면제되는 양도소득세액은 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득에 한정되고, 쟁점신축주택의 취득일 이전의 양도소득은 면제대상이 되지 않는 것으로 봄이 타당함.
면제되는 양도소득세액은 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득에 한정되고, 쟁점신축주택의 취득일 이전의 양도소득은 면제대상이 되지 않는 것으로 봄이 타당함.
심판청구를 기각한다.
(1) 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다. (가) 청구인은 2006.4.5. 쟁점신축주택을 양도하였지만 당시 사정으로 인해 양도소득세를 자진신고하지 못하고 있다가 2009년 10월경 OOO세무서장으로부터 양도소득세를 신고하지 않았다는 통지를 받은 후 쟁점신축주택 양도와 관련된 자료를 OOO세무서장에게 제출하였고, 이후 OOO세무서장이 관련자료를 검토하여 부과한 양도소득세 OOO 원을 납부하였으므로, 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득세는 종결된 것으로 알고 있었다. (나) 그런데 처분청은 2012.6.13. 갑자기 청구인이 쟁점신축주택 양도에 대하여 양도소득세를 과소신고납부하였다고 하여 가산세를 포함한 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 청구인은 OOO세무서장의 부과처분을 신뢰하고 그에 따른 모든 세금을 납부하였기 때문에 양도소득세를 과소신고납부하였다는 것은 있을 수 없는 것이고, 더구나 선행행위인 OOO세무서장의 양도소득세 부과처분에 따라 이를 신뢰하여 세금을 납부하였기 때문에 이러한 청구인의 행위는 보호되어야 한다. (다) 따라서 이제 와서 OOO세무서장의 부과처분 행위의 효력을 뒤집는 처분청의 행위는 납세자인 청구인의 신뢰보호를 외면한 부당한 처분이라 하겠고, 나아가 OOO세무서장의 부과처분은 공정력을 가진다 할 것이어서 이는 취소되지 않은 이상 처분청에 대하여 일응 구속력을 가진다 할 것이며, 더구나 OOO세무서장의 부과처분은 일정한 경우에 OOO세무서장은 물론 그 감독청도 자유로이 이를 취소, 변경, 철회할 수 없는 불가변력이라는 효력이 발생한다 하겠으므로, 이에 위반되는 처분청의 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 가산세 부과처분은 부당하다. (가) OOO세무서장은 청구인이 쟁점신축주택 양도에 대하여 양도소득세를 미신고함에 따라 2009.11.19. 청구인에게 자료제출을 요구하 였고, 이후 청구인이 제출한 자료와 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정에 따라 적법하게 부과처분하였으며, 이에 청구인은 2010.1.22. 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득세 OOO을 납부하였다. (나) 그런데, 처분청은 2013년 3월경 청구인에게 양도소득세를 오류 신고하였다고 하면서 수정신고를 하도록 통지하였고, 나아가 양도소득세 결정결의서에도 과세근거를 청구인의 과소신고에 의하여 결정하였다고 하면서 책임을 회피하였으며, 결국 처분청은 2013.6.13. 쟁점신축주택 양도에 대한 양도소득세 OOO원을 부과하면서 가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 부과하였다. (다) 청구인은 OOO세무서장이 신뢰를 바탕으로 하는 국가기관이기 때문에 믿었고, 앞서 언급한 바와 같이 청구인은 OOO세무서장의 선행 부과처분에 따라 양도소득세를 전부 납부하였으므로, 처분청이 이 건 양도소득세를 부과하면서 쟁점가산세를 부과한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
(3) 이 건 양도소득세 부과기준액은 OOO원이 되어야 한다. (가) 처분청은 이 건 양도소득세 부과시 과세기준을 종전주택의 가액을 환산하여 산출한 OOO원을 적용하여 부과하였고, 이는 총 평가액을 OOO원으로 보고 이에 쟁점신축주택 가액 및 청구인이 점유한 국공유지 불하대금을 차감하여 산정한 것인바OOO, 청구인이 종전주택 취득 당시 송OOO와 채권․채무관계에 있던 허OOO이 청구인에게 채권자인 송OOO에게 변제할 OOO원을 대여하여 줄 것을 요청함에 따라 청구인은 1999년 3월경 종전주택을 OOO원에 매입키로 하였고, 이후 매입대금 OOO원 중 송OOO에게 OOO원을, 허OOO에게는 별도로 OOO원을 지급하였으며, 종전주택 세입자 3세대의 전세보증금 OOO원(성명불상의 쌀집 딸 OOO원, 신OOO OOO원, 김OOO OOO원)은 청구인이 승계함으로써 종전주택 매입대금을 전부 지급하고 1999.3.22. 소유권이전등기를 하였다. (나) 따라서 쟁점신축주택 양도소득세 부과기준은 처분청이 판단한 OOO원이 되는 것이 아니라 청구인이 허OOO에게 실제 지급한 OOO원이 되어야 할 것이다.
(1) 청구인은 당초 쟁점신축주택 양도에 대해 양도소득세를 신고하지 아니하였다가 이후 처분청이 조세특례제한법 제99조 3의 규정에 의해 양도소득세액 전액을 감면하였으므로 추후 재경정은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 소득세법 제114조 3항 에 의해 납세지 관할 세무서장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다고 규정하고 있는바, 조세특례제한법 제99조의3 의 규정을 적용시 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 감면소득에 해당되지 않는다(국세청 부동산거래-234, 2012.4.23.) 하겠으므로, 당초 무신고 결정에 오류가 있다고 보아 감면세액을 재경정하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 위 소득세법 제114조 제3항 의 규정에 의해 적법하다.
(2) 또한, 청구인은 가산세는 납세자가 세법에 정한 의무를 이행하지 아니한 경우 부과되는 제재로서 가해지는 행정질서벌이므로 청구인과 같이 과세관청에서 결정된 부과처분을 받아 납부를 완납한 점에 비추어 볼 때 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되므로 쟁점가산세를 부과하지 않아야 된다고 주장하나, 이 건의 경우 당초 조세특례제한법 제99조 3의 규정을 적용하면서 법령의 오해로 인해 잘못된 결정한 처분을 소득세법 제114조 제3항 에 의해 추후 이를 올바르게 경정한 것이므로, 청구인이 신고․납부의무를 이행하였다고 주장하는 것은 불합리하다 하겠고, 따라서 쟁점가산세 부과는 적법하다(서울고등법원 2012.12.21. 선고 2011누45193 판결).
(3) 한편, 청구인은 실제 매입시 전 소유자인 허OOO과 송OOO의 부채 OOO원 대위변제 및 허OOO에게 매입대금 추가지급 OOO원, 세입자 보증금 OOO원, 총 OOO원을 지급되었으므로 이 건 양도소득세 부과기준액은 처분청이 산정한 OOO원이 아닌 OOO원이 되어야 한다고 주장하나, 청구인은 소요된 자금의 정황만을 주장하고 있을 뿐 이에 대한 입증자료를 제출하지 못하고 있으므로, 소득세법 제97조 에 근거하여 종전주택 취득가액을 취득당시 기준시가OOO로 환산하여 결정한 처분은 적법하다.
(1) 쟁점신축주택 양도에 따른 이 건 양도소득세 부과처분이 적법한지 여부 (2) 쟁점가산세(신고 및 납부불성실가산세) 부과처분이 적법한지 여부
(3) 취득당시 기준시가 적용 적정 여부
(1) 종전주택 폐쇄등기부등본과 쟁점신축주택 부동산등기부등본 및 부동산매매계약서 등에 의하면, 청구인은 1999.3.22. 종전주택을 취득하였고, 이후 종전주택을 주택재개발사업에 제공하여 2004.10.21. 쟁점신축주택에 대한 소유권을 취득하였다가 2006.4.5. 이를 양도한 것으로 나타나고 있다. 한편, 종전주택 폐쇄등기부등본을 보면, 1989.6.29. 전전 소유자 허용환 명의로 소유권이 이전되었고, 이후 1994.10.14., 1996.6.12., 1996.10.7. 3차례에 걸쳐 서울특별시 OOO구청장의 압류등기가 있었으며, 1997.5.28. 전 소유자 송OOO 명의로 소유권이 이전되었다가 1999.3.22. 청구인 명의로 소유권이 이전된 것으로 나타나고 있다.
(2) 청구인이 제출한 납세사실증명서(발급일 2013.4.11.), 처분청의 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구인은 쟁점신축주택을 양도한 후 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였고, OOO세무서장은 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 포함한 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부가 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 감면대상소득에 해당되는 것으로 하여 양도소득세 무신고 결정을 하였으며, 이후 처분청은 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 위 규정에 의한 감면대상소득에 해당되지 아니한 것으로 보아 이를 감면배제하여 이 건 양도소득세를 경정․고지하였고, 그 과정에서 청구인은 2010.1.22. 2006년 귀속 양도소득세OOO를 납부한 것으로 되어 있는데, 그 세부내역은 농어촌특별세 OOO원과 교육․방위세 OOO원인 것으로 확인되고 있다.
(3) 처분청은 쟁점신축주택 양도에 따른 감면소득금액을 산정함에 있어 종전주택 취득가액을 취득 당시의 기준시가OOO로 환산하여 적용한 반면에, 청구인은 실제 종전주택 취득가액이 OOO원이므로 이를 기준으로 하여야 한다고 주장하고 있다. (4) 조세특례제한법 제제99조의3 제1항 본문 전단은 거주자(주택건설사업자 제외)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것 포함)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다. 한편, 소득세법 제114조 제3항 은 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다고 규정하고 있다.
(5) 그 외 관련법령은 별지 기재와 같다.
(6) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. 살피건대, 청구인은 OOO세무서장의 선행처분에 의하여 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득세를 전부 납부하였으므로 이 건 처분은 부당할 뿐만 아니라 신뢰보호의 원칙에 반하는 처분이라고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문은 거주자가 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 이는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 조항으로서 양도소득의 발생 기산일이 신축주택의 취득일이므로, 이 건에 있어 면제되는 양도소득세액은 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득에 한정되고, 쟁점신축주택의 취득일 이전의 양도소득은 면제대상이 되지 않는 것으로 봄이 타당하다(조심 2013서261, 2013.3.22., 조심 2010부415, 2010.9.17. 등 다수, 같은 뜻). 또한, 소득세법 제114조 제3항 은 납세지 관할세무서장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다고 규정하고 있으므로, 처분청은 그 결정 또는 경정에 오류 및 탈루가 있다고 인정되는 경우에는 조세의 부과제척기간이 만료되기 전까지 조사에 의하여 다시 경정할 수 있다 할 것인바, 이 건의 경우 처분청의 경정내역을 살펴보면, 처분청은 OOO세무서장의 무신고 결정(감면결정)이 법리를 오해한 데에서 비롯된 것으로 보아 위 규정에 따라 재경정하여 양도소득세를 재경정한 것이므로, 이 건 부과처분이 신의성실이나 신뢰보호의 원칙을 위반하였다고 보기 어렵다. 나아가 일반적으로 행정행위는 공정력과 불가쟁력의 효력이 있어 행정소송이나 다른 행정행위에 의하여 적법히 취소될 때까지는 단순히 취소할 수 있는 사유가 있는 것만으로는 누구나 그 효력을 부인할 수는 없는 것이지만, 이는 권한있는 기관에 의하여 적법한 절차에 따라 취소․변경은 가능함을 의미한다 할 것인바, 이 건의 경우 처분청은 청구인의 쟁점신축주택 양도에 대한 OOO세무서장의 감면결정(무신고 결정)이 법리를 오해한 데에서 비롯된 잘못된 결정으로 보아 관련법령이 정하는 절차에 따라 이를 적법하게 취소․변경하였으므로, 이 건 부과처분이 공정력 등을 부인한 부당한 처분에 해당된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(7) 쟁점②에 대하여 본다. 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 나아가 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것인바(조심 2012서5383, 2013.2.13. 참조), 이 건의 경우 청구인은 당초 쟁점신축주택을 양도하고 이에 대한 양도소득세를 신고․납부하지 아니하였고, 청구인에게 양도소득세를 신고․납부하지 아니한 데에 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기도 어려우며, 이후 OOO세무서장의 쟁점신축주택 양도에 대한 감면결정(무신고 결정)이 있었다고는 하나 이는 법리를 오해한 데에서 비롯된 것이므로 이로 인하여 청구인의 양도소득세 무신고․무납부에 따른 가산세 납부의무가 소멸되었다고 볼 수는 없다 하겠고, 그렇다면 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하면서 의무해태에 대한 제재로서 쟁점가산세를 포함하여 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(8) 쟁점③에 대하여 본다. 살피건대, 청구인은 실제 종전주택의 취득가액은 OOO원이므로 조세특례제한법 제99조의3, 같은 법 시행령 제99조의3 제1항 및 제40조 제1항의 규정을 적용함에 있어 위 금액을 기준으로 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인은 종전주택을 OOO원에 취득하였다고 주장만 하고 있을 뿐 이를 인정할 만한 객관적이고 신빙성 있는 자료를 제시하지 못하고 있으므로, 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.