쟁점아파트 대금청산일이 부동산매매계약서상 잔금지급일이 아니라 융자금이 실제로 승계된 날임

OOO세무서장이 2013.5.8. 청구인에게 한 2002년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2002.8.29. 후소유자에게 쟁점아파트의 잔금을 융자금을 승계하여 충당하는 조건으로 양도하기로 계약하였고, 실제 2003.3.6. 쟁점아파트의 융자금을 후소유자가 승계한 사실이 금융자료에 의해 확인되며, 쟁점아파트의 소유권이전 등기일은 2003.2.14.로서 잔금청산일(융자금 승계일)인 2003.3.6. 전이므로 소득세법 시행령제162조 제1항 제2호에 따라 쟁점아파트의 양도시기는 2003.2.14.인바, 처분청에서 객관적인 근거나 입증 없이 추정에 의하여 부동산매매계약서상 잔금일인 2002.10.2.을 양도시기로 보고, 입주권을 양도한 것으로 보아 ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하지 않고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2002.8.29. 후소유자에게 쟁점아파트의 잔금을 융자금을 승계하여 충당하는 조건으로 양도하기로 계약하였고, 실제 2003.3.6. 쟁점아파트의 융자금을 후소유자가 승계한 사실이 금융자료에 의해 확인되며, 쟁점아파트의 소유권이전 등기일은 2003.2.14.로서 잔금청산일(융자금 승계일)인 2003.3.6. 전이므로 소득세법 시행령제162조 제1항 제2호에 따라 쟁점아파트의 양도시기는 2003.2.14.인바, 처분청에서 객관적인 근거나 입증 없이 추정에 의하여 부동산매매계약서상 잔금일인 2002.10.2.을 양도시기로 보고, 입주권을 양도한 것으로 보아 ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하지 않고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인과 후소유자 간 부동산매매계약서의 특약사항에 잔금일 기준으로 융자금 OOO원을 승계하고 OOO원은 소유권 이전 등기 후 지불하기로 약정한 것으로 볼 때 계약서상 잔금일(2002.10.2.)에 융자금을 사실상 승계한 것으로 보아야 하고, 특약사항에서 청구인이 후소유자에게 소유권이전에 필요한 서류를 교부한 때인 2002.10.2.에 거래가 종결되고 동 일자에 OOO원(전체 매매대금 중 1.5% 상당액에 불과)을 제외한 나머지 매매대금의 수수가 완료되었으므로, 청구인이 부동산매매계약서상 잔급일인 2002.10.2.에 쟁점아파트의 입주권을 양도한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트의 양도일이 부동산매매계약서상 잔금지급일 (2002.10.2.)인지 아니면 소유권이전 등기접수일(2003.2.14.)인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개시를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(3) 조세특례제한법(2002.8.26. 법률 제6708호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점아파트의 부동산 등기부 내역을 보면, 청구인을 소유자로 하여 2002.12.31. 소유권보존 등기를 하였다가 2003.2.14. 후소유자에게 소유권이전 등기(2003.1.13. 매매)를 하였고, 2002.12.31. OOO은행이 청구인을 채무자로 근저당권 설정 등기를 하였다가 2003.3.14. 후소유자로 근저당권 변경 등기(2003.3.4. 확정채무의 면책적 인수)를 한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점아파트의 건축물대장을 보면, 쟁점아파트의 착공일자는 2000.1.31.이고, 사용승인일자는 2002.12.2.로 되어 있으며, 후소유자는 주민등록상 2003.2.24. 쟁점아파트로 전입한 것으로 되어 있다.

(3) 쟁점아파트 매매계약서 및 실제 대금지급내용은 아래와 같이 나타난다. (OO: OOO)

(4) 쟁점아파트의 부동산매매계약서 상 특약사항은 ⓛ 본 계약은 미등기 상태의 계약이고, ② 융자금 OOO원은 매수자가 승계하고 잔금일 기준하여 승계하며, ③ 준공일의 지연으로 잔금일 기준 소유권이전 불가능할 경우 잔금일에 소유권이전에 필요한 제반서류를 매수자에게 인도하고 OOO원은 소유권이전 완료 후 지불하며, ④ 잔금일까지의 제반공과금 및 연체금은 매도자 책임이고, ⑤ 기타사항은 일반관례에 따르는 것으로 되어 있다.

(5) 후소유자의 양도세 신고관련 진술서(2013.4.17.)를 보면, 후소유자는 쟁점아파트를 매입하기로 계약하고 2002.8.29. 계약금 OOO원, 2002.9.19. 매매중도금 및 잔금 OOO원을 청구인에게 지급하여 영수증을 현재 보관하고 있으며, 나머지 대금은 그 당시 소유주였던 청구인의 융자금 OOO원을 승계하였으며, OOO원은 유보금으로 남겨두었다가 소유권 이전 후 지불하였다고 진술하고 있다.

(6) OOO은행 발행 채무인수내역서에는 2003.3.6. 후소유자가 청구인으로부터 대출금액 OOO원을 계약인수한 것으로 나타나고, 청구인의 대출금에 대한 이자 납부내역(OOO은행 OOO역지점 확인)은 아래와 같이 나타난다. (OO: O) * 2003년 2월분부터 후소유자 납부건으로 금융실명법에 위배되어 청구인의 입금내역 발급불가

(7) 청구인은 은행 융자금이 2003.3.6. 승계되었고, 융자금에 따른 근저당권설정도 2012.12.31. 청구인을 채무자로 하여 등기되었다가 2003.3.14. 후소유자로 변경되었으며, 그 전인 2003.2.14. 소유권이전 등기를 하여 당해 등기접수일을 양도시기로 보아야 한다고 주장하고 있으며, 처분청은 실질적인 융자금 승계일을 계약서상 잔금지급일인 2002.10.2.로 보아 이를 양도시기로 보아야 한다는 의견이다.

(8) 살피건대, 자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득 및 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이며, 청구인의 경우처럼 지급받을 아파트 잔금을 융자금으로 대체한 경우는 융자금이 충당된 날이 매매대금을 최종 청산한 날이 되므로 이를 양도시기로 보아야 할 것이나, 그 전에 등기한 경우 등기접수일이 양도시기가 되는 것(대법 95누10150, 1997.5.16. 같은 뜻)인바, 처분청은 후소유자에게 소유권이전에 필요한 서류를 교부한 때인 2002.10.2.에 거래가 종결되고 동 일자에 OOO원(전체 매매대금 OOO원 중 1.5%에 불과)을 제외한 나머지 매매대금의 수수가 완료되었다고 하나, 쟁점아파트의 융자금에 대한 이자를 2003년 1월까지 청구인이 납부하였고, 근저당권설정 등기가 2002.12.31. 이루어지면서 청구인이 채무자로 되어 있어 그 이전인 2002.10.2. 대출금이 사실상 승계되었다고 보기 어려운 점, 2003.2.14. 소유권이전 등기 전 잔금이 융자금을 포함할 경우 OOO원(전체 매매대금의 18.7%)으로 나타나는 점, 은행에서 청구인의 융자금을 2003.3.6. 후소유자가 승계한 것으로 나타나는 점 등을 감안할 때, 쟁점아파트의 매매대금을 청산한 날은 융자금 충당일(승계일)인 2003.3.6.로 보아야 할 것이며, 그 이전인 2003.2.14. 소유권 이전등기를 하였으므로 쟁점아파트의 양도시기를 등기접수일인 2003.2.14.로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 부동산매매계약서 상의 잔금지급일인 2002.10.2.에 사실상 대출금이 승계되었다고 보아 이를 양도시기로 하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하지 아니하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.