쟁점 퇴직급여충당금전입액은 연구인력개발비세액공제대상 인건비에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1952.1.111. 개업하여 도매/무역업을 영위하는 법인으로, 2009～2011사업연도 법인세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 규정의 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 연구원의 해당연도의 퇴직급여충당금 OOO원(이하 “쟁점퇴직급여충당금”이라 한다, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원)을 포함하지 아니하였다.
• 나. 청구법인은 2013.3.29. 처분청에 쟁점퇴직급여충당금를 연구․인력개발비에 대한 세액공제대상이 되는 인건비에 포함하여 2009～2011사업연도 법인세 OOO을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청에서는 “쟁점퇴직급여충당금은 조특법 기본통칙 9-8…1(연구인력개발비의 용어정의 등)에 따라 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외된다” 하여 2013.8.20. 경정청구를 거부처분하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 최근 대법원 판결(대법2011두6844, 2011.6.24.)에서는 조특법 기본통칙 9-8…1(연구인력개발비의 용어정의 등)에도 불구하고, “인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직금여충당금에 대하여도 이 사건 과세특례규정을 적용함이 상당하다 할 것이다”라고 판결하였으며, 그 근거는 ① 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법 제33조 에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, ② 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점이라고 설명하면서, 조특법 기본통칙 9-8…1에 대해 “과세관청 내부에 있어 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다”라고 판결하였으므로 쟁점퇴직급여충당금도 연구․인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 포함되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 법인세법은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 것이 그 목적이나, 조특법은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는 데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정 요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로 이와 같이법인세법과 조특법은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서 법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여 조특법에서도 당해 손금액을 세액공제대상으로 볼 수는 없다. 또한, 조특법에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나 조특법 기본통칙 9-8…1은 구 조세감면규제법 기본통칙2-5-12…16을 조특법 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 2012.2.2 개정된 조특법 시행령 별표6에서도 연구․인력개발비에 대한 세액공제가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있고, 조특법상 연구․인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구․인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구․인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 쟁점퇴직급여충당금이 조특법의 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기 어려우므로 경정거부한 당초 처분은 정당하다.함(조심 2011서1923, 2011부1401, 2012.5.11. 합동회의 등 참고).

• 가. 쟁점 조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 퇴직급여충당금이 포함되는 지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점퇴직급여충당금은 조특법상의 연구․인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 해당한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴 보면, 법인세법은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는것이 그 목적이나, 조특법은 이와 달리 특정 분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는 데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로, 이와 같이법인세법과 조특법은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서법인세법에서 손금으로 인정된 다고 하여 조특법에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이고, 조특법에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 제시한 조특법 기본통칙 9-8…1은 구 조세감면 규제법기본통칙 2-5-12…16을 조특법 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 시행된 조특법 시행령(대통령령 제23590호) 별표6 에서도 연구․인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 또한, 조특법상의 연구․인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구․인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 쟁점퇴직급여충당금이 조특법의 연구․인력 개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어렵다고 판단되므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2011부1401, 2012.2.16. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.