연구인력개발비 최초발생액에 대하여 증가분 방식에 의한 세액공제 적용함이 타당함

OOO세무서장이 2013.1.22. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OO,OOO,OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시 당해 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 OOO원에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제1호 나목(해당과세연도에 발생한 연구․인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액, 이하 “당기분방식”이라 한다)를 적용하여 산출한 OOO원을 연구․인력개발비에 대한 세액으로 공제하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 2012.4.17.～2012.6.30. 기간 동안 청구법인에 대하여 세무조사하여 2009사업연도 연구․인력개발비를 OOO원으로 한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 연구․인력개발비 공제세액을 OOO원으로 경정하였다.
• 다. 청구법인은 2012.8.31. 2009사업연도 연구․인력개발비를 OOO원으로 하고, 조특법 제10조 제1항 1호 가목(해당과세연도에 발생한 연구․인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액, 이하 “증가분방식”이라 한다)을 적용하여 산출한 OOO원을 연구․인력개발비 세액으로 하여 경정청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 2013.1.22. 청구법인의 2009사업연도 연구․인력개발비가 최초 발생연도로서 증가분방식을 적용할 수 없다 하여 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.4.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제10조의 세액공제 제도의 취지는 연구 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 촉진하는데 있고, 같은 법 시행령 제9조 제4항에서 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 기간 중 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 보고 있으므로, 최초 발생분 이전기간의 발생분을 0으로 보아 증가발생기준 세액공제를 적용할 수 있다고 해석되므로, 처분청의 거부처분은 부당하다(대법원 2009두22454, 2010.4.29., 재조예 46070-296, 2000.8.21., 조심 2010중1898, 2011.2.16. 참조).
• 나. 처분청 의견

(1) 조특법 제10조 제1항 제1호 가목(증가분 방식)을 적용하여 경청청구한 내용은 기존 예규(법인세과-1285, 2009.11.17), 심판례(조심2010서276, 2010.5.6.) 및 같은 법 제10조에 위배되는 것이므로 처분청의 처분은 정당하다.

(2) 또한, 조특법 제10조는 과거 4년간 지출한 연구인력개발비 비용이 없는 경우 증가분 방식을 적용할 수 있는지 여부에 대하여 기획재정부 예규·심판판례 등과 대법원 판례가 상이한 문제점으로 인하여 2012.1.1. 개정되었다.

(3) 따라서, 청구법인의 2009사업연도 연구․인력개발비 세액공제 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 과거 4년간 지출한 연구․인력개발비용이 없는 경우 조특법 제10조 제1항 제1호 가목(증가분 방식)을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2009.1.30. 법률 제9353호로 개정된 것) 제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제 ] ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

(2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (3) 조세특례제한법 시행령(2009.1.6. 대통령령 제21252호로 개정된 것) 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 ] ④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. ｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 윤활유 및 실러 등을 판매하는 업체로서 2009년 OOO에 연구소를 설립하고 2009.6.17. OOO로부터 연구개발전담부서 인증을 받은 것으로 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인이 경정청구한 연구․인력개발비 세액공제내역은 다음과 같다.

(3) 처분청의 조사내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 주 업종은 도․소매업으로서 중소기업 해당여부 검토한바, 조특법 시행령 제2조 및 중소기업기본법 시행령별표1의 규정에 의한 중소기업에 해당한다. (나) 중소기업의 연구인력개발비 세액공제는 연구인력개발비 당기발생액의 25%(당기분 방식) 또는 직전 4개년 연평균발생 초과지출액의 50% 금액(증가분 방식) 중 선택할 수 있는데, 2009년도는 당사의 연구인력개발비 최초 발생연도로서 최초 발생연도의 경우에는 연평균발생 초과지출액의 50% 금액(증가분 방식)을 적용할 수 없다.

(4) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2009사업연도에 최초로 연구 및 인력개발비가 발생하였기 때문에 조특법 제10조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 증가분방식을 적용할 수 없다는 의견이나, 조특법상 기술ㆍ인력개발비의 세액공제 제도의 취지와 동 규정이 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점, 그 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일 까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 합계액으로 보도록 하는 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당하다 할 것인바(조심 2010중1898, 2011.2.16., 대법원 2010.4.29. 선고 2009두22454 판결 같은 뜻임, 기획재정부 조세특례제도과-237 2008.6.4. 참조), 청구법인이 해당 사업연도의 연구․인력개발비에 대하여 증가분방식으로 계산하여 관련 세액공제를 경정청구한 데 대하여 거부한 처분청의 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.