조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.5.6. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2004.9.30. 재건축으로 취득한 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2007.1.10. 조OOO에서 OOO원에 양도하고 2007.2.4. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2008.7.3. 신축주택을 조세특례제한법제99조의3의 감면대상으로 보아 경정청구를 하여 OOO원을 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구인의 경정청구 내용 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 신축주택 감면대상기간에 해당하지 않는 부분까지 포함하여 경정청구된 것을 확인하고, 감면금액을 재산정하여 2013.4.12. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)소득세법제100조 제3항 및 같은 법 시행령 제166조 제5항에서는 조합원이 취득한 신축주택 또는 조합원이 취득한 조합입주권을 양도하는 경우 양도차익은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도일 또는 조합입주권의 양도일까지 기간동안에 발생한 양도차익으로 하는 것으로 규정하고 있음에도, 조합원이 신축주택을 양도함으로써 발생하는 소득을 신축주택의 사용승인일부터 신축주택의 양도일까지의 기간동안 발생한 소득으로 재계산한 것은 부당하고,조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정이 신설된 이후 국세청 예규(재산-227, 2009.1.20.)가 생산되기 전까지 10년 이상의 기간동안 계속하여 조합원이 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 100을 감면받아왔고 처분청도 납세자의 그 감면을 수용하여 왔으므로 처분청의 새로운 해석에 따라 청구인에게 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득에 대하여 감면을 배제하여 경정한 처분은국세기본법제18조의 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이다. (2) 납세자가 처분청의 해석에 따라 양도소득세를 신고․납부한 후에 처분청이 관련 법령의 개정 없이 조세감면 계산방식에 관한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 산정함으로써 추가로 양도소득세를 증액결정한 경우 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구인에게 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함된다고 보기 어렵고, 처분청이 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 소득을 감면소득으로 본다’고 명확히 규정한 적은 없으므로 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌거나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다. (2) 납부불성실가산세는 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 부과하는 가산세로 과소납부분에 대한 이자성격에 해당하는 바, 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁점

① 조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부

② 새로운 예규의 적용에 따라 과세대상이 되었으므로 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003.5.29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙): 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가)} 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 제90조【양도소득세액의 감면】제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다) 관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 (=청산금납부분 양도차익) 기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금 + 관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 (=기존건물분 양도차익) 기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금 + 관리처분계획인가전양도차익

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세 경정결의서 등 이 건 심리자료에 의하면, 청구인은 1999.5.6. 종전주택을 취득하여 보유하다가, 2004.9.30. 재건축으로 취득한 신축주택을 양도한 후, 2007.1.10. 조OOO에서 OOO원에 양도하고 2007.2.4. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2008.7.3. 신축주택을 조세특례제한법제99조의3의 감면대상으로 보아 경정청구를 하여 OOO원을 환급받았으나, 처분청은 청구인의 경정청구 내용 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 신축주택 감면대상기간에 해당하지 않는 부분까지 포함하여 경정청구된 것을 확인하고, 감면금액을 재산정하여 2013.4.12. 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻임). 또한, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위반하였다고 보기 어렵다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2007중5316, 2008.5.29. 및 조심 2012서4747, 2012.12.31. 외 다수 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.