시가가 불분명함으로 개별공시지가를 시가로 보아 임대료 산정함은 타당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1997.1.3.부터 OOO대지 1,597.9㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 특수관계자인 이OOO으로부터, 같은 동 107-14 대지 926.6㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 특수관계자인 이OOO로부터 임차하여 사용하던 중 2008.4.22. 쟁점토지 위에 지하1층, 지상 5층 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 그 중 지상 1, 2층은 청구법인이 직접 사용하고, 지상 3, 4, 5층을 특수관계에 있지 아니한 제3자에게 임대하였다.
• 나. 처분청은 2013.3.7.-2013.3.26. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세통합 조사를 실시하여 청구법인이 쟁점토지에 대한 임차료를 특수관계인에게 과다하게 지급(2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원)한 것으로 보아 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인 규정을 적용하여, 임차료 과다지급액 등을 손금불산입하고 2013.6.3. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원 및 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호의 시가를 개별공시지가로 적용하여 계산하였으나, 제3자에게 임대한 가액이 있는 경우 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호 규정에 의한 보충적 평가방법에 우선하여 제3자에 대한 재임대가액을 기준으로 시가를 산정하여야 하는바, 청구법인은 쟁점토지를 특수관계자인 이OOO, 이OOO로부터 임차하여 그 지상에 쟁점건물을 신축한 후 제3자에게 임대하였으므로 그 임대가격(이하 “재임대가격”이라 한다)을 기준시가 비율로 안분하여 쟁점토지의 적정 임대료를 계산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 제3자에게 재임대하여 발생하는 임대수입을 토지 및 건물가액의 합계액 중 토지가액이 차지하는 비율로 안분하여 적정임차료를 산정하는 경우, 그와 같은 안분 방식이 합리성을 갖기 위해서는 개별공시지가와 건물기준시가가 동일한 비율로 시가를 반영하고 있어야 하는데, 이를 인정할 아무런 증거가 없고 개별공시지가와 건물기준시가는 그 산정주체, 산정방법 등이 전혀 다른 제도로서 일반적으로 건물기준시가의 시가반영률은 개별공시지가의 그것에 미치지 못하여 왔던 것으로 알려진 점 등 위와 같은 안분방법은 합리성을 갖지 못할 뿐만 아니라 토지에 대한 임대료가 과대평가되는 점 등으로 보아 이러한 산정방식이 객관적이거나 합리적이라고 할 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지상의 쟁점건물을 제3자에게 재임대하였으므로 쟁점토지에 대한 임대료의 시가를 쟁점건물의 기준시가와 쟁점토지의 개별공시지가의 비율로 안분계산하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관계법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업년도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위】

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감 정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액.

④ 제88조제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 (3) 상속세 및 증여세법 제61조 【부동산 등의 평가】

① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세전적부심사결정서, 법인세 경정결의서 등에 의하면, 청구법인은 2008.8.1. 쟁점①토지에 대하여 특수관계자인 이OOO과 보증금 OOO원, 월임대료 OOO원에, 쟁점②토지에 대하여 특수관계자인 이OOO와 보증금 OOO원, 월임대료 OOO원으로 임대차계약을 체결하였고, 처분청은 청구법인이 특수관계자에게 지급한 임차료의 적정함을 가리기 위해 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호의 시가를 개별공시지가로 적용하여 계산하였으며, 처분청이 적용한 적정임차료와 청구법인이 주장하는 적정임차료의 내역은 다음과 같다.

(2) 청구법인은 법인세법상 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가의 산정은 ① 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(법인세법 시행령 제89조 제1항), ② 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액(법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호), ③ 상속세 및 증여세법 제38조 ․제39조․제39조의2․제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액(법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호), ④ 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호) 등을 차례로 적용하여야 하고, 처분청이 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호의 시가를 개별공시지가로 적용하여 계산하였으나, 청구법인이 쟁점토지를 특수관계자인 이OOO, 이OOO로부터 임차하여 그 지상에 건물을 신축한 후 제3자에게 임대하였으므로 재임대가격을 기준시가 비율로 안분하여 쟁점토지의 적정 임대료를 계산하여야 한다는 주장이다. (가) 쟁점건물에 대한 임대 현황은 다음과 같고, 이 중, 추정임대수입금액(실제 임대면적 대비 추정임대료)은 임대료합계를 건물연면적과 임대면적의 비율로 안분하여 계산한 금액이다.

(3) 관련법령과 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점토지상의 쟁점건물은 지상 5층 건물로 지상 1, 2층은 청구법인이 직접 사용하였고 나머지 지상 3, 4, 5층만 특수관계에 있지 아니한 제3자에게 임대에 공한 것으로 나타나며, 지상 1, 2층의 임대료와 지상 3, 4, 5층의 임대료의 차이가 발생하는 것이 상거래 관행에 부합하는 바, 청구법인 주장의 적정임대료는 추정임대수입금액을 임대료 합계에서 건물연면적과 임대에 공한 면적의 비율로 안분계산한 것이어서 불합리한 것으로 보이므로, 청구법인이 쟁점토지를 특수관계자인 이OOO, 이OOO로부터 임차하여 그 지상에 쟁점건물을 신축한 후 제3자에게 임대하였으므로 재임대가격을 건물의 기준시가와 토지의 개별공시지가의 비율로 안분하여 쟁점토지의 적정임대료를 계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.