조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법

OOO세무서장이 2012.12.1. 청구인들에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 쟁점신축주택의 양도소득 중조세특례제한법제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세특례대상 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인들은 1986.1.16. OOO동 266-1502 소재 주택(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 재개발사업으로 인하여 종전주택을 멸실하고 OOO아파트 510-904(사용승인일 2002.9.26., 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2008.8.5. 양도하였고, 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 신고시, 조세특례제한법 제99조의3 의 “신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례” 규정에 따라 감면세액을 100%로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대하여 감사를 실시하여, 조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득금액에 해당되지 않음에도 청구인이 이를 부당하게 감면 받은 것으로 보아 시정할 것을 지시하였고, 이에 따라, 처분청은 청구인의 감면세액을 OOO천원으로 감액하여, 2012.12.1. 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2013.2.4. 이의신청을 거쳐 2013.5.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (주위적 청구) 청구인들은 새로운 예규가 생산 되기 전 양도소득세를 성실히 신고하였고 또 처분청도 이를 받아들였다가 나중에 새로운 예규에 따라 과세처분한 것은 신의성실의 원칙에 위반되고 소급과세를 한 위법한 처분이다. (예비적 청구)

(1) 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우, 양도소득세는 감면비율 차감방식이 아닌 소득금액 차감방식으로 산출하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 감면소득 계산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 달리 산정하더라도, 청구인들이 납부한 청산금 OOO원에 해당하는 취득당시 기준시가를 신축주택 취득당시 기준시가에 합산하지 아니한 이건 처분은 실질과세 원칙 및 근거과세에 반하는 위법 부당한 처분이다.

(3) 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정하면서 증액부분에 관한 납부불성실 가산세를 부과한 것은 세법적용의 원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 부당한 처분이다.

• 나. 처분청 의견 (주위적 청구) 종전주택을 취득하여 멸실하고 재개발에 의한 신축주택을 취득한 경우 감면세액은 조세특례제한법 제99조 3에 의거 신축한 주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면에 해당하고, 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과 후의 양도소득금액은 감면배제 되어야 하는 것으로 신의성실의 원칙에 위반되지 않으며 소급과세된 것으로 볼 수 없으므로 처분청의 당초 처분은 정당하다. (예비적 청구)

(1) 청구인들은 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우, 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다고 주장하나, 당초 청구인이 양도소득세 신고시 감면비율을 적용하여 신고하였고, 처분청은 이에 근거하여 과세하였으므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구인들은 신축주택에 있어서 청산금을 납부한 경우 종전부동산의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 건물분의 신축주택 취득당시 기준시가를 더한 값을 분모의 취득당시 기준시가로 보아야 한다고 주장하나, 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 실질과세 원칙 및 근거과세에 반하지 않으며 당초 처분은 정당하다.

(3) 종전의 해석을 바꾸어 양도소득세를 경정한 것이 아니라 청구인들이 법률 해석시 잘못 적용한 부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것이어서 세법적용의 원칙 및 신의성실원칙에 반하는 처분이 아니므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 주위적 청구 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득에 대한 과세가 신의성실의 원칙 및 소급과세에 반하는 위법한 처분인지 여부

(2) 예비적 청구

① 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 주장의 당부

② 재개발시 청산금을 납부한 경우 취득당시 기준시가에 반영하여야 하는지 여부

③ 납부불성실가산세 부과처분의 적정 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들의 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인들은 다음 [표1]과 같이 1986.1.16. 쟁점종전주택을 취득하였고, 재개발로 인하여 쟁점종전주택을 멸실하고 2002.9.26. 신축주택을 취득하였으며, 2008.8.5.쟁점신축주택을 양도한 후, 양도소득세 신고시, 다음 [표2] 산식과 같이 감면소득금액을 OOO천원으로 산정하였다. [표1] <과세소득구간> <감면소득구간> <과세소득구간> ---▲--------------▲---------------▲----------------▲------

① 종전주택 취득일

② 신축주택 취득일

③ 신축주택 취득일로

④ 양도일 (1986.1.16.) (2002.9.26.) 부터 5년 (2008.8.5.) (나) 반면, 처분청에서는 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 않는다는 이유로 다음 [표3] 산식과 같이 감면소득금액을OOO천원으로 산정하였다. OOOO OOOOOOOO OOOOOO OOOOOOOO

(2) 처분청은 과세근거로 다음과 같은 의견을 제시하고 있다. (가) 주위적청구와 관련하여 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정에 따르면 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이므로 감면배제하여 양도소득세 부과한 처분은 정당하다. (나) 예비적 청구와 관련하여,

1. 청구인들은 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 양도소득세 감면은 소득금액 차감방식으로 산정해야 한다고 주장하나, 당초 청구인이 양도소득세 신고시 감면비율을 적용하여 신고하였고, 처분청은 이에 근거하여 과세하였으므로 당초 처분은 정당하다.

2. 청구인들은 감면세액 계산시 청산금 납부분을 조세특례제한법 시행령 제40조 의 산식에서 분모의 종전주택 기준시가에 합산하여야 한다고 주장하나, 위 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 제1항 제1호 에 따라 양도차익을 계산한 금액으로 이미 취득가액에 포함되어 계산되었으므로 청구인들 주장과 같이 청산금 납부분을 위 산식에서 분모의 종전주택기준시가에 합산하여 양도소득금액을 산정할 수 없는 바, 당초 처분은 정당하다.

3. 이 건 처분은 종전의 해석을 바꾸어 양도소득세를 경정한 경우가 아니라 청구인들이 법률 및 예규를 잘못 해석하여 적용한 부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것으로 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이 아니므로 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구인들은 이 건 부과처분이 다음과 같은 이유로 부당하다고 주장하고 있다. (가) 주위적 청구와 관련하여 처분청의 처분은 신의성실의 원칙에 반하고 소급과세된 위법한 처분으로, 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항에 의한 감면소득으로 신고한 청구인들의 양도소득세 신고에 대하여 처분청을 비롯하여 국세청에서는 이미 2005.11.8.의 예규를 발하여, 양도 소득금액 × 취득일부터 5년이 되는날 기준시가 - 취득당시 기준시가 산식에서 양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가 분모의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가를 대입하는 것이 일반관행이 되었음을 알 수 있으나, 국세청에서는 2011.2.10. 종전관행을 바꾸는 예규를 생산하고 이에 따라 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가를 대입하여 감면소득을 계산하여 이 건 처분을 하였음을 알 수 있는바, 청구인들은 새로운 예규 생산 전에 성실히 신고하였고 또 처분청도 이를 받아들였다가 장기간이 지난 뒤에 새로운 예규에 따라 추징하는 이 사건은 신의성실 원칙에 위반되고 소급 과세된 위법한 처분이다. (나) 예비적 청구와 관련하여,

1. 신축주택 취득일부터 5년경과 후 양도하는 경우 조세특례제한법」 제99조의3 제1항 에 의거 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 하는바, 이 건의 경우 처분청이 계산한 감면대상 소득을 기준으로 양도소득금액 OOO - 감면소득 OOO - OOO에 의해 OOO원의 과세표준이 산출되며 산출세액은 OOO원이다.

2. 처분청은 이 건 신축주택 취득을 위하여 종전주택 외에 청산금 OOO원을 납부하고 취득하였음이 확인되고 있음에도 이를 반영하지 아니하고 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득을 계산 하였는바, 감면소득 계산시 청구인들이 납부한 청산금 OOO원에 해당하는 취득당시 기준시가를 신축주택 취득당시 기준시가에 합산하지 아니한 이건 처분은 실질과세 원칙 및 근거과세에 반하는 위법 부당한 처분이다.

3. 청구인들이 양도소득세 예정신고시 과세표준 및 세액의 오류 및 탈루가 없는 단순히 공제(감면)세액의 착오에 기인한 미납세액에 대하여 신고한 후 장기간이 지난 상태에서 종전해석을 바꾸어 양도소득세를 증액 징수하는 경우 이는 처분청의 잘못이 있음에도 납세자에게 납부불성실 귀책사유를 들어 가산세를 부과하는 것은 국세기본법 제15조 및 제18조의 신의성실의 원칙 및 세법해석의 기준 등에 반하는 위법한 처분으로 취소되어야 한다. (4) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정되어 있으며, 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 에 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정되어 있으며, 국세기본법 제15조 에는 납세자가 그 의무를 이행할 때와 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 신의에 따라 성실하게 하여야 하고 같은 법 제18조에는 세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지 규정을 두고 있다.

(5) 살피건대, (가) 주위적 청구에 대하여 본다. 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가를 대입하는 것이 관행이 되었음을 알 수 있으나 국세청에서는 2011.2.10. 종전관행을 바꾸는 예규를 생산하였고, 처분청이 새로운 예규에 따라 과세처분을 하였다고 주장하나, 국세청이 서면인터넷방문상담4팀-2109 (2005.11.8.)호 예규에서 같은 법 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가를 신축주택 취득당시 기준시가라고 한 것은 아니므로 국세청이 공적인 견해 표명을 한 것으로 보아 신의성실의 원칙에 위배되거나 새로운 해석에 의한 소급과세는 아닌 것으로 판단되며 조세특례제한법 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 산식을 적용함에 있어서 분모의 취득당시 기준시가를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 하여 감면대상 소득금액을 계산하여야 하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청의 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다[조심 2013서2647(2013.09.30)외 다수 참조]. (나) 예비적 청구 ①에 대하여 본다. 처분청은 양도소득세 감면소득금액을 산정한 후 이를 기초로 감면세액을 계산하여 산출세액에서 공제하는 방식으로 조세특례를 적용하였으나, 조세특례제한법제99조의3은 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 달리 규정하고 있으며, 따라서, 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 쟁점주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하는바, 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 할 것이므로 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다[조심2013서1018(2013.06.07), 대법원 2012.6.28.선고 2010두3725 판결, 참조]. 예비적 청구 ②에 대하여 본다. 청구인들은 감면세액 계산시 청산금 납부분을 조세특례제한법 시행령 제40조 의 산식에서 분모의 종전주택 기준시가에 합산하여야 한다고 주장하나, 청구인들 주장과 같이 청산금 납부분을 위 산식에서 분모의 종전주택기준시가에 임의적․자의적으로 합산하여 감면소득을 산정할 수는 없다 할 것이므로 처분청의 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. 예비적 청구 ③에 대하여 본다. 처분청의 이 건 처분은 종전의 해석을 바꾸어 양도소득세를 경정한 경우가 아니라 청구인들이 법률 및 예규를 잘못 해석하여 적용한 부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것으로 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이 아니므로 처분청의 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.