조사청이 장부를 분실한 경우 추계결정하는 것이 타당함

OOO세무서장이 2011.11.15. 청구법인에게 한 2 008 사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은법인세법제66조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제104조 제2항 제2호의 규정에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인(구, 주식회사 OOO주택)은 2002.9.1. 개업하여 OOOOO OOO OO동 296-30 외 231필지(이하 “OOO동사업부지”라 한다)에 ‘OOO아파트’ 581세대 를 신축․분양한 건축시행사로서 동 아파트를 2009년에 공사 완료한 것으로 하여 작업진행률 을 산정하여 2009사업연도 분양수익을 OOO만원으로, 이에 대응되는 토지원가 OOO만원 및 외주비 OOO만원 등을 손금으로 계상하여 법인세를 신고하였다.
• 나. OO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2010.5.10.부터 2010.6.28. 까지 청구법인의 2006∼2009사업연도에 대한 법인세 통합조 사를 실시하여 OOOO아파트에 대한 사용검사필증 교부일(2008.12.26.)이 속하는 2008년을 실지공사완료일로 보아 200 8사업연도 작업진행률 적용착오에 따른 분양수입금액 OOO만원과 그 대응원가 OOO만원의 귀속시기를 조정하고 외주비 OOO만원 중 OOO만원에 대하여는 실거래 및 법정증빙 없이 청구법인이 허위로 계상한 가공원가로 보아 이를 손금불산입하여 과세하도록 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2011.11.15. 청구법인에게 2008 사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.28. 청구법인의 대주주(지분율 15%, 청구법인 대표이사 지OOO의 부친)인 지OOO이 2002～2004사업연도 중에 지 급한 용지구입비 OOO만원, 철거비 OOO만원, 이주비 OOO O,OOO만원, 이자비용 OOO만원 등 합계 OOO만원 상당(이하 “쟁점부외원가”라 한다)을 <표1>과 같이 2006～2008사업연도의 손금에 산입하여야 한다며, 심판청구(조심 2012서944)를 제기하였 고, 조세심판원(2012서944)은 2012.7.4. “청구법인이 쟁점부외원가라고 주장하며 제시한 지출자금이 OOOO아파트 아파트와 관련된 자금인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 관련 작업진행률에 해당 하는 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하라”고 결정․통지하였다.
• 마. 조사청은 이에 따라 해당사안에 대 해 2012.7.24.부터 2012.8.31.까지 재조사를 실시한 후, 2013.4.1. 청구법인에게 “당초 조사청의 처분결 정이 정당하여 그 결과 를 유지한다”는 취지의 조사결과를 통지 하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.4. 심판청구를 제기하였다. OOOOOOOOOO OOOOOO OO OOO OOOOOO OOOO (OO: O)

• 가. 청구인 주장 청구법인은 2002～2004사업연도에 OOO동사업부지 용지취득원가 과소계상액(<표2>), 철거비(<표3>), 이주비(<표4>) 및 이자비용(<표5>) 등 OOO만원의 쟁점부외원가가 2002사업연도 청구법인의 대차대조표상 부채비율이 23,542%에 달하고 총자산대비 차입금의존도가 63.48%로 매우 높아 금융권으로부터 추가적인 대출을 받는 것이 사실상 불가능하여 부득이 대주주인 지OOO의 개인통장에서 부동산매매계약서상 매매대금 외의 추가적으로 지급한 쟁점부외원가를 장부에 기표할 수 없어 부득이 부외원가로 처리할 수밖에 없었고, 법인세 신고시 쟁점부외원가 대신 증빙 없이 외주비 OOO만원을 계상하여 소득금액을 조정하였으므로 쟁점부외원가를 2006～2008사업연도의 손금에 산입하여야 한다. (가) 토지매입비 추가분에 대하여 OO동 사업부지는 청구법인이 토지소유자들과 토지보상을 협의하기 수년전부터 OOO건설 등 4개 업체가 토지보상을 협의하였으나 모두 실패한 지역이며, 지주들은 타 건설사들과의 보상협의 경험을 토대로 보상비를 높이기 위해 세입자 늘리기 및 속칭 ‘알 박기’ 등 여러 가지의 수단으로 청구법인에게 계약서상 토지대금 이외에 추가로 토지대금 등을 요구하였고, 아파트개발사업의 성패는 신속한 지주보상을 통해 계획된 기간 내에 아파트를 신축하여 분양하는데 있으므로 청 구법인은 원활한 사업추진을 위해 지주들의 요구를 받아들이게 되 어, 그 예로 사업부지 중 아래의 사례 ①,②,③지번의 경우를 보면, 모두 계약일이 동일한 연접된 토지로서 연접된 토지들의 매매가액과 유사해야 함에도 불구하고 연접한 토지의 ㎡당 매매가액의 차이가 발 생하는 것은 용지의 매매가액을 장부에 반영하지 못하는 것이 므로 이를 작업진행률에 따라 2006∼2008사업연도 손금에 산입하여야 한다. 아래 사례①을 보면, 매도자 이OOO의 계약금액이 OOO원인 사실은 영수증, 계좌이체영수증 등에 의하여 확인되며, 182-32, 298-21, 298-22 및 298-23지번은 모두 도로에 인접한 토지로서 182-32지번과 나머지 3지번은 연접토지이나 계약금액은 약 2.5배 차이가 나, 정OOO 외 2인에게 아래와 같이 추가로 지급하였다. OOOOO OOOOO OOOO OOOOOO (OOO-OOOOOO-OO) O OOO-OO OO OOO OOOO OOOOOO OOO OO OO OOO OO OOO OOOO OOOO 아래 사례②의 경우도 김OOO, 박OOO, 신OOO 및 김OOO에게 지급한 금액은 송금영수증 등에 의하여 확인되며, 각 층의 면적이 유사함에도 매매가액이 크게 발생하기 때문에 김OOO, 김OOO, 남OOO 및 김OOO에게 아래와 같이 추가로 지급하게 되었다. OOOOO OOOO OOO OOO OOOO OOOOOO (OOOOO) O OO OO OO OOOOOO OOO OO OOOOO OO OOO OOOO O OOO 아래 사례③은 매도자 이OOO의 계약금액이 OOO만원인 사실은 영수증, 계좌이체영수증 등에 의하여 확인되며, 297-11, 297-12, 297-13지번은 도로에 연접한 토지로서 297-11지번과 297-12지번은 차이가 크게 발생하여 서OOO 외 1인에게 아래와 같이 추가로 지급하였다. OOOOO OOOOO OOOO OOOOOO (OOO-OOOOOO-OO) (나) 철거비, 이주비 및 이자비용에 대하여

1. 공동주택 신축사업지구 내에 기존 주택 등 건축물이 있는 경우에는 기존 건축물 등을 철거해야 하고, 이에 따른 철거비용 및 세입자 이주보상비는 필수적으로 수반되는 것이나 청구법인의 경우 철거비 및 세입자 이주보상비를 손금에 반영하지 아니하였으며, 청구법인은 건축물 철거업무를 전문으로 하는 김OOO에게 철거 및 보상업무를 일괄 처리토록 하여 아래 <표3>과 같은 철거비 OOO만원과 <표4>와 같은 이주비 OOO백만원 상당을 지급하였으므로 이는 청구법인의 손금에 산입되어야 한다. OOOOOOOOOO OOO OOO OOO OOOOOO (OO: OO)

2. 청구법인은 당초 토지매입비를 PF 대출금 OOO억원 등으로 충당하였으나, 청구법인 및 대주주 등의 자금 경색으로 사채자금 OOO억원을 강OOO로부터 차입하여 추가 지급하였으며, 이에 따른 사채이자 OOO만원 상당을 아래 <표5>와 같이 강OOO에게 지급하였으므로 이는 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다. OOOOOOOOOO OO OOO OOO OOOOOO (OO: OO) (다) 아파트를 분양하는 시행사들의 매출액 대비 이익률은 통상적으로 10% 내외로서, 쟁점부외원가를 포함하지 않을 경우에는 아래 <표6>과 같이 2008～2009년의 영업이익률(영업이익률 공시 회사 3곳, 아래 <표7-1>의 OOO산업, OOO건설, OOO건설의 평균 영업이익률 6.06%)이 아래 <표7>과 같이 무려 29.7%에 이르므로 타 시행사들 영업이익율의 약 4.9배에 이르는 것으로 부외원가를 인정하지 아니한다면 원가구성에 심각한 왜곡이 발생한다. OOOOOOOOOO OOOO OOO OOOO OOO OOOOO O OOOOO (OOO, O)

(2) 2004.9.경 조사청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사시 공사관련 서류를 영치하여 갔으나, 청구법인은 당시 조사공무원의 확인과 같이 조사종결 후 관련서류의 반을 반환받지 못하여 쟁점부외원가에 대하여 소명할 수 없으므로 처분청이 쟁점부외원가를 인정할 수 없다면 청구법인의 2008사업연도 소득금액은 추계경정되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 쟁점부외원가를 부외원가로 인정받기 위해 제출된 통장내역 은 아래와 같이 단순히 대주주인 지OOO의 개인통장에서 현금 출금사실만 나타날 뿐, 거래상대방이나 거래목적을 전혀 알 수 없어 쟁점부외원가를 부외원가로 인정할 수 없다. (가) 청구법인은 신속한 사업진행을 위해 사업부지의 매입과정에서 지주 들의 여러 가지 요구사항 때문에 추가지급분이 발생하였으며, 높은 부채비율 등으로 대주주의 개인통장에서 인출하여 부외원가를 지급 하였다는 주장이나, 청구법인은 부외원가의 증빙자료로 특정일자에 단순하게 대주주인 지OOO의 개인통장에서 현금으로 출 금 된 사실을 근거로 제시할 뿐, 거래상대방이나 거래목적을 알 수 있는 객관적인 증빙은 전혀 제출하지 못하고 있고, 당시 지OOO은 OO종합건설 등 개인사업을 영위하고 있으며, 2002년～2004년의 수입 금액이 아래 <표8>과 같이 OOO억원으로 지OOO 계좌에서 현금으로 인출한 금원이 지OOO의 개인사업과 관련한 것인지, 청구법인의 사업과 관련된 것인지 여부가 불분명하다. OOOOOOOOOO OOOO OOOO OOOO OOOO (OOO) (나) 청구법인은 OOO동 OOO아파트 분양사업시행사로 2002년 말 현 재 시공사인 주식회사 OOO종합건설(이하 “OOO종합건설”이라 한다)로부터 OOO만원을 차입하였고, OOO종합건설은 동 법인의 대주주인 지OOO으로부터 OOOO O,OOO 만원을 차입하였기에 지OOO 계좌에서 현금으로 인출한 금원 이 청구법인 의 이미 계상된 차입금과 중복여부도 불분명하다. (다) 용지비OOO 손금인정 주장에 대해 청구법인은 OOO동사업부지 매입에 대한 토지 매매계약서를 제출하지 못하였고, 부외원가로 지급하였다고 주장하는 용지비(OOOO O,OOOOO)에 대한 증빙으로 지OOO 개인계좌에서 현금으로 출금된 사항만이 확인되는 통장사본(통장 전체가 아닌 현금출금부분만 나타난 통장 사본)을 제시하고 토지소유자들 중 김OOO, 김OOO, 이OOO 및 강OOO의 확인서, 인감증명서 및 금융증빙을 추가적으로 제출하였으나, 현금으로 출금한 금액이 용지비로 직접 지출되었는지 여부를 확인할 수 없고, 부외지급 토지 취득비 OOO억원(113개 필지) 중 OOO억원(95개 필지)에 대한 대금수령 확인서를 추가 제출하여 확인한 바, 임의 작성한 허위확인서로 확인되어 거래증빙으로 인정할 수 없고, 용지비의 금융증빙은 청구법인 명의의 계좌가 아닌 지OOO 등의 개인계좌에서 현금으로 출금된 것이며, 동 출금액이 용지비로 지출되었는지 여부를 확인할 수 없으므로, 이는 손금으로 인정될 수 없다. (라) 이자비용, 철거비, 이주보상비(OOO O,OOOOO) 주장에 대해

1. 청구법인 자금차입관련 이자비용OOO관련 상대방 내역, 자금차입 계약서 및 이자나 원금지급·상환에 관한 근거 등 관련 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고, 2013.3.11.(월) 청구법인이 제출한 확인서(이자비용 OOO만원)를 서명․날인한 강OOO에 대하여 대인 조사한 바, 강OOO는 구체적이고 객관적인 증빙서류 제출하지 못하였다. 2) 청구법인은 철거비OOO 관련 철거대상 건물내역, 철거에 관한 계약서나 관련 문건, 철거업체 및 철거비 수령확인서 등 철거 와 관련된 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고, 2013.3.11.(월) 청구법인이 제출한 확인서(철거비용 OOO억원)에 서명․날인한 김OOO를 대인 조사한 바, 김OOO는 구체적이고 객관적인 증빙서류 제출하지 못하였다.

3. 청구법인은 이주보상비OOO에 대한 토지·건물의 소유자 내역, 보상비 지급에 관한 계약서는 관련 문건, 보상비 수령확인서 등 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고, 2013.3.11.(월) 청구법인이 제출한 확인서에 서명․날인한 김OOO를 대인 조사한 바, 김OOO는 구체적이고 객관적인 증빙서류 제출하지 못하였다.

4. 청구법인이 부외원가로 지급하였다고 주장하는 철거비, 보상비, 이자비용 등 OOO만원에 대한 증빙으로 지OOO의 개인계좌에서 현금으로 출금된 사항만이 확인되는 통장사본(통장 전체가 아닌 현금출금부분만 나타난 통장사본)을 제시하였으나, 현금으로 출금 한 금액이 철거비, 보상비, 이자비용으로 직접 지출되었는지 여부를 확인할 수 없다. (마) 청구법인이 부외원가를 지급한 사실은 연접한 토지간의 ㎡당 매매가액 비교 및 타 건설사와의 매출 및 영업이익률을 비교해볼 때 확인할 수 있다는 주장에 대해

1. 청구법인이 OOO동의 사업부지중 연접된 토지의 매매가액은 유사 해야 함에도 토지 ㎡당 매매가액의 차이가 발생하는 것은 실제 용지비 의 매매가액을 반영하지 못한 것이라 하나, 용지비 관련 확인서에 대하여 사실여부를 조사한바, 청구법인이 임의 작성하여 제출한 허위 의 확인서로 조사되었고, 용지비 지급 관련하여 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 청구법인이 지주와 작성한 매매 계약서 외에 실제 추가매매대금을 지급한 것을 반증하는 것이란 청구주장은 타당성이 없다.

2. OOO동 사업부지는 2002년경 청구법인이 기존 토지매입분을 인수하고 추가로 토지주 개인들에게 개별적으로 토지를 매입하였기 때문에 토지 계약시기에 따라 연접, 인근 필지의 토지매입단가는 많은 차이가 날 수 있으며, 청구법인이 제시하는 비교대상으로 제시하는 건설사들은 국내의 대기업으로 공사수입금액의 구성(국내 및 국외, 분양․재개발․ 관급 ․민간공사 등)이 다양하므로 매출이익률(영업이익률)만으 로 단순 비교하여 부외원가의 존재를 반증한다고 주장하는 것 은 타당성이 없다. 따라서, 청구법인이 주장하는 부외원가에 대하여 재조사한바, 용지비 관련 확인서는 임의로 작성된 허위확인서이며, 이자비용, 철거비, 이주보상비 관련 확인서를 문답조사한 바, 구체적이고 객관적인 증빙서류 를 제출하지 못하는 등 거래상대방이나 거래목적을 알 수 있는 증빙이 없어 손금으로 인정할 수 없다.

(2) 청구법인의 주장과 관련하여 제시된 당시 조사공무원의 확인서는 일부 서류가 섞이고 분실되었다고 하나, 최초 어떤 서류가 예치되었는지 또한 어떤 서류를 반환받지 못하였는지에 대한 개별적이고 구체적인 내용이 없다. 따라서 당시 조사공무원의 확인서만으로는 분실된 서류가 부외원가 소명과 관련이 있는지에 대한 여부를 확인할 수 없으므로 추계결정을 해달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 ⓛ 청구법인의 대주주 개인통장에서 현금으로 인출된 쟁점부외원가(토지매입비 추가분, 철거비, 이주비 및 이자비용)를 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 조사청의 장부분실로 추계 경정하여야 한다는 청구주장의 당 부

• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제66조 (결정 및 경정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제69조 (용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조 1항 및 2항을 적용함에 있어 건설ㆍ제조 기타용역 (도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등 "이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. 제104조 (추계결정 및 경정)

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법시행령 제143조 제3항 제1호 의2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2003년 주요 경영지표, 용지원 가에 대한 추가지급내역(<표2>), 2002～2006년 용지 선급금계정, 이자비 용(<표3>)․철거비용(<표4>)․이주보상비(<표5>)지급내역, 2002～2003사업연도의 주식 등 변동상황명세서를 아래 <표8>과 같이 제출하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OO O OOOO OOO(OOOO) (OO: O, O)

(2) 청구법인이 113개 필지OOO 중 95개 필지OOO에 대한 대금수령확인서 제출한데 대하여, 조사청은 토지매입비 추가분에 대하여 재조사하여 이 중 7개 필지(김OOO 외 6인)에 대하여 아래와 같이 확인한 바, 김OOO 외 6인이 청구법인 및 조사청에 확인한 내용을 비교하면, 아래 <표9> 내지 <표15>와 같다. OOOOOOOOOO OOO(OOOOOOOOOO OOO)

(3) 조사청의 재조사 결정에 대하여 청구법인은 아래와 같이 쟁점토지 중 4개 필지(추가분 OOO만원)에 대하여 대금수령확인서, 지급내역(송금영수증 등) 및 수령자의 인감증명서를 아래 <표16> 내지 <표19>와 같이 추가 제출하였다. OOOOOOOOOOO OOO OO OOO OO O,OOOOO OOOO(OOO, OOOOO) (OO: OO)

(4) 조사청의 철거비 및 보상비에 대한 김OOO 및 강OOO의 청구법인 확인서와 조사청의 문답서를 보면, 아래 <표20>, <표21>과 같고, 청구법인은 2006～2008사업연도 중에 철거비 및 이주비 명목으로 손금에 반영한 사실이 확인되지 않는다. OOOOOOOOOOO OOO OOO O OOO(OOOOOOOOOO OOO, OOOOOOO OO)

(5) 청구법인은 조사청(4국 3과) 전 세무공무원이었던 원OOO가 2004.9.경 약 2개월간 청구법인에 대한 법인세 영치조사 를 실시한 후 영치한 서류 중 여러 회사를 조사하다보니 일부 서류가 섞이고 분실되는 등으로 인하여 일부 서류를 반환되지 못한 것도 있었다는 당시 조사공무원의 아래 내용의 확인서를 제출하고, OOO건설주식회사 대표이사 지OOO(조사당시 청구법인 기획실장)은 조세심판관 회의(2013.12.26.)에 참석하여 2004.9.경 조사청(조사 4국)의 2～3개월 동안의 청구법인 및 개인 통합조사시 조사청 세무공무원 13여명이 나와 한 트럭 분량인 약 15상자의 각종 서류를 가져갔다가 이 중 목록이 일치되지 아니한 반(1/2) 정도는 다른 회사의 서류가 섞인 채 반환되었고, 대신 청구법인 회사의 서류는 반 이상이 반환되지 않았다고 취지로 진술하였다.

(6) 쟁점ⓛ에 대하여 본다. (가) 청구법인은 쟁점부외원가의 증빙자료로 특정일자에 대주주인 지OOO의 개인통장에서 현금으로 출금된 내역을 일부 구체적으로 제시하고, 관련인들의 확인서 등을 제시하면서 쟁점부외원가는 손금산입하여야 한다고 주장한다. (나) 토지매입분 추가지급분의 경우 OOO동 298 다세대주택 202호(박OOO)는 ㎡당 OOO원이 지급되었으나 201호(김OOO)는 ㎡당 OOO원이 지급되었고, OOO동 182-32(이OOO)는 ㎡당 OOO원이 지급되었으나 연접지번인 같은 동 298-21(정OOO)은 ㎡당 OOO원이 지급된 점 등으로 보아 청구법인의 주장이 일부 신빙성이 있는 면이 있으나, 지OOO은 당시 OOO종합건설 등 여러 개인 사업을 영위하고 있었던 것으로 보아 지OOO의 계좌에서 현금으로 인출한 금원 중 얼마가 지OOO의 개인사업과 관련된 것인지 얼마가 청구법인의 사업과 관련된 것인지 여부가 불분명하고, 또한 현금으로 출금된 금액이 실제 김OOO 등에게 용지비로 얼마가 직접 지출되었는지 여부를 확인할 수 없어 추가로 지급하였다는 토지매입대금이 객관적으로 얼마인지를 확정할 수 없으므로 청구법인이 주장하는 토지매입비 추가금액 OOO만원 상당을 인정할 수는 없는 것으로 판단된다. (다) 철거비와 이주비 및 이자비용의 경우, 이 건과 같은 주택신축사업의 경우 기존건물의 철거에 따른 철거비용 및 세입자 이주보상비 등이 필수적으로 수반되는 것이나, 청구법인의 경우 철거비 등을 손금에 계상하지 아니하였고, 그 당시 청구법인의 부채비율 등으로 보아 일부 사채자금을 빌릴 수밖에 없는 점은 인정되는 면이 있으나, 청구법인이 김OOO 및 강OOO에게 실제 지급한 날자와 금액 등을 객관적으로 확인할 수 없으므로 청구법인이 주장하는 이 부분도 인정할 수 없는 것으로 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 본다. (가)법인세법제66조 제3항과 같은 법 시행령 제104조의 규정에 따르면, 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 경우 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하고, 다만, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 추계 결정할 수 있도록 규정하고 있으며, 추계소득금액을 결정함에 있어 기준경비율이 결정되어 있는 경우 그에 따르고, 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재․지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 결정할 수 있도록 하고, 소기업이 폐업한 때에 는 이른 바 단순경비율을 적용하도록 규정되어 있다. (나) 이 건의 경우, 청구법인이 2009사업연도 법인세 신고시 계상한 외주비 OOO만원 중 OOO만원 상당을 처분청이 이를 허위로 보아 손금불산입하고, 작업진행률에 따라 귀속시기를 조정하여 2009사업연도 분양수입 금액 OOO억원과 용지비 등 OOO억원 상당을 2008사업연도에 계상하여 이 건을 과세하였는바, 2004.9.경부터 2～3개월간 조사청이 청구법인에 대한 법인세 영치조사를 실시한 후 영치한 서류 중 일부 서류가 섞인 후 분실되는 등 일부서류를 반환하지 못하였다고 그 당시 조사공무원이 확인하고 있고, 그 당시 청구법인의 기획실장 지OOO도 2002, 2003년도에 추가 지급한 토지 매입비, 철거비, 이주비, 이자비용 등 OOO만원의 관련 자료가 처분청의 귀책사유로 분실되었다고 진술하는 등 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당되는 것으로 보인다. (다) 처분청이 2009사업연도 분양 수입금액과 용지비 등을 귀속시기 조정으로 2008사업연도로 계상하였고, 2008사업연도와 2009사업연도의 신고 및 경정소득금액 등의 내용은 아래 <표22>와 같다. OOOOOOOOOOO OOOOO OO O OO OOOO O (OO) (라) 이 건의 경우, 조사청이 2004.9.경부터 2～3개월간 청구법인에 대한 법인세 영치조사를 실시한 후 일부 서류가 분실된 사실이 그 당시 조사공무원의 확인서와 그 당시 청구법인의 기획실장인 지OOO의 진술에 의하여 확인되는바, 이는 처분청의 귀책사유에 해당되어 청구법인으로서는 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에 해당되는 것으로 보이고, 청구법인이 제시하는 지OOO의 개인통장 인출내역 등과 주택신축사업의 경우 기존건물의 철거에 따른 철거비용 및 세입자 이주보상비 등이 필수적으로 수반되는 것이나 청구법인의 경우 이를 손금에 계상하지 아니한 점, 쟁점 부외원가를 포함하지 아니할 경우 2008사업연도 청구법인의 영업이익률이 29.7%에 이르러 동일 업종의 다른 법인 평균 영업이익률(영업이익률 공시회사 3곳, OOO산업, OOO건설, OOO건설의 같은 기간의 평균영업이익률 6.1%)의 약 4.9배에 이르고, 쟁점부외원가를 포함할 경우 영업이익률이 타 건설사들의 영업이익률과 비슷한 수준인 8.5%를 유지하는 것으로 나타나는 점에서 원가구성에 왜곡이 발생한 것으로 보이는 점 등으로 보아 이 건은 법인세 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비한 경우로 볼 수 있으므로 법인세법 시행령제104조 제2항 제2호의 규정에 따라 청구법인의 2008사업연도 과세표준 및 세액을 추계경정하여야 할 것으로 판단된다(국심 1999서2475, 2000.8.30. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.