비영리내국법인이 신고누락한 이자소득에 대해 경정을 통하여 과세표준에 포함시킬 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1997년 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률에 의하여 건설근로자의 고용개선 및 복지증진 등을 목적으로 하여 고용노동부장관의 인가를 받아 설립된 비영리내국법인으로, 고유목적을 위한 수익사업의 일환으로 금융기관의 투자신탁 등 금융상품에 투자하고 있다.
• 나. 청구법인은 2012.5.25. 2010사업연도 법인세 과세표준 신고시 누락된 원천납부세액 OOO만원에 대한 경정청구를 제기하여 처분청에서 검토한 바, 2009～2010사업연도 법인세 신고시 귀속연도 오류에 의하여 과다 환급받았다 하여, 2013.3.29. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO만원, 2010사업연도 법인세 OOO만원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 2009～2010사업연도 귀속분 원천납부세액 과다환급에 대한 고지서를 수령한 후, 금융기관으로부터 2007～2010사업연도 과세기간에 발생한 이자소득(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)에 대한 원천징수영수증을 받지 못하여 과세표준에 포함하지 못하고 환급을 받지 못한 2007～2010사업연도 귀속분 원천납부세액 OOO원(이하 “쟁점이자세액”이라 한다)에 대한 환급을 2013.3.29. 처분청에 경정청구 및 후발적 경정청구하였고, 이에 처분청은 법인세법 제62조 및 같은 법 시행령 제99조에 의거 법인세 신고기한 내에 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하지 않은 경우에 쟁점이자소득은 원천징수에 의한 분리과세로 납세의무가 종결되는 것으로 보아 2013.6.5. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 쟁점이자세액 중 OOO원의 경정청구 거부처분에 대하여 2013.7.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인이 쟁점이자소득 및 쟁점이자세액을 법인세 신고시 산입하지 않은 것은 금융기관과의 특정금전신탁 및 투자일임계약이 위․수탁 계약 형식으로 운용되기 때문에 위탁자가 소득의 발생 사실을 적시에 파악하기 어려우며, 계약기간 동안 지속적으로 소득이 발생하기 때문에 위탁자가 원천징수의무자의 통지 없이 소득구분과 금액을 파악하는 것은 실무적으로 불가능하므로 원천징수 사실을 통지하지 않은 원천징수의무자의 의무 해태로 인한 것이며, 청구법인은 비영리내국법인으로 해당 과세기간에 발생하는 이자소득에 대하여 전액 고유목적사업준비금을 설정할 수 있기 때문에 원천징수로 납세의무를 종결할 이유가 없고, 과거에 계속하여 모든 이자소득을 법인세 신고시 소득금액에 포함하여 과세표준을 신고하여 왔다. 청구법인은 쟁점이자소득의 수탁자 및 수임자의 원천징수영수증 제공 불이행으로 인하여 원천징수영수증을 수취하지 못하여 쟁점이자소득의 발생사실을 법인세 신고기한까지 알지 못하여 과세표준신고 특례규정을 적용할지 여부에 대한 의사결정을 할 수 없었던 상황이므로 청구법인의 귀책사유가 없으며, 청구법인이 아닌 원천징수의무자의 귀책사유로 인하여 청구법인의 법인세 신고시 쟁점이자소득 및 쟁점이자세액에 대한 신고가 누락되었고, 이에 따라 청구법인이 과세표준신고 특례규정에 따른 선택권을 행사하지 못한 점을 고려하면 조세행정의 법적 안정성이 훼손되었다고 보기 어렵다. 과세표준신고 특례규정은 비영리내국법인으로 하여금 이자소득에 대하여 과세표준 신고여부를 선택할 수 있는 권한을 부여함으로써 납세행정에 대한 부담을 경감시키는 일종의 혜택을 부여하는데 그 입법취지가 있다 할 것인바, 이 규정으로 인하여 청구법인이 다른 영리법인에 비해 부당한 처분을 받는다면 이는 조세공평주의를 위반한 것이며, 법인세법 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제2항은 특례규정이라는 점을 고려할 때, 엄격하게 해석되어야 함에도 처분청이 자의적으로 쟁점이자소득에 대하여 과세표준신고 특례규정을 적용한 것으로 간주하여 경정청구를 기각한 처분은 유추해석금지 및 확장해석 금지원칙을 위반한 것이다. 또한, 처분청의 주장과 같이 투자일임계약의 수탁자 및 수임자로부터 원천징수영수증 제공 없이는 회계감사를 통한 투자계약 및 청구법인의 계좌 거래내역에 의한 쟁점이자소득의 발생내역 확인이 불가능하며, 원천징수영수증을 적법하게 발급하지 아니한 금융기관의 귀책사유로 인하여 쟁점이자소득이 누락된 것은 불가피한 사유로 볼 수 있으므로 쟁점이자소득이 분리과세로 종결된 것으로 판단한 처분청의 주장은 부당하다. 청구법인은 360만 건설일용근로자들의 노후자금과 근로환경을 책임지고 있으며, 이는 건설사업주가 부담하는 퇴직공제금과 이를 운용하여 얻은 수익을 재원으로 하고 있으나 원천납부세액이 경정청구가 거부되어 국고에 귀속된다면 건설일용근로자의 복지수준이 저하되는 결과가 초래되므로 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법제3조 단서규정에 따르면, 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구) 규정은 각 세법에 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의하도록 하고 있고, 법인세법 제62조 및 같은 법 시행령 제99조에서는 비영리법인에게 원천징수된 이자소득을 소득금액에 합산하고 원천징수세액을 공제하여 과세표준 신고를 하는 방법과 소득금액에 합산하지 아니하고 원천징수로써 과세절차를 종결하는 방법 중 한가지를 선택할 수 있는 권한을 부여하는 한편 ‘과세표준 신고를 하지 아니한’ 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다’고 규정함으로써 조세행정의 법적 안정성을 추구하고 있는 점 등을 고려하면, 청구법인이 신고기한 내에 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 신고를 하지 아니함에 따라, 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결된 것으로 볼 수 있으므로 신고기한이 경과하여 경정 등의 방법으로 과세표준을 신고할 수 없는 것이며, 청구법인은 건설근로자의 노후생활 안정 및 복지 등을 주 목적으로 설립된 비영리법인으로서,주식회사의 외부감사에 관한 법률에 의해 OOO회계법인으로부터 매년 회계감사를 받아오고 있으며, 청구법인은 특정금전신탁 및 투자일임계약에 의하여 위․수탁 계약을 하여 발생내역을 실무상 알기 어렵다고 주장하나, 이자소득의 수입시기는 일반적으로 약정에 의한 상환일 또는 그 지급을 받은 날로서, 정상적으로 회계감사를 받았다면 투자계약 및 청구법인의 계좌 거래 내역에 의해 쟁점이자소득의 발생내역을 알 수 있었을 것으로 판단되고, 법인세법 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의 규정이 적법, 유효한 이상은 청구법인이 주장하는 사정만으로는 쟁점이자소득을 법인세 신고기한 내 신고하지 못한 불가피한 사유로 보기 어려우므로, 법인세 신고기한 내 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하지 않음에 따라 원천징수에 의한 분리과세로 종결된 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비영리내국법인인 청구법인이 당초 법인세 과세표준 신고시 원천징수영수증을 교부받지 못하여 누락한 쟁점이자소득을 과세표준에 포함시키는 경정청구 및 후발적 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법 제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】① 비영리내국법인은 제3조 제3항 제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제11호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제70조【이자소득 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호에 따른다.

1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액： 소득세법 시행령 제45조 에 따른 수입시기에 해당하는 날(한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인의 경우에는 실제로 수입된 날로 하되, 선수입이자 및 할인액은 제외한다)이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액(법 제73조에 따라 원천징수되는 이자 및 할인액은 제외한다)을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다. 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(3) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 쟁점이자소득에 대한 사실관계 등의 내역을 보면 아래와 같이 나타난다. (가) 청구법인은 건설일용근로자의 노후 대비를 위한 퇴직공제사업, 고용안정을 위한 취업 지원사업, 교육 및 복지사업을 영위하고 있고, 공제부금의 운용을 통하여 목적사업에 필요한 재원이 마련되는바, 청구법인은 투자일임계약 및 투자신탁 등 다양한 금융상품에 투자하고 있으며, 2009년～2011년까지 외환은행 특정금전신탁에 가입하였고, 외환은행은 원천징수의무자로서 아래와 같이 2010년 특정금전신탁에서 발생하는 이자소득에 대하여 원천징수하였으나, 2010사업연도 법인세 신고시 기납부세액으로 신고하지 아니하여 이를 공제받지 못하였다. (OO: O) (나) 청구법인은 2007～2011년까지 투자일임계약으로 금융상품에 투자하였으며, 세부내역은 아래와 같다. OOO투자자문 등은 투자일임계약에 귀속되는 이자소득에 대하여 원천징수하였음에도 청구법인은 각 사업연도 원천징수 시기와 달리 2009～2010사업연도에 대한 법인세 신고시 기납부세액으로 아래와 같이 공제하였다. (OO: O) (다) 처분청은 2013.3.29. 위 표의 2009～2010사업연도에 공제받은 금액을 귀속연도를 달리하여 초과환급받은 세액으로 보아 경정․고지하였으며, 청구법인은 아래와 같이 쟁점이자소득의 실제 원천징수시기가 속하는 사업연도에 대한 경정을 청구(2007년 및 2008년은 후발적 경정청구)하였으나 처분청은 경정청구를 거부하였다. (OO: OO) (2) 법인세법 제62조 제1항 은 비영리내국법인은 제3조 제3항 제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조 제2항은 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 원천징수의무자가 원천징수영수증 등을 제공하지 아니하여 법인세 신고시 과세표준에 포함하여 신고할 수 없었고, 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 경정청구를 받아들여야 한다고 주장하나, 법인세법 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제2항은 비영리법인에게 이자소득에 대한 과세방법의 선택권을 부여하되, 법적 안정을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 한 것으로 보이는 점, 청구법인의 법인세 신고시 과세표준에 포함할지 여부에 대하여 청구법인이 선택할 수 있는 것이므로 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하지 아니한 것에 대하여 원천징수의무자의 귀책사유를 들어 청구법인의 책임을 피하기는 어려운 점 등으로 볼 때, 청구법인이 당초 법인세 신고시 원천징수된 쟁점이자소득에 대하여 과세표준에 포함하지 아니하였으므로 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 볼 수 있고, 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다고 볼 수 있으며, 이에 따라 청구법인은 경정청구 등에 의하여 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 환급청구를 할 수 없는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다(조심 2011서3492, 2011.12.22., 조심 2011중3414, 2011.11.25. 등 같은 뜻). 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 이를 거부하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.