[요지] 청구법인이 공급가액의 증감사유가 발생한 날과 다른 과세기간에 쟁점금액의 수정세금계산서를 임의발행한 점, 착오로 인한 세금계산서발행은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 세금계산서불성실가산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없으나, 용역의 공급시기가 도래하기 전에 그 대금을 지급받고 부가가치세를 신고ㆍ납부한 것에 대한 세금계산서불성실가산세 부과는 잘못임
[요지] 청구법인이 공급가액의 증감사유가 발생한 날과 다른 과세기간에 쟁점금액의 수정세금계산서를 임의발행한 점, 착오로 인한 세금계산서발행은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 세금계산서불성실가산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없으나, 용역의 공급시기가 도래하기 전에 그 대금을 지급받고 부가가치세를 신고ㆍ납부한 것에 대한 세금계산서불성실가산세 부과는 잘못임
[참조결정] 조심2009구0036
[주 문] OOO세무서장이 2013.4.2. 청구법인에게 한 2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급처분은 세금계산서불성실가산세 OOO원을 부과하지 아니하는 것으로 하여 환급세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점금액1 상당액의 과다 세금계산서 발행 및 쟁점금액1 상당의 부(-)의 세금계산서 발행에 대하여, 2010년 제2기 및 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 세금계산서불성실가산세와 쟁점금액2 상당의 부(-)의 세금계산서 발행에 대하여 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 세금계산서불성실가산세는 부당하다.
① 쟁점금액1과 관련한 건설공사 변경도급계약서를 보면, 2010.12.1. 당초 공급가액 OOO만원을 OOO만원으로 하고 공사완료일도 2010.12.31.에서 2012.12.31.로 변경되어 있으며, 2010.12.31.까지 세금계산서 발행 총액이 OOO만원으로 당초 공사금액 범위 내에서 발행되었고, 전액 현금수납(선수금)으로 적법하게 발행된 것이며, 2010년 제2기에는 의무위반된 사실이 없어 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 세금계산서불성실가산세의 부과는 잘못된 것이다. 또한, 쟁점금액1과 관련한 건설공사 변경계약서에 공사기간의 완료시점이 2012.12.31.로 변경되었으며, 공사완료의 정산과정에서 과다 발행한 사실이 확인되어 확인되는 시점에 부(-)의 세금계산서를 발행한 것은 발행된 날짜가 사실과 다르다고 볼 수 없고, 개정된 부가가치세법 시행령 제29조 제1항을 보면, 완성도 지급조건부 용역을 공급하는 경우 공사 완성전에 대가를 지급하는 때 공급시기로 본다고 개정되어 공사 완료전에 공사대금을 지급받고 세금계산서가 발행된 것은 적법하므로 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 세금계산서불성실가산세 부과는 부당하다. 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호 또는 제3호의 수정세금계산서 발급사유 및 방법을 보면, 공급가액 변동사유 발생일자를 작성일자로 다음달 10일까지 부(-)의 세금계산서를 발행하게 되어 있고, 수정일자가 포함된 과세기간 부가가치세 신고서에 포함하여 신고하도록 되어 있는바, 공급가액 변동사유는 거래당사자가 서로 인식한 날과 같으므로 쟁점금액1 상당의 부(-)의 세금계산서 발행에는 전혀 문제가 없어 가산세 부과는 부당하다.
② 쟁점금액2와 관련하여, OOO과 2011.5.23. 도급계약OOO을 체결하고 개보수공사 등의 용역을 제공하던 중 영업정지 처분으로 2012.5.31. 공급가액 OOO만원의 세금계산서가 발행된 상태에서 도급금액이 공급가액 OOO만원(준공일자 2012.6.30.)으로 변경되었으며, OOO의 영업정지가 계속되어 공사완공일을 맞추지 못하여 2012.12.20. 공사가 완료된 부분만으로 제2차 변경계약OOO을 체결하고, 미리 발행된 쟁점금액2 상당에 대한 부(-)의 세금계산서를 발행하여 2012년 제2기 부가가치세를 확정신고하였다. 쟁점금액2의 경우에도 쟁점금액1과 같이 공사금액보다 초과 발행된 세금계산서는 대금지급 약정일을 공급시기로 보고 발행된 세금계산서로 정상적으로 발행된 것이며, 수정세금계산서도 정상적으로 발행된 것으로 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없으므로 가산세 부과는 잘못된 것이다. 설사, 쟁점금액 상당의 세금계산서가 사실과 다르다 하더라도 건설공사 변경계약된 공급가액을 초과하여 세금계산서가 발행된 것을 거래당사자가 알았다면 과다발행할 이유가 없으며, 필요없는 납세의무가 발생되지 않았으므로 이는 의무위반이 없는 단순 착오에 의한 과다발행된 것으로 가산세는 부과될 수 없다.
③ 청구법인은 쟁점금액2와 관련하여 매출누락, 가공경비 등이 발생하지 아니하였는바, 부가가치세제의 특성상 상호검증 기능에 어떠한 장애가 없는 오로지 절차 생략에 따라 이루어진 업무처리상 실수가 아닌 착오에 불과하므로 국세청 해석사례(심사부가 2002-192, 2002.4.25.)와 같이 가산세는 부과되지 않는 것이 타당하다.
(2) 쟁점금액1 상당의 부(-)의 세금계산서에 대한 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 초과환급신고가산세 부과는 부당하다. 청구법인은 건설공사변경계약서에 공사기간의 공사완료시점이 2012.12.31.로 변경되었으며, 공사완료의 정산과정에서 과다발행된 사실이 확인되어 확인된 시점에 쟁점금액2 상당 부(-)의 세금계산서를 발행한 것은 발행된 날짜가 사실과 다르다고 볼 수 없으므로 2012년 제2기 부가가치세 환급청구는 정당한 신고이다. 설사, 쟁점금액1 상당 부(-)의 세금계산서가 2012년 제2기분에 해당되지 않는다 하더라도 청구법인은 정상납부금액보다 초과하여 납부한 과세기간으로 경정청구하였다면 세금납부일부터 경정결정일까지 환금가산금이 추가하여 환급이 가능하였는데도 단순한 신고방법의 착오로 2012년 제2기분으로 환급신청한 것은 환급가산금은 전혀 생각하지 못하고 신청한 것이며, 이는 환급가산금을 포기하는 것과 같은 것으로 초과환급신고가 아니고 환급되어야 할 금액보다 적게 신고된 것으로 의무 위반한 사실이 없어 가산세 부과목적과는 부합되지 않으므로 가산세 부과는 부당하다. 부가가치세법 제38조의 매입세액공제는 징수라는 법률행위의 일부로서 공급자가 정상적으로 신고 납부하고 공급받는 자가 매입세액 공제를 신청하였다면 당연히 발생되는 것이며, 국가가 이를 거절한다면 납세자의 재산권을 부당하게 침범하는 것이며, 공제하지 않는 매입세액은 매입자가 협력의무의 불이행 또는 해태에 기인하여 불공제하는 것이 아니고 성질상 공제를 허용하지 아니하는 매입세액만을 불공제하는 것으로 한정하는 것이다. 만일 벌과금 성격일 경우 공제하는 금액에 일정률인 가산세율을 곱하여 가산세를 부과할 수는 있어도 공제권 전체를 박탈하는 것은 헌법에 위반되는 것이다. 따라서, 국세기본법상 가산세 부과는 세금을 늦게 신고 또는 납부하거나 미리서 환급신청한 것은 의무위반이므로 실수하였다 하더라도 가산세 부과는 정당한 것으로 보고 있으나, 세금을 미리 신고 또는 납부하거나 환급신고를 늦게 한 것은 의무위반으로 볼 수 없는 것으로 쟁점금액 상당액에 대한 부(-)의 세금계산서 발행 및 신고는 환급신청을 늦게 한 것에 불과한 것으로 의무위반한 사실이 없는 단순 착오인 것이므로 의무 위반에 의하여 부과되는 가산세 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 쟁점금액 상당의 세금계산서가 조세회피 목적 없이 단순 착오에 의한 것이므로 세금계산서불성실가산세의 부과는 부당하다고 주장하나, 부가가치세법 제22조 제2항 제2호에 의하면착오에 의해 세금계산서를 발행한 경우에도 가산세를 부과하도록 규정되어 있고, 청구법인은 세금계산서 교부시 용역의 공급 여부에 대한 검토 없이 단순히 공사계약서만을 근거로 세금계산서를 발행해 왔으며, 이는 단순 착오가 아닌,거래 실체와 관계없이 세금계산서를 임의 발행한것으로 세무업무에 대한 사실상의 관리 부재로, 청구법인에서 추후 지속적으로 발생할 수 있는 문제이며, 조세회피 목적이 없었다는 이유로 이를 용인할 경우 부가가치세 및 세금계산서 제도의 근간을 해할 우려가 있으므로 관련 법령을 엄격하게 적용해야 할 것이다.
(2) 초과환급신고불성실가산세 부과와 관련하여,청구법인은 2012년 제2기 부가가치세 확정신고시 환급세액을 OOO만원을 과다하게 신청하였으며, 이는 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호에서 가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 청구법인이 환급세액을 과다신고한 사실에 대해 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 이에 대한 가산세를 부과한 당초 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 2010년 제2기에 감액한 공급계약서를 작성하였음에도 발행한 쟁점금액1 상당의 세금계산서와 2012년 제2기에 발행한 쟁점금액1 상당의 부(-)의 세금계산서에 대하여 2010년 제2기 및 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 세금계산서불성실가산세를 부과하고 이에 따라 초과환급신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부
② 청구법인이 2012년 제1기에 쟁점금액2 상당의 세금계산서를 발행하고, 2012년 제2기에 같은 금액의 부(-)의 세금계산서를 발행한 것에 대하여 2012년 제2기 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. 제22조【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여100분의 1(제3호에 해당하는 경우에는 1천분의5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제3호 및 제4호는 법인사업자에 대해서는 2010년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대해서는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용한다.
1. 제16조에 따른 세금계산서의 발급시기를 경과한 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일) 이내에 발급하는 경우
2. 제16조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우
3. 제16조 제3항에 따른 기한이 경과한 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 11일까지 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하는 경우
4. 제16조 제3항에 따른 기한이 경과한 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 11일까지 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우
5. 제32조의2 제3항에 따른 신용카드매출전표등을 발급받아 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항에 따라 신고하는 때에 정부에 제출하여 매입세액을 공제받지 아니하고 대통령령으로 정하는 사유로 매입세액을 공제받는 경우
③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일)까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우
2. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 제16조에 따른 세금계산서를 발급한 경우
3. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 제16조에 따른 세금계산서를 발급받은 경우
4. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급한 경우
5. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급받은 경우
④ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 부분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 빼고, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우(제20조 제2항에 따라 제출하는 경우는 제외한다)로서 대통령령으로 정하는 바에 따라거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제20조 제1항 및 제2항에 따른 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우
2. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
3. 제20조 제2항에 따라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우
(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제54조【세금계산서의 발급특례】②사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.
③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.
1. 거래 당사자간의 계약서 약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것 2.대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것 3.대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것 제59조【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.
(3) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제47조의3 【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제18조 제1항, 같은 조 제2항 단서, 제19조 제1항 및 제27조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 소득세, 법인세, 상속세ㆍ증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은 종합부동산세법 제9조제1항 또는 제14조 제1항ㆍ제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조 제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조 제3항ㆍ제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다. 산출세액 × 과소신고분 과세표준 과세표준
2. 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인과 OOO컨트리클럽이 2010.12.1. 작성한 공사변경계약서(3건)는 아래와 같이 나타난다.
○○○ (나) OOO컨트리클럽은 골프장 조성공사를 청구법인이 진행한 3개 항목의 공사를 포함한 38개 항목의 공사를 진행하면서 2009.2.28. 건축 설비, 전기, 소방, 통신 설계용역에 대한 세금계산서 등 2012.12.31.까지 199매 OOO원 상당의 세금계산서를 교부받았으며, 청구법인은 골프장 조성공사 3개 항목을 공사하면서 OOO컨트리클럽에 발행한 세금계산서 발행내역(공급가액)은 아래와 같이 나타난다.
○○○ (다) 청구법인이 위 공사와 관련한 기성청구서 내역을 보면 아래와 같이 나타난다.
○○○ (라) 청구법인이 쟁점금액1 상당의 세금계산서는 정상적인 세금계산서라고 주장하면서 세금계산서 발행 및 입금받은 내역이라고 제시한 내용은 아래와 같이 나타난다.
○○○ (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제3호는 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있고, 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초 신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있으며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 참조)인바, 청구법인은 쟁점금액1과 관련하여, 당초 공사금액 범위내에서 용역완료 전에 2010년 제2기에 세금계산서가 발행되었고 대금을 지급받았으므로 적법한 것이며, 담당자의 착오로 환급신고를 늦게 한 것은 의무위반이 아니고, 2012년 제2기에 부(-)의 세금계산서는 거래당사자가 서로 인식한 날에 수정세금계산서를 발행한 것이므로 적법하다고 주장하나, 청구법인 담당자의 업무상 착오는 법령의 명시적 규정에 반한 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 인정할 수 없다고 할 것이므로, 청구법인이 과세기간을 달리하여 2012년 제2기에 부(-)의 세금계산서를 교부하고 과다환급신고한 것에 대하여 처분청이 세금계산서불성실가산세 및 초과환급신고가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2009구36, 2009.6.8. 같은 뜻임). 다만, 부가가치세법 시행령 제54조 제2항은 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일로부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인은 당초 건설공사도급계약서를 2010.12.1. 감액변경하였으나 공사기간이 2010.12.31.에서 2012.12.31.로 변경되어 공사가 진행되고 있는 점, 2010.12.31. 교부한 쟁점금액1 상당의 세금계산서는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 그 대금을 지급받고 부가가치세를 신고납부한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 2010년 제2기에 교부한 쟁점금액1 상당의 세금계산서는 정상적으로 교부하였다 할 것이므로 처분청이 2010년 제2기에 쟁점금액1 상당의 세금계산서를 교부한 것에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인과 거래처인 OOO이 2012.5.31. 및 2012.12.20. 작성한 공사변경계약서(2건)는 아래와 같이 나타난다.
○○○ (나) 청구법인이 거래처인 OOO에 대한 2012.12.31.까지 전자세금계산서 발행내역은 아래와 같이 나타난다.
○○○ (다) 청구법인은 위 공사계약서상 보수공사를 포함하여 아래 표와 같이 여러 건의 OOO 공사에 대한 세금계산서를 교부한 것으로 나타난다.
○○○ (라) 청구법인은 거래처인 OOO에 대하여 2012.12.31.까지 전자세금계산서 발행내역(공급가액) 및 입금현황을 아래와 같이 제시하고 있다.
○○○ (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점금액2 상당액에 대한 부(-)의 세금계산서를 교부한 것은 적법하므로 세금계산서불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 2012.2.21. 쟁점금액2 상당의 세금계산서를 발행한 사실이 있는 점, 2012.5.31. 쟁점금액2 상당액을 감액계약한 것으로 나타나는 점, 과세기간을 달리하여 2012.12.31. 계약해제로 쟁점금액2 상당의 부(-)의 세금계산서를 발행한 것으로 나타나는 점, 2012.2.21. 발행한 쟁점금액2 상당의 세금계산서를 정산하기 위해서는 2012년 제1기에 경정청구를 하였어야 함에도 과세기간을 달리하여 2012년 제2기에 부(-)의 세금계산서를 교부한 점 등에 비추어 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 2012년 제2기에 교부한 쟁점금액2 상당의 부(-)의 세금계산서에 대하여 처분청이 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.