조세심판원 심판청구 양도소득세

비사업용토지로서 장기보유특별공제를 적용할 수 없다 하여 경정청구를 거부한 처분은 부당함

사건번호 조심-2013-서-2778 선고일 2013.11.26

처분청도 쟁점건물이 고물상창고용으로 사용된 것으로 판단하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점건물이 창고용 건물로 사용되었다고 봄이 상당하므로, 쟁점건물 면적의 100분의 120인 면적에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하는 것이 합리적임

주 문

OOO세무서장이 2012.9.7. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO원 의 환급을 구하는 경정청구 거부처분은 OOO의 건물면적(49.587㎡)의 100분의 120인 59.5044㎡에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2000.8.22. OOO 대지 340.2㎡ 중 공유자 지분 102.9분의 18.9(62.48㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매로 취득하여 보유하다가 쟁점토지 상에 있는 청구인의 아버지인 유OOO 소유의 무허가건물 49.587㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 쟁점토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2010.9.1. 양도한 후 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하고, 취득가액을 OOO원으로 하여 해당 양도소득세를 신고․납부하였다.
  • 나. 이후 청구인은 2012.7.13. 쟁점토지를 쟁점건물의 부속토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다.
  • 다. 처분청은 2012.9.7. 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 적용할 수 없다 하여 경정청구를 거부하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.29. 이의신청을 거쳐 2013.6.14. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 사실관계 (가) 쟁점부동산은 청구인의 아버지 유OOO이 1972년에 취득하였고, 1979.11.27. 주민등록을 전입하여 거주하였는데 1997.7.4. 청구인의 아버지 유OOO이 어머니 임OOO에게 무허가주택을 제외하고 토지만을 증여하였으며, 쟁점토지는 청구인의 어머니가 근저당채무를 상환하지 못하여 OOO지원에서 임의경매되어 청구인이 2000.8.22. OOO원에 낙찰받아 소유권이전등기를 하였다. (나) 유OOO은 1990.4.20.까지 거주하다가 전출하였고, 1990.6.27. 이OOO에게 무허가주택을 임대하여 2003.11.17.까지 거주하였으며, 이후로도 공가상태와 임대상태가 이어졌으나 주민등록전입을 하지 않은 것으로 확인되고 있다. (다) 쟁점건물은 특정건축물정리에 관한 특별조치법에 의하여 OOO구청에 무허가건물로 등재OOO되었고, 무허가건물관리대장에는 쟁점건물이 1970.6.20. 건축되었으며, 구조는 목조 1층, 용도는 주거, 면적은 49.587㎡로 등재되었고, OOO구청 재산세부과내역에는 2001년부터 2004년까지 종합합산과세대상으로, 2005년부터 2010년까지 주택으로 재산세가 부과되었다.

(2) 청구주장 (가) 관할구청이 쟁점주택을 주택으로 판정하여 무허가주택관리대장에 등재하고 재산세를 부과한 사실이 확인됨에도 주택이 아니라고 다르게 해석함은 부당하다. (나) 대법원은 공부상 주택이 아닌 경우에도 납세자에게 유리한 비과세 혜택을 주기 위하여 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 것인가에 대하여 판단하여야 하고 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우 주택으로 보아야 한다는 판결을 반대로 해석하여 쟁점건물이 상시주택으로 사용할 수 없는 구조와 기능의 건물이고 점포로 사용되고 있다고 판단하여 자의적으로 해석하고 있다. (다) 처분청의 처분내용이 정당하려면 과세관청은 재산제세를 과세함에 있어 납세자의 유․불리를 떠나 공부상의 등재내용을 무시하고 실제 사용상태에 의한 전수조사를 하여 과세하여야 한다는 청구주장은 조세부담의 형평성을 위배한 것이다. (라) 따라서, 쟁점건물은 쟁점토지가 양도될 때까지 OOO구청에서 주택으로 재산세가 부과되어 주택임에도 불구하고 장기보유특별공제를 부인함은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 이의신청 재조사시 건물 양수자인 노OOO의 아버지 노OOO에게 문의한 바, 쟁점건물 양수 후 추가적인 공사가 없어 양도당시와 조사당시의 건물현황은 동일한 것으로 확인되고, 경정청구 현지확인 당시 찍은 건물내부 사진상 방안이 고물 쓰레기로 가득 차 있으며, 방 한가운데 파이프 기둥과 판넬지붕 등 전형적인 고물상 창고용 건물 구조이고, 벽지, 전등, 단열, 방음구조가 전혀없어 주택으로 사용하기는 불가능한 구조로 확인된다.

(2) 해당 무허가건물 매매계약서상 건물용도가 점포로 기재되어 있고, 청구인이 2011.4.21. 접수한 이 건 동일사유의 경정청구에서 해당 건물을 상가라고 하여 2011.6.20. 취하한 바 있으며, 2012.7.13. 재차 청구한 경정청구에서도 청구인 스스로 경정청구 담당직원에게 상가라고 진술한 사실이 있다.

(3) 또한 2013.2.15. 현지 출장하여 쟁점부동산과 연접한 대성설비사업주와 면담한 바, 쟁점건물에서 2003년까지 장애인부부가(청구인 이의신청시 이OOO라고 하고, 주민등록상 1990.4.20.~2003.11.17. 기간 동안 거주)거주하다가 퇴거하고, 2004, 2005년경에 패널지붕과 각 파이프 기둥공사를 한 후 계속 고물상 창고로 사용되다가 창고 사용자는 2010년 쟁점건물 매수자 노OOO의 아버지인 노OOO가 화재를 우려하여 퇴거시킨 것으로 알고 있다고 진술한 바, 쟁점건물은 적어도 2004, 2005년부터 양도일인 2010.9.2.까지 무허가 창고건물로 사용되었음이 객관적으로 확인되므로 쟁점토지에 대한 일부 주택 임차기간을 인정하더라도 소득세법 시행령제168조의6 기간기준 규정에 따라 비사업용토지에 해당한다.

(4) 따라서, 쟁점토지는 주택 외 무허가건물의 비사업용 토지에 해당되므로 주택 부수토지인 사업용 토지로 보아 경정청구한 장기보유특별공제를 배제한 처분청의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점건물이 주거용으로 사용되지 아니하여 그 부수토지가 비사업용 토지이므로 장기보유특별공제를 적용할 수 없다 하여 경정청구를 거부한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(이하 생략) 제104조 [양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 양도소득 과세표준의 100분의 60 제104조의3 [비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각목을 제외한 토지 가.지방세법또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나.지방세법제182조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

  • 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 5.지방세법제182조 제2항에 따른 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2) 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정된 것) 제168조의6 [비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의7 [토지지목의 판정] 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사 실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제168조의11 [사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위] ① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 "거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
7. 하치장용 등의 토지

물품의 보관·관리를 위하여 별도로 설치·사용되는 하치장·야적장·적치장 등(건축법에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관·관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지 제168조의12 [주택부수토지의 범위] 법 제104조의3 제1항 제5호에서 "지역별로 대통령령으로 정하는 배율"이란 다음 각호의 배율을 말한다.

1. 도시지역 안의 토지 5배

2. 도시지역 밖의 토지 10배

(3) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제182조 [과세대상의 구분] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

  • 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지
  • 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지 등기부등본에 의하면 청구인이 2000.8.22. 임의경매로 인한 낙찰을 등기원인으로 쟁점토지를 취득하였다가 2010.9.8. 노OOO에게 양도한 것으로 나타나고, OOO구청장의 무허가건물확인원(건물등재번호는 OOO, 2011.6.10.) 및 무허가관리대장에 의하면 쟁점건물의 면적은 49.587㎡, 건물구조는 목조, 용도는 주거, 건축시기는 1970.6.20.로 나타난다.

(2) 청구인과 양수자인 노OOO이 2010.7.5. 작성한 상가주택매매계약서상에는 부동산(대지 62.48㎡, 건물 49.587㎡)의 매매대금이 OOO원, 구조는 벽돌슬라브, 용도는 점포로 기재되어 있다.

(3) 쟁점건물의 소유자인 유OOO 1979.11.27.부터 1990.6.27.까지 쟁점건물에 거주한 것으로, 이OOO는 1990.4.20.부터 2003.11.17.까지 쟁점건물에 거주한 것으로 주민등록등본 등에 나타난다.

(4) OOO구청장의 재산세 과세내역에서 쟁점토지는 2001년부터 2004년까지 종합합산과세대상으로 종합토지세가 과세되었고, 2005년부터 2010년까지는 주택으로 재산세가 과세되었다.

(5) 쟁점건물은 등기된 토지 위에 국유재산이 일부 포함되어 있어 2000.8.22.부터 2010년 귀속분까지 주거용 건물로 변상금이 부과된 것으로 나타난다.

(6) 청구인은 2012년 11월 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도차익을 산정한 후 장기보유특별공제액을 OOO원으로 하여 OOO원을 환급하여 달라 는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이의신청에서 재조사결정하였으 나, 재조사결과 당초 의견을 유지하였으며, 재조사 내용은 다음과 같다. <처분청 재조사 주요내용>

1. OOO구청장이 발행한 무허가건물확인원에 따르면 건물구조가 목조로 되어 있으나, 현지확인결과, 판넬지붕과 각 파이프기둥으로 이루어져 있으며 쟁점건물 양도시 매매계약서에는 건물용도가 점포라고 되어 있다.

2. 해당 주소지 전출입 내역 및 주민등록등초본을 확인한 바, 임차인 이OOO가 1990~2003년까지 주민등록 신고된 사실이 확인되나 2003년 이후에는 주민등록이 신고된 사실이 확인되지 않는다.

3. 납세자는 임차인 이OOO가 2003년 퇴거한 이후 실제 수리를 하여 임차인을 구했으나, 주거환경이 열악하여 임차인이 나타나지 않아 공실이었을 뿐 이를 주거 이외의 용도로 사용한 적이 없다고 주장하여 2013.2.15. 현지 출장하여 쟁점건물의 공사여부 및 주택으로 사용한 사실확인하기 위하여 쟁점건물과 연접한 대성설비 사업장을 운영하다가 2010년 양수인의 퇴거요구로 인하여 OOO로 사업장을 이전한 대표와 면담한 바, 최종 주거지는 장애인 부부(이OOO 추정)가 2003년까지 거주하다가 이후 2004∼2005년경에 지금의 창고용으로 패널지붕과 각 파이프 기둥공사를 한 후 고물상의 창고로 사용되다가 2010년 쟁점건물 양도 후 매수자 노OOO의 아버지 노OOO가 고물로 인한 화재 등을 우려하여 퇴거를 요구하여 퇴거한 것으로 알고 있다고 한다. 납세자는 2003년 임차인 이OOO가 퇴거한 이후 공실이었다는 주장하나 쟁점건물을 공사이후 고물상으로 사용된 것으로 탐문되어 납세자의 주장은 사실이 아닌 것으로 판단된다.

4. 건물 양수자 노OOO의 아버지 노OOO와 통화한 바, 쟁점건물 양수후 추가적인 공사는 하지 않은 것으로 진술하고 있어 양도당시와 조사당시의 건물현황은 동일한 것으로 판단된다.

5. 경정청구 담당자의 찍은 내부 건물 사진상 방안이 쓰레기로 가득차 있고, 방 한가운데 파이프 기둥, 전등이나 벽지가 확인되지 않고 단열 및 방음이 제대로 되지 않는 것으로 보아 양도당시 상시 주거용이 아닌 것으로 판단되며, 고물상의 창고용으로 사용한 것으로 판단된다.

(7) 처분청은 2012.8.13. OOO수도사업소장에게 2000년부터 2010년까지 OOO 이OOO의 이름으로 부과된 수도요금의 업종확인을 요청하였고, 동 사업소장은 2012.8.13. 쟁점건물에 가정용 수전은 별도로 존재하고, 이OOO의 수전은 당시부터 영업용으로 계속 적용된 것으로 통보하였다.

(8) 처분청이 OOO구청장으로부터 OOO의 2000.8.26.부터 2010.9.8.까지의 전출․입 내역을 조회한 바, 총 24세대 51명의 전출입이 있었던 것으로 확인되나, 동 소재지에는 쟁점건물 외에 무허가건물이 5채가 있는 것으로 나타난다.

(9) 처분청 담당자가 2012년 9월 현지확인시 촬영한 사진들에 의하면, 내부 중앙에 파이프 기둥들이 있고, 고물들이 쌓여져 있는 것으로 보인다.

(10) 이 건 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 건물이 주택에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지, 관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주 택으로 보아야 할 것이다(대법원 2005.4.28 선고 2004두14960 판결 참조). (나) 위의 사실관계 등을 고려하면, OOO구청장의 무허가건물확인원 및 무허가관리대장에 의하면 쟁점건물의 용도는 주거로 나타나고, OOO구청장의 재산세 과세내역에서 쟁점토지가 2005년부터 2010년까지는 주택으로 재산세가 과세되었으며, 2000.8.22.부터 2010년 귀속분까지 쟁점건물에 대하여 주거용 건물로 변상금이 부과되었으나, 청구인과 양수자인 노OOO이 사이에 체결한 상가주택매매계약서상 용도구분에 점포로 기재되어 있는 점, 이OOO가 2003.11.17. 쟁점건물로부터 전출한 이후 거주내역이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점건물이 양도당시 주거용으로 사용되었다고 인정하기는 어렵다고 보인다. 다만, 비사업용 토지의 양도소득세 중과규정은 2005.12.31. 소득세법개정시 생산적 용도가 아닌 투기적 수단으로 토지를 보유하다 양도하는 자에 대한 세부담을 강화하기 위해 신설된 것으로 2007.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였고, 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제168조의11 제1항 제7호는 비사업용 토지에서 제외되는 토지의 하나로 하치장용 등의 토지로서 물품의 보관·관리를 위하여 별도로 설치·사용되는 하치장·야적장·적치장 등(건축법에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관·관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지를 열거하고 있는바, 이 건의 경우 처분청도 쟁점건물이 고물상 창고용으로 사용된 것으로 판단하고 있는 점과 쟁점건물 양도당시 촬영된 사진은 아니지만 처분청이 제시한 사진에는 건물내부 중앙에 파이프기둥들이 있고, 고물 등이 쌓여져 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점건물이 2003.11.17.까지는 주거용으로 사용되다가 그 이후에는 창고용 건물로 사용되었다고 봄이 상당하므로, 쟁점건물 면적인 49.587㎡의 100분의 120인 면적(59.5044㎡)에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)