종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3에 의한 과세특례 적용대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.8.23. OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 종전주택이 재건축됨에 따라 2003.12.4. OOOOO OOO OOOO OOO OOOOO OOO-OOOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2008.2.22. 양도한 후, 2008.3.5. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 의거 양도소득세 산출세액의 100%를 감면세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 신축주택 취득자 감면적용자에 대한 기획점검 계획에 의거 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 부인하여 2013.5.6. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3에 따르면 준공 후 5년 이내 양도시와 5년 이후 양도시를 구분하도록 되어있으나, 청구인의 경우는 준공 후 5년 이내에 양도하였음에도 5년 이후 양도할 때의 안분식을 적용함은 명백한 잘못이다. 즉, 조특법 제99조의3의 신축주택 감면 취지는 일정기간 내에 취득한 주택을 준공 후 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하는 것으로 5년 이후 양도시는 5년간 발생한 소득을 구하여야 하기 때문에 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용하여야 하나, 청구인의 경우는 5년 이내에 양도하였으므로 같은 법 시행령 제40조 제1항은 적용대상이 아니고, 동 조항의 산식을 적용한다고 하더라도 취득당시의 기준시가를 분모에는 종전주택의 취득당시 기준시가를, 분자에는 신축주택의 기준시가로 적용하여 산식을 자의적으로 적용하여 준공 전의 양도소득에 대해서 감면을 배제하여 납세자의 권익을 침해하고 있으므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3에 의한 신축주택 감면은 신축주택 취득일로부터 5년이내 발생한 양도소득에 한정되는 것이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 양도소득금액을 감면하여야 한다는 청구주장은 이유 없으므로 조특법 시행령 제40조의 규정을 준용하여 신축주택 취득일 전의 양도소득금액을 감면배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1999.8.23. 종전주택을 취득하였고, 2003.12.4. 신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 신축주택을 2008.2.22. 양도한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 나타난다.

(2) 처분청이 산정한 감면소득금액은 아래와 같고, 청구인은 취득당시 기준시가를 동일한 금액으로 하여야 한다고 주장한다.

(3) 조특법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) ／ (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”(이하 “쟁점산식”이라 한다)로 계산한 금액”이라고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 신축주택에 대한 감면소득금액은 주택의 전체 보유기간의 양도소득금액 중에서 종전주택에 대한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여야 할 것인바, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하고, 5년 이내 신축주택을 양도하는 경우에는 쟁점산식을 적용할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2013서1028, 2013.6.7. 외 다수 같은 뜻). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.