[요지] 산업단지 관리기관에 양도한 산업단지 내의 쟁점토지는 업무무관자산으로 보기 어렵고, 장기할부조건으로 취득한 자산과 관련한 할부이자는 취득시점의 취득가액에 가산하여 감가상각범위액을 계산함이 타당하며, 쟁점설비는 일시적인 유휴설비로서 감가상각대상 자산에 해당하고, 2007사업연도에 지출한 공사비는 해당 사업연도에 대한 증액경정세액의 범위 내에서 손금으로 인정함이 타당하며, 해외손자회사에 대한 쟁점대여금은 청구법인의 사업과 관련된 것으로 보이나, 대여계약서상의 이자율보다 과소수취한 이자는 익금산입대상이며, 부당행위계산부인규정을 적용하여 손해사정액과 보험금 수령액의 차액을 익금산입한 것은 잘못이 없음
[참조결정] 국심2001중0327
[주 문] OOO이 2013.2.8. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분 OOO원의 부과처분은,
1. 청구법인이 2009.12.24. OOO에 양도한 OOO를 업무무관 부동산에서 제외하고,
2. 청구법인이 2006.11.30. OOO로부터 취득한 전기시설이용권에 대한 장기할부이자 OOO원을 전기시설이용권의 취득당시 매입가액에 가산하여 동 이용권의 각 사업연도별 감가상각범위액을 계산하며,
3. 청구법인이 OOO OOO에 대여한 OOO를 업무와 관련이 없는 가지급금에서 제외하고,
4. OOO를 해체하고 OOO로 이전하여 가동하지 아니한 2011년 10월부터 2011년 12월까지 기간의 감가상각비 계상액 OOO원을 손금산입하며,
5. 2007사업연도 테니스장 보수공사비 공급가액 OOO원을 손금산입하여, 청구법인의 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하고,
6. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO 건설계획(2006년 9월)에 따라 2006.12.31. OOO 내의 발전소 부지를 취득하였으며, OOO로부터 지역경제활성화에 필요한 조선소 부지 36만㎡의 매각요청(2007년 10월)을 받았으나 거절(2007년 12월)하였고, 청구법인이 OOO에 전기사업허가를 신청(2008년 6월)하였으나 불허가 통보(2008년 9월)를 받았으며, 지식경제부장관으로부터 사업상 필수 부지를 제외하고 산업용지로 전환하여 매각하라는 권고(2008년 12월)를 받음에 따라 청구법인은 발전소부지 1,104,417.6㎡ 중 769,417.6㎡를 2009.12.24. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 “산집법”이라 한다) 제39조의 절차에 따라 OOO에 양도하였던바, 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목의 “법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산” 및 같은 법 시행규칙 제26조 제10항 제2호의 “산집법 제2조 제7호 규정에 의한 산업단지안의 토지를 같은 법 제39조의 규정에 의하여 양도하는 경우”에 해당하므로 업무무관자산에서 제외되어야 한다.
(2) 법인세법상 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액으로 하고, 향후 지급할 할부금은 취득가액에 합산하며, 예외적으로 장기할부조건 취득시 발생한 채무를 현재가치할인차금으로 계상한 경우 현재가치할인차금은 취득가액에서 제외되나 청구법인은 현재가치할인차금을 계상한 사실이 없고, 또한 청구법인이 비용처리한 할부이자금액을 최초 취득원가에 가산하여 감가상각 범위액을 재계산하면 청구법인이 계상한 할부이자(즉시상각의제)의 대부분은 증가되는 상각금액 범위 내에서 손금인정되며, 청구법인이 지출한 할부이자는 시설의 내용연수를 증가시키거나 가치를 증가시키지 아니하여 자본적 지출에 해당하지 않으므로 처분청이 할부이자를 자본적 지출로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(3) 청구법인이 OOO% 지분을 보유한 OOO자회사는 OOO의 지분 OOO%를 보유하고 있으며, 청구법인은 OOO의 발전소 건설에 필요한 긴급자금을 OOO 주주 간 협약에 따라 대여하였던바, OOO의 발전사업은 청구법인의 등기부상 목적사업 중의 하나(발전사업에 관련되는 해외사업, 위 사업에 대한 투자 또는 출연)로서 OOO에 대한 대여금은 업무무관 대여금이 아니므로 지급이자 상당액을 손금불산입한 처분은 부당하며, 대여계약서에 약정된 이자율 OOO%는 별도 조항에서 향후 양자 간 합의에 의해 이자율을 낮출 수 있도록 명시하였고, 계약체결 후 청구법인이 시중금리를 조사(2011년 6월 회계법인이 조사한 정상이자율 OOO%)하여 결정된 이자율인 OOO%로 이자를 지급받은 것이므로 당초의 이자율 OOO%와의 차액을 익금산입한 처분은 부당하다.
(4) 처분청은 손상된 설비를 신제품으로 조달할 때 소요되는 금액을 기준으로 계산한 손해사정액과 실제 수령한 보험금과의 차액을 청구법인이 OOO으로부터 지급받아야 할 것으로 보았으나, 이는 관념상의 기회손실일 뿐 확정된 채권은 아니며, 차액을 보상받기 위해서는 상당한 금액의 소송비용이 발생하고, 손상사고의 원인이 불분명하여 손해배상소송에서 승소한다는 보장이 없으며, 오히려 복구비로 사용한 후 보험차익이 발생하여 조세부담을 부당히 감소시켰다고 볼 수도 없으므로 손해사정액과 보험금수령액의 차액을 특수관계인에 대한 채권포기로 보아 익금산입한 처분은 부당하다.
(5) 감가상각자산에서 제외되는 운휴자산은 사용하지 않은 기간이 장기간에 이르고 제품이 단종된 경우로서 앞으로 사용할 가능성도 없어진 경우(대법원 2008.5.29. 선고 2006두15417 판결, 같은 뜻임)이나, 쟁점설비는 일시적으로 가동이 중단되었을 뿐 재가동이 가능한 상태의 유휴설비이므로 감가상각비를 손금불산입한 처분은 부당하다.
(6) 청구법인은 2007년 준공한 테니스장 보수공사에 소요된 공급가액 OOO원에 대하여 준공검사보고서를 작성한 2008사업연도의 손금으로 처리하였으나 OOO은 2007사업연도 귀속으로 보아 손금산입을 부인하였으며, 청구법인은 심판청구를 제기하였으나 기각 결정됨에 따라 2008사업연도분은 수정신고를 통해 손금불산입하고 2007사업연도분은 청구기간의 도과로 과세표준 및 세액의 감액 경정청구를 하지 못하였던바, 과세관청이 증액경정처분을 하는 경우에는 경정청구기간이 도과하여 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 대하여도 증액된 세액의 범위 내에서 취소를 구할 수 있으므로 테니스장 보수공사비는 2007사업연도 손금에 산입하여야 한다.
(1) 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호는 산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지 내의 토지를 같은 법 제39조의 규정에 의하여 양도하는 경우에는 업무와 관련이 없는 기간으로 보지 않는다고 규정하였으나, 산집법(2009.2.6. 법률 제9426호로 개정된 것) 제2조 제7호의 지식기반산업집적지구는 같은 법 제22조에 따라 지정·고시된 OOO에 소재하는 OOO가 유일하며, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 2008년 6월에 전기사업허가신청을 1회만 청구하여 불허가 통지를 받았음에도 적극적인 대응을 하지 않았고, 발전소부지 중 쟁점토지 외의 토지에 대하여 전기사업허가신청을 하지 않았으며, 쟁점토지는 나대지 상태로서 사업에 직접 사용하지 않았으므로 쟁점토지는 유예기간 중 양도한 업무무관자산에 해당한다.
(2) 장기할부조건부 매매의 경우 매매가격뿐만 아니라 할부이자도 취득가액에 포함되는 것이 원칙이고, 예외적으로 기업회계기준에 따라 장래에 지급할 총금액을 당해 거래의 유효이자율로 할인한 가액을 현재가치로 산정한 다음 그 명목가액과 현재가치의 차액을 현재가치할인차금으로 계상하여 이를 이자비용의 과목으로 계상한 경우에만 그 현재가치할인차금이 취득가액에서 제외되는바, 송·배전용전기설비 이용규정(2010.6.28. 제정) 제58조(송전접속비용의 납부방법) 제5호에서는 분할납부시 이자율은 미납 잔액에 대하여 전년도말 OOO의 차입금 가중평균이자율을 적용하도록 정하였고, 최초 취득시 이자비용을 확정할 수 없었으며, 청구법인이 기업회계기준의 규정에 따라 합리적인 추정에 의하여 현재가치할인차금으로 이자비용의 과목에 계상하지 아니한 이상 할부이자도 법인세법 기본통칙 23-31...1 제7호의 자본적 지출로서 취득가액에 포함되는 것이므로 이를 전제로 하여 과세한 처분은 정당하다.
(3) OOO의 주주인 OOO자회사 외 5개 법인이 공동으로 OOO의 민자 발전사업 자금을 대여하기로 합의하였음에도 OOO자회사가 사업자금 조달방안을 강구하지 아니한 채 청구법인으로부터 차입하여 OOO에 대여하였던바, 청구법인이 손자회사의 재원조달에 필요한 자금까지 대여해 주는 것은 청구법인의 영업활동과 관련이 없으므로 해당 대여금은 업무무관 가지급금에 해당하며, 정상이자율은 이자율에 관한 약정이 없는 경우 시가를 산정하거나 약정이자율이 정상이자율보다 낮아 수입금액이 과소 계상된 경우에 적용하는 것으로서 이자율에 관한 약정이 있고, 약정이자율이 정상이자율보다 높은 청구법인은 이를 주장할 수 없는 것이며, 계약서상 별도 조항을 두어 이자율을 낮출 수 있다고 명시하고 있을 뿐 실제 이자율을 변경하는 계약을 하지 않았고, 청구법인이 임의로 시중금리를 조사하여 결정한 이자율에 의하여 OOO자회사로부터 이자를 지급받으면서 OOO자회사는 OOO로부터 OOO%의 이자율로 계산한 금액을 받아 청구법인이 미수취한 금액을 계속 적립하고 있으므로 청구법인이 특수관계인인 OOO자회사로부터 수령하지 아니한 미수이자를 익금산입한 처분은 정당하다(공동자금대여자인 삼탄은 이자율을 OOO%로 인식하였다).
(4) 청구법인과 OOO과의 도급계약서 및 공사시방서에는 계약상대방인 OOO이 착공부터 준공검사까지 시공책임을 지고, 준공검사 전 시운전 시에 발생하는 손상사고에 대하여는 계약상대방이 손해를 부담한다고 약정하고 있어 사고책임자인 OOO에게 배상책임이 있으며, 청구법인과 보험사가 손해사정을 의뢰한 OOO은 전문감정기관이고 의뢰인과 특수관계가 없는 제3자로서 청구법인이 제출한 각종 자료에 근거하여 객관적으로 손해액을 산정하였다 할 것인바, 손해사정액이 손해액을 잘못 반영하였다고 보기 어렵고, 보험사 입장에서도 손해사정액을 바탕으로 보험금을 산정하여 지급한 것이므로 해당 손해사정액을 시가로 볼 수 있고, 청구법인은 손해사정액과 보험금 수령액과의 차액인 OOO원을 OOO에 대한 손해배상채권으로 인식하고 청구하여야 함에도 OOO이 특수관계인(OOO가 청구법인의 주식 OOO% 및 OOO의 주식 OOO%를 소유)임을 감안하여 채권을 포기한 것이므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
(5) 청구법인의 주장처럼 유휴설비로서 감가상각하기 위해서는 상시 재가동이 가능한 상태에 있어야 하고, 상시 재가동이 가능하다는 것은 설비의 상태뿐만 아니라 청구법인의 의사에 따라 가동 여부를 결정할 수 있는 상태를 의미하나, 청구법인은 2011년 9월 OOO를 해체·분리하여 OOO로 이전한 후에 조사일 현재까지 재조립하여 상업운전이 가능한 상태에 있지 않아 실제 사용이 가능한 상태가 되기까지는 상시 재가동이 가능한 상태라고 볼 수 없으므로 가동중단 상태에 있는 2011년 10월부터 2011년 12월까지의 감가상각비 계상액 OOO원을 손금불산입한 처분은 정당하다.
(6) 국세기본법 제45조의2의 규정에 따라 청구법인은 심판청구 결정일로부터 90일 이내에 경정청구를 하여야 하나, 경정청구기간이 도과되어 쟁점공사비를 2007사업연도의 손금으로 인정할 수 없고, 같은 법 제22조의2 제1항에 규정된 대로 해당 사업연도에 대한 처분청의 증액경정이 있었다고 하여 불복시 당초 확정된 세액에 관한 하자를 주장할 수 없으며, 당초 처분은 경정청구기간의 도과로 확정되어 불가변력이 발생한 것이므로 더 이상 그 취소를 구할 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 2006년 OOO로부터 매입하여 2009년 산집법 제39조에 따라 OOO에 양도한 산업단지 안의 쟁점토지를 업무무관 토지로 보아 과세한 처분의 당부
② 장기연불조건으로 매입한 쟁점이용권에 대한 할부이자를 손금불산입하고, 각 사업연도별 이자 지급시 자본적 지출로 보아 쟁점이용권의 각 사업연도 감가상각비 상당액만을 손금추인하여 과세한 처분의 당부
③ 쟁점대여금을 업무무관가지급금으로 보아 지급이자를 손금불산입하고, 약정이자율에 미달하는 이자수입을 익금산입한 처분의 당부
④ 특수관계인의 귀책에 의한 자산손실에 따른 손해사정액과 보험금 수령액과의 차액을 특수관계인에 대한 채권의 포기로 보아 부당행위계산 부인한 처분의 당부
⑤ 해체‧이전한 후 사용하지 아니한 기간의 쟁점설비를 사업에 사용하지 아니하는 자산으로 보아 감가상각비 계상액을 손금불산입한 처분의 당부
⑥ 쟁점공사비의 2007사업연도 손금산입과 관련한 경정청구기간이 도과되었으나 동일 사업연도 법인세의 증액경정처분이 있는 경우 증액경정된 세액의 범위 내에서 경정청구를 할 수 있는지 여부
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2006.12.31. OOO로부터 OOO 내의 토지 1,104,417.6㎡를 OOO원에 취득하였고, 이 중 취득가액 OOO원 상당의 쟁점토지 769,417.6㎡를 2009.12.24. OOO에 OOO원에 양도하였으나, 처분청은 쟁점토지를 유예기간(5년) 내에 업무에 직접 사용하지 아니한 업무무관자산에 해당하는 것으로 보아 취득일부터 양도일까지의 지급이자 상당액 OOO을 손금불산입하였다. (나) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 쟁점토지를 제2차 전력수급기본계획(2004.12.30.)에 따른 OOO 발전소 건설을 위하여 취득하였다가 제3차 전력수급기본계획(2006.12.12.)에서 위 발전소 건설계획이 이연됨에 따라 이와 관계없이 추진할 수 있는 신재생에너지발전소 건설을 추진하여 2008.5.29. OOO에 전기사업허가신청을 하였으나 OOO는 쟁점토지의 매각을 권고하며 2008.9.3. 전기사업허가신청에 대하여 불허가 통지하였다. (다) 이에 대하여 처분청은 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호는 산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지 안의 토지를 같은 법 제39조의 규정에 의하여 양도하는 경우 유예기간과 겹치는 기간은 업무와 관련이 없는 기간에서 제외한다고 규정하였으나, 2009.2.6. 개정된 산집법 제2조 제7호는 지식기반산업집적지구에 관한 규정이고, 지식기반산업집적지구는 산집법 제22조에 따라 지정·고시된 OOO가 유일하므로 쟁점토지는 산집법 제2조 제7호의 산업단지 안의 토지에 해당하지 않으며, 청구법인이 2008년 6월에 전기사업허가를 신청하여 불허가 통보를 받았음에도 전기사업허가를 받기 위한 적극적 대응이 없었고, 발전소부지 중 쟁점토지 외의 토지에 대하여 전기사업허가신청을 하지 않았으며, 조사일 현재까지 나대지 상태로 보유하고 있는 등 사업에 직접 사용하지 않고 있으므로 쟁점토지는 유예기간 중 양도한 업무무관자산으로서 쟁점토지 가액에 상당하는 지급이자 및 관련 비용은 손금불산입함이 타당하다는 의견이다. (라) 청구법인의 주장 및 근거는 다음과 같다.
1. 쟁점토지는 산집법 제39조에 의해 유예기간 내에 양도되었으므로 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호에 의해 업무와 관련이 없는 기간이 존재하지 않고, 또한 행정지도에 의해 건축할 수 없었으므로 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목 또는 다목에 의하여 업무무관 부동산에서 제외되어야 한다.
2. 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호의 “산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지”는 2009.2.6. 산집법이 개정되기 전인 2004.3.5. 신설되었고, 산집법에서 “지식기반산업집적지구”는 “산업단지”와 규정내용이 상이하여 “제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지”라는 개념은 성립할 수 없으므로 2009.2.6. 개정 전의 “산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지”로 보아야 한다.
3. 산집법 제39조는 “산업단지” 내에 산업용지 또는 공장을 소유하는 업체에 적용되는 규정으로서 “지식기반산업집적지구”와 직접 관련성이 없고, 만약 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호의 규정상 “산집법 제2조 제7호의 규정”이 개정된 산집법 시행시기인 2009.8.7.부터 종전의 “산업단지”에서 “지식기반산업집적지구”로 변경된 것이라면 이는 법인세법 시행규칙이 사실상 개정된 것이므로 같은 규정의 시행시기와 관련된 별도의 부칙이 마련되어야 함에도 법인세법 시행규칙은 2009.9.2. 기획재정부령 제99호로 개정되면서 위 규정의 시행과 관련하여 별도의 규정을 두지 않았다.
4. 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호의 입법취지는 법인이 투기 목적으로 부동산을 취득하여 보유‧매각함으로써 이익을 얻는 행위를 규제하는 것인데 산집법 제39조에 따르면 산업단지를 분양받은 자가 해당 산업단지를 처분함에 있어서 매수인은 해당 산업단지의 관리기관으로 제한되고, 특히 산업용지의 양도가격은 취득가격에 이자, 비용 등 실비 성격의 금액의 합계로 정하도록 강제하고 있어 동 규정에 따라 양도되는 부동산은 비업무용 부동산을 규제하는 법인세법 입법취지에 반하지 않는다.
5. 전기사업법 제7조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제4조 제1항에 의하면 전기사업허가신청은 지식경제부장관에게 하되, 3,000킬로와트 이하는 시·도지사에게 하는 것이며, 건축법상 건축허가는 시장‧군수‧구청장이 하는 것인바, OOO는 청구법인의 전기사업허가신청에 대하여 “태양광발전소 사업부지는 도에서 OOO 유치 및 산업단지 활성화를 위해 심혈을 기울인 지역이고, OOO 등 글로벌기업 유치에 필요한 중요 산업용지로서 많은 기업들이 입주의사를 피력하고 있으며, ‘OOO경제 활성화’와 ‘국가 경제발전’에 기여하기 위해서는 부지를 효율적, 생산적 산업용지로 활용함이 바람직하다”는 이유로 전기사업허가를 불허가하였고, 이후 LNG복합발전소를 추진하였으나 제4차 전력수급기본계획에 반영되지 않아 무산되었으며, 지식경제부장관으로부터 쟁점토지에 관하여 사실상 매각을 지시하는 공문을 받아 결국 OOO의 건축허가가 불가능하게 되었으므로 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 다목의 “행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 경우”로서 쟁점토지는 “기획재정부령이 정하는 부득이한 사유”가 있는 부동산에 해당한다. (마) 업무무관자산에 관한 규정 등을 살펴보면 다음과 같다.
1. 법인세법 시행규칙 제26조 제9항은 업무무관 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간을 규정하고 있는바, 유예기간 이후에 법인 업무에 직접 사용하지 않는 부동산은 “당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 않은 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간(다만, 취득 후 계속 업무에 사용하지 않고 양도하는 경우는 취득일부터 양도일까지의 기간)”, 유예기간 중에 법인 업무에 직접 사용하지 않고 양도하는 부동산은 “취득일부터 양도일까지의 기간”을 업무와 관련이 없는 기간으로 규정하면서, 같은 조 제10항에서 예외적으로 “산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지 안의 토지를 동 법 제39조에 의하여 양도하는 경우”에는 위의 규정에 불구하고 업무에 사용하지 않은 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간을 업무와 관련이 없는 기간으로 하도록 규정하고 있다.
2. 2009.2.6. 법률 제9426호로 개정되기 전의 산집법 제2조 제7호는 “산업단지”를 규정하였고, 같은 조 제5의3호는 “지식기반산업집적지구”를 규정하였으나, 2009.2.6. 법률 개정으로 산집법 제2조 제7호가 “지식기반산업집적지구”를 규정하는 것으로, 같은 조 제14호에서 “산업단지”를 규정하는 것으로 호가 변경되었으나, 위와 같은 산집법 제2조의 개정에 맞추어 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호에서 규정한 “산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지”가 같은 조 제14호로 변경되지 않아 2009.2.6. 개정된 내용을 반영하지 아니하다가 2014.3.14.에서야 기획재정부령 제409호에 의하여 “산집법 제2조 제14호에 따른 산업단지”로 개정되었다.
3. 한편, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호는 업무무관 부동산에서 제외되는 부득이한 사유가 있는 부동산을 규정하면서 가목에 “법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한함)”, 다목에 “유예기간이 경과되기 전에 법령에 의하여 해당 사업과 관련된 인가‧허가(건축허가 포함)‧면허 등을 신청한 법인이 건축법 제18조 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지(건축허가 제한 기간에 한정)”를 규정하였다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지를 업무와 관련이 없는 토지로 보았으나, 쟁점토지 양도 당시의 법인세법 시행규칙 제26조 제10항에서 산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지 안의 토지를 같은 법 제39조에 의하여 양도하는 경우 업무에 사용하지 않은 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 업무와 관련이 없는 기간에서 제외하도록 규정하고 있었던바, 종전 산집법에서는 제2조 제7호로 규정되었던 “산업단지”가 2009.2.6. 법률 제9426호로 개정된 산집법에서는 제2조 제14호로 변경되었으나 법인세법 시행규칙 제26조 제10항은 이를 반영하지 아니하다가 2014.3.14. 기획재정부령 제409호에 의하여 단순한 자구수정 차원에서 “산집법 제2조 제14호에 따른 산업단지 안의 토지”라고 개정된 점 등에 비추어 쟁점토지 양도 당시의 법인세법 시행규칙 제26조 제10항의 “산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지”는 “2009.2.6. 개정되기 전의 산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지” 또는 “2009.2.6. 개정된 산집법 제2조 제14호의 규정에 의한 산업단지”라고 보는 것이 합리적이고, 쟁점토지는 2009.2.6. 개정되기 전의 산집법 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지 안의 토지로서 같은 법 제39조에 의하여 OOO에 양도되었으므로 업무에 사용하지 않은 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 업무와 관련이 없는 기간에서 제외함이 타당한 점, 청구법인은 쟁점토지에 발전소를 건설하는 전기사업허가신청을 OOO에 신청하였으나 OOO는 ‘OOO경제 활성화’와 ‘국가 경제발전’ 등의 사유로 불허가 통지를 하였고, 지식경제부장관도 사실상 쟁점토지의 매각을 지시하여 결국 OOO의 건축허가가 불가능하게 되었으므로 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 다목의 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 경우로서 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호의 각 목 외의 단서에서 규정한 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지는 업무와 관련이 없는 부동산에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2006.11.30. OOO로부터 송전용전기설비를 이용할 수 있는 권리를 취득하면서, OOO 장부가액 기준으로 매입가격을 결정하되 분할지급하는 경우에는 OOO의 가중평균이자율로 계산한 이자를 지급하기로 약정하였고, 청구법인은 매입원금과 할부이자를 1년 이상의 기간에 2회 이상 분할하여 지급하였으며 그 중 할부이자 상당액을 비용으로 회계처리하여 법인세 계산시 손금산입하였으나, OOO은 자산을 취득함에 있어 매입가액을 확정하고 그 지불을 연불방법으로 한 경우의 이자상당액(할부이자)은 자산에 대한 자본적 지출로 하여 감가상각하여야 하므로 즉시상각의제 규정에 따라 할부이자 상당액을 손금불산입하도록 처분청에 통보함에 따라 처분청은 할부이자 상당액 OOO원을 손금불산입하고, 각 사업연도의 감가상각비(기간 10년) 상당액 OOO만을 손금산입하였다. (나) 처분청은 장기할부조건부 매매의 경우 매매가격뿐만 아니라 할부이자도 취득가액에 포함되는 것이 원칙이고, 다만, 기업회계기준에 따라 장래에 지급할 총금액을 당해 거래의 유효이자율로 할인한 가액을 현재가치로 산정한 다음 그 명목가액과 현재가치의 차액은 현재가치할인차금으로 계상한 경우에만 그 현재가치할인차금이 취득가액에서 제외되는 것인바, ‘송·배전용전기설비 이용규정’(2010.6.28.) 제58조 제5호는 분할납부시 이자율은 미납 잔액에 대하여 전년도말 OOO 차입금 가중평균이자율을 적용하도록 규정하였고, 최초 취득시 이자비용을 확정할 수 없었으며, 청구법인이 기업회계기준에서 정하는 바에 따라 합리적 추정에 의하여 현재가치할인차금으로 계상하지 아니한 이상 할부이자도 법인세법 기본통칙 23-31...1 제7호의 자본적 지출로서 취득가액에 포함되므로 이를 전제로 한 처분은 정당하다는 의견이다. (다) 청구법인의 주장 및 근거는 다음과 같다.
1. 할부이자는 법인세법상 자본적 지출에 해당하지 않는바, 법인세법에서는 매입자산은 ‘매입가액에 취득세, 등록면허세, 기타 부대비용을 가산한 금액’을 취득가액으로 하도록 규정하고 있고, 매입가액은 장래에 지급할 금액의 현재가치가 아니라 약정금액 자체를 의미하며, 장기할부로 취득하는 경우 장래에 지급할 할부금을 모두 합산하여 취득가액으로 하고(대법원 2009.1.30. 선고 2006두18270 판결, 같은 뜻임), 예외적으로 법인이 장기할부조건으로 자산을 취득하는 과정에서 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우에는 현재가치할인차금은 자산 취득가액에서 제외되나(대법원 2009.1.30. 선고 2006두18270 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점이용권을 매입하면서 부담하는 채무를 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금을 계상한 사실이 없으므로 청구법인의 할부이자는 전액 쟁점이용권의 취득원가에 포함되어야 하는데 할부이자 전액을 최초 취득원가에 가산하여 쟁점이용권 상각범위액을 재계산하는 경우 비용처리한 할부이자 금액(즉시상각의제액) 대부분은 증가되는 상각범위액 내에서 손금 인정될 수 있으므로 처분청이 부과한 법인세 대부분이 취소되어야 한다.
2. 처분청은 할부이자를 자본적 지출로 보고, 청구법인이 할부이자를 지급할 때마다 지급한 금액만을 취득원가에 가산하여 전기시설이용권의 상각범위액을 계산하였으며, 그 결과 청구법인이 비용으로 처리한 할부이자 중 상각범위액을 초과하는 금액을 손금불산입하였으나 자본적 지출이란 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하는 것으로서 할부이자 지출로 인하여 쟁점이용권의 내용연수가 연장되었거나 쟁점이용권의 가치가 증가된 사실이 없으므로 할부이자를 법인세법상의 자본적 지출로 볼 수 없다.
3. 처분청은 법인세법 기본통칙 23-31…1 제7호에 근거하여 할부이자를 자본적 지출로 보았으나, 국세청 기본통칙은 과세관청 내부에 적용되는 세법의 해석기준 및 집행기준인 행정규칙에 불과할 뿐 법원이나 국민을 기속하는 법규가 아니므로, 그 자체가 과세처분의 근거는 아니다(대법원 2009.4.23. 선고 2007두10884 판결, 같은 뜻임). (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점이용권 취득과 관련된 할부이자를 취득시 취득가액에 포함할 대상이 아니라 자본적 지출로 보아 즉시상각 의제할 대상이라는 의견이나, 법인세법상 장기할부조건부 매매로 인한 자산의 취득가액은 장래에 지급할 할부금을 모두 합산하는 것이 원칙이고, 다만 기업회계기준이 정하는 바에 따라 할부금 총액을 당해 거래의 유효이자율 등으로 할인한 가액인 현재가치로 평가하여 명목가액과 현재가치의 차액을 현재가치할인차금으로 계상한 경우에 한하여 현재가치할인차금은 취득가액에서 제외되는 것인바, 청구법인은 쟁점이용권을 취득하면서 부담하는 채무를 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금을 계상한 사실이 없으므로 쟁점이용권 취득시점에 장래에 지급할 할부이자 상당액을 매입금액에 가산하여 취득가액을 확정하고 이에 따른 각 사업연도별 감가상각비 상당액을 손금산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 과세경위에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인은 OOO에 OOO를 건설하기 위하여 청구법인이 전액 투자하여 특수목적회사인 OOO자회사를 설립하였고, OOO자회사는 OOO의 지분 OOO%를 취득하였으며, OOO는 발전소 건설에 소요되는 자금을 확보하기 위하여 프로젝트파이낸싱 방식으로 대주단으로부터 자금을 조달하려 하였으나, 대주단과의 합의가 지연되어 자금조달에 어려움을 겪게 됨에 따라 청구법인을 포함한 OOO의 주주들은 과거 상호 간에 체결한 주주 간 협약에 따라 각 주주들이 지분율에 따라 OOO에게 대여금을 우선 제공하고, 향후 OOO가 대주단으로부터 자금을 조달하면 대여금을 상환받기로 합의하였으며, OOO와 주주들은 잠정적으로 OOO%의 이자율을 적용하되 OOO 현지의 정상가격 조사가 완료되는 대로 합의에 따라 이자율을 낮출 수 있도록 약정하였다.
2. 청구법인은 2009.11.25. 및 2009.12.30. OOO자회사를 통해 OOO에게 지분율에 상응하는 대여금 미화 OOO 달러를 제공하였고, 이후 정상가격 이자율이 OOO%로 조사됨에 따라 잠정적으로 적용하던 이자율 OOO%를 적용하여 이자를 수취하다가 2010.5.31. 대여금 전액을 회수하였다.
3. OOO원을 손금부인하고, 청구법인이 최초 대여조건인 이자율 OOO%보다 적게 수취한 이자상당액 OOO원을 익금에 산입하여 과세하였다. (나) 처분청은 OOO자회사가 적절한 자금조달방안을 강구하지 않고 청구법인으로부터 자금을 차입하여 OOO에 대여하였으나 손자회사에게 필요자금을 대여하는 것은 청구법인의 영업활동과 관련이 없으므로 그 대여금은 업무무관 가지급금에 해당하고, 또한, 정상이자율은 이자율에 관한 약정이 없는 경우에 시가를 산정하거나 약정이자율이 정상이자율보다 낮아 수입이 과소 계상된 경우에 적용하는 것이나, 쟁점대여금은 이자율에 관한 약정이 있고 약정이자율이 정상이자율보다 높으므로 정상이자율을 주장할 수 없으며, 계약에서는 별도의 조항을 두어 이자율을 낮출 수 있다고 명시하였을 뿐 실제 이자율변경계약을 하지 않았고, 청구법인이 임의로 조사‧결정한 이자율로 OOO자회사로부터 이자를 지급받으면서 OOO자회사는 OOO로부터 OOO% 이자율로 계산하여 청구법인이 미수취한 금액을 계속 적립하고 있었으며, 이는 공동자금대여자인 삼탄이 OOO%의 이자율로 이자를 인식하고 있었던 사실로도 확인되는 사실이므로 청구법인이 특수관계인인 OOO자회사로부터 수취한 이자수입과 당초 계약상의 이자율OOO과의 차액은 익금산입함이 타당하다는 의견이다. (다) 청구법인의 주장 및 근거는 다음과 같다.
1. 법인세법은 특수관계인에게 업무와 관련이 없이 대여한 금액에 대해서는 그에 상응하는 차입금의 이자를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으나, 해외현지법인에 자금을 대여한 행위가 사실상 내국법인의 영업활동과 관련된 경우에는 업무무관 가지급금에 해당하지 않고, 법령에 규정된 업무와 법인등기부에 등재된 목적사업을 업무관련성 여부를 판단하는 ‘법인의 업무’로 정의하고 있으며, 대법원(대법원 2008.9.25. 선고 2006두15530 판결 등)도 가지급금이 업무와 관련이 있는지 여부는 해당 법인의 목적이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다는 입장이다.
2. 청구법인의 법인등기부에는 ‘해외사업, 사업에 투자‧출연’ 등이 목적사업으로 열거되어 있고, OOO자회사에 대한 자금대여는 청구법인의 해외발전사업을 진행하는 과정에서 실행되었으므로 업무무관 가지급금에 해당하지 아니하며, 특수관계인에 대한 자금대여가 청구법인 단독으로 내린 결정이 아니라 합작사업을 수행하는 과정에서 주주 간 협약에 따라 소유지분율 한도로 제공되었고, 청구법인이 OOO자회사를 통해 OOO에게 대여금을 지급하지 않았다면 청구법인은 합작사업의 구성원 자격을 잃거나 적어도 상당한 기회손실을 입는 등의 사업상 불가피한 사정이 있었을 것이므로 OOO자회사에 대한 자금대여는 업무무관 가지급금이 아니다.
3. 처분청은 대여계약서상의 이자율 OOO%보다 적은 이자를 수취하였다는 이유로 실제 받은 이자금액과의 차액을 익금산입하였으나 대여계약서에 기재된 이자율 OOO%는 OOO에게 긴급자금을 제공하기 위한 임시 이자율로서 정상가격과 무관하고, OOO와 주주들은 계약서에 별도 조항을 두어 향후 양자 간의 합의에 의하여 이자율을 낮출 수 있다고 명시하고 있었으며, 대여계약이 체결된 후인 2011년 6월에 회계법인이 정상이자율을 OOO%로 조사하였고, 이를 고려하여 OOO자회사에 대한 이자율을 OOO%로 적용한 것이므로 청구법인이 수취한 이자금액은 정당하다.
4. 처분청은 OOO가 OOO자회사에 OOO2%의 이자율로 지급하였음에도 OOO자회사는 청구법인에게 OOO%의 이자율로 지급하였다고 하나, OOO는 OOO%의 이자를 지급하였고, OOO자회사는 수령한 이자를 그대로 청구법인에게 전달한 사실이 이자수익 처리방안검토서 및 OOO OOO지점이 발행한 OOO자회사의 계좌거래증명서에 의하여 확인된다.
5. 청구법인은 OOO 외에 청구법인이 지분 OOO%를 소유한 OOO를 통해 OOO관리·운영사업을 영위하고 있는바, 2011년 6월경 청구법인이 OOO에게 자금을 대여하기 위하여 독립된 외부 회계법인인 OOO에 의뢰하여 작성된 이전가격조사보고서에 의하면 청구법인과 OOO 간에 적용될 정상이자율은 OOO%로 되어 있고, OOO의 국책사업을 영위하여 사실상 국영기업과 다름없는 OOO가 외국의 주주에게 OOO%라는 고율의 이자를 지급한다는 것은 납득하기 어려우므로 계약서상 이자율보다 낮은 이자율로 계산한 이자금액을 받았다고 하여 그 차액을 익금산입한 처분은 부당하다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
1. 먼저, 쟁점대여금이 업무무관 가지급금에 해당하는지에 대하여 살피건대, 청구법인의 법인등기부에는 해외사업 및 사업에 투자‧출연 등이 목적사업으로 열거되어 있고, 청구법인은 등기부상 목적사업인 해외발전사업을 영위하기 위하여 특수목적회사인 OOO자회사를 설립한 후 OOO자회사를 통하여 OOO의 지분을 취득하였으며, OOO의 자금조달이 지연됨에 따라 주주 간의 협약에 따라 주주의 지분율을 한도로 긴급자금을 대여하면서 대여기간도 대주단으로부터 자금을 조달할 때까지로 한정한 점 등에 비추어 쟁점대여금은 청구법인의 목적사업을 원활하게 수행하기 위한 것으로서 업무 관련성을 부인하기 어려우므로 쟁점대여금은 업무무관 가지급금에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.
2. 다음으로, 특수관계법인으로부터 이자금액을 과소 수취하였는지에 대하여 살피건대, 청구법인과 OOO자회사의 대여계약서상의 이자율은 OOO에 대한 이자를 미화 OOO로 계산하여 OOO로부터 받아야 할 이자를 OOO%로 인식한 점 등으로 볼 때, 청구법인이 대여계약서상의 이자율 OOO%보다 미달하게 수취한 이자금액은 익금산입함이 타당하다고 판단된다.
(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 과세 경위에 대하여 살펴본다.
1. 특수관계인인 OOO은 2008.9.1. 청구법인의 OOO에 대한 정비작업(저압터빈 4단 균열 동익 1개 교체)을 완료하고 2008.9.15. 시운전 중 압축기(장부가액 OOO원)가 손상(동익 및 고정익 변형 및 탈락)되는 사고가 발생하였으며, 청구법인은 청구법인이 가입한 OOO(주간사회사)에 손해배상을 청구하였고, OOO가 신제품 조달금액을 기준으로 계산한 총손해액 OOO원(보험가입금액 초과액 OOO원)을 차감한 OOO원을 보험금으로 수령하여 그 중 OOO원을 손상된 설비의 복구비로 사용하고, 나머지 OOO원을 보험차익으로 장부에 계상하였다.
2. OOO원과 보험금 수령액 OOO원의 차액인 OOO원을 가해자인 OOO으로부터 배상받아야 함에도 청구법인이 손해배상청구를 하지 아니하여 특수관계인에게 이익을 분여하였다고 보아 부당행위계산을 부인하고 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 이를 익금산입하여 과세하였다. (나) 처분청은 청구법인과 OOO의 도급계약서 및 공사시방서상 계약상대자인 OOO이 착공부터 준공검사까지 시공책임을 지고 준공검사 전 시운전시 발생한 손상사고에 대하여는 OOO이 손해를 부담하도록 약정되었으므로 사고책임자인 OOO에게 배상책임이 있고, 청구법인과 보험회사가 손해사정을 의뢰한 손해사정법인은 전문감정기관이고, 의뢰인과 특수관계인이 아닌 제3자로서 청구법인이 제출한 자료에 근거하여 객관적으로 손해액을 산정하였다 할 것이므로 손해사정액이 잘못 산정되었다고 보기 어렵고, 보험회사 입장에서도 손해사정액에 근거하여 보험금을 산정 및 지급한 것이므로 손해사정액을 시가로 볼 수 있는바, 청구법인은 손해사정액과 보험금의 차액인 OOO원을 손해배상채권으로 인식하여 상대방에게 청구하여야 함에도 OOO가 청구법인의 주식 OOO%를 소유하고 있고, OOO의 주식 OOO%를 소유하고 있어 OOO이 청구법인의 특수관계에 있는 법인임을 고려하여 채권을 포기한 것이므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세함이 타당하다는 의견이다. (다) 청구법인은 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인의 소득금액을 조정하기 위해서는 해당 법인의 조세부담이 감소한 사실이 전제되어야 하고, 이는 특수관계인과의 거래로 인하여 법인의 이익이 감소하거나 비용이 증가하여야 함을 의미하나, 청구법인은 장부가액 OOO원인 자산을 폐기한 대가로 OOO원을 보험금으로 수령하였고, 손상설비의 복구비로 OOO원을 사용하여 결과적으로 OOO원의 수입(보험차익)이 발생하였으며, 손상사고로 인하여 청구법인의 조세부담이 증가하였으므로 부당행위계산부인 대상이 아니고, 더욱이 성능이 뛰어난 새로운 장비로 교체하는 무형의 이익까지 얻었으므로 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 부당하며, 또한 OOO으로부터 보상받아야 할 손해사정액과 보험금수령액과의 차액 OOO원은 관념상의 기회손실에 불과할 뿐 확정된 채권이 아니고, 소송 등을 통하여 기회손실에 대한 청구권을 확정시키는 과정에서 청구법인은 상당한 액수의 소송비용을 부담해야 하며, 손상사고는 발생 원인조차 불분명하여 손해배상청구소송을 제기한다 하더라도 승소한다는 보장이 없는 상황에서 청구법인이 가해자인 특수관계인에게 손해배상청구소송을 제기하지 않은 것은 자연스러운 결과이므로 배상을 청구하지 아니한 금액을 특수관계인에게 분여한 이익으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세하는 것은 부당하다고 주장한다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 보험금으로 손상된 설비를 복구하고 남았으므로 OOO으로부터 회수하여야 할 채권은 없다고 주장하나, 청구법인과 OOO 간에 작성된 공사계약일반조건에 의하면, OOO은 공사 중에 해당 설비에 대한 손해를 부담하고, 손해보험에 가입한 경우에는 보험금을 초과하는 부분을 부담하여야 하는바, 손해사정액은 손상된 설비를 복구하는 데 필요한 기자재 구입비 및 교체공사비 등의 비용으로서 관련자가 이의제기를 하지 않았으므로 합의된 손해액이라 할 것이고, 손해사정액에서 보험가입금액을 초과하는 금액과 보험가입자(청구법인)의 자기부담금 및 잔존물가액을 공제한 나머지 금액을 보험금으로 지급받았으므로 손해사정액과 보험금의 차액OOO은 청구법인이 OOO으로부터 지급받을 수 있는 금액이라 할 것이며, 청구법인이 이를 OOO에 대한 손해배상채권으로 인식하여 청구하여야 함에도 이를 포기한 것이므로 처분청이 손해사정액과 보험금의 차액을 특수관계인에게 분여한 이익으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 지식경제부의 제5차 전력수급기본계획 등에 따라 OOO를 2011.9.4.부터 해체하고 OOO로 이전하여 가동을 중단하였으나 2011사업연도 법인세 신고시 가동중단 기간을 포함하여 감가상각비 OOO원을 손금산입하였고, OOO은 청구법인이 쟁점설비를 2011년 10월부터 2011년 12월까지 사업에 사용하지 아니하였음에도 감가상각비를 손금산입하였다고 보아 운휴기간에 대한 감가상각비 OOO원을 손금불산입하여 과세하였다. (나) 처분청은 유휴설비로 감가상각하기 위해서는 상시 재가동이 가능한 상태에 있어야 하고, 상시 재가동이 가능하다는 것은 설비의 상태뿐만 아니라 청구법인의 의사에 따라 가동 여부를 결정할 수 있는 상태를 의미하나, 청구법인이 OOO를 해체·분리하여 OOO로 이전한 후 조립하여 실제로 사용 가능한 상태가 되기까지는 상시 재가동이 가능한 상태로 볼 수 없는바, 청구법인은 2011년 9월 OOO를 해체·분리하여 OOO로 이전한 후 조사일(2012.12.26.) 현재까지 재조립하여 상업운전이 가능한 상태가 아니었으므로 가동중단 기간인 2011년 10월부터 2011년 12월까지의 감가상각비 계상액 OOO원은 손금불산입하여야 한다는 의견이다. (다) 청구법인은 법인세법상 사업에 사용하지 않는 자산은 감가상각자산에 포함되지 않으나 유휴설비는 사업에 사용하지 않는 자산으로 보지 아니하여 감가상각비는 손금인정되며, 또한 법인세법상 유휴설비에 대한 명시규정이 없고, 대법원도 “사용하지 않은 기간이 장기간에 이르고 또 제품의 단종으로 앞으로 사용할 가능성도 없어진 경우 유휴설비가 아니라 감가상각자산에서 제외되는 사업에 사용하지 아니하는 것에 해당한다”고 판시(대법원 2008.5.29. 선고 2006두15417 판결)하고 있어 장기간 사용하지 않고 앞으로 사용될 가능성도 없는 경우에는 사업에 사용하지 않는 자산으로 보아 감가상각비의 손금산입을 부인해야 할 것이나, 일시적으로 가동이 중단된 상태의 설비는 원칙적으로 감가상각비의 손금산입이 허용되는 유휴설비로 보아야 할 것인바, OOO에 있던 쟁점설비는 OOO로 이전되어 현재 사용 중에 있는 사실이 이관자산목록, 회계정보시스템에서 출력한 이관자산 총계정원장 및 이관자산 대체이력 조회내역 등에 의하여 확인되므로 운휴기간에 발생한 감가상각비를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다는 주장이다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법에는 사업에 사용하지 않는 자산은 감가상각자산에 포함하지 아니하나, 유휴설비는 사업에 사용하지 않는 자산에서 제외한다고 규정되어 있는바, 감가상각자산에서 제외되는 사업에 사용하지 않는 자산은 사용하지 않는 기간이 장기간에 이르고 제품의 단종으로 앞으로 사용할 가능성도 없어진 경우라 할 것이나, 쟁점설비는 OOO에서 해체하여 OOO로 이전한 후 일시적으로 가동이 중단되고 있었을 뿐, 이후 발전설비로 조립되어 현재 가동되고 있으므로 쟁점설비는 법인세법상 사용 중 철거하여 사업에 사용하지 아니하는 설비라기보다는 일시적으로 가동을 중단한 유휴설비라 할 것이므로 감가상각자산에 해당하는 것으로 판단된다.
(6) 쟁점⑥에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO은 공사용역 완료일을 준공검사보고서 작성일인 2008.1.3.로 하고 이를 용역의 공급시기로 하여 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수수하였으며, 청구법인은 매입세액을 2008년 제1기 부가가치세 등에 반영하여 신고하였으나 OOO은 공사용역 완료일을 준공일인 2007.12.28.로 하여 청구법인의 신고내역을 부인하였고, 청구법인이 심판청구를 제기하였으나 2008.12.15. 기각 결정됨에 따라 청구법인은 2008사업연도분에 대하여는 2009.10.21. 공급가액 OOO원을 손금불산입하는 수정신고를 하였으나, 2007사업연도분에 대해서는 경정청구기간이 도과하여 과세표준 및 세액의 감액 경정을 청구하지 못하였다. (나) 처분청은 국세기본법 제45조의2에 따라 심판청구가 결정된 날로부터 90일 이내에 경정청구하여야 하나 청구법인은 청구기간이 도과하여 해당 공사비를 2007사업연도의 손금으로 인정할 수 없고, 국세기본법 제22조의2 제1항에서 규정한 대로 당해 사업연도에 대한 처분청의 증액 경정이 있었다 하여 불복에서 당초 확정된 세액의 하자를 주장할 수 없으며, 당초 처분은 경정청구기간의 도과로 확정되어 불가변력이 발생하였으므로 더 이상 취소를 구할 수 없다는 의견이다. (다) 청구법인은 “증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 불복기간이나 경정청구기간의 도과로 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 관하여는 그 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있다고 할 것이다.”라는 판례(대법원 2009.5.14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2011.4.14. 선고 2008두22280 판결, 대법원 2011.4.14. 선고 2010두9808 판결)를 제시하며, 본 건은 비록 처분청의 증액경정처분 자체를 원인으로 한 것은 아니지만 증액된 세액의 범위 내에서 쟁송의 대상이 될 수 있으므로 테니스장 보수공사비는 2007사업연도 법인세 과세표준 및 세액 계산시 손금산입하여야 한다고 주장한다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 경정하는 처분을 한 경우에 그것이 증액경정인 때에는 처음의 과세처분이 뒤의 경정처분의 일부로 흡수되어 독립된 존재가치가 상실, 소멸되는 것으로 보아야 하므로 처음의 과세처분이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 이미 확정된 뒤에 증액경정처분을 한 경우에도 납세의무자는 경정처분에 대한 불복절차에서 이미 확정된 처분의 과세처분에 의하여 결정된 과세표준과 세액에 대하여 그 위법 여부를 다툴 수 있다 할 것이므로(대법원 2009.5.14. 선고 2006두17390 판결, 국심 2001중327, 2002.7.12., 같은 뜻임), 2007사업연도에 지출한 쟁점공사비를 2007사업연도 소득금액 계산시 손금산입하여 청구법인에게 부과된 2007사업연도 법인세 증액경정 세액의 범위 내에서 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. !<별지> 관련 법령
(1) 쟁점① 관련 (가) 법인세법 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것 제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업 연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업 창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)
⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목외의 부분 단서에서 “기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.
2. 해당 부동산의 취득 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)
⑨ 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간은 다음 각호에 의한다.
1. 영 제49조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산: 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간. 다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일(유예기간이 경과되기 전에 제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간
2. 영 제49조 제1항 제1호 나목에 해당하는 부동산: 취득일(제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간
⑩ 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 다음 각호에 의하여 수용되거나 이를 양도하는 경우에는 제9항의 규정에 불구하고 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간을 당해 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간으로 한다.<신설 2004.3.5, 2005.2.28.>
2. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제7호의 규정에 의한 산업단지안의 토지를 동법 제39조의 규정에 의하여 양도하는 경우 제27조(업무와 관련없는 비용등의 손금불산입) 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 있는 법인은 법 제27조 제1호 및 법 제28조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 그 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도(이하 이 조에서 “종전 사업연도”라 한다)의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 종전 사업연도의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 종전 사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)
2. 종전 사업연도의 과세표준과 손금에 산입하지 아니하는 지급이자등을 합한 금액에 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 종전 사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다) (라) 법인세법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제409호로 개정된 것) 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ⑩ 영 제49조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산이 다음 각 호에 따라 수용되거나 이를 양도하는 경우에는 제9항에도 불구하고 해당 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간을 해당 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간으로 한다. <신설 2004.3.5, 2005.2.28, 2014.3.14.>
2. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제14호에 따른 산업단지 안의 토지를 같은 법 제39조에 따라 양도하는 경우 (마) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2009.2.6. 법률 제9426호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 5의3. “지식기반산업집적지구”란 지식기반산업의 집적을 촉진하기 위하여 제22조에 따라 지정·고시된 지역을 말한다.
7. “산업단지”라 함은 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조·제7조·제7조의2 및 제8조의 규정에 의하여 지정·개발된 국가산업단지·일반지방산업단지·도시첨단산업단지 및 농공단지를 말한다. (바) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2009.2.6. 법률 제9426호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
7. “지식기반산업집적지구”란 지식기반산업의 집적을 촉진하기 위하여 제22조에 따라 지정·고시된 지역을 말한다.
14. “산업단지”란 산업입지및개발에관한법률 제6조·제7조·제7조의2 및 제8조의 규정에 의하여 지정개발된 국가산업단지·일반지방산업단지·도시첨단산업단지 및 농공단지를 말한다. 제39조(산업용지 등의 처분제한 등) ① 산업시설구역의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다.
1. 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장 등을 처분하려는 경우
2. 제15조 제2항에 따른 사업개시의 신고 전 또는 신고 후 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(생 략)를 처분(생 략)하려는 경우 또는 공장 등을 처분하려는 경우
(2) 쟁점② 관련 (가) 법인세법 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입‧제작‧교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액 (나) 법인세법 시행령 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산
② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ④ 제2항에서 “장기할부조건”이라 함은 자산의 판매 또는 양도(국외거래에 있어서는 소유권이전 조건부 약정에 의한 자산의 임대를 포함한다)로서 판매금액 또는 수입금액을 월부·연부 기타의 지불방법에 따라 2회 이상으로 분할하여 수입하는 것 중 당해 목적물의 인도일의 다음 날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 말한다. 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액
④ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
1. 자산을 제68조 제4항에 따른 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당해 현재가치할인차금
(3) 쟁점③ 관련 (가) 법인세법 제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 소득세법 제16조(이자소득) ① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
11. 비영업대금(非營業貸金)의 이익 (다) 국제조세조정에 관한 법률 제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. (라) 법인세법 시행령 제70조(이자소득 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호에 따른다.
1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액：소득세법 시행령 제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날 (마) 소득세법 시행령 제45조(이자소득의 수입시기) 이자소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다. 9의2. 비영업대금의 이익 약정에 의한 이자지급일. 다만, 이자지급일의 약정이 없거나 약정에 의한 이자지급일전에 이자를 지급 받는 경우 또는 제51조 제7항의 규정에 의하여 총수입금액 계산에서 제외하였던 이자를 지급받는 경우에는 그 이자지급일로 한다.
(4) 쟁점④ 관련 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산“이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
(5) 쟁점⑤ 관련 (가) 법인세법 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다. (나) 법인세법 시행령 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
1. 다음 각 목의 1에 해당하는 유형고정자산
③ 감가상각자산은 다음 각 호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다) (다) 법인세법 시행규칙 제12조(감가상각자산의 범위) ③ 영 제24조 제3항 제1호에 따라 감가상각자산에 해당되는 유휴설비에는 다음 각 호의 기계 및 장치 등이 포함되지 아니하는 것으로 한다.
1. 사용중 철거하여 사업에 사용하지 아니하는 기계 및 장치등
2. 취득후 사용하지 아니하고 보관중인 기계 및 장치등
(5) 쟁점⑥ 관련 (가) 국세기본법 제22조의2(경정 등의 효력) ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.
② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.
1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자 2.제42조에 따라 물적 납세의무를 지는 자로서 납부통지서를 받은 자
3. 보증인
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 자