주식 양도가액에서 매수인에게 이와 관련하여 지급한 손해배상금을 차감하는 것이 타당함

OOO세무서장이 2013.3.15. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2009.10.27. 주식회사 OOO엔지니어링이 발행한 보통주식 3,884,760주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO홀딩스 주식회사(이하 “OOO홀딩스”라 한다)에 OOO원(1주당 OOO원)에 양도하고, 2010.3.2. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였으며, 2012년 쟁점주식의 양도와 관련하여 주식매매계약상 매도인의 진술 및 보장사항과 관련한 주식매매계약상 면책 및 손해배상 조항에 따라 OOO홀딩스에게 손해배상금으로 OOO원(이하 “쟁점손해배상금”이라 한다)을 지급한 후, 그로 인하여 주식매매금액이 조정되어 양도가액이 차감되었으므로 과다납부한 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점주식을 양도한 후 계약의무 위반으로 지급한 쟁점손해배상금은 주식양수도계약서에서 약정한 양도가액과는 별개의 채무로서 주식양도가액 자체를 변경하는 것이 아니라 청구인이 부담하여야 할 별도의 사적인 변제의무로 보아, 2013.3.15. 청구인의 경정청구를 거부통지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.4.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 주식매매계약에서 진술 및 보증은 주식을 매도하고자 하는 매도인과 매수인 사이에 그 사실을 확인하고 보증하는 조항으로 주식매매계약의 진술 및 보증조항 위반에 의한 손해배상의 약정은 “매매계약의 조정”의 성격을 갖는 것으로, 양도인이 양수인에게 “매매계약의 사후 조정금”에 해당하는 면책 및 손해배상 약정에 의한 손해배상액을 지급하였다면 이는 주식매매가격을 조정하는 것으로 이는 소득세법상 양도가액의 증가 또는 차감항목에 해당하며, 과세관청의 경정에 의한 조세추징 등의 사유로 주식가치가 하락하는 경우를 예상하여 당해 외국법인(매수법인)을 손실로부터 면책하도록 사전 약정된 조세면책 의무조항에 의거 매수법인이 매도법인으로부터 면책금을 받는 경우, 당해 면책금은 당초 주식매입가액을 감액하는 것(서면2팀-1132, 2005.7.19.)으로, 면책 및 손해배상 약정에 의한 손해배상액은 주식매매계약 당시 이미 발생한 목적물의 하자에 대하여 “양도의 대가와 관련하여 지급하는 것”이므로 이를 대상주식의 양도가액에 포함되어야 하며, 이러한 손해배상액을 대상주식의 양도가액에서 차감하지 않을 경우에는 조세법률주의, 실질과세원칙 및 형평의 원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 법인주식을 양도한 후 계약의무 위반으로 손해배상금을 지급한 경우 당해 손해배상금이 주식양수도계약서에서 약정한 양도가액과는 별개의 채무인 경우 양도가액에서 차감할 수 없는 것으로, 주식매매계약에서 진술 및 보증은 주식을 매도하고자 하는 매도인과 매수인 사이에 그 사실을 단순히 확인하고 보증하는 조항으로 계약상 해당주식의 매매가액에서 공제하기로 약정한 바 없으므로, 쟁점주식 매매가액에는 이미 손해배상채무가 반영되었다고 보아야 할 것이고, 주식의 양도와 관련하여 청구인이 부담하기로 한 손해배상채무는 쟁점주식의 매매계약체결 이후 청구인이 부담하여야 할 별도의 개인간의 사적인 변제의무로 양도자의 계약의무불이행으로 발생한 손해배상금은 양도가액에서 차감 할 수 없는 것이다.

• 가. 쟁점 주식매매계약서상의 진술 및 보증조항 위반에 의한 쟁점손해배상금을 매매대금의 조정으로 보아, 양도소득세 및 증권거래세의 경정청구가 가능한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2009.10.27. 쟁점주식을 OOO홀딩스에 OOO원에 양도하고 양도소득세를 신고․납부하였고, 2012.12.21. 쟁점손해배상금을 OOO홀딩스에 지급하기로 합의한 후, 쟁점주식의 주식매매대금이 조정되었다는 이유로 과다납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는바, 신고 및 경정청구내역은 아래의 〈표〉와 같다. OOO (가) OOO지방국세청장은 2012.6.26.～2012.11.3. OOO엔지니어링의 2006사업연도～2011사업연도에 대한 세무조사를 실시하여 법인세 등 OOO원을 경정․고지하였다. (나) OOO홀딩스는 OOO엔지니어링에 대한 과세처분으로 쟁점주식의 가치가 감소함으로써 손해가 발생하였다고 하여, 주식매매계약서 제5조(매도인의 진술 및 보증) 및 제9조(면책 및 손해배상) 위반을 이유로 2012.12.4. 청구인에게 OOO원을 손해배상 청구하였고, 청구인과 양수인은 2012.12.21. 손해배상액을 OOO원으로 협의하였으며, 청구인은 2012.12.26. 쟁점손해배상금을 지급하였다. (다) 쟁점주식의 매매계약서는 2009.9.8. 체결된 것으로 주요 계약내용은 아래와 같다. 제5조【매도인들의 진술 및 보증】① 매도인들은 연대하여 본 계약 체결일 현재 및 거래종결일 현재(특정일을 명시한 경우에는 그와 같은 특정일 현재) 다음 각 호에 정한 사항이 모두 정확하고 진실함을 진술하고 보증한다. 다만 매도인 공개목록에 별도로 기재된 사항에 관하여는 그에 따르며, 매도인들은 매도인 공개목록에 기재된 바가 정확하고 진실하다는 점을 진술하고 보증한다.

13. 조세. 대상회사 및 각 자회사는 관련법령에 따라 요구되는 세무신고 및 납부의무를 중요한 점에서 모두 이행하였다. 대상회사 및 각 자회사에 세무조사가 진행 중이거나 매도인들이 알고 있는 한 세무조사가 예정되어 있지 아니하다.

16. 법령의 준수. 대상회사 및 각 자회사는 모든 관련법령을 중요한 점에서 준수하고 있으며, 대상회사 및 각 자회사가 관련법령을 준수하기 위하여 중대한 자본적 지출이 요구되지 아니한다. 대상회사 및 각 자회사는 정부기관으로부터 중요한 관련법령의 위반에 대하여 통지 또는 고지받은 사실이 없다. 제9조【면책 및 손해배상】① 본 계약의 각 당사자(“배상당사자”)는 다음 각 호의 1에 정한 사유가 발생한 경우 그와 관련하여 상대방 당사자가 입은 손해를 배상하여야 한다.

1. 본 계약상 배상당사자의 진술 및 보증이 허위이거나 부정확한 경우. 단, 진술 및 보증에 기재된 “중요한”, “중대한”, “중요한 점에서” 또는 이와 유사한 제한은 진술과 보증의 개념요소 및 내용을 구성할 뿐이고, 나아가 본조의 목적상 배상당사자의 진술과 보증이 진실한지 여부의 판단 또는 손해의 산정에 있어서 그 판단 또는 산정기준까지 완화하는 형태로 사용될 수 없음을 확인한다.

2. 배상당사자가 본 계약상 확약사항 기타 의무를 위반, 불이행하거나 지체한 경우

③ 모든 손해배상의 청구는 거래종결일로부터 12개월 이내(단, 거래종결 후의 확약사항이나 의무위반에 대해서는 동 확약사항이나 의무기간의 종결일로부터 24개월 이내)에 배상당사자에 대한 서면통지로써 이루어져야 하며, 위 기간 동안에 청구되지 아니한 모든 손해배상의 권리 및 청구권은 확정적으로 소멸한다. 단, ① 제5조 제1항 제13호에 규정된 매도인들의 진술 및 보증 위반에 대해서는 거래종결일로부터 36개월의 배상기간을 적용하고, ② 제5조 제1항 제3호에 규정된 매도인들의 진술 및 보증 위반에 대해서는 기간의 제한 없이 손해배상의 청구가 허용된다.

(2) 처분청의 과세처분에 대한 청구인의 주요 논거는 다음과 같다. (가) 주식매매계약의 진술 및 보증 조항 위반에 의한 손해배상의 약정은 “매매가격의 조정”의 성격을 갖는 것으로, 쟁점주식 매매계약 제5조(매도인의 진술 및 보증) 및 제9조(면책 및 손해배상)에 의한 손해배상의 약정은 매매가격의 사후 조정의 성격을 갖는 것으로, 쟁점손해배상금은 소득세법상 양도가액의 차감항목으로 보아야 한다. (나) 실지거래가액으로 양도차익을 계산하는 경우 자산의 양도가액은 당해 자산의 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지로 수수한 거래대금 그 자체를 말하는 것으로, 청구인과 OOO홀딩스는 쟁점손해배상금이 매매대금에 대한 사후 조정에 해당한다는 점을 명확히 하기 위하여 쟁점주식의 매매대금 조정에 대한 합의서를 작성하였는바, 쟁점손해배상금은 쟁점주식에 대한 양도대가와 관련하여 지급된 것으로서 양도가액의 차감항목으로 보아야 할 것이다. (다) 자산의 양도가액은 양도 당시 양도자와 양수자 간에 실지 거래한 가액을 의미하는 것으로, 쟁점손해배상금의 지급과 같이 매매계약을 체결한 후 당초 계약상의 매매가격을 조정하여 지급한 경우에는 그 변경된 가액을 양도가액으로 보는 것이 조세법률주의 및 실질과세원칙에 부합하고, 더욱이 양도소득과 관련하여 발생한 경우, 사업소득이나 부동산임대소득과 관련하여 발생한 경우와는 달리, 이를 비용으로 처리하여 손금에 산입할 방법이 전혀 없게 되므로 불공평한 결과를 초래하게 된다. (라) OOO홀딩스의 제4기(2012.1.1.～2012.12.31.) 감사보고서에서도 청구인과의 주식매매계약서 및 합의서에 따라 청구인 등으로부터 수취한 OOO원을 수취하여 지분증권의 취득가액을 조정한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점손해배상금이 쟁점주식의 양수도계약서에서 약정한 양도가액과는 별개의 채무에 따라 지급한 것으로 양도가액에서 차감할 수 없다는 의견이나, 소득의 원인이 되는 채권이 발생된 때라 하더라도 그 과세대상이 되는 채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 그 경제적 이득을 대상으로 하는 소득세는 그 전제를 잃게 되고, 그와 같은 소득을 과세소득으로 하여 소득세를 부과할 수 없다고 할 것이나, 이 때 그 채권의 회수불능 여부는 구체적인 거래내용과 그 후의 정황 등을 따져서 채무자의 자산상황, 지급능력 등을 종합하여 사회통념에 의하여 객관적으로 평가하는 방법으로 판정하여야 하는 것인 바(대법 2001두7176, 2003.12.26. 판결 참조), OOO지방국세청장이 쟁점주식을 발행한 OOO엔지니어링의 2006～2011사업연도에 대한 세무조사를 실시하여 법인세 등의 추징으로 쟁점주식의 공정가치에 직접적인 영향을 미친 것으로 보이고, 쟁점주식 매매계약 당시 OOO홀딩스가 이를 확인할 수 있었더라면 주식매매대가를 조정하였을 것으로 예견되는 점, 청구인과 OOO홀딩스가 쟁점주식의 매매계약서 제9조에서 면책 및 손해배상을 약정하였고, 이에 따라 OOO홀딩스가 청구인에게 손해배상을 청구하였으며, 이에 따라 청구인이 쟁점손해배상금을 지급한 것으로 보이는 점, 쟁점손해배상금을 차감한 가액으로 쟁점주식의 양도가액을 조정하기로 하는 합의서를 작성한 후 청구인이 쟁점손해배상금을 지급한 점, 쟁점주식을 취득한 OOO홀딩스 또한 취득가액을 쟁점손해배상금을 차감한 가액으로 기장한 사실이 OOO홀딩스의 제4기 감사보고서에 의하여 확인되는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점손해배상금은 양도가액에서 차감하여야 할 금액으로 보이므로, 처분청이 청구인의 양도소득세 및 증권거래세 경정청구를 거부한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구의 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.