[요지] 합병법인이 합병대가로 교부한 신주가액을 액면가액으로 계산한 합병대가의 총합계약이 피합병법인의 자기자본 총액에 미달하여 청산소득이 발생되지 아니하는 점, 합병법인인 청구법인은 피합병법인의 자산과 부채를 합병회계준칙에 따라 매수법을 적용하여 공정가액 즉 평가가액으로 승계한 점 등에 비추어, 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계함에 따른 세무상 장부가액과의 차액인 평가차익만큼은 합병평가차익으로서 합병법인인 청구법인에게 과세가 이루어져야 할 것이므로, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 법인세 납세의무자로서 성실한 신고·납부를 이행하기 위하여 합병평가차익에 대한 법인세 수정신고 및 경정청구는 과세관청의 유권해석을 충실히 반영한 결과에 따른 것으로서, 청구법인의 수정신고가 유권해석(법규법인-178, 2010.9.17.)에 따른 적법한 것이었다면, 변경된 유권해석(법규법인 2010-361, 2011.1.11.)에 따른 경정청구 또한 적법한 것으로 처분청이 이를 거부한 것은 부당하고,
(2) 과세관청의 유권해석과 별개로 청구법인이 승계하지 아니한 미승계 △유보금액은 피합병법인의 청산소득 계산시 자기자본에서 차감되어 청산소득을 증가시켜 청산소득에 대한 법인세 과세표준을 구성하였으므로, 이를 다시 청구법인의 합병평가차익으로 하여 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 증가시키는 것은 이중과세 문제를 발생시키므로 미승계 △유보금액을 합병평가차익에 포함시키는 것은 불합리하다.
(1) 청구법인은 2010.9.17. 생산된 국세청 예규(법규법인-178)에 따라 쟁점유보금액을 익금에 산입하여 2009사업연도 법인세 수정신고를 한 것은 청구법인이 피합병법인인 OOO의 지분 100%를 소유한 지배회사로 적격합병에 해당하고, 피합병법인에게 합병법인의 보통주 1.28967주를 교부하는 조건으로 흡수하였던 점으로 보아 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우로 승계한 자산가액이 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액(합병평가차익)에 대하여 청구법인이 합병평가차익에 상당하는 금액을 익금에 산입하여 수정신고·납부한 것은 정당한 수정신고라 할 것이고,
(2) 피합병법인의 청산소득 계산시 △유보금액은 자기자본총액을 감소시키고 결과적으로 청산소득을 증가시켜 청산소득에 과세되는 효과가 있으므로 이중과세 문제가 발생한다고 주장하나, 청산소득의 이중과세 문제는 자산을 장부가액으로 승계하는 비적격 합병시 발생하는 것으로 청구법인과 같이 적격합병으로 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우에는 이중과세문제가 발생하지 아니한다.
3. 심리 및 판단
(1) 법인세법(2009.12.31., 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제42조 (자산ㆍ부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. (단서 생략) 1.～3. (생 략)
② ～⑤ (생 략) 제44조 (합병평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것
2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100分의 95이상일 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 합병법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제49조 (합병 및 분할시의 자산ㆍ부채의 승계 등) 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인ㆍ분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "피합병법인등"이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등의 처리 및 그 금액 기타 자산ㆍ부채의 합병법인 등에의 승계 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제80조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득" 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.
② ～④ (생 략)
(2) 법인세법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21972호로 개정되기 전의 것) 제12조 (합병평가차익 등의 계산)① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익 등"이라 함은상법제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 "합병차익"이라 한다)에 달할 때까지 다음 각호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.
1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액
2. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액(주식의 경우에는 액면가액에 의하여 평가한 금액으로 한다)이 피합병법인의 자본금에 미달하는 경우 그 미달하는 금액
3. 피합병법인의 자본잉여금중 법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금외의 잉여금부터 순차로 계산한 금액
4. 피합병법인의 이익잉여금에 상당하는 금액
② ～④ (생 략) 제14조 (재산가액의 평가 등) ① 법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산중 금전외의 재산의 가액은 다음 각 호에 의한다.
1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액
2. 취득한 재산이 주식등외의 것인 경우에는 그 재산의 취득당시의 시가
② ～④ (생 략) 제85조 (합병 및 분할시의 자산·부채의 승계 등) ① 내국법인이 합병하는 경우에 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다.
1. 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 합병법인이 이를 승계할 수 있다.
2. 법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 합병법인에게 승계되는 것으로 한다.
3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 그 밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 다음 각목의 규정에 의한 금액은 합병법인이 이를 승계할 수 있다.
②·③ (생 략)
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 금액의 승계 등에 관하여 기타 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제122조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산)①·② (생략)
③ 법 제80조 및 법 제81조의 규정에 의하여 법인의 합병·분할에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병·분할시 합병법인 등에게 승계되는 세무조정사항중 손금불산입금액을 차감하고 동 세무조정사항중 익금불산입액을 가산하여 계산한다.
(1) 청구법인은 2010.3.13. OOO을 합병하고 당해 합병은 지배·종속 관계회사간 합병에 해당하여 합병회계준칙에 따라 연결재무제표상 피합병법인OOO의 자산 및 부채를장부가액으로 승계하였으며, OOO의 세무조정 유보소득에 대하여 청구법인이 승계하거나 미승계한 내역은 다음 <표>와 같다.
○○○
(2) 청구법인은 OOO을 합병한 후 2010.6.30. 2009사업연도 법인세 신고시, 국세청 예규(법인-1373, 2009.12.4.)에 근거하여 피합병법인으로부터 미승계한 쟁점유보금액을 익금에 산입하지 아니하고 합병평가차익을 “0원”으로 신고하였다가, 2010.9.17. 생산된 국세청 예규(법규법인-178)에 근거하여 쟁점유보금액을 합병평가차익으로 익금에 산입하여 법인세 OOO천원을 수정신고·납부를 하였으며, 2011.1.11. 생산된 국세청 예규(법규법인 2010-361)에 근거하여 쟁점유보금액을 익금불산입하여 수정신고시 납부한 법인세 환급을 구하는 경정청구를 한 것으로 나타난다.
(3) 2013년 4월 처분청 소속 공무원이 작성한 청구법인의 경정청구에 대한 검토내용을 보면, 청구법인은 2010.9.17. 예규(법규법인-178)를 받아들여 쟁점유보금액에 대하여 합병평가차익으로 익금산입하고 수정신고 하였던 것으로 이는 청구법인이 피합병법인OOO의 지분 100%를 소유한 지배회사로 적격합병에 해당하고, 피합병법인에게 합병법인의 보통주 1.28967주를 교부하는 조건으로 흡수합병 하였던 점으로 보아 합병법인이 자산을 평가하여 승계하는 경우로서, 합병법인이 평가하여 승계한 자산가액이 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액에 대해 합병법인이 동 금액을 합병평가차익으로 익금산입하여 수정신고 납부한 것은 정당한 수정신고라 할 것이고, 피합병법인의 청산소득 계산시 △유보금액은 자기자본총액을 감소시키고, 결과적으로 청산소득금액을 증가시켜 청산소득에 과세되는 효과가 있으므로 이중과세문제가 발생한다고 주장하나, 청산소득의 이중과세문제는 자산을 장부가액으로 승계하는 비적격 합병시 발생하는 것으로 당해 합병과 같이 적격합병으로 합병법인이 자산을 평가하여 승계하는 경우는 이중과세문제가 발생하지 않는다고 하면서, 청구법인의 경정청구를 받아들이지 아니하는 것으로 되어 있다.
(4) 쟁점유보금액과 관련된 국세청 예규의 변경 내용을 살펴보면, (가) 2009.12.4. 생산된 예규(법인-1373)에서는 합병법인이 피합병법인의 자산·부채를 장부가액으로 승계하되 피합병법인의 △유보금액을 승계하지 않음에 따라 승계한 자산에 대한 합병법인 장부가액이 피합병법인의 장부가액을 초과하는 경우 그 초과한 부분의 가액은법인세법 시행령제12조 제1항 제1호에 의한 합병평가차익을 구성하지 아니하는 것으로 되어 있고, (나) 2010.9.17. 생산된 예규(법규법인-178)에서는 종속회사 간 합병시 연결재무제표상 장부가액(지배회사와 종속회사간 매수기업결합으로 매수법에 따라 공정가액으로 평가하여 계상한 금액)으로 승계하는 경우 이는법인세법 시행령제12조 제1항 제1호에 의한 “자산을 평가하여 승계한 경우”에 해당하는 것이며 동 규정에 의한 합병평가차익을 계산함에 있어서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자산가액과 피합병법인의 장부가액은 기업회계상 장부가액에서 세무조정사항(승계받은 세무조정 포함)을 가감한 세무상 장부가액을 기준으로 하는 것으로 되어 있으며, (다) 2011.1.11. 생산된 예규(법규법인 2010-361)에서는 법인이 자회사를 합병하는 경우 합병기준일 현재 피합병법인의 외화부채평가이익(외화환산이익) 유보금액은법인세법 시행령제12조 제1항 제1호의 합병평가차익에 해당되지 아니하는 것으로 되어 있다.
(5) 국세청장(법규과)은 2014.6.10. 개최된 조세심판관회의시 소속공무원을 출석케하여 한 의견(서면)진술을 통하여, 2009.12.4. 생산된 예규(법인세과-1373)는 해석오류로 기 해석정비를 하였으며, 2010.9.17. 생산된 예규(법인법규 2010-178)는 정당한 해석사례에 해당하고, 2011.1.11. 생산된 예규(법규법인 2010-361)는 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액은 법령에 따라 합병평가차익으로 보는 것이 명확하나, 부채를 평가하여 승계한 경우는 법령에 명확하게 규정되지 아니하여 이를 합병평가차익에 해당되지 아니하는 것으로 판단한 것으로, 이 건과는 사실관계가 다르고 기존 해석사례(법인법규 2010-178, 2010.9.17.)의 변경에도 해당되지 아니한 것이라는 내용으로 진술을 하였다.
(6) 청구법인은 2011.1.11. 생산된 예규(법규법인 2010-361)에 대한 항변에서, 처분청은 청구법인이 상기예규의 해석을 달리 한 것이라고 판단된다고 하고 있으나, 당해 유권해석은 100% 자회사를 흡수합병한 사례로 청구법인의 합병과 동일(청구법인은 100% 자회사를 흡수합병함)하며, 동 유권해석에서 피합병법인은 외화환산이익에서 발생한 △유보금액이 있었고, 합병법인은 이를 승계하지 아니함에 따라 피합병법인의 청산소득 계산시 자기자본에서 차감된 것으로 추정되며, 처분청은 동 유권해석에서 합병법인이 외화환산이익 △유보금액을 승계하지 아니하는 경우, 이는 합병법인의 합병평가차익에 해당하지 아니한다고 해석하였고, 청구법인도 피합병법인의 유보 중 일부OOO를 미승계(미승계유보금액은 합병평가차익으로 과세되었음)하였으나, 동 미승계 유보에는 외화환산이익 △유보 외에도 매도가능증권, 지분법자본변동 △유보 및 기타 유보가 있다는 것이 상기 유권해석과 다른 점이며, 법인세법 시행령제12조 제1항 제1호에 의하면, 합병평가차익은 합병법인의 세무상 자산 승계가액에서 피합병법인의 세무상 자산 장부가액을 차감하여 산정하고, 이러한 산식을 적용할 경우 합병법인이 피합병법인의 △유보금액을 미승계하는 경우 자연스럽게 미승계 △유보금액만큼 합병평가차익이 증가하게 되므로, 상기 유권해석에서 외화환산이익 △유보가 합병평가차익을 구성하지 아니한다는 해석은 외화환산이익 △유보뿐만 아니라, 청구법인과 같이 매도가능증권, 지분법자본변동 △유보 미승계항목에도 동일하게 적용될 수 있어야 한다는 주장이다.
(7) 한편, 피합병법인인 OOO의 청산소득금액 계산 내역을 살펴보면, 합병으로 받은 주식가액 OOO, 기타(포합주식) OOO백만원으로 합병대가의 총액이 OOO백만원으로 되어 있고, 자기자본총액은 납입자본금 OOO백만원, 잉여금 OOO백만원(쟁점유보금액이 반영된 금액임) 합계 OOO백만원으로 되어 있으며, 청산소득금액이 OOO백만원으로 되어 있다.
(8) 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의법인세법(이하 “구법인세법”이라 한다) 제49조, 2009.12.31. 대통령령 제21972호로 개정되기 전의법인세법 시행령(이하 “구법인세법 시행령”이라 한다) 제85조 제1항에서 내국법인이 합병하는 경우에 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(세무조정사항)에 대하여, 그 제1호에서 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 합병법인이 이를 승계할 수 있는 것으로, 제2호에서 법 제40조(손익의 귀속사업연도)의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 합병법인에게 승계되는 것으로, 제3호에서 감가상각, 법 제42조(자산·부채의 평가)의 규정에 의한 평가 그 밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니하는 것으로 규정하면서, 제3호 가목에서 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인이 승계할 수 있는 것으로 되어 있고, 구법인세법 시행령제122조에서 합병에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병시 합병법인에게 승계되는 세무조정사항 중 손금불산입금액을 차감하고 동 조정사항중 익금불산입액을 가산하여 계산하는 것으로 되어 있으며, 구법인세법 시행령제12조에서 합병평가차익의 계산에 있어 그 제1항 제1호에서 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액을 합병평가차익으로 하는 것으로 되어 있다.
(9) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 청구법인은 2010.3.13. OOO을 합병하고 당해 합병은 지배·종속 관계회사간 합병에 해당하여 합병회계준칙에 따라 연결재무제표상 피합병법인OOO의 자산 및 부채를장부가액으로 승계한 것으로 이는 청구법인이 합병회계준칙에 따른 매수법을 준용하여 공정가액 즉 평가가액으로 피합병법인의 자산 및 부채를 승계한 것으로, 구법인세법제42조 제1항에서 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 평가한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 하는 것으로 되어 있어, 이에 따라 피합병법인의 기업회계상 평가증된 장부가액은 세무회계상 익금불산입되어 당초 취득가액으로 환원하는 절차를 거치게 되는 바 구법인세법 시행령제85조 제1항에서 합병법인이 승계할 수 있는 세무조정사항의 범위를 규정하면서, 같은 항 제3호 가목에서 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인이 승계할 수 있는 것으로 되어 있고, 이는 합병시 유가증권의 평가손익이 청산소득으로 조정되지 아니하고 미실현손익을 세무상 인정하기도 곤란하므로 합병법인이 이를 승계한 후 실제 유가증권을 처분하여 손익이 실현되었을 때 과세 또는 손금인정하도록 함으로써 합병을 통한 구조조정을 지원한다는 취지에 비춰볼 때, 청구법인이 미승계한 쟁점유보금액은 승계대상에 해당되는 것으로 판단되고, 합병평가차익을 계산함에 있어 구법인세법 시행령제12조 제1항 제1호에서 승계받은 자산의 가액이 합병전 장부가액을 초과하는 가액으로 규정되어 있는 바, 여기에서 대차대조표상의 장부가액(평가증된 가액) 그대로 승계한 경우 합병평가차익이 발생하지 아니하여 익금불산입한 금액에 대한 조세가 일실되는 결과를 초래하게 되고, 구법인세법제42조에서 임의평가한 경우 평가하기 전의 가액을 장부가액으로 규정하고 있어 합병평가차익 계산시 적용하는 장부가액은 세무상 장부가액을 말하는 것이므로 대차대조표상 장부가액을 그대로 승계하였다 하더라도 이는 자산을 평가하여 승계하는 경우에 해당하는 것으로, 그 평가차익부분은 합병비율에 따라 합병법인의 신주가액(액면가액)이 피합병법인의 자기자본을 초과하는 경우에는 청산소득으로 과세되고, 청산소득으로 과세되지 아니하는 경우 합병법인에게 합병평가차익으로 과세되는 것이라 할 것이다. (나) 이 건으로 돌아와서 피합병법인인 OOO의 청산소득 신고내용을 살펴볼 때, 합병법인이 합병대가로 교부한 신주가액과, 청구법인이 피합병법인의 주식을 보유한 포합주식에 대한 신주가액을 액면가액으로 계산한 합병대가의 총합계액이 OOO백만원이고, 자기자본 총액은 OOO으로 청산소득이 발생되지 아니하고 합병법인인 청구법인은 피합병법인의 자산과 부채를 합병회계준칙에 따라 매수법을 적용하여 공정가액 즉 평가가액으로 승계하였는바, 쟁점유보금액을 승계하지 아니할 경우 합병평가차익이 발생하지 아니하게 되어 청산소득으로도 합병평가차익으로도 과세되지 아니하는 결과가 된다. 따라서, 이 건의 경우 합병법인이 자산을 평가하여 승계함에 따라 세무상 장부가액과의 차액인 평가차익만큼 합병평가차익으로 합병법인인 청구법인에게 과세가 이루어져야 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.