 청구법인이 전산시스템 구축을 위하여 전산시스템개발업체에 개발용역을 위탁하고 지급한 비용 중 연구전담부서를 보유하지 않은 재위탁업체에 지급한 연구개발위탁비도 조세특례제한법의 입법 취지에 비추어 연구인력개발비 세액공제 대상이므로 이에 대하여도 세액공제를 적용함이 타당하다.
(1) 부실채권정리기금의 법인세 신고서에 제출된 대차대조표 및 인터넷에 게시된 동 기금의 재정상태표에 의하면 2008～2009사업연도의 자본금(출연금) 장부가액이 OOO원으로 변동이 없어 청구법인이 2009년 부실채권정리기금으로부터 수령한 금액은 배당금으로 보는 것이 타당하므로 당초 이를 배당금 수익으로 익금산입하여 신고한 법인세를 경정하여 달라는 청구를 받아들일 수 없다.
(2) 과세관청은 그동안 연구개발용역비 중 그 용역을 위탁받은 기관이 이를 다시 타 기관에 재위탁한 경우에 대한 용역비는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보았으나 조세심판례 등에서 연구개발용역의 수탁자가 이를 재위탁한 경우라도 그 재수탁자가 연구전담부서를 보유한 경우에는 그 재위탁된 연구개발용역 관련 비용도 세액공제대상이라고 인정한 바 있을 뿐이므로 연구전담부서 없는 재위탁업체에 지출한 연구개발위탁비용은 연구인력개발비 세액공제대상으로 인정할 수 없다.
(1) 부실채권정리기금의 출연자가 기금으로부터 분배받은 금액이 배당금인지 출연금 반환액인지 여부
(2) 연구개발용역의 수탁자가 이를 전담부서 없는 업체에 재위탁한 경우의 연구개발비도 연구·인력개발비 세액공제 대상인지 여부
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인이 2009사업연도 중 기금으로부터 분배받은 쟁점금액에 대하여 청구법인은 출연금의 반환액이라고 주장하고 있고, 처분청은 배당금이라는 입장이다. (나) 청구법인은 2009사업연도 분배금인 쟁점금액을 출연금 반환으로 회계처리하는 한편 법인세 신고시에는 이를 수익배당금으로 익금산입하는 것으로 세무조정하였다. (다) 전자공시된 기금의 대차대조표 등에는 기금은 2009사업연도에는 금융기관 출연금(자본금) OOO원을 유지하다가 2013년에 금융기관에 출연금을 반환하고 청산한 것으로 되어 있다. (라) 청구법인은 쟁점금액의 실질이 출연금 반환이라고 주장하며 처분청에 경정청구를 하였으나 쟁점금액이 출연금 반환이라는 점에 대한 구체적인 근거는 제시하지 못하고 있다. [표] 청구법인의 기금에 대한 출연금과 배분금 / / (마) 이와 같은 사정을 종합하여 보건대, 청구법인은 2009사업연도에 기금으로부터 출연금을 반환받았다고 주장하나, 오히려 기금은 2009사업연도에는 금융기관에 출연금을 반환하지 아니하고 2013사업연도에 청산하면서 금융기관에 출연금을 반환한 것으로 재무제표를 작성하여 공시하고 있고, 청구법인도 이를 배당금으로 세무조정하여 법인세 신고를 한 반면, 이와 달리 청구법인이 2009사업연도 분배금을 출연금 반환으로 회계처리 한 점 이외에 2009사업연도 분배금을 출연금 반환으로 볼 만한 다른 근거를 찾아보기 어려우므로 쟁점금액을 손금추인하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항 및 같은 법 시행령 별표 6 제1호 나목에서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 연구 및 인력개발비라 함은 각 과세연도의 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다고 규정하고 있고 동 시행령 별표 6에서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 나열하고 있다. (나) 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 정하면서 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업으로 개발 용역 위탁대상 기관을 한정할 뿐 재위탁함에 따른 비용을 제외하고 있지 아니하고 있고, 자체기술개발 비용 뿐 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것이므로 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁된 기술개발용역을 수탁자가 직접 수행하지 아니하고 이를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 그 재수탁자가 위 별표6의 규정에서 정한 기업의 연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우에는 동 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다 할 것이나(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 결정 외 다수 같은 뜻임), 조세특례제한법 시행령제9조 제2항 및 같은 법 시행령 별표6 제1호 나목의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함에 있 어 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁된 기술개발용역이 별표6에서 정한 기업의 연구기관 또는 전담부서가 없는 업체에 재위탁되고 지출된 비용에 대하여도 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단 된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.