회생법인의 주식으로 출자전환된 경우 해당 매출채권의 장부가액과 교부받은 주식의 차액에 대한 대손세액 공제 가능함

[주 문] OOO세무서장이 2013.3.25. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원 중 OOO원, 2010년 제2기 부가가치세 OOO원, 2011년 제2기 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 창호재, 인테리어자재 등을 제조하여 판매하는 법인으로서 OOO 주식회사, OOO 주식회사, 주식회사 OOO, OOO 주식회사(이하 “채무자회사”라 한다)에게 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 수령하지 못하다가 채무자회사가 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 의하여 회생채권 중 일부는 현금으로 변제받거나 채무면제되었으며, 나머지는 채무자회사의 회사채로 변제받거나 출자전환 후 채무자회사의 주식을 교부받았다.
• 나. 청구법인은 ① 회사채로 변제받거나 주식으로 출자전환된 회생채권의 장부가액 OOO원과 회사채 및 주식의 시가 OOO원의 차액에 해당하는 회생채권 OOO원(이하 “쟁점채권”이라 한다) 및 ② 채무면제된 회생채권 OOO원, 합계 OOO원을 회수불가능 채권으로 보아, 대손세액 OOO원OOO을 각 과세기간의 매출세액에서 차감하여 환급하여 줄 것을 2013.1.25. 및 2013.1.31. 처분청에 경정청구하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 회생채권 중 채무면제된 OOO원에 대한 대손세액 공제만을 인정하여 2009년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급결정하고, 쟁점채권은 회수불능 채권에 해당되지 아니한다는 사유로 2013.3.25. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.14. 이의신청을 거쳐 2013.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 특정 경제적 이익이나 가치는 시가로 평가하는 것이 세법상의 원칙이고 회생계획인가결정에 의하여 취득한 출자전환 주식이라고 해서 달리 볼 것이 아니며, 2006.2.9. 신설된 ‘회생계획인가 결정에 따른 출자전환 주식은 채권의 장부가액으로 한다’는 내용의 구 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항 제4호의2 단서조항의 취지는 법인세 계산상 손금산입시기 이연을 통해 채무자 법인의 기업회생을 지원하기 위한 것이지 채권자 법인의 부가가치세 대손세액공제를 배제하려는 것이 전혀 아니며, 부가가치세법상 출자전환주식의 평가에 대하여 법인세법을 준용한다는 명시규정이 없음에도 이를 준용하는 것은 조세법률주의에 위배되며, 출자전환 주식을 채권의 장부가액으로 평가할 경우 ① 법인세는 주식처분시 처분손실 계상이 가능하나 부가가치세는 출자전환시점에서 주식으로 전부 변제된 것으로 취급되어 영원히 대손세액공제가 불가능하게 되고, ② 공사채권도 회수하지 못해 사업상 어려움을 겪는 채권자가 실제 거래징수하지 못한 부가가치세를 채무자 대신 부담하게 되어 대손세액공제의 취지에 반하게 되고, ③ 소득세법상 취득자산의 취득가액은 시가로 한다고 규정하고 있을 뿐 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호 의 단서와 같은 내용이 규정되어 있지 않아 개인사업자는 대손세액공제가 가능하지만 법인사업자는 불가능하게 되어 채권자가 법인인지 개인인지에 따라 차별적인 결과가 초래된다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 회생채권 회수금액을 장부가액이 아닌 시가로 평가하여 회수된 것으로 보고 시가를 초과한 나머지 금액은 회수불능채권으로 하여 대손세액 공제신청을 한바, 이러한 공제신청에 관하여 유권 해석(국세청 부가-753, 2011.7.12., 심사부가 2012-5, 2012.4.6.)은 모두 대손세액공제 사유 및 회수불능채권의 범위에 해당되지 않는 것으로 해석하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호 의2를 살펴보면 ‘출자전환으로 취득한 주식등은 장부가액으로 한다’는 규정등으로 미루어 청구법인이 시가로 회수된 것으로 봐야한다는 주장은 어떠한 규정 및 법령근거가 없어 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 회생채권이 주식으로 출자전환된 경우 해당 채권의 장부가액과 출자전환주식 시가의 차액을 대손세액 공제대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령: 별지
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 처분청에 아래와 같이 대손세액공제를 인정하여 달라는 경정청구를 한 것으로 나타난다. (가) 청구법인은 OOO 주식회사에 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금 중 OOO을 회수하지 못하였으며, 2009.12.22. OOOOOO법원의 회생계획 인가결정OOO으로 인하여 부가가치세 과세분 회생채권 OOO원의 78%인 OOO원이 OOO 주식회사의 주식 OOO주로 출자전환OOO되었다. 청구법인은 회생계획 인가결정일 현재 OOO 주식회사의 주식은 시가가 불분명한 비상장주식으로서 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법으로 평가한 1주당 가액이 0원이므로 출자전환된 OOO원 전액을 회수불능 채권으로 보아 2013.1.25. 2009년 제2기 부가가치세에 대한 대손세액공제를 인정하여 달라는 경정청구를 하였다. (나) 청구법인은 OOO 주식회사에 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금 중 부가가치세 과세분 OOO원을 회수하지 못하였으며, 2009.12.17. OOOOOO법원의 회생계획 인가결정OOO으로 인하여 회생채권 OOO원 중 2%인 OOO원이 채무면제되고, 40%인 OOO원이 OOO 주식회사의 주식 OOO로 출자전환되었다. 청구법인은 출자전환된 OOO원과 당해 주식을 시가에 따라 평가한 OOO원의 차액 OOO원 및 채무면제된 OOO원의 합계 OOO원을 회수불능 채권으로 보아 2013.1.25. 2009년 제2기 부가가치세에 대한 대손세액공제를 인정하여 달라는 경정청구를 하였다. (다) 청구법인은 주식회사 OOO에 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금 중 OOO을 회수하지 못하였으며, 2010.12.10. OOO법원의 회생계획 인가결정OOO으로 인하여 회생채권 OOO원 중 0.4%만을 현금변제 받고 나머지 99.6%인 OOO원은 주식회사 OOO의 주식 OOO주로 출자전환OOO되었다. 청구법인은 회생계획 인가결정일 현재 비상장법인인 주식회사 OOO의 주식은 시가가 불분명한 비상장주식으로서 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법에 따라 평가한 1주당 가액은 0원이므로 출자전환된 OOO원 전액을 회수불능 채권으로 보아 2013.1.31. 2010년 제2기 부가가치세에 대한 대손세액공제OOO를 인정하여 달라는 경정청구를 하였다. (라) 청구법인은 OOO 주식회사에 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금 중 OOO원을 회수하지 못하였으며, 2011.09.30. OOO법원의 회생계획 인가결정OOO으로 인하여 OOO 주식회사에 대한 매출채권 중 30%인 OOO원은 현금변제되었으나, 50%인 OOO원은 회사채(무보증 무이자 2026.12.30.만기 회사채)로 발행받고, 20%인 OOO원은 OOO 주식회사의 주식 7,527주로 출자전환[당초 주당 발행가액 10,000원(액면가액 5,000원)의 37,635주로 출자전환된 후 5:1 감자]되었다. 청구법인은 회생채권 OOO원에서 현금수령분 OOO원, 회사채를 현재가치로 평가한 OOO원, 당해 주식을 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법에 따라 평가한 OOO원을 차감한 OOO원을 회수불능 채권으로 보아 2013.1.31. 2011년 제2기 부가가치세(OO,OOO,OOOO)에 대한 대손세액공제를 인정하여 달라는 경정청구를 하였다.

(2) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 OOO 주식회사에 대한 회생채권 중 채무면제된 OOO원에 대한 대손세액공제만을 인정하여 2009년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급결정하고 나머지는 회수불능 채권에 해당되지 아니한다는 사유로 2013.3.25. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(3) 관련법령과 위의 사실관계를 종합하면, 처분청은 2006년도에 신설된 구 법인세법 시행령제72조 제1항 제4호의2 단서 규정에 의하여 회생계획인가 결정에 따라 출자전환된 주식의 취득가액은 매출채권의 장부가액으로 하여야 하므로 매출채권은 전액 출자전환 신주로 회수된 것이어서 회수불능으로 확정된 채권이 발생하지 아니한다는 의견이나, 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항 에서 대손세액공제의 범위와 관련하여 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금으로 인정되는 사유라고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 에서 사업자가 특수관계에 있는 자 외의 자와 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 시가로 보도록 규정하고 있으며, 이러한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항 의 규정에 의한 가격으로 평가하도록 규정하고 있을 뿐, 자산의 취득가액에 대하여 부가가치세법상 별도의 규정을 두고 있지 아니한 점, 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호 의2 단서의 입법취지는 채권자 법인의 대손 및 채무자 법인의 채무면제이익으로 인한 법인세 문제를 해소하려는 것이지 채권자 법인의 부가가치세 대손세액공제를 배제하려는 것으로는 보기 어려워 부가가치세 대손세액 공제시 회수불능으로 확정된 채권을 시가로 평가해야 한다는 원칙을 밝힌 종전 심판례(국심 2004중2043, 2005.1.21., 국심 2003중2725, 2004.6.29., 국심 2001서2656, 2001.12.27.)에 영향을 준다고 보기 어려운 점, 출자전환 주식을 회생채권의 장부가액으로 평가할 경우 출자전환시점에서 법인세는 대손금을 손금산입 못하지만 주식 처분시 처분손실 계상이 가능한 반면, 부가가치세는 채권의 장부가액 전부가 주식으로 변제된 것으로 취급되어 추후 매각되더라도 사실상 대손세액공제가 불가능하게 되는 점, 부가가치세 매출세액은 물론 매출채권을 회수하지 못한 채권자 법인에게 그 거래징수하지 못한 부가가치세까지 부담하도록 하는 경우 채권자에게만 너무 과도한 부담을 주는 점 등을 감안할 때, 매출채권과 관련된 회생채권이 출자전환주식으로 회수되는 경우 대손세액과 관련된 주식의 취득가액은 회생채권의 장부가액으로 보기보다는 출자전환된 시점에서 취득한 주식의 시가로 보는 것이 타당하므로, 매출채권의 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식의 시가와의 차액은 사실상 회수불능으로 확정된 채권에 해당되어 그에 관한 부가가치세 매출세액에 대하여는 대손세액공제를 적용하는 것이 합리적이라 할 것이고(조심 2012서1842, 2013.9.11. 같은 뜻임), 이는 청구법인이 OOO 주식회사에 대한 회생채권을 회사채로 회수한 경우에도 동일하다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 본 건 대손세액공제를 인정하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.