쟁점공사계약의 세부내역에는 주요설치장비를 별도로 지정한 사실이 나타나지 아니하고, 청구법인과 거래상대방은 쟁점공사에 대한 기성고 확인에 따라 세금계산서를 수수한바, 쟁점자재가 쟁점공사계약상 주요설치장비라고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점자재의 공급시기를 쟁점공사의 공급시기와 달리 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못임
쟁점공사계약의 세부내역에는 주요설치장비를 별도로 지정한 사실이 나타나지 아니하고, 청구법인과 거래상대방은 쟁점공사에 대한 기성고 확인에 따라 세금계산서를 수수한바, 쟁점자재가 쟁점공사계약상 주요설치장비라고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점자재의 공급시기를 쟁점공사의 공급시기와 달리 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못임
OOO세무서장이 2013.1.11. 청구법인에게 한 2009년 제2기~2011년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점공사계약에 포함된 자재내역 중 쟁점자재의 공급가액(OOO원)이 단위별로 단가가 크다는 이유로 이를 별도의 재화공급에 해당한다고 하여 동 재화의 공급을 ｢부가가치세법｣ 상 중간지급조건부 재화의 공급으로 간주하였으나, ｢부가가치세법 시행령｣ 제22조 제2호 에서 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있고, 청구법인이 제공한 쟁점공사계약은 전기기차가 운행하는데 필요한 모든 설비를 하나의 시스템으로 공급하는 공사용역으로서 계약 상 대가를 지급받기로 한 매월 기성검사 완료 시 완성된 기성고에 따라 세금계산서를 발급하고 관련 대금을 수령하였는바, 이는 청구법인이 계약서 및 실질상 쟁점공사계약을 하나의 공사용역으로 간주하여 처리하였음이 명백하므로 쟁점자재의 단가가 크다는 이유로 별도로 재화의 공급에 해당한다는 처분청의 주장은 부당하다. 설령, 쟁점자재의 공급이 별도로 재화의 공급에 해당한다 하더라도 쟁점공사계약은 전체 설비를 포함한 공사가 완성되지 않으면 운영될 수 없어 쟁점자재를 포함한 모든 설비가 상호 필수불가결하게 연관되어 있는 점을 고려할 때 쟁점자재인 송변전설비는 쟁점공사에 부수된 재화의 공급에 해당한다 할 것이고, 주된 용역에 부수되어 공급되는 재화의 공급시기는 주된 용역의 공급시기를 기준으로 판단하여야 하므로 쟁점자재의 공급시기는 쟁점공사의 공급시기인 용역대가를 지급받기로 한 기성고 검사완료 시점으로 보아야 한다.
(2) 처분청은 쟁점자재구매계약 중 쟁점자재의 공급(약 OOO원)에 대해서만 다른 자재의 대금지급시기(기성고 청구)와 달리 특수조건 상 기재된 대금지급시기(사양승인시 30%, 제작공장 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전 완료시 20%)가 적용되는 것으로 간주하였으나, 청구법인이 (주)OOO과 체결한 쟁점자재구매계약 상 “기성부분의 대가는 원발주처의 지급조건에 의하여 지급한다”라는 문구는 원발주처인 OOO(주)로부터 청구법인이 대금을 수령하는 시기에 맞추어 구매처인 (주)OOO에게 자재구매대금을 지급하고자 한 것이고, 실제 원발주처로부터 쟁점공사의 대가를 기성고 검사완료 시점에 수령하고 이에 맞추어 쟁점자재구매계약에 대한 대가도 지급한바, 원발주처의 지급조건인 쟁점공사의 기성고 검사완료 시점이 쟁점자재구매계약에 대한 공급시기이므로 청구법인이 (주)OOO과 체결한 쟁점자재구매계약(약 OOO원) 중 쟁점자재의 공급(약 OOO원)에 대해서만 기성고가 아닌 다른 공급시기를 적용하여야 한다는 처분청의 주장은 부당하다.
(3) 설령, 처분청 주장대로 쟁점자재에 대한 공급시기를 특수조건 상 기재된 사양승인시 30%, 제작공장 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전 완료시 20%로 가정한다 하더라도, 처분청의 매입세액 불공제액에는 계산오류로 인하여 중복으로 불공제된 OOO원과 동일 과세기간 내 발급되어 매입세액공제 가능한 OOO원이 부당하게 불공제되었다.
(1) 청구법인은 OOO(주)와 쟁점공사계약을 체결하면서 공사계약 특수조건으로 주요설치장비인 급전용변압기와 가스절연개폐장치에 대해서는 사양승인시 30%, 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전완료 후 20%의 대금을 지급하기로 약정했으나, 실제로는 이들 주요설치장비에 대해 약정과 달리 임의로 세금계산서를 발급하였다. 청구법인은 쟁점자재가 주된 용역에 부수되는 재화라고 주장하나, 변전설비 중 급전용변압기와 가스절연개폐장치는 개당 OOO원의 고가의 설비로 OOO 공사에서 차지하는 비중이 높고 변전설비에 이상이 생길 경우 전차선로에 전기공급이 불가능하여 주요설치장비로 정해 관리와 검사를 강화함으로써 공사 진행을 원활히 하기 위하여 계약특수조건을 둔 것이므로 이를 부수재화로 볼 수 없다. 주요설치장비의 사양승인 및 제품성능 검증 등에 대해 OOO(주)와 OOO 책임감리원간 주고 받은 공문에서도 급전용변압기와 가스절연개폐장치 등 주요설치장비에 대한 관리를 하고 있음을 알 수 있으므로 이에 대하여 기성고 청구와는 별도로 계약조건에 따라 조건이 성취되는 시점에 대가를 청구하였어야 하나, 청구법인은 이를 별도 관리하지 않고 임의의 시점에 기성고 청구와 함께 세금계산서를 발급하였다. 또한, 청구법인은 쟁점자재를 부수재화로 보아 기성고 청구에 따라 세금계산서를 발행하는 것이 타당하다고 주장하면서도 실제로 OOO(주)에 대한 26회의 기성고 청구시점마다 쟁점자재에 대해 일정률의 진행상황을 반영하여 세금계산서를 발행하지 아니하고, 장비별로 6～7차례에 걸쳐 40%, 55%, 70%, 78%, 80%, 98%, 100% 시점에 세금계산서를 발행한 것은 부수재화로 보아 기성고 청구시점에 세금계산서를 발행하였다는 청구법인의 주장과 배치되는 것이다. 따라서, 쟁점자재에 대하여 약정에 따라 세금계산서를 발급하지 아니하였으므로 공급시기를 조정하여 매출세액을 경정하면서 매출세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 매입대금의 청구시기를 최대한 매출대금 청구시기에 근접하게 하여 대금지급을 원활하게 하기 위하여 쟁점자재구매계약에서 원발주처 지급조건을 계약특수조건으로 약정한 것이라고 주장하나, 주요설치장비에 대해서 쟁점공사계약이나 쟁점자재구매계약에서 동일하게 특수조건에 따라 공급시기를 결정하고 기타장비에 대해서는 기성고 청구에 따른다는 것이 계약의 내용이므로 주요설치장비에 대해 별도의 공급시기를 적용한다고 하여 매입대금의 청구시기와 매출대금의 청구시기가 달라지는 것은 아니고, 매출대금의 청구를 약정에 의한 공급시기에 하지 않은 경우까지를 포함하여 원발주처에 따라 잘못된 공급시기를 적용한다는 의미는 아니다. 청구법인은 쟁점자재에 대해 공급시기를 잘못 적용하여 매출세금계산서를 발급하였고 이에 따라 매입처에서도 동일하게 세금계산서를 수취하였는바, 청구법인이 주요설치장비에 대한 관리를 소홀히 하여 적법한 공급시기에 승인통보가 없었으므로 OOO 책임감리원의 감리결과에 따른 승인일자를 기준으로 약정에 따른 공급시기를 판단하는 것이 타당하다고 판단되고, 이는 OOO 책임감리원이 작업진행 정도에 따라 작성한 보고서 등 작업일지와 공문에서 확인된다. 또한, 처분청은 동일한 과세기간 내에 수취한 매입세금계산서에 대해서는 매입세액공제를 인정하되 가산세만 부과하였고 과세기간을 경과한 경우에만 매입세액을 불공제하였는바, 쟁점자재에 대하여 약정에 의한 공급시기에 세금계산서를 수취하지 않은 것으로 보아 매입세액을 불공제하면서 합계표제출불성실가산세 등 가산세를 부과한 처분은 정당하다.
(3) 청구법인은 누적액을 기준으로 매입세액 불공제액을 계산함에 따라 2010.10.29.자 매입세액 OOO원이 이중으로 불공제되었다고 주장하나, 2009.12.28.자 세금계산서 중 불공제된 매입세액 OOO원은 공장검수시점인 2010년 제2기에 수취하여야 하는 것을 미리 받았으므로 불공제한 것이고, 2010.10.29.자 세금계산서는 계약상 받아야 할 금액보다 적게 수취하였으나 누적액 기준으로 초과한 금액을 불공제한 것으로 이중으로 불공제되었다고 볼 수 없다. 다만, 동일과세기간 내에 후발급된 세금계산서는 공제가능하고 가산세 부과대상이나, 당초 과세시 계산오류로 인해 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과하지 아니한바, 2011년 제2기 매입세액 OOO원을 추가로 공제하고 가산세 OOO원을 부과하는 것이 타당하다.
(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2008.7.28. OOO(주)와 체결한 건설공사 하도급계약서의 주요내용은 아래와 같다. OOO (나) 청구법인은 OOO(주)와 체결한 위 건설공사 하도급계약서의 공사계약 특수조건 제3항에서 “기성부분의 대가는 매월 지급조건이고 을(청구법인)은 대가지급청구서를 작성하여 제출하여야 하며, 갑[OOO(주)]은 기성검사 완료 후 기성대가를 확정하여 을에게 지급한다. 단, 주요설치장비에 대해서는 사양승인시 30%, 제작공정 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전 완료 후 20%를 지급하도록 한다”고 약정하였으나, 첨부된 공사 세부내역(총 41페이지)에는 주요설치장비가 별도로 기재되어 있지 아니하고, 처분청이 청구법인에 대한 조사시 별도로 수령한 공사 세부내역의 일부(총 9페이지)에 쟁점자재가 주요설치장비로 기재되어 있다. (다) 청구법인이 2008.9.4. (주)OOO과 체결한 자재구매계약서의 주요내용은 아래와 같다. OOO (라) 청구법인은 (주)OOO과 체결한 위 자재구매계약서의 계약특수조건 제1항에서 “기성부분의 대가는 원발주처 지급조건에 의하여 지급한다”고 약정하면서 그 아래에 참고표시를 하고 원발주처 지급조건을 사양승인시 30%, 제작공장 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전 완료시 20%로 기재하였다. (마) OOO이 발행한 청구법인의 감사보고서(2008～2012사업연도)에 의하면 청구법인은 쟁점자재를 포함하여 쟁점공사계약을 하나의 거래단위로 보아 진행기준에 따라 수익을 인식하였고, 이를 손익계산서상 공사수익으로 계상한 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 항변서 등에 의하면 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 아래 <표2>와 같이 쟁점공사의 기성고 검사완료 시에 OOO(주)에 매출세금계산서를 발행하고, 이에 대응하여 (주)OOO 등으로부터 관련 자재에 대한 매입세금계산서를 수수한 것으로 나타난다. OOO (사) 청구법인이 제출한 항변서 등에 의하면 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 매출채권을 매출세금계산서 발급일로부터 60일 이내에 OOO(주)로부터 어음으로 수령하였고, 쟁점자재구매계약과 관련하여 매입채무를 매입세금계산서 발급일로부터 60일 이내에 (주)OOO에 기업구매전용카드로 지급한 것으로 나타난다. (아) 처분청은 쟁점자재를 주요설치장비로 보아 쟁점공사계약의 계약특수조건 제3항의 단서에 따라 공급시기를 판단하여야 한다고 하면서 (주)OOO(책임감리원)의 “변전분야 변전기기 제작도 조건부 승인” 문서(2009.12.4.), “변전설비 가스절연개폐장치 제품성능 검증시행 철저” 문서(2010.10.27.) 및 공사일보(2010.12.18., 2011.3.19.) 등을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 통상적인 용역의 공급의 경우 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때이나 완성도기준지급조건부 용역의 공급시기는 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때라 할 것인바, 쟁점공사계약에서 공사대가는 OOO(주)의 기성확인을 거친 후에 지급하는 것으로 되어 있고 청구법인이 26회에 걸쳐 기성고에 따라 공사대가의 각 부분을 받은 것으로 나타나므로 쟁점공사는 ‘완성도기준지급 조건부 용역’에 해당하는 점, ｢부가가치세법 시행령｣ 제18조 제1호 에서 건설업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담한다 하더라도 이를 용역의 공급으로 보도록 규정하고 있으므로 단일 계약서로 작성된 쟁점공사에서 쟁점자재를 별도로 분리하기는 어려운 점, 청구법인도 쟁점공사계약을 하나의 거래단위로 보아 진행기준에 따라 수익을 인식하여 이를 손익계산서에 계상한 점, 쟁점공사계약의 계약특수조건 제3항 단서에서 주요설치장비에 대해서는 별도의 대금지급 조건을 적용하기로 하였으나 첨부된 전체 공사 세부내역에는 주요설치장비를 별도로 지정한 사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 청구법인과 OOO(주)는 기성고 확인에 따라 세금계산서를 수수하고 이에 따라 대금을 지급받은 것으로 보아 쟁점자재를 주요설치장비로 지정하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점자재를 쟁점공사에서 분리하여 별도의 공급시기를 적용하여야 한다고 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점자재에 대하여 임의의 시점에 세금계산서를 발급한 것으로 보아 공급시기를 조정하여 매출세액을 경정하면서 매출세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(3) 또한, 처분청은 쟁점자재가 주요설치장비에 해당하여 대금지급 조건에 있어 쟁점공사계약의 계약특수조건 제3항 단서를 적용하여야 하고 쟁점자재구매계약에서 기성부분의 대가는 원발주처 지급조건에 의한다고 약정하였으므로 쟁점자재의 매입에 있어서도 공급시기를 쟁점공사계약의 계약특수조건 제3항 단서에 따라야 한다는 의견이나, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점자재는 쟁점공사계약의 계약특수조건 제3항 단서가 적용되는 주요설치장비에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구법인과 (주)OOO은 기성고 확인에 따라 세금계산서를 수수하고 이에 따라 대금을 지급한 것으로 보아 쟁점자재구매계약의 계약특수조건 제1항의 참고표시가 적용되지 않는다는 것에 대해 상호 이견이 없다고 보이는 점, 쟁점자재구매계약의 계약특수조건 제1항의 참고표시에는 주요설치장비에 대한 구분없이 원발주처 지급조건이 “사양승인시 30%, 제작공정 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전 완료시 20%”로 기재되어 있으나 쟁점자재구매계약 중 일부인 쟁점자재에 대해서만 이를 적용하여야 한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점자재에 대한 매입세액을 불공제하면서 합계표제출불성실가산세 등 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.