경정청구기간 경과 후 제기된 경정청구와 관련한 심판청구가 본안심리 대상이 아님

OOO세무서장이 2012.11.28. 청구법인에게 한 2007년 제1기 부가가치세의 경정거부처분 관련 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1999.9.20. 개업하여 ‘주택건설업’을 영위하고 있는 법인으로 2006년부터 OOO의 주상복합아파트를 신축․분양하였는데, 2011.4.5. 기분양된 아파트 중 142세대(공급가액 OOO)에 대한 분양계약이 해제(사유: 분양대금 미납으로 인한 약정해제, 이하 “이 건 계약해제”라 한다)됨에 따라 2012.4.19. 처분청에 2007년 제1기부터 2011년 제1기까지 청구법인이 납부한 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 내용의 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2012년 6월경 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인을 실시하여, 2012.11.28. 2007년 제1기 부가가치세 경정청구세액 OOO(이하 “쟁점세액”이라 한다)에 대하여는 경정청구기한 및 부과제척기간이 도과되었음을 사유로 환급금을 지급하지 아니하였고, 2007년 제2기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세 경정청구세액 OOO(경정청구세액 OOO - 2011년 제1기 부가가치세 과다청구분 OOO - 2011년 제1기 수정세금계산서 지연발급가산세 OOO) 및 환급가산금 OOO을 환급하면서, 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지의 부가가치세 환급금에 대하여는 경정청구기간이 경과되었음을 이유로 환급가산금을 지급하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.31. 이의신청을 거쳐 2013.4.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점세액에 대한 경정청구를 거부한 것은 아래와 같은 이유로 신의성실의 원칙에 반하므로 취소하여야 한다. (가) 이 건 계약해제에 대하여 당초 2011.8.3. 처분청에 경정청구(이하 “1차 경정청구”라 한다)를 제기하였으나 처분청 담당직원으로부터 기한내 처리가 어려우므로 취하 후 재접수해 줄 것을 요구받아 2011.9.16. 1차 경정청구를 취하하고, 동일한 내용으로 2011.9.28. 경정청구(이하 “2차 경정청구”라 한다)를 제기하였다. 그 후 처분청 담당직원이 재차 취하 및 인사이동 후 재접수 등을 요구함에 따라 2011.11.28. 2차 경정청구를 취하하고, 2012.4.19. 이 건 경정청구를 제기하기에 이르렀다. (나) 이 과정에서 청구법인은 처분청의 요구에 따라 2011.10.18., 2011.10.26., 2012.6.14., 2012.7.11. 등 수차례에 걸쳐 관련 자료를 제출하는 등 처분청의 요구에 적극 협조하였고, 처분청도 쟁점세액에 대하여 부과제척기간이 경과하지 아니한 2012.7.19. 청구법인에게 ‘경정청구 검토결과 통지’라는 제목으로 이 건 경정청구에 대한 환급예상세액을 팩스로 통지하면서 2007년 제1기 부가가치세 환급예상세액을 OOO으로 알려주었는데, 동 서류는 처분청의 공적인 견해표명에 해당하고 청구법인으로서도 쟁점세액이 당연히 환급될 것으로 판단하여 처분청의 결정을 기다리고 있었다. (다) 그러나, 처분청은 특별한 사정 없이 이 건 경정청구에 대한 처리를 지연하다가 2012년 8월경 그 처리업무를 법인세과에서 조사과로 이관하려다 조사대상이 아니라는 이유로 다시 법인세과로 반려된 사실이 있는 등 1차 경정청구일로부터 약 1년 4개월이 경과된 2012.11.28. 이 건 경정청구에 대한 환급을 결정하면서 쟁점세액에 대하여는 부과제척기간이 경과되었음을 이유로 환급하지 않고 2008년 2기 과세기간 이전 경정청구분에 대하여는 환급가산금을 지급하지 아니한바, 쟁점세액에 대한 경정청구를 거부(부작위)한 것은 2012.7.19. 처분청이 한 공적인 견해표명에 반하여 신의성실의 원칙에 어긋난다.

(2) 또한, 2007년 제2기～2008년 제2기 부가가치세 경정청구에 대하여 처분청이 이를 받아들여 부가가치세 환급금을 지급한 이상 환급가산금도 지급하여야 한다. 즉, ① 경정청구기간을 도과하여 법이 보장한 권리구제수단에 의해 잘못 납부한 세금의 환급을 주장하는 것이 허용되지 아니하는 경우라도 과세관청은 직권에 의하여 그 과다신고내용을 시정하고 감액결정하는 것이 허용되는 점(OOO법원 2007.2.2. 선고 2006가합25955 판결), ② 환급가산금은 국세기본법제45조의2 소정의 경정청구가 받아들여지든 직권경정처분에 의하든 국세환급금이 있으면 자동적으로 발생하는 것인 점, ③ 국세기본법상 경정청구기간을 제한하는 것은 국세행정의 안정성을 확보하기 위한 것이나, 처분청이 직권경정처분을 함으로써 납세자의 권익보호를 우선시 한 이상 국세행정의 안정성은 고려대상이 될 수 없는 점, ④ 환급가산금은 납세자가 과오납으로 인한 손해를 원상회복시키는 것이므로 이로써 납세자가 부당이득을 얻는 것이 아닌 점 등을 감안하여 볼 때 환급가산금을 지급하지 아니한 것은 잘못이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점세액에 대한 경정청구는 경정청구 당시 국세기본법제45조의2 제1항에 따른 경정청구기한 3년이 경과하였고, 같은 조 제2항에서 규정한 후발적 사유에 의한 경정청구기간 2개월도 이미 경과하여 부적법한 경정청구에 해당하므로 과세관청이 쟁점세액을 환급할 의무가 없다. 또한, 2012.7.19. 청구법인에게 발송한 팩스문서는 과세관청과 납세자 간에 이루어지는 상호 검증과정의 일환에 불과하고 동 문서에는 환급예상세액 뿐 아니라 추후 변동 가능성도 명기되어 있는 등 과세관청의 확정적인 견해표시가 아니므로 신의성실을 논할 여지가 없다. 한편, 청구법인은 처분청이 업무처리를 지연하여 부과제척기간을 도과하였다고 주장하나, 이 건 경정청구에 대한 검토를 위하여 청구법인의 사업장을 방문하였으나 OOO에 소재한 분양사무실 외에는 사실상 사업장이 없었으며, 이 건 경정청구와 관련하여 청구법인의 대표자가 소개한 전직원 임OOO는 다른 회사에 근무하고 있어 이 건 경정청구 처리를 위한 세무서 출석 요구에 응하지 않는 등 현지확인이 불가능한 상황에서 분양관련 자료를 2012.6.27., 2012.7.12. 2차례에 걸쳐 수정 제출하는 등 불명확한 자료 제출과 청구법인의 비협조로 사실관계 확인을 위한 정상적인 업무처리가 이루어 지지 않았다. 또한, 이 건 경정청구 이전 2차례에 걸쳐 청구법인이 제기한 경정청구도 서류 보완 등을 사유로 청구법인이 취하서를 제출한 사실이 있는 등 이러한 사유로 쟁점세액에 대하여 그 부과제척기간인 2012.7.25.까지 사실관계 확인 및 세액 산출이 불가능하여 환급결정을 하지 못한 것이다.

(2) 2008년 제2기 과세기간 이전 부가가치세에 대한 경정청구는 경정청구 당시 국세기본법제45조의2 제1항에 따른 경정청구기한이 경과하였고, 같은 조 제2항에서 규정한 후발적 사유에 의한 경정청구기간 2개월도 이미 경과하여 부적법한 경정청구에 해당하여 부적법한 경정청구에 해당한다. 따라서 동 경정청구는 거부하여야 하나 납세자의 고충민원 해소 차원에서 직권으로 환급결정한 것으로 국세청 해석(징세과-1164, 2011.11.18.)에 따라 환급가산금을 지급하지 아니한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 경정청구기간 경과 후 제기된 경정청구가 적법한 심판청구 대상인지 여부

② 경정청구기간 경과 후 제기된 경정청구에 대하여 환급금을 지급하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 것이 정당한지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법제45조의2 제1항 본문 및 그 제1호․제2호에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 과다하게 신고되었거나 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 적게 신고된 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 후발적 사유 발생에 의한 경정청구 규정인 같은 조 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 제2호에서 최초의 신고․결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 설립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 일반적 경정청구 및 후발적 사유에 의한 경정청구는 국세기본법상 정해진 기간(3년 또는 2개월) 이내에 제기하여야만 적법한 경정청구로서 효력이 있다. (나) 또한, 경정청구제도는 신고납부세목의 경우 과세관청의 경정 또는 결정이 없더라도 납세자의 신고행위만으로 그 과세표준 및 세액이 확정되는 것이어서 당초 신고내용에 오류가 있더라도 납세자로서는 더 이상 다툴수 없게 되는 문제점을 해소코자 도입된 제도이므로 납세자가 과세관청의 경정 또는 결정이 없는 상태에서 신고납부세목의 당초 신고내용에 관하여 다투기 위해서는 국세기본법제45조의2에서 규정하는 경정청구에 의하여야 할 것이고, 일단 경정청구기간이 경과하면 같은 법 제55조에서 규정하는 불복 절차에 의하여 구제받을 수 없다 할 것이다. (다) 살피건대, 2007년 제1기 부가가치세인 쟁점세액의 법정신고기한은 2007.7.25.이므로, 동 세액에 대한 일반적 경정청구기간은 법정신고기한으로부터 3년이 되는 날인 2010.7.25. 종료되고, 후발적 사유에 의한 경정청구의 기한은 이 건 계약해제가 발생한 날인 2011.4.5.로부터 2개월이 되는 날인 2011.6.5. 종료되는 반면, 청구법인이 제기한 쟁점세액에 대한 이 건 경정청구는 일반적 경정청구기간 및 후발적 사유에 의한 경정청구기간이 모두 경과된 후인 2012.4.19. 제기된 것(심지어, 청구법인이 2011.8.3. 제기한 1차 경정청구일 현재 모든 경정청구기간이 도과됨)으로 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다(조심 2013부319, 2013.8.20. 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 제출한 답변서 등 심리자료에 의하면 처분청은 이 건 경정청구 중 2007년 제2기～2008년 제2기 부가가치세에 대하여는 경정청구기간이 경과되었으나 쟁점세액과는 달리 부과제척기간 이내라서 고충해소 차원에서 환급하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 것으로 나타난다. (나) 살피건대, 청구법인은 2007년 제2기～2008년 제2기 부가가치세 경정청구에 대하여 처분청이 이를 받아들여 부가가치세 환급금을 지급한 이상 환급가산금도 지급하여야 한다고 주장하나, 2007년 제2기～2008년 제2기 부가가치세 환급금은 국세기본법 제51조 에 따라 당연히 환급하여야 하는 국세환급금이 아니라, 국세기본법 제45조의2 의 경정청구기간이 경과된 상태에서 청구법인이 제기한 고충민원에 대하여 처분청이 고충 해소 차원에서 지급한 환급금으로 처분청에게 당연히 지급하여야 할 의무가 있는 것이 아니어서 동 환급금을 근거로 환급가산금까지 지급할 것을 요구하는 것은 합리적이라고 보기 어려우므로 이 부분에 대한 청구주장은 받아 들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012부491, 2012.6.14. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 이유 없으므로 국세기본법제81조와 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.