고도기술이 수반되는 핵심공정으로 보이는 설계공정을 청구법인이 수행하였고, 제작공정도 위탁생산이 아닌 청구법인의 책임과 계산으로 수행하였다고 봄이 합리적인 측면이 있으므로, 청구법인이 조세감면 요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당함
고도기술이 수반되는 핵심공정으로 보이는 설계공정을 청구법인이 수행하였고, 제작공정도 위탁생산이 아닌 청구법인의 책임과 계산으로 수행하였다고 봄이 합리적인 측면이 있으므로, 청구법인이 조세감면 요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당함
[주 문] 2013.3.27. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 쟁점감면사업과 관련하여 승인 받은 고도기술은 석유정제기술로 이는 설계단계에서 구현된다는 점에서 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치 및 운영하였다. 조세특례제한법 시행령제116조의2는 외국인투자에 따른 세액감면 적용 요건으로 ‘고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(제조업이 아닌 경우 사업장)을 설치 또는 운영’할 것을 요구하고 있다. 여기서 공장시설(사업장)의 설치 또는 운영을 감면 요건으로 하는 것은 당해 고도기술이 국내에 전파되도록 하기 위한 목적이므로, ‘공장시설(제조업이 아닌 경우 사업장)을 설치 또는 운영’의 해석 역시 이와 같은 감면 취지를 고려해야 한다. 청구법인 쟁점감면사업과 관련하여 승인 받은 고도기술은 석유정제로 특정 제품에 대한 것이 아니며, ‘석유의 분해․탈황, 수소화처리 및 알킬레이션 기술, 이성화 및 방향족화 기술, 유황 및 폐가스 회수기술, 산소화합물 제조기술, 방향족화합물 추출기술’로써 구체적으로는 경제적으로 분리가 필요한 탄화수소 혼합물에 대하여 그 성분의 특성을 이용하여 그 분리가 효과적으로 가능하도록 하는 기술인바, 동 기술은 물질전달장치의 핵심인 분리판(tray) 및 충전물(packing)의 설계 단계에서 구현된다. 따라서, 청구법인의 쟁점감면사업은 설계가 구현되는 사업장을 청구법인이 직접 설치 또는 운영했는지 여부에 의해 판단하는 것이 타당하다 할 것인데, 설계가 전적으로 청구법인 소속 전문엔지니어에 의해 본사인 OOO 사무소에서 이루어졌고 동 사무소의 설치 및 운영 주체가 청구법인이라는 점에 대해서는 다툼이 없다 할 것인바, 본건 과세처분은 부당하다. (2) 처분청 주장대로 고도기술 수반사업을 영위하는 외국인 투자에 조세감면 혜택을 부여하는 이유는 국내에 보급되지 않은 해외의 선진·고도기술을 도입함으로써 국내 기술의 발전을 도모하여 종국적으로 국내 산업의 국제경쟁력을 강화하기 위함이라 할 것인바, 사후적으로 조세감면 요건 충족 여부를 판단하기 위해서는 쟁점감면사업과 관련하여 승인 받은 고도기술이 국내에 전파되어 국내 산업에 전파·유치될 수 있는 방식으로 사업이 영위되었는지 여부가 그 판단 기준이 되어야 한다. 위에서 밝힌 바와 같이 청구법인의 쟁점감면사업은 석유정제기술이고 이러한 기술은 설계 단계에서 구현된다는 점에서 쟁점감면사업의 조세 감면이 타당했는지 여부를 판단하기 위해서는 효율적인 석유정제를 위한 당해 설계 기술이 대한민국에 전파·유치될 수 있는 방식으로 쟁점감면사업이 영위되었는지 여부를 파악하여야 한다. 우선, 청구법인은 OOO에서 채용한 전문기술자/엔지니어 인력들에게 당해 고도기술 습득을 위한 전문교육과정을 제공하였다. 부연하면 청구법인의 소속 전문기술자/엔지니어들은 수 주 내지 수 개월 동안 OOO 그룹(이하 “OOO”라 한다)의 OOO사업장에 파견되어 전문교육을 받았으며, OOO에서는 정기적으로 엔지니어들을 파견하여 설계 교육을 실시하여 왔으며, 이와 같은 전문교육을 통해 습득한 기술의 실무적용 과정에서 청구법인의 소속 전문기술자/엔지니어들은 OOO의 제품 설계 방식, 제작 노하우와 특허 기술에 계속적으로 노출됨으로써 쟁점감면사업의 고도기술 및 당해 산업분야의 관련 기술을 체득하게 되었고 그 결과 해당 산업분야에서 우수한 인재로 성장하였으며, 실제로 청구법인의 우수인력들은 고객 업체인 OOO 등으로 지속적으로 스카우트되었다. 추가로 설계 이후 제작 공정은 단순 작업으로서 전파될 고도기술이 있을리 만무하므로 청구법인 입장에서는 제작 공정에 전문기술자/엔지니어를 직접 채용하고 교육할 하등의 필요가 없었으며, 고용증진이 고도기술 수반사업의 조세감면 요건이 아니라는 점에서 특별한 기술이 요구되지 않는 단순 제작 공정에 직원을 직접 고용하지 않고 협력업체의 도움을 받았다고 하여 마치 승인 받은 고도기술 사업 전체가 외부 업체에 의해 수행되었다는 식의 처분청 주장은 매우 불합리한 것이다. (3) 단순작업에 불과한 제작 공정에 있어서도 청구법인은 제작 과정에 필요한 모든 자료를 제공하였다는 점, 공장장과 품질관리책임자를 OOO에 파견함으로써 제작 과정 일체를 지휘·감독·통제하였다는 점, 근로자 보호 등을 위한 작업환경 개선을 위해 노력과 비용을 부담한 주체는 OOO이 아니라 청구법인이었다는 점, 청구법인 명의로 제품이 생산된다는 점, ‘운영(運營)’이란 책임과 권한이 내재된 개념이라는 점을 종합해 보면, 본건 공장시설의 운영 주체가 청구법인이라는 점이 명백하다. 청구법인은 청구법인 명의로 등록된 공장에서 청구법인의 소속 엔지니어(공장장 포함)를 공장에 상주하게 하여 전체 제작 공정을 통제·감독하고 그에 대한 책임을 부담한 반면, OOO㈜(이하 “OOO”이라 한다)는 절단·용접 등 단순 작업에 필요한 작업자를 청구법인에 제공하고 그에 따른 인건비 상당액 등을 수취한 것일 뿐, OOO이 주체가 되어 본건 제품 제작에 있어 어떠한 관여도 할 수가 없었고 관여하지도 않았다. 즉, OOO은 청구법인의 제작공정에 필요한 만큼의 단순인력파견 역할을 수행하였을 뿐 당해 제품 제작공정 전반에 있어 어떠한 권한도 책임도 없었다. 처분청은 청구법인이 OOO과 외주가공계약을 체결하였고 관련 세금계산서 적요란 및 결산서에 외주가공비로 계상한 점을 들어 OOO이 본건 공장시설의 운영자라고 주장하고 있으나, i) 세금계산서 적요란 및 결산서 상 계정명을 인건비로 표시하든 외주가공비로 표시하든 청구법인의 제조원가로 귀결된다는 점에서 본질적으로 아무런 차이가 없다는 점, ii) 나아가 단순작업공정을 수행하는 이들 근로자들은 법적으로 청구법인 소속의 근로자가 아니므로 청구법인의 소득세 원천징수대상 인건비 등으로 표시할 수 없었다는 점 등을 고려할 때 청구법인 회계 담당자가 이들에 대한 인건비를 어떤 계정과목으로 표시했든지 간에 이러한 계정과목 명칭이 공장시설의 운영자가 누구인지 판단하는 근거로 사용할 수는 없는 것이다. 본건 제품이 제작되는 공간은 청구법인이 임차하고 청구법인 명의로 등록된 공장이며, 여기에는 OOO의 지배권이 미치지 못할 뿐 아니라 공장시설 내 작업장 공간이 필요한 모든 작업환경 개선이 OOO이 아닌 청구법인에 의해 이루어진 사실에 비추어 볼 때, 공장시설의 운영자는 청구법인임이 명백하다. 만일 청구법인이 단순한 위탁인에 불과함에도 다른 회사의 근로자 안전을 위해 비용을 부담한다는 것은 상식적으로 납득되지 않는다.
(4) 핵심공정이란 고도기술이 구현되는 공정이고, 본건 조세감면 관련 승인 받은 고도기술 내용을 살펴볼 때 고도기술이 구현되는 공정은 설계 단계라는 점을 고려하면, 당해 제품 제작과 관련한 핵심공정은 설계공정임을 쉽게 알 수 있다. 청구법인이 본건 고도기술과 관련하여 허여받은 특허는 모두 설계에 관한 것이라는 점, 본건 조세감면은 설계 관련 기술로 승인을 받았다는 점, 최종 생산물인 분리판(tray) 및 충전물(packing)자체는 외관상 매우 단순한 구조라는 점, 본건 감면 관련 승인받은 고도기술 내용은 아무리 쉽게 설명한다 해도 관련 석유화학산업에 관한 식견을 갖춘 전문가가 아닌 이상 이해하기 어려운 반면, 협력업체의 파견 직원을 이용하여 수행하는 제작공정(절단·펀칭·벤딩·용접)단계는 누구나 쉽게 머리에 떠올릴 수 있는 단순작업이라는 점 등을 고려할 때, 설계공정과 제작공정 중 제작공정이 핵심공정이라는 처분청 주장은 이러한 사실을 간과한 결과에 지나지 않는다. 처분청은 청구법인이 모회사가 제공하는 툴(tool)을 이용하여 설계가 이루어진다는 점을 들어 설계 공정이 단순 작업이라고 주장하고 있으나, 만일 처분청 주장처럼 각각의 고객 요청에 대해 본사가 제공한 설계 툴(tool)만으로 단순설계가 가능하다면 i) 청구법인이 영위하는 사업이 고도기술 수반사업이란 점이 설명되지 않으며, ii) 청구법인이 구태여 비싼 인건비를 지출해 가면서 석·박사급 고급 엔지니어링 인력을 현지 채용할 필요가 없고, iii) 이 경우 설계 업무를 OOO 본사에서 수행하면 되므로 굳이 OOO에 청구법인을 설립할 필요도 없었을 것이다. 따라서, 단순히 본사 제공 설계 툴(tool)만으로 제품이 설계가능하다는 주장은 사실관계에 바탕하지 않은 잘못된 주장이다. 실제로 고객 주문사양별로 현지법인 소속의 전문 엔지니어의 이해에 기반한 시뮬레이션이 가해져야 만이 비로소 고유의 설계 결과물 및 관련 세부 작업지시사항이 도출되는 것이다. 처분청은 제조 공정 중 가장 중요한 펀칭 작업을 OOO으로부터 임차한 공장에서 OOO 소속 직원에 의해 수행되었음을 근거로 OOO이 공장운영의 주체로 주장하나, i) 펀칭 작업이 제조 공정 중 그나마 상대적으로 중요하다는 것일 뿐 설계 공정과 비교하면 여전히 단순 작업의 일부라는 점, ii) 제작 단계에서 OOO에서 파견된 직원이 수행하는 작업이란 펀칭작업이 청구법인으로부터 제공된 도면, 작업지시서, 허용공차대로 이루어졌는지 펀칭기계 혹은 컴퓨터 옆에서 확인하고 이상이 있을 경우 공장에 상주하는 청구법인 소속 공장장과 품질관리인에게 보고하는 업무 정도에 불과하다는 점, iii) 펀칭 작업은 사람보다는 기계가 중요하다 할 것인데 펀칭기계 역시 청구법인이 제공·설치하였다는 점(관련 프로그램 소프트웨어가 내장된 청구법인 소유 컴퓨터를 펀칭기계에 연결함) 등을 고려할 때 단지 펀칭 작업을 수행하는 이들이 법적으로 OOO㈜ 소속이라 하여 OOO이 공장시설 운영의 주체라는 주장은 지나친 논리의 비약이다. 처분청은 제작과 관련하여 공장에 상주한 청구법인의 인원이 2명에 불과함을 지적하고 있으나, 설계 이후의 제작 단계는 청구법인이 작성, 제공한 허용공차 등의 매뉴얼대로만 작업이 이루어지려면 되므로 2명에 의해서도 충분히 공정 통제가 가능한바, 상주인원이 2명이라는 이유로 제작 공정에 대한 청구법인의 관리·감독을 부인할 수는 없다. 오히려 처분청은 공장에 상주인원 2명 중 한명을 ‘공장장’으로 표현함으로써 처분청 스스로 공장시설의 권한 있는 책임자가 청구법인 소속 직원임을 인정하고 있다.
(5) OOO은 청구법인이 임차한 공간과 OOO이 고유사업을 수행하는 공간이 물리적으로 구분되어 있어 양사는 각 구분된 공간에서 각자의 제품을 생산하였으며. OOO은 제약설비 및 식품용 제조설비, 2차전지 제조용 설비를 생산하는 업체로 청구법인의 사업과는 전혀 관련이 없는바, 청구법인과 OOO이 동일 지번을 사용하였음을 근거로 OOO이 청구법인의 감면사업과 동일한 제품을 생산하는 것으로 오해하고 있는 것으로 보이나, 실제는 양사가 공장 등록한 각자의 구분된 영역에서 서로 전혀 별개인 사업을 각각 수행하였으므로 OOO이 본건 제품 제작을 직접 관리·감독하였다는 처분청 의견은 사실과 다르다.
(1) 조세감면과 관련하여조세특례제한법제121조의2는 ‘고도의 기술을 수반하는 사업’을 영위하기 위한 외국인 투자로서 같은 법 시행령 제116조의2에서 당해 사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영해야 조세감면 혜택을 부여하는 것으로 쟁점감면사업과 같이 고도기술 조세감면의 주된 목적이 해외 선진기술을 도입함으로써 국내 기술의 발전을 도모하여 종국적으로 국내 산업의 국제 경쟁력 강화에 이바지하기 위함이다. (2) 청구법인은 쟁점감면사업 처분 관련 제품제작 시 OOO과 외주가공계약을 체결하였고, 관련 세금계산서 적요란 및 결산서에 외주가공비로 계상한 점을 고려할 때 청구법인은 제품을 직접 제조한 것이 아니라 위탁가공 형태로 OOO에서 직접 제품을 제작한 것으로 보이는 바, 청구법인이 공장시설을 직접 운영한 것으로 볼 수 없다.
(3) 청구법인은 당해 제품 제조와 관련하여 전체 공정 중 핵심이 되는 공정은 제조공정이 아닌 설계공정이라고 주장하고 있으나, 제품에 대한 설계는 OOO에 소재한 청구법인의 모회사에서 제공하는 컴퓨터 프로그램인 설계 툴을 통해 단순하게 청구법인에 의해 이루어지고 있으므로 핵심공정이라 할 수 없고, 따라서 전체 공정 중 핵심은 설계도면을 바탕으로 제품제조가 이루어지는 제조공정이라고 할 것인데 당해 제조공정을 OOO이 수행하였으므로 청구법인은 해당 조세감면 요건을 충족하고 있지 않다. (4) 청구법인은 공장의 관리·감독을 위해 청구법인 소속 직원 2명을 공장장과 품질관리인으로 OOO에 상주시켰을 뿐, OOO에서 파견된 직원들이 제작에 필요한 도면, 작업에 대한 절차지시서, 절단·펀칭·벤딩·용접 사양서, 제작 사양 및 허용 공차 등 제작과 관련된 일체의 작업을 진행하였으며, 무엇보다도 제조공정 중 가장 중요한 펀칭 작업도 OOO으로부터 임차한 공장에서 OOO 소속 직원에 의해 수행되었음을 볼 때 공장 운영의 주체는 OOO으로 판단된다. (5) 청구법인과 OOO의 외주가공계약서에 의하면 제품제작 과정에서 발생한 스크랩(쇠부스러기)을 OOO에 귀속하도록 명시되어 있고 이에 따라 스크랩 관련 수익을 OOO이 매출액으로 계상하고 있음을 볼 때 공장 운영의 주체는 OOO이라고 판단된다.
(6) 청구법인은 OOO 공장의 일부를 임차하여 사용하고 있는데 OOO과 동일 건물에서 쟁점감면사업 처분과 관련된 제품을 제작하고 있으므로 OOO이 당해 제품제작과 관련하여 직접 관리·감독한 것으로 보이며, 이 또한 공장 운영의 주체가 OOO임을 알 수 있는 근거이다. (7) 청구법인은 1999.11.16. 당초 외국인투자위원회에서 승인(감면결정)받은 ‘공장시설을 설치․영위하겠다.’는 외국인투자신고서와 달리 기업의 자금사정 및 경영여건 변화로 공장시설의 설치․운영 형태를 ‘타인으로부터 임차 받은 후 공장시설을 직접 설치하되 제품생산에 있어서는 당해 외국인 투자기업이 생산시설, 원자재, 기술을 제공하고 타사가 노무를 제공하는 형태로 생산이 이루어지는 경우’ 등으로 변경하기로 하고 변경된 운영형태로도 조세감면대상이 되는지를 확인하기 위하여조세특례제한법제116조의2 제1항의 규정에 따른 ‘공장시설을 설치 또는 운영하는 경우의 개념’에 대하여 국세청에 질의하자 당초 감면결정된 외국인투자신고서와 다른 운영형태인 점을 감안, 1999.11.17. 감면결정 주관부서인 재정경제부(경협총괄과)에 ‘외국인투자기업의 조세감면기준에 관한 질의(국업 46522-146)’를 보내 위 법인의 사업운영형태의 변경이 조세감면기준에 충족하는지 여부를 질의하였고, 1999.12.1. 재정경제부(경협총괄과)로부터 ‘외국인 투자기업의 조세감면기준 관련 질의에 대한 회신(경총 41500-184)’을 통해 공장시설을 운영하는 경우라 함은 특정제품에 대한 제조활동을 위탁에 의하지 아니하고 직접 영위하기 위하여 당해 공장시설을 직접 운영하는 것을 말한다고 회신을 받았다. 결론적으로 청구법인의 상기 형태의 운영은 재정경제부 질의회신에서처럼 공장을 직접 운영하는 것으로 볼 수 없다.
① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제 경쟁력 강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
2. 외국인투자촉진법 제18조 의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업
3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업
② 외국인투자촉진법제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세년도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세년도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세년도)부터 7년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자촉진법 제5조 제1항 의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간중에 내국법인(감면기간중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (2000.1.10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】
① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(소득세법 시행령제31조의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 운수업(제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조 제2항의 규정에 의한 방송업(이하 “방송업”이라 한다), 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 “폐기물처리업”이라 한다) 또는 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 “폐수처리업”이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 제116조의2【조세감면의 기준 등】
① 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 감면하는 외국인투자는 재정경제부장관이 외국인투자촉진법 제27조 의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업 외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.
1. 산업지원서비스업: 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업으로서 국내산업의 국제경쟁력강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업
2. 고도의 기술을 수반하는 사업: 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업
② 제1항의 규정에 의한 사업은 다음 각호의 기술을 수반하는 사업이어야 한다.
1. 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술
2. 국내에 최초로 도입된 날(외국인투자촉진법에 의하여 당해 기술을 수반하는 외국인투자의 신고 또는 기술도입계약의 신고를 한 날을 말한다)부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술
3. 당해 기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술 (3) 소득세법 시행령 제31조【제조업의 범위】법 제19조의 규정에 의한 사업소득에 관한 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 법 제19조 제1항 제3호의 규정에 의한 제조업으로 본다.
1. 일반영화제작업 또는 광고영화제작업
2. 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체에 의뢰하여 제조하는 경우로서 다음 각목의 요건을 충족하는 경우
(1) 조세감면신청서, 조세감면 결정통보, 공장등록증명서 등 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인이 감면사업 관련 승인 받은 고도기술은〈표1〉과 같이 ‘외국인투자에 대한 조세감면 및 기술도입대가에 대한 조세면제 대상 고도기술수반사업 및 산업지원서비스업’ 제7장 환경·에너지 및 자원분야의 7-4. 석유정제에 해당하고, 1999.8.31. 조세감면신청서상 감면사유란에 ‘재정경제부 고시 1998-38호, 7-4. 석유의 분해․탈황, 증류 관련기술’로 기재되어 있고 1999.10.11. 재정경제부장관으로부터 받은 조세감면 결정통보에 기재된 조세감면대상사업으로 ‘석유의 분해․탈황, 수소화처리 및 알킬레이션 기술, 이성화 및 방향족화 기술, 유황 및 폐가스 회수기술, 산소화합물 제조기술, 방향족화합물 추출기술’로 기재되어 있다. 〈표1〉 또한, 조세감면신청서 상에 청구법인의 서비스분야는〈표2〉와 같이 정유, 화학, 석유화학 산업에 필수적으로 필요한 분리탑 관련제품과 기술우위의 엔지니어링 지원 및 기술서비스를 제공하고 있다’고 기술되어 있다. 〈표2〉 (나) 청구법인의 특허권협약서 및 특허청의 등록특허공보에 의하면 쟁점감면사업의 고도기술과 관련하여 허여받은 특허는〈표3〉과 같이 모두 설계에 관한 것으로 나타난다. 〈표3〉 (다) 청구법인의 쟁점감면사업의 업무흐름은 〈표4〉와 같이 분류할 수 있고 청구법인의 조직도 및 인사이력에 의하면 엔지니어 프로젝트(사업팀), 영업 및 설계 Process와 기계설계팀으로 구분되며, 제조과정의 공장장 및 품질관리자 등을 두고 있는 것으로 나타난다. 〈표4〉 청구법인이 제출한 2011년 작성된 청구법인의 설계팀원 OOO와 OOO에서 파견된 제작팀원의 OOO를 비교한 자료에는 특정제품OOO 생산에 있어 소요된 OOO 시간은 각각 OOO시간, OOO시간이며, 여기에 적용된 임률은 각각 시간당 OOO원, OOO원으로 설계 관련 인건비가 제작 관련 인건비의 OOO배에 달하는 것으로 나타나며, Manufacturing 임률에는 공기구 임차대가, 전력비, 수도광열비 등 인건비 외 다른 요소가 포함되어 있다. (라) 청구법인이 영위하는 사업은 크게 분해화학장치류의 설계 작업과 설계에 따른 제작으로 구분되는데 설계 작업을 위해서 OOO에 소재하는 사무실을 임차하였고, 제작을 위해서 OOO 에 소재하는 OOO㈜ 소유의 공장 일부를 임차한 것으로 나타나며, 청구법인의 2000.6.30. 공장등록증명서 및 2002.9.14. 수신한 OOO의 공장등록변경 수리통보 공문에 ‘청구법인에서 제출한 공장 등록변경신청건에 대하여 OOO 소재지를공업배치 및 공장설립에 관한 법률제16조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제11조의 규정에 의거 공장(제조시설 1,390.5㎡)으로 등록 수리한다’고 기재되어 있다. (마) 청구법인의 제작 공정 중 펀칭 작업에 사용되는 펀칭기계류OOO, 절단․용접 등 기계류 및 금형 등은 청구법인의 재무제표상의 유형자산에 계상되어 있고 정액법에 의해 감가상각해 오고 있는 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 도면, 생산요청서, 용접사양서, 허용 공차, Global inspection checklists, 포장 등 선적지시서 및 포장 사진, 이메일 송수신 내용 등에 의하면 청구법인의 관리․감독 하에 OOO 소속 직원들로 하여금 작업을 수행하도록 하고 청구법인 명의로 제품을 제작한 것으로 나타난다. 통계청의 한국표준산업분류의 적용원칙에 “자기가 직접 실질적인 생산활동은 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산케 하고, 이를 자기명의로, 자기 책임하에서 판매하는 단위는 이들 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하며, 제조업의 경우에는 그 제품의 고안에 중요한 역할을 하고 자기계정으로 재료를 제공하여야 한다.”라고 기재되어 있다. (사) 청구법인의 2007～2009사업연도 공사원가명세서를 살펴보면 원자재(스테인레스철판, 카본스틸)는 주로 OOO 등에서 들여오고 있으며, 〈표5〉와 같이 외주용역비는 제조과정에서 외주가공업체인 OOO에 지급하는 가공비로 매년 OOO원이 발생하는 것으로 나타난다. 〈표5〉
(2) 이상의 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 쟁점감면사업의 제조활동이 위탁에 의해 이루어졌고, 청구법인의 질의에 대한 “공장시설을 운영하는 경우라 함은 특정제품에 대한 제조활동을 위탁에 의하지 아니하고 공장시설을 직접 운영하는 것을 말한다”라고 회신한 1999.12.1. 구 재정경제부(경총 41500-184)의 해석을 들어 고도기술조세감면 요건을 충족하지 못한다는 의견이나, 구 재정경제부의 회신은 전반적인 위탁생산을 말하는 것으로서 청구법인의 경우와 같이 직접 공장을 임차하여 운영하면서 주요설비를 소유하고 노동력만 외주용역으로 제공받는 경우에까지 확대해석할 것은 아니라고 보여지고, 1999.10.11. 구 재정경제부장관으로부터 쟁점감면사업에 대해 조세감면대상사업으로 승인을 받고 2000.6.30. 공장을 임차하여 공장등록을 하였으며, 제조공정에서 필요한 펀칭․절삭기계류, 금형 등 주요설비를 취득하여 청구법인의 장부상에 계상하고 있는 점, 청구법인이 핵심공정인 설계공정을 기획, 구체화, 금형제작을 직접 수행하고 청구법인 소속 직원의 관리․감독하에 외주 인력으로 하여금 작업을 수행하도록 하고 청구법인의 명의로 제품을 제조․판매하는 점, 소득세법 시행령제31조의 제조업의 범위 및 한국표준산업분류의 적용원칙에 “자기가 직접 실질적인 생산활동은 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산케 하고, 이를 자기명의로, 자기 책임하에서 판매하는 단위는 이들 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하며, 제조업의 경우에는 그 제품의 고안에 중요한 역할을 하고 자기계정으로 재료를 제공하여야 한다.”라고 기술하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인은 조세특례제한법 시행령제116조의2 제1항 제2호의 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우에 해당하여 고도기술조세감면 요건을 충족한다고 할 수 있으므로(조심 2011부4731, 2012.4.23. 같은 뜻임) 처분청이 조세감면을 배제하고 과세한 이 건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.