종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3에 의한 과세특례 적용대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1984.12.12. OOO 주택 (이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 종전주택이 주거 환경개선사업으로 재개발됨에 따라 2001.7.5. 같은 곳 다세대주택 101호, 201호, 301호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2008.3.20., 2008.4.3. 각각 양도한 후, 종전주택 취득일부터 신축주택 완성일까지의 양도차익을 계산하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2013년 3월 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 기획점검 계획에 의거 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 의 양도소득이 조특법 제99조의3의 감면대상에 해당하지 아니하므로 감면을 부인하고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 2013.5.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 종전주택의 재개발로 조특법 제99조의3에서 규정하는 신축주택취득기간 중에 신축주택을 취득하여 양도한 바, 조특법 시행령 제40조의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산식에 있어 분자와 분모에서 취득시 기준시가는 동일한 의미로 해석(서면4팀-2019, 2005.11.8.)되고, 청구인은 처분청의 이 해석에 의해서 양도소득세를 신고하였는 바, 처분청이 변경된 해석에 의해서 양도소득세를 경정고지함은 소급과세금지원칙에 위배된다. 또한, 신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”은 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득이며, 구주택 취득일부터 신축주택 취득 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득에 해당하지 아니하므로 종전주택 보유기간의 소득에 대한 감면을 배제하고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전 주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세 특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1984.12.12. 종전주택을 취득하였고, 2001.7.5. 신축주택을 취득하여 2008.3.20., 4.3. 각각 양도한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 의 양도소득이 조특법 제99조의3의 감면대상에 해당하지 아니하므로 감면을 부인하고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 소득금액을 양도소득 금액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세하였고, 청구인은 취득당시 기준시가를 동일한 금액으로 하여야 한다고 주장한다.

(3) 조특법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) ／ (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”(이하 “쟁점산식”이라 한다)로 계산한 금액”이라고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 신축주택에 대한 감면소득금액은 주택의 전체 보유기간의 양도소득금액 중에서 종전주택에 대한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여야 할 것인바, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2013서1028, 2013.6.7. 외 다수 같은 뜻). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.