종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.11.16. 취득한 OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 2004.8.27. OOO 호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)의 사용승인을 받아, 2004.10.8. 소유권 보존등기를 한 후 보유하다가 2008.6.27. 양도하고, 조세특례제한법 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OO,OOO,OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하 여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다. 나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보아 2013.5.2. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하고, 농어촌특별세 OOO원은 환급하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) [주위적 청구] 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축으로 신 축 주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 양도 로 발생하는 모든 소득에 대하여 양도소득세가 면제됨이 타당한 점, 과세관청은 재건축으로 신축주택을 취득하여 5년 내에 양도하 는 경우에 대하여 수년 동안 양도소득세를 전액 감면해 왔고, 조세심판원 도 이와 같은 경우에 양도소득세가 전액 감면된다는 결정을 해 옴으로써 이러한 사안에 대하여 과세하지 않겠다는 의사를 묵시적으로 표시한 것으로 볼 수 있으므로 비과세관행이 성립되었다고 보아야 하는 점, 처분청은 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식을 준용하였는바, 동 계산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우 그 5년이 되는 시점에 실지거래가액이 존재하지 않기 때문에 이를 기준시가로 안분하기 위한 것일 뿐 이 건과 같이 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양 도한 경우에 적용하는 계산식이 아니고, 위 계산식의 분모와 분자에 서 공통으로 공제할 ‘취득당시 기준시가’를 아무런 법적근거 없이 분모에는 구주택의 취득당시 기준시가를, 분자에는 신축주택의 취득당시 기준시가를 대입하여 쟁점신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 부담금 OOO원이 분모에서 공제되지 않게 됨으로써 분모금액이 과대 산정된 결과 감면대상 양도소득금액이 부당하게 과소산정된 점 등으로 볼 때, 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.

(2) [예비적 청구] 처분청에서는 쟁점신축주택의 취득일(사용승인일)부터 양도 일까지의 기간에 대한 양도소득만을 감면대상 소득금액으로 보았으나, 그 경우 일반분양자의 경우 분양계약 체결 이후부터 신축주택 양도일 까지의 양도소득금액 전액에 대하여 양도소득세를 면제받는 것 과 형평이 맞지 않아 부당하므로 재건축조합이 사업계획승인을 받은 2001.9.28.부터 쟁점신축주택의 양도일인 2008.6.27.까지의 기간에 대한 양도소득을 감면대상 소득금액으로 보아야 한다.

(3) [예비적 청구] 국세청에서는 새로운 법령해석에 따라 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액을 공제하는 경정청구와 함 께 손금불산입하여 법인세를 수정신고하는 경우 가산세 감면의 정당한 사유에 해당된다고 해석(징세-117, 2010.2.2.)하였는바, 청구인은 당초 정상적으로 양도소득세를 신고‧납부하였음에도 처분청이 새로운 행정해석을 소급적용하여 당초 신고내용을 부인하고 감면을 배제하면서 납부불성실가산세를 가산하여 이 건 과세처분을 함으로써 모든 귀책 을 납세자에게 전가하였으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) [주위적 청구] 조세특례제한법 제99조의3 규정을 보면 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 감면을 적용하도록 되어 있어, 신축주택 취득일부터 5 년 이내 양도일까지의 발생한 소득을 감면대상소득으로 규정한 것이지, 전액 감면을 위하여 5년 이내에 양도를 규정한 것이 아닌 점, 과세관청이 납세자에 부과된 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다 하더라도 그러한 사정만으로는 상당한 기간에 걸쳐 과세관청 이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면해 오면서 과세관청이 그 사항에 대하여 과세 할 수 있음을 알면서도 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하 지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기는 어려우므로 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없는 점, 조세특례제한법 제99조의3 규정의 취지가 신축주택을 취득한 후 5년 내에 양도하든 5년 경과 후에 양도하든 간에 신축주택 취득일로부터 최대 5년까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해 주겠다는 취지이고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소 득금액을 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 법령에 규정되어 있으므로 신축주택 취득일부터 5년이내 양도함으로써 발생하는 소득도 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정을 준용하여 계산하면 되는 것이고, 감면대상소득은 전체 양도소득 중 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도일(또는 5년이 되는 날)까지의 양도소득만 해당하고, 전체 양도소득은 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득이므로 계산식의 분모‧분자의 취득당시 기준시가를 분모는 종전주택 취득당시 기준시가, 분자는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 법 취지에 부합하는 것이며, 동 계산식은 조합원분담금을 기 공제하여 산정한 전체 양도소득 중 감면소득을 기준시가를 이용하여 환산하는 방법을 규정한 것으로서 적정한 점으로 볼 때 당초 처분은 정당하다.

(2) [예비적 청구] 조세특례제한법 제99조의3 에서 감면대상소득을 신축주택 취득일 이후 5년 이내 발생한 소득으로 규정하고 있어 조합원이나 일 반분양자 모두 신축주택 취득일 이후 발생한 양도소득에 대하여 감면을 적용하고 있으므로 청구주장과 같이 사업계획승인일 이후 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득에 대하여 감면을 적용할 수 없다.

(3) [예비적 청구] 조세특례제한법 제99조의3 및 국세청 예규에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하 는 양도 소득세를 감면한다고 명확하게 규정하고 있지 않아 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 새로운 법령해석이 아니므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① [주위적 청구] 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우 양도소득금액 전액에 대하여 양도소득세 과세특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② [예비적 청구] 쟁점신축주택에 대한 재건축 사업계획승인일부터 양도일까지의 기간에 대한 양도소득금액에 대하여 양도소득세 과 세특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

③ [예비적 청구] 납부불성실가산세를 감면할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략) (3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. { 양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 2000.11.16. 종전주택을 취득 하였고, 재건축사업에 따라 2004.8.27. 신축주택의 사용승인을 받아 2004.10.8. 소유권보존등기를 한 후 신축주택 취득일로부터 5년 이내인 2008.6.27. 동 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하 여 감면세액을 OOO원으로 보아 양도소득세 OOO원을 고지하고, 과다납부한 농어촌특별세 OOO원은 환급하였으며, 양도소득 세 과세시 농어촌특별세 과다납부세액을 미납세액에서 차감하 여 납부불성실가산세를 계산하였고, 농어촌특별세 환급시에는 환급가산금을 가산하지 않은 것으로 나타난다.

(4) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다. 청구인은 주택재건축조합의 조합원이 기존주택이나 그 부수토지를 재건축조합에 제공하고 재건축을 통하여 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우에는 양도에 따라 발생하는 모든 소득에 대하여 양도소득세 과세특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있고, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상으로 보기 어려우므로 양도소득세 과세특례대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생한 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 하는 점, 재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우 과세관청이 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다고 하더라도 그러한 사정만으로는 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기 는 어려우므로 소급과세금지의 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 일반분양자 또는 분양계약 승계자와의 형평을 고려하여 재건축조합의 조합원이 기존주택이나 부수토지를 조합에 제공하 고 재건축을 통하여 취득한 신축주택을 양도한 경우에는 재건축조합이 사업계획승인을 받은 날부터 신축주택의 양도일까지의 기간에 대한 양도소득금액을 과세특례대상 소득금액으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점ⓛ에서 살펴본 것과 같이 양도소득세 과세특례대상이 되는 양도소득금액이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생하는 소득을 의미하는데 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 에서 자기가 건설한 건축물의 경우 사용검사필증교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일)을 양도 또는 취득의 시기로 하도록 규정하고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(6) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구인은 당초 정상적으로 양도소득세를 신고‧납부하였음에도 처분청에서 새로운 행정해석을 소급적용하여 당초 신고내용을 부인하고 감면을 배제하면서 납부불성실가산세까지 가산하여 과세함은 부 당 하다고 주장하나, 쟁점ⓛ에서 살펴본 것과 같이 이 건 양도소득 세 과세처분이 소급과세금지의 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 점, 처분청에서는 청구인이 과다납부한 농어촌특별세를 양도소득세 미납세액에서 차감하여 납부불성실가산세를 계산한 것으 로 나타나는 점으로 볼 때, 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.