쟁점퇴직급여충당금전입액이 연구인력개발비세액공제대상 인건비에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 조선업을 영위하는 법인으로, 2010.3.31. 2009사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 의 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 연구원의 당해연도의 퇴직급여충당금 OOO원(이하 “쟁점퇴직급여충당금”이라 한다)을 포함하지 아니하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2013.4.1. 처분청에 쟁점퇴직급여충당금을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 포함하여 2009사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2013.8.13. 쟁점퇴직급여충당금은 위 규정에 의한 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외됨이 타당하다고 보아 청구법인의 위 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 시행령 [별표6]은 세액공제 대상을 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비로 규정하고 있고, 인건비는 특별한 규정이 없는 한 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 것으로서 퇴직급여를 제외할 이유가 없다. 이를 법률에서 규정하기 위해 2012.2.2. 대통령령 23590호로 조세특례제한법 시행령 [별표6]을 개정하여 시행중에 있으므로 그 이전인 2009사업연도의 퇴직급여의 세액공제 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 대법원 판례는 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립하는 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 이 건 과세특례 규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점 등에 비추어 퇴직급여도 인건비의 범위에 포함되는 것으로 판시하고 있다(대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결). 즉, 2012.2.2. 개정전 조세특례제한법 시행령 [별표6]에서 규정하고 있는 인건비에는 퇴직급여 등이 포함되어 연구 및 인력개발 세액공제 대상이 된다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 기본통칙 9-8···1과 2012.2.2. 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6]에서는 퇴직소득 및 퇴직급여충당금은 연구․인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 규정하고 있으므로, 청구법인의 경정청구에 대하여 위 내용과 같이 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법」상 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 쟁점퇴직급여충당금이 포함되는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 살피건대, 청구법인은 쟁점퇴직급여충당금은 조세특례제한법상의 연구․인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 해당한다고 주장하나, 법인세법은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 것이 그 목적이나, 조세특례제한법은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는 데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로, 이와 같이법인세법과 조세특례제한법은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서 법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여 조세특례제한법에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이고, 조세특례제한법에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 제시한 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 구 조세감면규제법 기본통칙 2-5-12…16을 조세특례제한법 신설시에도 유지한 것으로, 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 시행된 조세특례제한법 시행령(대통령령 제23590호) [별표6]에서도 연구․인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 또한, 조세특례제한법상의 연구․인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구․인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 쟁점퇴직급여충당금이 조세특례제한법상의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어렵다고 판단되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2011부1401, 2012.2.16. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.