종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상으로 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001년 7월에 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 OOO원에 취득하여 보유하다가 종전주택이 재건축됨에 따라 같은 동 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2004.12.14. 취득하고 2007.4.30. 신축주택을 OOO원에 양도한 후 2007.6.30. 해당 양도소득세를 신고납부하였다가, 2010.4.13.조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 감면(양도소득금액 OOO원, 감면세액 OOO원)받는 것으로 OOO세무서장에게 경정청구하였다.
• 나. OOO세무서장은 해당세액을 환급하였으나, 처분청은 1세대1주택(고가주택) 비과세를 적용하고(양도소득금액 OOO원), 종전주택 취득일로부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액을 감면배제하여 2013.4.12. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.3. 심판청구를 제기하였 다

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 감면비율을 결정할 때 분모나 분자에서 취득당시의 기준시가를 차감하도록 규정되어 있으므로 동일한 금액을 차감하여야 하나, 서로 다른 금액을 적용(처분청은 분모는 종전주택의 기준시가, 분자는 신축주택 취득당시의 기준시가로 산정)함으로써 결과적으로 분모가 과다하게 되어 결과적으로 감면되는 양도소득 비율을 과소 산정하게 되어 청구인의 재산권을 부당하게 침해하였다.

(2) 같은 법 시행령 제40조 제1항에 의하면, 관련 산식에서 분자나 분모나 동일하게 취득당시의 기준시가라고 규정하고 있는바, 동일한 용어와 언어에 대하여 분자나 분모를 다르게 적용하는 것은 세법해석을 자의적으로 한 것으로 결과적으로 세법이 갖고 있어야 할 법적 안정성과 예측가능성을 해쳤으므로 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 국세청의 종전 예규가 과세특례 대상소득금액을 신축주택에 대한 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 사실이 없으므로 소급과세나 신의·성실원칙에 위배되지 않고, 신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 있으므로 이들과의 과세형평에 비추어 처분청의 처분은 정당하다(조심 1212서121, 2012.2.23. 외 다수).

(2) 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 같은 법 제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체 문언을 고려할 때, 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이므로 종전주택을 취득한 때부터 신축주택을 양도할 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없는 것으로 판단된다. 따라서, 청구인의 양도소득금액 중 신축주택 취득일 이후부터 양도일까지의 소득금액에 대하여만 감면한 처분청의 처분은 정당하다(서울행정법원 2011구합 26879, 2011.11.18. 외 다수).

• 가. 쟁 점 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및택지개발촉진법제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001년 7월에 종전주택을 취득하였고, 2004.12.14. 신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 신축주택을 2007.4.30. 양도한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 나타난다.

(2) 처분청이 산정한 감면소득금액은 아래와 같고, 청구인은 취득당시 기준시가를 동일한 금액으로 하여야 한다고 주장한다. <처분청 경정시> 양도소득금액 × (OOO원) 신축주택 양도당시 기준시가(OOO원)- 신축주택 취득당시 기준시가(OOO원) = 감면소득금액 (OOO원) 양도당시 기준시가(OOO원)- 종전주택 취득당시 기준시가(OOO원)

(3) 살피건대, 조특법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모하는데 그 입법취지가 있었던 점, 같은 조 제1항에 따르면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법제99조의3 규정에 따른 감면대상 소득에 해당하지 아니하므로, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2013서1028, 2013.6.7. 외 다수 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.