조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.5.24. 서울특별시 OOO외 110필지의 주택재건축사업을 하는 OOO과 서울특별시 OOO(사용승인일 2003.6.28., 대지면적 36.99㎡, 건물면적 84.32㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO원에 공급받는 주택공급계약을 체결하여 2003.6.30. 잔금을 청산한 후, 2003.8.13. 쟁점주택에 대한 소유권보존등기를 하고 보유하다가, 2012.2.24. 매매를 원인으로 2012.5.10. 쟁점주택을 OOO원에 양도하였다. 청구인은 2012.7.27. 쟁점주택의 양도에 대해 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점주택 양도에 따른 양도소득금액 전체가 조세특례제한법제99조의 감면대상에 해당하는 것으로 하여 양도소득세 OOO원(감면율 100%)에 대해 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정상 쟁점주택 취득일 전일까지의 양도소득금액과 쟁점주택의 취득일로부터 5년 이후 발생한 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2013.6.20. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 조세특례제한법제99조의3 신축주택 감면규정을 적용하는 경우, 신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 소득금액에 대해서만 감면을 허용하는 것으로 해석하고 있으나, 청구인은 2003.6.28. 사용승인 받은 쟁점주택을 2012.5.10. 양도하였으므로 2008.6.28.까지의 양도소득금액 전부에 대해 감면을 적용하여야 하고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득으로 보지 아니한다는 재산세과-227(2009.1.20.)의 해석사례는 과세관청 내부에서의 행정규칙에 불과하며, 추상적이고 불명확한 과세요건을 과세관청이 납세자에게 불이익이 돌아가도록 자의적으로 해석한 것은 조세법률주의를 위배하는 것이다. 조세특례제한법제99조의3는 감면대상 소득금액을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하도록 규정하고 있는바, 산식 중 분모와 분자의 취득당시의 기준시가는 달리 해석할 이유나 근거가 없고, 설령, 본법의 취지가 종전주택 취득 후 신축주택 취득 전 양도소득에 대하여 감면을 배제한다 하더라도, 위 산식대로 계산하면, 신축주택 취득 후 5년 이후에 양도하는 쟁점주택에 대하여도 취득 당시의 기준시가가 동일하고, 양도 당시의 기준시가(OOO원)보다 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원)가 더 크므로 양도소득금액 전부에 대하여 감면을 적용받을 수 있다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 말하는 것으로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 아니하고, 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 계산하는 바, 산식 중 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가로 해석하는 것이 타당하다. 국세종합상담센터의 답변은 상담 내지 행정서비스의 한 방법이고, 세법해석례도 행정규칙으로써 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하지 아니하므로 처분청의 처분은 신의성실의 원칙을 위배하였다 할 수 없고, 구주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 신축주택 취득일로부터 5년 경과후의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하므로 이에 따라 경정․고지한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 적용방법
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 OOO주택조합 아파트 공급계약서에 의하면, 청구인은 1999.5.24. OOO주택조합과 OOO주택조합아파트 34평형(전용면적 84.587㎡, 대지면적 37.124㎡)의 공급에 대한 계약을 체결하고, 청구인은 토지대금으로 계약금 OOO원, 중도금 OOO원을 납부하며, 건축대금은 본계약 체결시 일자, 금액을 확정하기로 하였고, OOO연합주택조합이 발행한 종합영수증에 의하면, 청구인은 위 토지대금(OOO원) 이외에 쟁점주택 건축대금으로 OOO원을 추가납부하여 총 OOO원을 동 조합에 납부한 사실이 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 OOO연합주택조합의 주택건설사업계획승인서에는 쟁점주택을 포함한 OOO연합주택조합의 주택건설사업이 동작구청장에 의해 2001.11.20. 사업계획승인되었고, 동 사업의 착공예정일자는 2000년 11월로 기재되어 있다.

(3) 쟁점주택의 아파트매매계약서에는 청구인이 2012.2.24. 쟁점주택을 매수인 이OOO에게 OOO원에 양도하기로 계약한 사실이 나타나고, 쟁점주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 2003.8.13. 쟁점주택에 대해 소유권보존등기를 하였고, 2012.2.24. 매매를 원인으로 2012.5.10. 쟁점주택의 소유권을 이OOO에게 이전한 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 2012.7.27. 쟁점주택의 양도에 대해 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 필요경비 OOO원으로 하여 양도차익을 OOO원으로 하고, 이에 장기보유특별공제 OOO원을 차감한 양도소득금액을 OOO원으로 산정하여 양도소득세 예정신고를 하면서 조세특례제한법 시행령제99조 제4항에 따라 양도소득금액 OOO원 전액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는 것으로 하여(감면율 100%) 감면신청하였다.

(5) 처분청의 쟁점주택 감면세액 재계산자료에 의하면, 처분청은 쟁점주택의 전체 양도소득금액(OOO원)에 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원)에서 신축주택 취득당시의 기준시가(OOO원)을 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가(OOO원)에서 종전주택 취득당시의 기준시가(712,000원 × 36.99㎡)를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 감면대상 양도소득금액(OOO원)으로 보아 이를 양도소득금액에서 직접 차감하는 방식으로 산출세액(OOO원)을 산정한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구인은 조세특례제한법제99조의3의 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식 중 분자, 분모의 취득당시의 기준시가는 모두 신축주택의 기준시가를 의미하는 것이고, 쟁점주택의 경우 양도당시의 기준시가보다 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가가 더 크므로 양도소득금액 전부에 대하여 감면을 적용하여야 한다는 주장이나, 조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 말하는 것으로, 쟁점주택 취득일 전일까지의 양도소득 및 쟁점주택 취득일부터 5년이 되는 날 이후의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한다 하겠다. 따라서 이와 같은 취지에 따라 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.