잔금청산이 완료되고 소유권이전등기를 경료한 때에 양도한 것으로 봄이 타당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인 이OOO․이OOO․이OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 1986.7.15. OOOO OOO OOO OOO OOO OOO-O 과수원 10,356 (이하 “쟁점토지”라 한다)의 1／3지분을 각각 상속받아 2009.12.15. OOO학원(OOO대학교, 이하 “양수인”이라 한다)에 양도(양도가액 OOO원, 각 청구인별 OOO원)하고, 2009.12.23. 처분청에 2009년 귀속 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부하였다가, 2012.12.18. 쟁점토지가 조세특례제한법 제77조 (공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) 규정에 의한 감면대상에 해당한다 하여 양도소득세 OOO,OOO,OOO원을 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구서를 제출하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 사업시행자 지정, 실시계획인가 신청 및 허가 받은 사실이 없는 토지로서 위 규정에 의한 감면대상이 아닌 것으로 보아 2013.2.20. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2013.5.15. 심판청구를 제기하였다(심판청구 과정에서 당초 공익사업용 토지임을 주장하다가 2013.7.8. 이를 철회하고, 양도가액의 95%인 OOO원을 수령한 날인 2005.3.2.을 양도시기로 보아야 한다는 내용으로 청구이유를 변경하였다).

2. 청구인들의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 쟁점토지의 양도시기는 양수인의 사용수익 승낙시점, 근저당권 설정에 따른 매도인의 처분권 제한 등 계약체결의 경위 및 내용 등을 고려해 볼 때, 사회통념상 양도가액의 거의 대부분이 지급된 날인 2005.3.2.로 보는 것이 타당하다. 청구인들은 2004.10.1. 학교용지 증축부지로 사용하려는 양수인에게 쟁점토지를 양도하기로 합의하였으나, 당시 농지법상의 소유권이전등기 제한, 예정부지의 매입지연에 따른 도시계획관리 결정절차의 지연 등으로 양수인은 부지취득절차의 완료 및 학교시설의 결정이 있기 전까지는 소유권이전등기 절차를 마치고 부지증축공사를 시행하는 것이 불가능하였으며, 청구인들은 양수인의 매매대금 지급에 관하여 계약금 10% 및 1, 2차 중도금을 지급받기로 약정하였고, 나머지 잔금(5% 상당)은 매매계약서에 첨부된 토지매매계약 조건의 특약사항으로, 2009.12.30. 지급하기로 하되, 그 이전에 학교시설결정 및 사업시행자 지정으로 양수인 명의로 소유권이전이 가능하게 되면 바로 소유권이전 서류를 넘기기로 하고, 그 시점까지도 어려울 경우에는 2년 이내에 이전하도록 별도 협의하기로 약정하였다. 특히, 2차 중도금 시점에 양수인이 쟁점토지를 교지로 사용할 수 있도록 토지편입신청승낙서를 교부하고 사실상 매매대금의 거의 전부를 지급한 양수인이 2차 중도금을 지급받는 직후인 2005.3.4. 쟁점토지의 사실상 처분 권한을 공고히 하기 위하여 쟁점토지에 청구인들을 채무자로 한 근저당권설정등기를 마친 점에 주목할 필요가 있는바, 이와 같이 2차 중도금 지급시점인 2005.3.2.에 양도대금의 거의 전부가 지급되고, 양수인이 쟁점토지를 학교용지 용도로 사용․수익할 수 있게 되었을 뿐만 아니라, 매도인의 처분권 행사가 양수인의 근저당권 설정으로 불가능하게 되었다는 점에서 위 중도금 시점에 쟁점토지가 양수인에게 사실상 이전된 것으로 2005.3.2.자 2차 중도금 지급일에 양도대금의 거의 대부분(95%)이 지급된 이상 대금의 거의 전부를 청산한 날인 2005.3.2.을 대금청산일(양도시기)로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제98조에서 규정하고 있는 자산의 취득 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 잔금을 청산한 날이 되는 것이고, 대금을 청산한 날이란 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일에 불구하고 실제로 대금을 주고 받은 날을 말하는 것이며 “대금청산일”이라고 함은 원칙적으로 거래대금의 전부를 지급한 날을 의미하지만 그 전부를 이행하지 않았어도 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행된 날을 포함하는 것이고 소액의 범위에 관하여는 법에 명백한 규정을 두고 있지 않으나 총 매매대금 중 5%의 잔금이 청산되지 아니한 상태라면 잔금청산으로 볼 수 없다는 최근 판례(OOO행정법원 2006구단10699, 2007.5.29.)에 비추어 보면, 비록 청구인이 2005.3.2.까지 수령한 매매대금 OOO원(청구인들의 지분 1／3, OOO원)이 전체 매매대금의 95%에 해당하는 금액이라 하더라도 미지급된 잔금 OOO원(청구인들 지분 1／3, OOO원) 역시 위 매매대금 중에서 미미한 액수라고 볼 수 없는 바, 매매대금이 사회통념상 거의 전부가 지급된 것으로 볼 수 없으므로 2005.3.2.을 양도시기로 볼 수 없다. 또한 매매계약시 잔금청산일은 2009.12.15.(소유권이전 서류 교환시 지불한다)로 명시하고 소유권이전일 이전에 부과되는 각종 제세금은 매도자가 납부하기로 한 점, 쟁점토지와 관련된 제반 법적인 사항 발생시 모든 책임은 매도인이 진다고 기재되어 있는 점, 잔금지급 전에도 학교시설결정 및 사업시행허가로 소유권이전이 가능할시 이전서류와 교환하기로 되어 있으나 OOO대학교가 쟁점토지를 포함하여 변경된 사업계획에 대하여 도시계획사업의 시행자 지정과 실시계획의 작성 및 인가를 받지 않은 점(조회기준일 2013.5.23.) 등으로 볼 때, 2005.3.2.자 2차 중도금 지급시 실질적으로 소유권이 이전되었다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 2009.12.15.로 보아 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도대금(OOO원) 중 5%(OOO원)의 잔금이 남아 있는 경우 양도시기가 도래한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 소득세법제98조[양도 또는 취득의 시기]에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다고 규정하고 있으며, 제1호에서는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청은 쟁점토지의 매매계약서에 잔금청산일이 2009.12.15.로 명시되어 있으며, 소유권이전등기일 이전에 부과되는 각종 제세금은 매도자가 납부하는 것으로 되어 있고, 쟁점토지와 관련된 제반 법적인 사항 발생시 모든 책임은 매도인이 진다고 되어 있는바, 잔금지급 전에도 학교시설결정 및 사업시행허가로 소유권이전이 가능할시에는 이전서류와 교환하기로 되어 있으나 양수인이 쟁점토지를 포함하여 변경된 사업계획에 대하여 도시계획사업의 시행자 지정과 실시계획의 작성 및 인가를 받지 않은 점 등으로 볼 때, 2005.3.2.자 2차 중도금 지급시에 실질적으로 소유권이 이전되었다고 보기 어려우므로 잔금청산일인 2009.12.15.을 양도시기로 보는 것이 타당하다고 보아 청구인에게 양도소득세를 경정․고지하였다.

(3) 청구인들은 1986.7.15. 쟁점토지의 1／3지분씩을 상속받아 2009.12.15. OO학원에 매매를 원인으로 양도(양도가액 OOO원)하였고, 2009.12.23. 처분청에 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부 후, 2012.12.18. 쟁점토지를 조세특례제한법 제77조 (공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) 규정에 의한 감면대상에 해당한다 하여 기납부한 양도소득세를 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구서를 제출하였다가 처분청에서 쟁점토지가 사업시행자지정, 실시계획인가 신청 및 허가받은 사실이 없는 토지로서 위 규정에 의한 감면대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부하자, 쟁점토지가 공익사업용 토지라는 당초 주장을 철회하고 2013.7.8. 양도시기가 양도대금의 95% 상당액이 지급된 2005.3.2.이 속하는 2005년이라는 내용의 청구이유 변경신청서를 제출하였는 바, 그 변경내용을 보면, 양수인이 2005.3.2.까지 매수대금의 95%를 지급하였고, 동 금액은 사회통념상 대금의 거의 전부(95%)를 청산한 것이므로 2005.3.2.을 대금청산일로 보는 것이 타당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인 이OOO의 OOO은행 OOO지점 예금 계좌사본에 의하면, 계좌번호는 154-6**-*(저축예금), 예금주 이OOO, 입금내역은 아래와 같이 2004.3.3.～2004.11.1. 기간중에 입금한 내역이 <표1>과 같이 OOO원으로 확인되며, 동 금액에 계약금 OOO원과 미입금액 OOO원을 합하면, 이OOO의 양도대금 수령액은 OOO원(95%)으로, 잔금(미입금)은 OOO원(5%)으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOO (OO: OO) O OOO: OOO,OOOOO(OOO OO OOO, OO,OOOOO) (나) 매수자인 OOO대학교의 사실확인서에 의하면, <표2>와 같이 매매대금 잔금지급 시점은 예상완료시점인 2009년말로 정하되, 매매대금의 극히 일부인 1-5% 만을 상징적인 의미로 남기고 동 금액을 최종지급시점에 지급하는 것으로 기재되어 있다. OOOOOOOOOO OOOOO(OOOOOO)

(4) 살피건대, 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 의하여 토지, 건물의 양도시기는 원칙적으로 잔금청산일이 되는 것이나, 양도의 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이루어졌다면 그 대가가 지급된 시기를 양도시기로 볼 수 있는 것이며, 대금청산은 이루어지지 아니하였으나 매매대금의 대부분을 지급하였는지의 판단은 매매대금의 지급 정도, 잔금청산 또는 소유권이전등기 전까지의 부담상황 등을 참작하여 사실 판단하는 것이 타당하다 할 것인바(조심 2010서3379, 2011.4.1., 같은 뜻임), 청구인들은 2005.3.2.까지 쟁점토지의 각 양도대금 OOO원 중 OOO원(95%)을 수령하여 5%의 잔금이 남아 있었으므로 양도대가가 사회통념상 거의 지급된 것으로 보아 쟁점토지의 양도시기를 2005.3.2.로 보아야 한다는 주장이나, 전체 매매대금의 95%에 해당하는 금액이라 하더라도 미지급된 잔금 OOO원(청구인별 지분 1／3, OOO원) 역시 미미한 금액으로 보기 어려운 점, 매매계약시 잔금청산일을 2009.12.15.(소유권이전 서류 교환시 지불한다)로 명시하고 소유권이전등기일 이전에 부과되는 각종 제세금은 매도자가 납부하기로 한 점 등으로 볼 때, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 매매계약서상의 대금청산일인 2009.12.15.로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.