쟁점연구개발비에 대하여 연구・인력개발비 세액공제를 적용함이 타당함

OOO세무서장이 2013.3.27. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO원, 2010사업연도 법인세 OOO원, 2011사업연도 법인세 OOO원의 환급경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 방위산업물자의 생산 및 연구개발을 수행하고 있는 방산업체로 2009∼2011사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다)에 연구원 인건비ㆍ교육훈련비ㆍ원자재비 등 OOO원의 연구인력개발비를 지출하였고, 이 중 OOO･OOO으로부터 위탁받아 수행한 연구개발(이하 “쟁점연구개발”이라 한다)에 해당하는 OOO원에 대한 연구인력개발비 세액공제액 OOO원을 신고누락하였다는 이유로 2013.1.28. 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2013.3.27. 쟁점연구개발이 자체 연구개발이 아닌 수탁 연구개발이므로 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 지대공미사일 천궁, 대함미사일 해성을 비롯한 정밀 유도무기체계와 감시체계 등의 방산물자의 연구개발을 하고 있는데, 이는 국가의 수요에 맞추어서 기술개발이 이루어질 수밖에 없는 특수성이 있고, 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 제1항 제1호 에 따라 인정받은 기업부설연구소(4개)와 전담연구원을 보유하고 있으며 청구법인과 OOO등과의 계약조건을 보면, 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되어 있을 뿐만 아니라 OOO 등은 국가기관이므로 연구개발비에 대하여 이중으로 세액공제가 되지 아니하므로 일관된 다수의 선결정례에 따라 세액공제 대상에 해당하는바, 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점연구개발은 개발의 형식이나 실체 모두 법령에 따른 위탁개발이고, 계약특수조건에도 OOO의 지시를 받아 용역을 수행하는 것으로 나타나 있으며, 주무부서인 교육과학기술부에서도 “결과물이 위탁기업 소유이면 위탁 연구개발에 해당되는 것”으로 보았을 뿐만 아니라 조세제한특례법 시행령 제8조 제2항 제7호에 위탁연구개발에 대해서 2009.1.1.부터 세액공제를 받을 수 없도록 제외하도록 명문화되었으므로 쟁점연구개발을 세액공제대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점연구개발을 국가 등으로부터 위탁받아 지출한 비용으로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제9조 【연구·인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.(2008.12.26 신설)

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. (2) 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.(2010.1.1.개정)

① 내국인 [도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2008.12.26.개정)

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액(2010.1.1.개정)

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액(2008.12.26.개정)

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액(2010.1.1.개정)

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.(2008.12.26.개정)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액(2010.1.1.개정)

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액(2010.1.1.개정)
• 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액(2008.12.26.개정)
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액(2010.12.27.개정)

1. 중소기업인 경우: 100분의 25(2010.12.27.개정)

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율(2010.12.27.개정)

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15(2010.12.27.개정)
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10(2010.12.27.개정)

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)(2010.12.27.개정) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2010.1.1.개정)
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(2008.12.26.개정)
• 다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1(2008.12.26.개정)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004.7.1. OOO주식회사의 방산사업부문을 포괄영업 양수도 방식으로 인수하여 현재까지 지휘통제통신체계(C4I), 감시정찰체계(ISR), 정밀타격체계(PGM), 전자전체계(EW), 항공전자(Avionics) 등의 방산물자를 생산하고 관련 연구개발을 수행하고 있고, 연구개발을 담당하는 4개의 연구소OOO를 기업부설연구소로 승인 받았으며, 청구법인의 연구 및 인력개발비 현황과 연구 및 인력개발비 세액공제 현황은 다음과 같다. (이하 생략)

(2) 청구법인이 제시한 방산물자 연구개발 흐름은 대체로 다음과 같다.

① 제안서 공모(OOO)

• OOO가 개발 계획을 수립 하고 제안서 공모함

② 제안서 작성 및 제출(청구법인)

• 청구법인이 공모 조건에 맞게 제안서를 작성 하여 제출

③ 기본설계(청구법인)

• HW 기본형상 설계 및 연동 설계

• SW 운용절차 및 실행개념 설계

④ 기본설계 검토회의(청구법인／OOO)

• 기본설계 내용에 대한 검토 회의 및 확정

⑤ 상세설계(청구법인)

• 구성품별 HW 세부설계

• SW 설계 구체화

⑥ 상세설계 검토회의(청구법인／OOO)

• 상세설계 내용에 대한 검토 회의 및 확정

⑦ 성능시험(청구법인／OOO)

• SW와 HW를 통합한 연동시험을 수행

• 시험 결과 기록 및 분석을 통한 성능보고서 작성(청구법인)

⑧ 시제 납품(청구법인)

• 상세설계 도면 등을 바탕으로 제작되고 성능시험을 만족하는 개발시제품 및 관련 기술자료 납품

⑨ 양산 계약 및 양산(청구법인)

• 개발 성공한 시제품에 대한 독점생산권을 바탕으로 OOO과 양산계약을 체결하고, 대량 생산하여 납품

(3) 관련법령과 위의 사실관계 등을 종합해 볼 때, 처분청은 2009.2.4. 신설된 조세제한특례법 시행령 제8조 제2항 제7호에서 ‘위탁받아 수행하는 연구활동’을 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외하도록 명문화되었고 청구법인이 수행한 쟁점연구개발이 타인으로부터 위탁받아 수행한 용역에 해당한다는 의견이나, 위 시행령 규정은 2005년 신설된 조세특례제한법 기본통칙에도 존재하였던 규정으로 우리 원은 그동안 동 규정상의 '위탁받아 수행하는 연구활동' 인지 여부를 계약의 형식보다는 실질내용에 따라 보았고, 방위산업물자는 대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가 요구하는 무기 등의 특정물품을 만드는 것이므로 방위산업은 국가의 요구에 맞춰서 기술개발이 이루어질 수밖에 없다는 특수성을 인정하여 왔는바, 동 규정이 조세제한특례법 시행령에 신설되었다고 하여 달리 해석할 이유가 없어 보인다(조심 2011부2327, 2011.11.17.외 다수 참조). 또한, 조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제의 기본취지는 여타의 세액공제가 대부분 일정 조건에 대한 설비투자액에 대한 공제제도인 점에 비추어 이는 비용에 대한 세액공제로서, 동일한 기술개발투자에 있어서도 설비투자는 자산의 대체성, 잔존가액의 존재 등의 특성이 있는 반면 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인이 더욱 많을 수 있어 기술개발이 위축되지 않도록 하기 위하여 동 제도를 도입하여 시행하는 것인 점(조심 2011서4789, 2012.7.12. 외 다수 참조), 청구법인은 오로지 방위산업물자의 생산 및 연구개발을 수행하고 있는 방산업체로서 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소를 운영하고 있고 전담연구원을 보유하고 있는 점, 계약조건 상 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속된다고 볼 수 있는 측면이 있는 점, OOO와 OOO이 수익사업을 영위하지 아니하여 수탁비용에 대하여 이중으로 세액공제가 되지는 아니하는 점 등을 감안하여 볼 때, 비록 청구법인과 OOO 및 OOO의 계약의 형식이 수탁받는 형식을 띠고 있지만 쟁점연구개발에 소요된 비용은 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 합리적이라고 할 것이다. 따라서, 청구법인이 한 연구 및 인력개발비 세액공제 신고누락에 따른 2009년 사업연도 법인세 OOO원, 2010년 사업연도 법인세 OOO원, 2011년 사업연도 법인세 OOO원의 경정청구에 대한 처분청의 환급거부처분은 이를 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.