조특법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분자의 “취득당시 기준시가”는 신축당시 기준시가로, 분모는 종전주택의 취득당시 기준시가로 계산함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.5.3. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 이를 멸실한 후, 2002.8.30. 다세대주택(이하 “신축주택”이라 한다)을 신축하여 사용승인을 받아 부동산임대업을 영위하다가 2008.6.15. 이를 양도한 후, 2008.8.31. 종전주택의 취득일부터 신축주택의 신축(사용승인일) 후 5년이 되는 기간까지의 양도소득금액에 대하여 조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도 소득세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세 특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 2013.6.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 종전주택 취득과 신축주택 취득이 3개월 정도의 시차에 불과함에도 종전주택의 양도소득금액이 신축주택의 5년 보유기간에 발생한 양도소득금액과 유사하게 산출되어 동 양도소득금액을 감면소득금액에서 배제된 것은 경제적 실질에 비추어 조세형평에 어긋나며 실질과세원칙에도 위배되므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 비과세 또는 면세요건은 일반적으로 과세대상이 되는 과세물건 중 특정한 것을 조세 정책에 필요에서 과세대상에 제외시키는 것으로 엄격하게 해석하여야 할 것으로, 신축주택 취득시점부터 취득일로부터 5년이 되는 시점까지의 각 시점별 기준시가에 대한 청구인의 이견이 없는 이상 전체 양도소득에서 신축주택 취득시점부터 취득일로부터 5년이 되는 시점까지의 감면소득을 조세특례제한법 시행령제40조에 규정된 바에 따라 명확히 계산하여 경정한 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 취득하여 이를 멸실하고 신축주택을 취득하여 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에서 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.5.3. 종전주택을 취득하여 2002.7.15. 이를 멸실하고, 다세대주택(신축주택)을 신축하여 2002.8.30. 사용승인(2002.10.7. 소유권보존등기)받아 주택임대업을 영위하다가 2008.6.15. 임OOO에게 신축주택을 양도한 후, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 양도소득금액을 OOO원, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 상당하는 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

(2) 처분청은, 종전주택의 취득일(2002.5.3.)부터 신축주택의 취득일 전일(2002.8.29.)까지의 양도소득금액에 대하여는 조특법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하고, 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액(조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 OOO원에서 신축주택 취득 당시 기준시가 OOO원을 차감한 금액을 분자로, 신축주택 양도 당시 기준시가 OOO원에서 종전주택 취득 당시 기준시가 OOO원을 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액 OOO원을 곱하여 산정한 OOO원)을 감면대상으로 하여 동 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방법으로 이 건 양도소득세 과세표준과 세액을 산정하였다.

(3) 조특법 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우에는 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 그 산식으로 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있다. (4) 청구인은 종전주택의 취득시점과 이를 멸실하고 재건축한 신축주택의 취득시점이 3개월여 정도의 시차에 불과함에도 (5년간 보유한) 신축주택의 양도소득금액과 유사하게 산출된 종전주택의 양도소득금액을 감면대상에서 제외하는 것은 경제적 실질에 비추어 조세형평에 어긋나고 실질과세원칙에도 위배되므로 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

(5) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 비과세요건 또는 감면요건 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 살피건대, 조특법 제99조의3은 제1항에서 “거주자가 …(중략)… 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감한다”고 정하고 있는바, 위 규정은 취득일부터 5년이 경과한 후 신축주택을 양도하는 경우 과세대상금액에서 차감되는 금액은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 정하고 있어 이와 달리 신축주택 취득일 이전에 발생한 양도소득금액이 과세대상금액에서 차감되는 금액이라고 볼 여지가 없는 점, 동 규정의 감면대상소득금액은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 따라 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 방법에 의하여 계산한 금액으로 하도록 되어 있는 점, 처분청이 위 법령의 규정에 따라 종전주택의 취득시점부터 신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득에 대하여 세액감면방식으로 공제한 청구인의 신고내용을 부인하고 조특법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항 소정의 산식에 의하여 계산한 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분이 달리 잘못이 없어 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 신축주택의 양도에 따른 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액을 감면대상에서 배제한 처분청의 이 건 부과처분이 조세형평에 어긋나고 실질과세원칙을 위배한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.