종합부동산세액 산출시 공제할 재산세액을 종합부동산세법 및 지방세법상 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것은 정당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 과세기준일인 2012.6.1. 현재 청구법인이 보유하고 있는 214건의 과세물건(주택 4건, 종합합산토지 66건, 별도합산토지 144건)과 관련하여 종합부동산세를 계산할 때에 재산세를 공제함에 있어서, 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항과 제2항의 과세대상 부동산의 과세표준금액에 대하여 공제하는 종합부동산세 과세대상분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액을 과세기준금액 초과금액, 재산세 공정시장가액비율, 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 곱하여 산정한 뒤 2012.11.21. 청구법인에게 2012년 귀속 종합부동산세 OOO 원 과 농어촌특별세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.8. 이의신청을 거쳐 2013.5.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 종합부동산세법은 종합(별도)합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액은 토지분 종합(별도)합산세액에서 이를 공제한다고 규정하면서 그 구체적인 계산방법은 시행령에 위임하였고(동법 제14조 제3항 제7항 등), 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 대상 부동산분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 대상 부동산분 과세표준에 대하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 대상 부동산을 합산하여 (대상 부동산분) 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액으로 계산하도록 규정하고 있는바, 이는 2008년까지 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법과 비교해 볼 때 달라진 것은 “대상 부동산분 과세표준에 대하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”부분으로, 이를 문언대로 해석하면 “대상 부동산분 과세표준(과세기준금액 초과분 공시지가 × 공정시장가액 비율) × 재산세 표준세율”로 해석해야 하나, 처분청이 이를 “과세기준금액 초과분 공시지가 × 공정시장가액 비율 × 공정시장가액 비율 × 재산세 표준세율”로 해석하여 공정시장가액 비율을 두 번 적용(이중적용)하는 것으로 해석하는 것은 그 근거를 찾기 어려운 해석으로, 2008년 이전까지 계산하였던 방법과 마찬가지로 “과세기준금액 초과분 공시지가 × 공정시장가액 비율 × 재산세 표준세율”로 해석하는 것이 타당하며, 종합부동산세와 재산세 사이에 발생하는 이중과세 조정의 문제는 종합부동산세 부과대상 부동산에 부과된 재산세액을 공제하는 방법으로 해결하고 있는바, 즉 종합부동산세 부과대상인 과세기준금액 초과분에 대해 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 하는 것이고 앞서 살펴본 바와 같이 공정시장가액비율을 거듭 적용함으로써 결과적으로 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 실제 공제되어야 할 재산세 중 공정시장가액 비율 상당액에 한정하는 것은 명백히 이중과세에 해당하는 것으로 허용될 수 없고, 종전 종합부동산세법의 위헌여부가 쟁점이 된 헌법재판소 결정(2006.3.30. 선고, 2003헌가11) 및 토지초과이득세법의 위헌여부가 쟁점이 된 헌법재판소 결정(1994.7.29. 선고, 92헌바49)의 취지와 그동안 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 세액은 전액 공제된다고 발표한 정부의 공적인 견해표명과도 맞지 아니하므로 처분청의 계산방식은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세 과세표준 산정방식이 ‘공시가격의 합계액에서 공제액을 공제한 금액’에서 2008.12.26. 개정되어 ‘공시가격의 합계액에서 공제액을 공제한 금액에 공정시장가액비율 곱한 금액’으로 변경됨으로 인해 개정법 및 개정 시행령이 공제 대상 재산세액의 기준을 “주택 등 과세표준금액”으로 변경함에 따라 공제대상 재산세액을 계산하는 산식도 종전법 및 종전 시행령에 따른 과세기준금액 초과분에 재산세 과세표준 적용비율과 재산세율을 적용하던 것을 주택 등 공시지가에서 6억원 등을 공제한 금액에 공정시장가액비율을 곱한 과세표준금액에 다시 재산세 공정시장가액비율과 재산세율을 곱하는 것으로 변경한 데 지나지 않아 개정법과 개정 시행령에서 정한 공제대상 재산세액을 부당하게 축소한 것이 아니고, 이는 종전법에 따른 재산세액 과다 공제의 불합리를 개선한 것으로 실질과세의 원칙 및 과세형평을 관철하기 위한 규정이라 할 것이므로 조세법률주의에 위반되지 않는다. 재산세액 공제제도란 동일재산에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 방지하기 위한 제도인바, 이 같은 이중과세의 문제는 종합부동세가 부과되는 부분에 대한 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하면 해소되는 것이며, 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금이기는 하나, 주택 등에 대하여 공시가격에서 6억 원 등을 공제하고 여기에 다시 공정시장가액비율과 세율을 곱하여 계산함으로써 공제된 과세기준금액 및 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가-6억원 등) × (1- 공정시장가액비율)]에 대하여는 종합부동산세가 부과되지 않으므로 이 부분에 대하여는 이중과세의 문제는 생기지 않는다. 따라서 종합부동산세가 부과되지 않는 부분 즉, 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가-6억원 등) × (1-공정시장가액비율)]에 대한 재산세액은 종합부동산세액을 계산함에 있어 공제할 필요가 없다. 재정경제부가 2003.9.3. ‘부동산 보유세제 어떻게 달라지나?’라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니므로 위헌의 소지가 없다는 공식적 견해를 밝힌 사실은 인정되나, 앞서 본 바와 같이 개정법의 시행 후에도 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액은 모두 공제되고 있으므로, 처분청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 하였다고 할 수 없다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 계산당시 공제되는 재산세를 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법․부당한 것인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 종합부동산세법제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에서는 종합부동산세의 과세표준을 과세기준금액을 초과한 공시가격에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로, 지방세법제110조 제1항에서는 토지․건축물․주택에 대한 재산세의 과세표준은 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 산정하도록 규정하고 있다.

(2) 2009.2.4., 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 “종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합․별도합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 종합․별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”으로 하도록 규정하였으나, 2009.2.4., 대통령령 제21293호로 개정된 이후에는 “종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 종합․별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”으로 계산하도록 규정하였으며, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식(종합부동산세 신고서) 부표(2) 작성요령 7번에는 “과세표준 표준세율 재산세액”을 “(감면 후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%(별도합산토지의 경우 0.4%)”로 계산하도록 규정하고 있다.

(3) 이 건 심리자료에 의하면 처분청은 청구법인이 보유하고 있는 종합부동산세 과세물건에 대하여 공제할 재산세액을 OOO으로 하여 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세를 과세한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는 것으로서, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있는바, 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “종합․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다. 따라서, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.