신축주택 취득 이전의 양도소득은 조특법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.3.7. OOO(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2000.9.6. 재건축 사업승인을 받고 관리처분계획에 따라 2001.9.19. 재건축조합과 청구인이 OOO아파트 121동 1201호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)의 분양계약을 체결하고 분담금을 납부하여 2004.9.30. 쟁점신축주택이 준공되어 보유하다가 2007.1.5. 쟁점신축주택을 김OOO에게 OOO원에 양도하였고, 이에 따라 청구인은 2007.3.30. 쟁점신축주택에 대해 양도소득세를 OOO원으로 계산하여 신고․납부하였다. 한편, 청구인은 2008.7.3. 쟁점신축주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 의 규정에 따른 감면대상이라고 보아 이에 대한 경정청구를 하였고, 처분청은 2008.7.12. 청구인의 경정청구를 받아들여 당초 신고․납부한 세액을 전액 환급하였다.
• 나. 처분청은 신축주택감면에 대한 기획점검을 실시하여 구주택 취득일(2000.3.7.)부터 쟁점신축주택 취득일(2004.9.30.) 전일까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 의 감면대상이 아니라고 보아 당초 감면세액을 배제하여 2013.4.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 차감)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제99조의3 에 따르면 명백히 준공 후 5년 이내 양도시와 5년 이후 양도시를 구분하도록 되어있으나, 청구인의 경우는 준공 후 5년 이내에 양도하였음에도 5년 이후 양도할 때의 안분식을 적용함은 명백한 잘못이다. 즉, 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 감면 취지는 일정기간 내에 취득한 주택을 준공 후 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하는 것으로 5년 이후 양도시는 5년간 발생한 소득을 구하여야 하기 때문에 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 을 적용하여야 하나, 청구인의 경우는 5년 이내에 양도하였으므로 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 은 적용대상이 아니고, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식을 적용한다고 하더라도 취득당시의 기준시가를 분모에는 구주택의 취득당시 기준시가를, 분자에는 신축주택의 기준시가로 적용하여 산식을 자의적으로 적용하여 준공 전의 양도소득에 대해서 감면을 배제하여 납세자의 권익을 침해하고 있다. 또한, 소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정)에서 준공 전 소득과 준공 후 소득이 명백히 구분되므로 각 소득금액에 따라 감면 등의 법을 적용하여야 한다. 즉, 소득세법 시행령 제166조 에서는 관리처분계획인가일 전과 후의 양도소득을 구분하여 산정하도록 되어 있음에도 각각의 소득금액을 다시 합산하여 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 을 적용함으로써 납세자에게 불리하도록 하고 있고, 소득세법 시행령 제166조 에서 준공 전 소득(구주택 양도차익)에 대해서는 감면을 배제하는 데에는 이견이 없으나, 그 적용을 함에 있어 다소 자의적으로 배분한 바 이에 이의를 제기하며, 처분청이 원 조합원의 양도소득금액을 산정함에 있어 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 을 적용한다면, 조합원간에 관리처분계획인가일 전·후에 따라 세액차이(약 60%～90%)가 많이 나게 됨을 감안하여야 할 것이고, 대법원 판결(대법원 2008.5.29. 선고 2008두2026 판결 참조)에서도 나타나듯이 일반분양자와 조합원분양자를 모두 감면받도록 한 것만 보더라도 양자 사이의 형평을 중시하는 것이 공평과세에 부합한다고 할 것이다. 아울러 구주택 부수토지에 대하여는 환지법을 적용(소득세법 제88조 제2항)하여 감소되는 토지를 체비지로 건축비에 충당하므로 환지법에 따라 비과세 되어야 한다. 즉, 도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 않는바, 재건축조합은 조합원 소유의 기존주택 및 부속 토지를 평가하여 관리처분계획에 따라 재건축사업을 시행하게 되므로 조합원 소유의 기존주택 및 부속 토지를 재건축조합에 신탁등기를 하고 관리처분계획에 따라 조합이 조합원에게 우선 분양을 하고 잔여아파트는 일반에게 동시분양을 하여 조합원 분담금과 일반분양대금으로 건물신축비용으로 충당하게 되어 조합원의 기존주택 및 부수 토지는 관리처분계획인가일 현재 사실상 양도가 이루어 졌으나 환지에 관한 법률에 의거 양도소득세가 비과세 되고 새로운 주택은 조합과 조합원간에 분양계약에 의해 새로운 권리를 가지게 된다. 결론적으로 준공 후 5년 이내 양도시는 비과세 및 감면되는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 구주택을 취득하여 재건축에 의해 재건축아파트를 취득한 조합원의 경우에는, 구주택 취득시점부터 신축주택 완공전까지 발생한 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 감면대상에 해당하는지 여부에 대한 법령해석은 서울고등법원(2011누45193, 2012.12.21) 판결인 “신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 규정하고 있으므로 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아니고 이에 대한 비과세관행이 성립되었거나 과세관청이 감면대상이라는 견해를 공적으로 표명하였다고 볼 수 없다”는 내용을 보더라도 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 조세특례제한법 제99조의3 의 감면소득에 해당하지 않는다. 또한, 청구인의 청구주장 내용은 조세특례제한법 제99조의3 과 관련이 없으며, 청구인의 주장대로라면 신축주택의 취득전인 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일까지의 준공전 양도소득이 감면대상 소득이 되는 것으로 법령에 맞지 아니하므로 조세특례제한법 제99조의3 규정은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득을 감면대상으로 한정하는 것이며, 구토지를 취득한 때로부터 신축주택을 양도할 때까지의 전 기간에 발생한 소득이 감면대상이라는 청구주장은 법령의 자의적 해석으로 처분청이 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배재하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정에 따라 양도소득세 감면소득금액을 계산하였고, 기준시가 적용도 적법하게 계산하여 이 건 양도소득세 부과처분이 정당하다고 하면서, 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서 등을 제시하였다.

(2) 청구인이 소득세법 시행령 제166조 에 따라 계산한 관리처분계획인가 후 쟁점신축주택에 대한 양도소득금액은 OOO원이고, 이는 실질에 맞는 준공 후 양도소득금액으로써 관리처분계획인가 후 양도소득을 전액 감면대상으로 해석함이 조세특례제한법 제99조의3 의 해석에 부합하며, 이에 따른 쟁점신축주택에 대한 감면세액을 계산하면 OOO원OOO이 산출됨을 제시하였다.

(3) 조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) ／ (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}(이하 “쟁점산식”이라 한다)로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다.

(4) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구주택을 취득하여 보유하다가 재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 신축주택에 대한 감면소득금액은 주택의 전체 보유기간의 양도소득금액 중에서 구주택에 대한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여야 할 것인바, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하고, 5년 이내 쟁점신축주택을 양도하는 경우에는 쟁점산식을 적용할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심2012서2839, 2012.8.27., 조심2012서3124, 2012.9.18., 조심2012서4675, 2012.12.18. 참조). 또한, 청구인은 소득세법 시행령 제166조 에서 준공 전 소득과 준공 후 소득이 명백히 구분되므로 각 소득금액에 따라 감면소득을 적용하여야 하고, 구주택 부수토지에 대하여는 감소되는 토지가 체비지로 건축비에 충당되어 비과세 된다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 에 이에 대한 명문의 규정이 없어 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하기는 어렵고(조심 2013서730, 2013.5.9. 및 조심 2012서1750, 2012.12.31. 참조), 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제1항 에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있어, 이에 따라 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나므로 관리처분계획인가 후 양도소득을 전액 감면대상으로 적용하고 구주택 부수토지에 대하여도 비과세하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다 따라서, 처분청이 구주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.