쟁점금액은 청구인이 쟁점법인에 대여한 투자금을 쟁점법인의 대표이사로부터 반환받은 것이므로 쟁점주식의 양도가액에 해당되지 아니함

• 가. OOO세무서장은 청구인이 2007.7.2. 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 전부인 1만주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 쟁점법인의 대표이사인 정OOO에게 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 양도하였음에도 양도소득세를 신고․납부하지 않은 사실을 확인하고 이와 같은 사실을 청구인의 주소지 관할 세무서인 OOO세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 통보하였다.
• 나. 처분청은 OOO세무서장의 과세자료 통보에 따라 쟁점주식의 취득가액을 액면가액인 OOO원으로, 그 양도가액을 OOO원으로 결정하고 그 양도차익을 OOO원으로 보아 2013.1.9. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.20. 이의신청을 거쳐 2013.7.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2004년 5월 소방장비를 제조․판매하던 주식회사 OOO의 유․무형자산을 OOO원에 인수하여 인수자산을 바탕으로 쟁점법인을 설립한 후, OOO원에 상당하는 쟁점주식을 취득하였으므로 그 차액 OOO원은 청구인이 쟁점법인에 대여한 일종의 투자금이고 그 후에도 쟁점법인의 사무실 임대보증금 등 OOO원을 청구인이 쟁점법인에 대여하는 형식으로 투자하였으나, 쟁점법인의 사업실적이 부진하고 쟁점법인의 대표이사인 정OOO과 다툼이 빈번해짐에 따라 청구인은 쟁점주식을 정OOO에게 넘기고 청구인이 쟁점법인에 투자한 총 투자금 OOO원(쟁점주식 OOO원, 설립 당시 투자금 OOO원, 임대보증금 등 OOO원)을 정OOO로부터 상환받기로 한 것이므로 이는 쟁점주식을 쟁점법인의 실 소유자라고 할 수 있는 정OOO에게 반환한 것으로서 쟁점주식을 양도한 것이 아님에도 처분청이 이러한 사실에 근거하지 않고 아무런 객관적 증거도 없이 자의적 판단만으로 청구인이 정OOO로부터 회수한 투자금을 쟁점주식의 양도대금으로 간주하여 양도소득세를 부과한 것은국세기본법상 실질과세 원칙에 위배되는 것으로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점거래금액이 주식의 양도대금이 아니라 쟁점법인에 대여한 운영자금을 반환받은 것이라고 주장하고 있고, 쟁점약정서에 법인차입금 내역을 근거로 쟁점거래대금을 산정하고 상환계획을 기재하였으나, 조사관서에서 세무 조사 당시 차입금으로 기록된 내역 중 일부만 장부 및 금융계좌로 확인하였고, 장부에 기록되지 않은 부분에 대하여 쟁점법인과 관련이 있는 대여금인지 여부 및 회계처리 내용을 청구인에게 소명요구 하였으나 객관적인 증빙자료를 제시하지 못한 점에서 청구인이 정OOO로부터 받은 OOO원을 단순히 쟁점법인으로부터 회수할 대여금으로 보기 어려운 바, 처분청이 OOO원을 쟁점주식의 양도대금으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액은 청구인이 쟁점법인에 대여한 투자금을 쟁점법인의 대표이사로부터 반환받은 것이므로 쟁점주식의 양도가액에 해당되지 않는다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2004.5.8. 청구인이 소방장비 제조 판매업체인 주식회사 OOO의 유무형 자산 일체를 OOO원에 양수하여 이를 바탕으로 쟁점법인을 설립한 후, 대표이사를 종전회사인 OOO의 전무이사이던 정OOO로 등재하고 쟁점주식은 박OOO 외 2명에게 명의신탁(차명 소유)하였으나, 실질적인 지배주주로서 쟁점법인의 경영에 관여한 것으로 나타난다.

(2) 청구인과 쟁점법인의 대표이사 정OOO은 2007.7.2. 청구인이 쟁점법인 설립 당시 투자한 OOO원을 쟁점법인이 3회에 걸쳐 분할하여 상환하기로 하는 내용의투자금 상환계획 약정서를 아래와 같이 작성하고 이를 공증하였다OOO. < 투자금 상환계획 약정서 >

(3) 청구인은 쟁점법인이 OOO원만을 상환하고, OOO원을 상환하지 않음에 따라 2009.10.1. 쟁점법인을 상대로 투자금 상환 청구소송(OOO지방법원 2009가단65136)을 제기하였고, OOO지방법원은 2010.11.17. 원고(청구인)가 피고(쟁점법인)의 자금 OOO원을 횡령하였다고 볼 만한 증거가 없다고 보아 피고는 원고에게 OOO원과 그 이자를 지급하라는 원고 승소 판결을 하였으며, 동 판결은 대법원에서 그대로 확정되었다(대법원 2011.11.10. 선고 2011다70374 판결).

(4) OOO세무서장은 쟁점법인에 대한 법인세 부분 조사를 실시하여 청구인을 쟁점법인의 실질적인 지배주주로 보고 청구인과 쟁점법인의 대표이사 정OOO이 작성한투자금 상환계획 약정서를 주식양도양수 계약서로 보아 이와 같은 사실을 처분청에 통보하였으며, 처분청은 청구인이 2007.7.2. 정OOO에게 쟁점주식(명의신탁)을 양도한 것으로 보아 양도가액을 OOO원으로 취득가액을 액면가액인 OO,OOO,OOO원을 결정하여 청구인에게 양도소득세 결정․고지하였다.

(5) 청구인은 쟁점금액(OOO원) 중 청구인의 자금 OOO원에 금융기관으로부터 대출받은 OOO원을 합하여 쟁점법인의 인수자금 OOO원을 마련하였으며, 나머지 OOO원은 청구인이 쟁점법인에 투자한 청구인의 자금이라는 사실을 입증하기 위하여 아래와 같은 내역서를 제출하였다.

(6) 쟁점법인의주식 등 변동상황명세서에 의하면, 쟁점법인의 주주 현황은 아래와 같다.

(7) 청구인이 2012.4.25. OOO세무서에 출석하여 작성한 문답서를 보면, 청구인이 쟁점법인에 투자한 금액은 OOO원이고, 2004년 쟁점법인 설립 당시 쟁점법인의 주주구성은 위 표와 같이 박OOO, 정OOO, 정OOO으로 되어 있으나 쟁점주식 매입대금은 청구인이 전부 납입하였다고 되어 있으며, 청구인과 쟁점법인의 대표이사 정OOO이 2007.7.2.투자금 상환계획 약정서를 작성한 목적은 청구인이 쟁점법인에 투자하였던 자금을 회수하고 청구인에게 귀속되었던 쟁점법인의 모든 권리를 정OOO에게 넘겨주기 위한 것이라고 답변하였다.

(8) 쟁점법인의 대표이사인 정OOO은 2012.5.2. OOO세무서에 출석하여, 청구인과 쟁점법인의 경영과 관련하여 이견이 발생함에 따라 청구인이 투자금인 쟁점금액을 반환받는 조건으로 쟁점법인의 인수를 제안하여 쟁점법인을 인수하면서투자금 상환계획 약정서를 작성하였고, 쟁점법인이투자금 상환계획 약정서에 따라 청구인에게 실제로 지급한 OOO원을 투자금 상환이 아니라 비용으로 보아 손금(비용)처리한 것은 세무대리인이 알아서 처리한 것으로 자신은 그와 같은 사실을 몰랐으며, 청구인이 사용한 가지급금에 대하여도 그 존재를 몰랐다고 답변하였다. 또한 정OOO은투자금 상환계획 약정서는 쟁점법인의 경영권을 청구인이 정OOO에게 포괄적으로 이전하기 위한 작성한 계약서로 판단된다고 하면서 그에 대한 의견을 묻는 처분청 조사공무원의 질의에 대하여 동의한다고 답변하였다.

(9) OOO세무서장은 2007.7.2. 현재 쟁점법인의 가지급금 OOO원(가지급금 OOO원 ／ 타계정 OOO원)은 쟁점법인의 대표이사 정OOO과 관련된 것이 아니라 청구인과 관련된 것으로서 쟁점법인이 동 가지급금을 청구인에 대한 채권으로 본다면 청구인은 사실상 쟁점법인으로부터 회수할 자금은 없다고 보아 쟁점금액을 쟁점주식의 양도대금으로 판단한 것으로 보인다. (10)소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항에서 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다고 규정하고 있고, 제97조 제1항 제1호에서 취득가액을 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있다.

(11) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구인과 쟁점법인의 대표자 정OOO 간에 작성된투자금 상환계획 약정서(2007.7.2.)에서 쟁점금액 OOO원을 청구인이 쟁점법인에 투자한 투자금의 상환액으로 명시하고 있는 점, 이후 2009.8.7.까지 청구인에게 동 투자금 중 OOO원을 상환한 당사자는 정OOO 개인이 아니라 쟁점법인인 점, 쟁점금액과 관련된 OOO지방법원 판결서(2010.11.17. 선고 2009가단65136 판결, 2011.11.10. 대법원에서 확정)에서도 청구인이 소방장비 제조 판매업체인 주식회사 OOO의 자산을 인수하여 쟁점법인을 설립하면서, 주식회사 OOO의 전 사주인 이OOO에게 OOO원(금융권 대출금 OOO원, 청구인 자금 OOO원)을 지급하는 등 총 OOO원을 투자한 사실을 인정하고 있고, 동 투자금 중 OOO원은 쟁점법인 설립당시 자본금으로 납입된 것으로 보이는 점, 청구인이 쟁점법인을 설립할 당시부터 쟁점주식 양도시까지 3년 동안 쟁점법인의 주식가치가 특별히 상승하였다고 볼 객관적인 근거는 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점금액 OOO원 중 OOO원은 쟁점주식 취득당시 청구인이 납입한 자본금을 정OOO 개인으로부터 상환받기로 한 것으로 보이고, 나머지 OOO,OOO,OOO원은 청구인이 쟁점법인 설립 및 운영과정에서 쟁점법인에게 설비투자자금 내지 운영자금의 명목으로 지급하였던 투자금 내지는 대여금을 쟁점법인으로부터 상환받기로 한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점금액 OOO원을 전액 쟁점주식의 양도대가로 보아 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.