과다납부한 양도소득세를 농특세 납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 제외함이 타당

OOO세무서장이 2013.3.15. 및 2013.3.20. 청구인에게 한 농어촌특별세 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원의 부과처분은 과다납부된 양도소득세를 농어촌특별세의 납부세액으로 보아 납부불성실가산세 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 OOO 다세대주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2002.4.29. 신축하고, 그 중 16세대는 2008.7.7.부터 2008.10.31.까지 양도하고 1세대는 2009.3.30. 양도하였으며,조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따라 취득일로부터 5년간 발생한 감면양도소득금액 계산시 감면기간 만료일을 2007.4.28.로 보아 2006년 기준시가를 적용하고, 이에 따라 양도소득금액을 계산하여 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 2009.11.6. 양도소득 감면기간의 만료일을 2007.4.30.(초일 불산입, 2007.4.29.은 일요일로서 그 다음날인 월요일)로 보고 2007년 기준시가(2007.4.30. 고시)를 적용하여 감면양도소득금액을 재계산하고, 과다납부한 양도소득세를 환급하여 달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 2009.12.17. 거부처분하였다.
• 다. 청구인은 감사원심사청구를 거쳐 행정소송을 제기하였고, 대법원은 파기환송(국패) 선고(대법원 2012두8588, 2013.1.31.)하였으며, 처분청은 경정청구의 내용대로 양도소득세 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원을 환급하면서, 2013.3.15. 및 2013.3.20.에 청구인에게 농어촌특별세 2008년 귀속분 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함), 2009년 귀속분 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 농어촌특별세는 양도소득세의 부가세로서 이 건에 있어서는 청구인이 최초 법정신고납부기한까지 양도소득세를 과다하게 납부하여 농어촌특별세가 적게 납부된 것이며, 이와 같은 경우 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이고(조심 2012서3715, 2013.1.16. 외 다수 참조), 청구인은국세기본법제2조 제4호 및 제48조 제1항에 따라 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있으므로 기납부한 양도소득세를 농어촌특별세의 납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않아야 한다.
• 나. 처분청 의견 농어촌특별세법제7조 제1항에서 제5조 제1항 규정에 의한 농어촌특별세는 당해 본세를 신고․납부하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 경정청구를 통하여 본세의 감면세액이 증가함에 따라 농어촌특별세를 추가로 납부하는 경우국세기본법제47조의3 제1항에 따른 과소신고 가산세와 같은 법 제47조의5에 따른 납부불성실가산세를 적용하여야 하므로, 이 건 납부불성실가산세를 포함하여 농어촌특별세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 과다납부한 양도소득세를 과소납부한 농어촌특별세의 납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 2008․2009년 귀속 양도소득세 및 농어촌특별세 경정결의서에 의하면, 처분청은 과다납부한 양도소득세 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원으로 환급하였고, 감면세액에 대하여는 아래 <표1>과 같이 납부불성실가산세를 포함하여 농어촌특별세를 부과하였다. <표1> 농어촌특별세 경정내역

(2) 청구인은 과다납부한 양도소득세를 농어촌특별세의 납부세액으로 보면, 납부불성실가산세 계산시 미달 납부한 세액이 없어 납부불성실가산세의 부과가 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 국세통합시스템(TIS)에 의하면, 청구인은 감면양도소득금액 증가로 양도소득세를 환급받으면서 환급가산금 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원을 가산하여 지급받은 것으로 나타난다. (4)국세기본법제47조의5(납부·환급불성실가산세) 제1항에는 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다고 규정하고 있고, 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 농어촌특별세제8조(부과·징수) 제2항 제1호에는 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세의 신고·납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 제3조 제1호의 납세의무자중 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 자와 제3조 제2호 내지 제4호 및 제6호의 납세의무자(동조 제3호의 납세의무자중 물품을 수입하는 자를 제외한다)에 대하여는 세무서장이 당해 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다고 있으며, 같은 법 시행령 제7조(부과·징수) 제1항에는 법 제8조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 부과·징수하는 때에는 당해 본세의 납세고지서에 당해 세액과 농어촌특별세액 및 그 합계액을 각각 기재하여 고지하여야 한다고 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 양도소득세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 양도소득세의 부가세로서 청구인이 양도소득세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있고, 이와 같은 경우 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하고 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이므로(조심 2012서3715, 2013.1.16. 같은 뜻), 처분청에서 청구인이 과다납부한 양도소득세를 환급받으면서 가산하여 받은 국세환급가산금중 농어촌특별세의 납부세액으로 인정받은 금액에 상당하는 국세환급가산금은 환수하는 것은 별론으로 하더라도 과다납부한 양도소득세를 농어촌특별세 납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 과세하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.