종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.3.25. OOO 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 재건축으로 2001.12.1. 같은 동 OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2007.3.29. 최OOO에게 양도하고, 2007.5.3. 양도소득세 예정신고를 하면서조세특례제한법제99조의3을 적용하여 양도소득금액 전액을 감면세액으로 하여 신고하였다. 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보고 감면금액을 재산정하여 2013.4.19. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 과세관청은 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축으로 신축주택을 취득하여 5년 내에 양도하는 경우에 대하여 양도소득세 전액을 감면하여 왔고, 조세심판원도 이와 같은 경우에 양도소득세가 전액 감면된다는 결정을 해 옴으로써 이러한 사안에 대하여 과세하지 않겠다는 의사를 명시적 내지 묵시적으로 표시함으로써 비과세관행이 성립되었다 할 것이다. 이러한 비과세관행은 청구인과 같이 신축주택 취득일로부터 5년이 약간 경과하였으나 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가와 양도당시의 기준시가가 동일함으로 인해 결국 양도소득세 전액 감면과 동일한 효과가 발생하는 경우에도조세특례제한법제99조의3 규정의 입법취지나 조세공평의 원칙이나 신의칙상 동일하게 비과세관행이 성립되었다고 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청이 신축주택 양도 후 거의 6년 가까이 되어 새로운 해석을 하여 과세한 것은 조세공평의 원칙과 납세자에게 받아들여진 비과세관행에 반하는 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이어서 부당하다. (2) 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우 그 5년이 되는 시점에 실지거래가액이 존재하지 않기 때문에소득세법에 의하여 산출한 양도소득금액을 ‘취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 산출방식으로서, 이러한 산출방식은 이 건과 같이 주택재건축을 통하여 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어 진 것이다. 그러므로 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식에서 분모와 분자에서 차감하는 ‘취득당시의 기준시가’는 동일한 개념임에도 불구하고, 처분청은 아무런 법적 근거 없이 위 산출식 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에는 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에는 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 적용하여 계산하였는바, 이는 세법상 근거없이 세액의 산출방식을 자의적으로 변경한 것으로서 부당하다. 만약 처분청의 계산방식에 의할 경우, 청구인이 보유했던 종전주택과 재건축후 취득한 신축주택이 마치 동일한 주택인 것처럼 취급하여 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류가 발생할 뿐만 아니라, 분모의 ‘취득당시 기준시가’에 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를 대입할 경우, 청구인이 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금 등이 분모에서 공제되지 않게 됨으로써 분모금액이 과대 산정되어 결과적으로 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되는 부당한 결과가 발행하게 된다. 따라서, 이 건 처분은 세법상의 아무런 법적 근거 없이 양도소득세액의 산출방식을 자의적으로 변경함으로써 조세법률주의 원칙에 반하여 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)국세기본법제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 장기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다. 신축주택을 5년 내에 양도하는 경우에 청구주장과 같이 과세관청이나 조세심판원이 양도소득세를 전액 감면한 적이 일부 있었다 하더라도 이러한 사안에 대하여 과세하지 않겠다는 의사를 명시적 내지 묵시적으로 표시하였다고 보기는 어려우며, 1～2회에 걸쳐 일어났던 개별적인 심리사건 결과를 가지고 비과세관행을 주장하는 것은 지나친 논리적인 비약이라고 밖에 볼 수 없다. 따라서국세기본법제15조의 신의성실의 원칙이나 같은 법 제18조 제3항의 소급과세금지의 원칙을 위배했다고 볼 수 없으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일전까지의 양도소득금액에 대하여 고지한 당초 처분은 정당하다. (2)조세특례제한법제99조의3 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는데, 여기서 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’이란 법 제99조의3 제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것으로 취득일로부터 5년이 경과하여 양도한 이 건 신축주택의 감면되는 양도소득금액을 시행령 제40조 제1항의 계산식을 적용한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부 및 이 건 양도소득세 부과처분이 신뢰보호의 원칙, 소급과세금지의 원칙 및 조세법률주의에 위배되는 지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당되지 아니하고, 이러한 사안에 대하여 과세하지 않겠다는 의사를 명시적 내지 묵시적으로 표시하였다고 보기 어려우므로 신의성실의 원칙, 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않았다면서, 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 검토서, 양도소득세 경정결의서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 처분청이 신축주택 양도 후 거의 6년 가까이 되어 새로운 해석을 하여 과세한 것은 조세공평의 원칙과 납세자에게 받아들여진 비과세관행에 반하는 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이어서 부당하고, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식 중 분모와 분자에 동일하게 ‘취득당시의 기준시가’로 규정되어 있음에도 이를 달리 해석하는 것은 조세법률주의에 위배된다고 주장하면서, 신축주택 등기부등본, 신축주택 매매계약서, 양도소 득세 과세표준신고 및 자진납부계산서 등을 제출하였다.

(3) 쟁점에 대하여 본다. (가) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 종전주택을 1997.3.25. 취득하여 보유하다가 재건축으로 인하여 2001.12.1. 신축주택을 취득한 후, 신축주택 취득일로부터 약 5년 4개월이 경과한 2007.3.29. 신축주택을 양도한 사실이 나타난다. (나) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 과세특례대상 양도소득금액을 ‘그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻임)이므로 이 건 부과처분이 조세법률주의의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙, 공평과세의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없고, 아울러 비과세관행도 성립하지 아니하여 신뢰보호의 원칙에 위배되었다고 보기도 어렵다. 따라서, 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상 양도소득금액에서 제외하고, 신축주택 취득일부터 5년이 경과 후 양도한 이 건에 있어 감면을 소득금액 차감 방식으로 산정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.