처분청에 경정의무가 있어 부작위에 따라 권리 또는 이익의 침해가 있거나 후발적 경정청구의 사유가 있는지 여부

[참조결정] 조심2010서2246

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은OOO(이하 OOO”라 한다)이 OOO 브랜드제품의 제조·판매를 위하여 프랑스 파리에 설립한 OOO(이하 OOO”이라 한다)가 100% 투자하여 2003년 12월설립한 외국인투자 내국법인이고, 홍콩에 소재하고 있는 OOO(이하 OOO”라 한다)로부터 OOO 브랜드제품(이하OOO”이라한다)을 구매하여 OOO면세점과 OOO면세점 등의 국내면세점(8개점으로 이하 “면세점”이라 한다)에게 공급하고 있으며, 면세점은 OOO 주식회사(이하 OOO”이라 한다)와 판매용역계약을 체결하여 OOO의 직원이 최종소비자에게 OOO제품을 판매하고, 청구법인은 3명의 직원만을 두고 제한적인 기능만을 하는 도매업자로 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 세무조사결과통지를 받은 처분청은, 청구법인이 실질적으로는 소매업자이면서 법인업무(판매·관리 등)의 핵심적이고 중요한 기능을 OOO및OOO주식회사에 위탁하는 방식으로 기능을 분산하는 구조를 만드는 등의 방법으로 최소한의 이익만을 보고하고 OOO제품 국내 판매소득을 국외특수관계자인 OOO에게 이전하였다고 보았다.처분청은 이전가격 조사당시 정상가격산출방법 중 거래순이익률방법을 적용하였고, 청구법인에 대한 영업이익률의 비교대상법인으로 소매업자에 해당하는 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, OOO주식회사, 주식회사 OOO를 선정한 후에 비교대상법인(4개 법인)들의 재무자료에 근거하여 정상 영업이익률 범위를 산정한 뒤 청구법인의 영업이익률이 처분청의 이전가격조사결과 산정된 정상 영업이익률의 범위 내에 있지 아니하므로(정상수익률의 범위를 벗어나는 하위값에 위치하여) 청구법인의 정상 영업이익률 범위 내의 중위값에서 신고한 영업이익을 차감하여 정상가격 과세조정에 따른 익금산입금액을아래와 같이 2005사업연도에서 2007사업연도까지 3개년에걸치는 이전가격 혐의금액 OOO원과 재고반품부담액과 관련한 부당행위계산부인대상 등을 적출하여 2010.3.14. 청구법인에게법인세 합계OOO)을 결정·고지(이하 “종전처분”이라 한다)하였다. 〈사업연도별 이전가격 소득조정금액〉 OOO 〈청구법인의 운전자본 조정 후 영업이익률〉 OOO 〈비교대상법인의 운전자본 조정 후 영업이익률〉 OOO 〈이전가격 조사결과이전소득 조정〉 OOO 〈이전소득금액 산출내역〉 OOO
• 다. 청구법인은 종전처분에 불복하여 2010.6.11. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2012.1.11.(2012.1.16. 송달) OOO세무서장이 2010.3.14. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도분OOO원의 부과처분은1.청구법인과 OOO주식회사를 별개의 독립된 법인으로 보아 각각의 영업이익률을 합산하지 아니하고, 2.선정한 비교대상법인 중 주식회사 OOO는 제외하고,주식회사 OOO, 주식회사 OOO, OOO주식회사및 주식회사 OOO을 추가하여서 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 3. 나머지 심판청구는 기각한다”는 결정(조심 2010서2246, 이하 “종전심판결정”이라 한다)을 하였다.
• 라. 처분청은 우리 원의 종전심판결정에 따라 2005사업연도부터 2007사업연도까지의 정상가격 적출금액을 아래와 같이 재계산하여 2012.11.13.(국세환급금통지서 송달일) 청구법인에게 법인세 2005사업연도분 OOO원을 감액경정하여 환급하였다. <종전심판결정 후 과세표준 증감내역> OOO
• 마. 청구법인은 2013.1.9. 처분청에 2004사업연도 OOO원과 2008사업연도 OOO원을 각각 익금불산입하여 각 사업연도 과세표준과 세액(2004사업연도 법인세 OOO원, 2008사업연도 법인세 OOO원)을 감액·경정하여야 한다는 경정청구(이하 “쟁점경정청구”라 한다)를 하였고, 처분청은 2013.2.14. 청구법인에게 경정청구기간이 도과하였고 후발적 경정청구사유에도 해당하지 아니한다고 하여 경정청구 거부통지(이하 “쟁점경정청구거부처분”이라 한다)를 하였다
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다) 제4조 제1항 단서에 근거하여 청구법인에게 법규상 감액경정 신청권이 인정되므로, 처분청은 2004사업연도 및 2008사업연도에 대하여도 감액경정을 할 의무가 있다. (가) 2010.12.27. 신설된 국조법 제4조 제1항 단서는 국세기본법 제45조의2의 통상적 경정청구와는 별개로 납세자의 법규상 감액경정 신청권을 명문으로 인정한 것이다. 국조법 제4조 제1항 단서에 대하여, 2011 개정세법 해설은 그 입법취지가 2과세연도 이상의 기간에 대해서 동일한 정상가격 산출방법을 적용한 경우, 처분청은 그 기간 동안의 모든 거래가격에 대해서는 동일한 정상가격으로 과세표준 및 세액을 결정해야 하는 처분청의 의무를 규정한 것임을 명확히 밝히고 있다. 이는 종래 납세자의 감액경정청구를 인정한 기획재정부 예규(재국조-233, 2008.9.26.)를 명문으로 수용하여 국조법에서 특별히 납세자의 감액경정 신청권을 인정한 것이다. (나) 대법원은 경정청구거부처분의 처분성 인정요건인 “신청권”의 존부를 판단할 때 그 기준으로서 “관계법규의 해석에 의하여 일반 국민에게 그러한 신청권을 인정하고 있는지 여부에 따라 추상적으로 결정되는 것”이라고 하여 신청권을 폭넓게 인정하고 있으며(대법원 1996.6.11. 선고 95누12460판결 참조), 구체적인 사실관계의 특수성에 비추어 법규상 명문의 근거가 없는 경우에도 조리상 당사자가 행정주체에 대해 일정한 처분을 요구할 수 있는 ‘조리상의 신청권’까지도 명시적으로 인정하고 있다(대법원 1991.2.12. 선고 90누5825 판결, 대법원 1996.6.14. 선고 96누1702 판결). (다) 처분청이 2010년 초 청구법인에 대해 세무조사를 실시했을 때 청구법인의 2004사업연도부터 2008사업연도에 대해 다년도 분석을 한 후 이 중 과세표준과 세액이 증가되는 2005년 내지 2007년도분에 대해서만 증액조정을 한 것이고, 청구법인은 당초 세무조사시 처분청이 적용한 이전가격 분석방법 자체가 국조법령에서 규정하는 정상가격 산출방법에 어긋나는 위법·부당한 방법이라고 주장하며 위 증액처분에 대한 전부 취소를 구하는 심판청구를 2010.6.11.하게 된 것이며, 이에 대해 처분청은, 청구법인이 당초 분석방법 자체에 대해서 불복한 점은 간과하고 오직 2005사업연도 내지 2007사업연도분에 대해서만 다투었으므로 2004사업연도와 2008사업연도는 제소기간이 도과하였다고 주장하는바, 이는 아래와 같이 사건의 본질을 호도하는 것이다.

1. 처분청이 종전심판결정에 따라 2013년 1월 재조사 할 때 포함된 비교대상기업은2010년 3월에 실시한 최초의 조사시 포함된 비교대상기업과 달랐으나, 다년도 분석 대상기간은 두 경우 모두 2004사업연도 내지 2008사업연도로서 동일하였다.

2. 처분청의 주장대로 종전심판결정이 오직 2005사업연도부터 2007사업연도까지에 대해서만 적용되는 것이라고 한다면, 연도별로 이전가격결정방법이 달라지는 이상한 결과가 초래된다.

3. 처분청의 재조사 경정시 적용한 분석방법에 대해 청구법인은 국조법령에서 규정하는 정상가격 산출방법에 부합하는 결정으로 판단하였고, 이에 따라 청구법인은 국조법 제4조 제1항 단서에 따라 다년도분석에 따른 감액조정을 함께 주장하게 된 것이다.

4. 위와 같이 2004사업연도와 2008사업연도의 감액조정 관련 쟁점은 2012년 11월의 재조사 결정과정에서 비로소 발생한 것이기 때문에 이러한 주장은 재조사 결정이 있기 전에는 물리적으로 제기할 수 없었고, 따라서 2004사업연도와 2008사업연도의 감액조정은 제소기간이 도과했다는 처분청 주장은 부당하다.

(2) 청구법인의 감액경정청구는 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호에 의한 후발적 경정청구사유에 해당한다. (가) 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호는 후발적 경정청구 사유의 하나로 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 규정하고 있다. (나) 이 건에서 처분청이 재조사결정에 따른 사업연도별 정상가격을 확정하여 적용한 2005사업연도 내지 2007사업연도에 대한 법인세 경정처분으로 인하여 동일한 정상가격 산정방법이 적용되는 위 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간인 2004사업연도 및 2008사업연도에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 각 OOO원 및 OOO원(총 OOO원) 초과하게 되었으므로, 이는 후발적 경정청구사유에 해당한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 경정청구는 국세기본법 제45조의2 경정청구기간을 도과하여 부적법한 청구이다. 청구법인은 국조법 제4조 제1항 단서 규정에 의하여 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 결정하거나 경정하여야 한다고 주장하나, 국세기본법 제45조의2에 의하여 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정청구할 수 있는 것이므로 2004사업연도 및 2008사업연도에 대한 경정청구기한은 각각 2008.3.31.과 2012.3.31.이어서 이미 경정청구기한이 도과하였다. 기한을 경과하여 이루어진 경정청구는 납세자가 주관적 공권의 행사로서가 아니고 단순히 과세관청에 대하여 경정청구를 요망하는 사실행위에 지나지 않기 때문에 과세관청이 당해 경정청구에 의한 경정처분을 거부하더라도 이는 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당하지 않는다.

(2) 이 건은 국세기본법 제45조의2 제3항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다. (가) 청구법인은 2004사업연도～2008사업연도까지 국외특수관계자와의 거래에 대하여 최초 법인세 과세표준 신고시 제출한 정상가격 산출방법은 아래와 같으며, 2009년 처분청의 세무조사 당시 2005사업연도～2007사업연도에 대하여 경정처분을 받고 이에 불복하여 2012년 조세심판원으로부터 2005사업연도～2007사업연도분 법인세 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 받았다. (나) 청구법인은 세무조사대상 기간이 2004사업연도～2008사업연도이므로 재조사 결정에서 제외한 2004사업연도와 2008사업연도의 이전가격 신고분도 후발적 경정청구 사유에 해당하여 경정하여야 한다고 주장하나, 처분청은 세무조사시 2004사업연도와 2008사업연도에 대하여 청구법인이 최초에 신고한 정상가격 산출금액에 대한 소득금액 조정을 하지 않았고, 청구법인이 최초 법인세 과세표준 신고시에 제출한 2004사업연도 재판매가격법(청구법인의 거래형태에 부합)과 2008사업연도 거래순이익률법(전문기관의 이전가격에 대한 검토 및 분석을 바탕으로)이 종전심판결정에 의한 거래순이익률법에 비하여 합리적이지 못하다는 정황이나 이에 대한 주장이 없는바, 청구법인이 최초에 합리적인 방법에 의하여 신고한 2004사업연도와 2008사업연도 정상가격 산출금액에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하였다고 볼 수 없으므로 후발적 경정 사유에 해당하지 않는다.

(3) 결국 청구법인이 신청한 경정청구는 후발적 경정청구사유에 해당하지 않고, 경정청구기한이 경과하여 이루어진 경정청구이므로 기한이 경과하여 이루어진 경정청구에 대한 거부통지는 단순한 민원회신에 불과하므로 항소소송의 대상이 되지 않아 심판청구 또한 각하하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점경정청구 거부처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령: 별지 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004사업연도와 2008사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였고, 처분청이 쟁점사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대하여 이전가격과 관련하여 경정·고지한 사실은 없는 것으로 나타나며, 청구법인은 2013.1.9. 쟁점사업연도에 대한 경정청구를 한 것으로 나타나므로, 쟁점경정청구는 경정청구 당시 3년의 경정청구기간이 이미 경과한 것으로 나타난다.

(2) 국조법 제4조 제1항 단서는 “동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다”고 규정하고 있는바, 종전심판결정은 주문에서 당초 처분청이 적용한 정상가격 산출방법을 일부 변경하여 2005사업연도부터 2007사업연도까지의 법인세만 경정하는 것으로 결정하였고 쟁점사업연도 정상가격 산출방법을 변경하여 경정하라고 결정한 사실이 없으며, 처분청은 종전심판결정에 따라 2005사업연도부터 2007사업연도까지만 변경된 정상가격 산출방법을 적용하여 정상가격을 재계산하고 과세표준 및 세액을 경정한 것으로 나타나므로, 처분청에게 국조법 제4조 제1항 단서의 규정에 따라 쟁점사업연도 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 의무가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

(3) 한편, 청구법인은 처분청이 종전심판결정에 따라 한 경정결정이 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구사유에 해당한다는 주장이나, 종전심판결정에 따른 처분청의 경정결정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간인 쟁점사업연도에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 경우에 해당한다고는 보기 어렵다고 판단된다.

(4) 그렇다면, 청구법인의 쟁점경정청구는 3년의 경정청구기간이 도과하였고, 처분청이 국조법 제4조 제1항 단서의 규정에 따라 쟁점사업연도 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 의무가 있다고 볼 수 없으며, 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구사유가 발생하였다고도 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 관련 법령

(1) 국제조세조정에 관한 법률 제3조【다른 법률과의 관계】① 이 법은 국세 및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용한다.

② 국제거래에 대하여는 소득세법 제41조 및 법인세법 제52조의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니하다. 제4조【정상가격에 의한 과세조정】① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.

(2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조【정상가격산출방법의 제출 등】① 거주자는 제5조의 기준에 따라 가장 합리적인 정상가격산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고시 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 해당 사업연도 국제거래금액 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 전체 재화거래 금액의 합계액이 50억원 이하로서 용역거래 금액의 합계액이 5억원 이하인 경우

2. 국외특수관계자별 재화거래 금액의 합계액이 10억원 이하로서 용역거래 금액의 합계액이 1억원 이하인 경우

② 거주자는 실제거래가격이 정상가격산출방법에 의한 정상가격과 다른 경우에는 정상가격을 거래가격으로 보아 조정한 과세표준 및 세액을 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 기한내에 기획재정부령이 정하는 거래가격조정신고서를 첨부하여 신고 또는 경정청구할 수 있다.이 경우 조정되는 소득금액에 대하여는 제15조ㆍ제15조의 2ㆍ제16조 및 제18조를 준용한다. 1.소득세법제70조 내지 제74조 또는법인세법제60조 제1항에따른신고기한 2.국세기본법제45조에 따른 수정신고기한 3.국세기본법제45조의2 제1항에 따른 경정청구기한

(2) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】 ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제19조【세무공무원의 재량의 한계】세무공무원이 그 재량에 의하여 직무를 수행함에 있어서는 과세의 형평과 당해 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다. 제22조의2【경정 등의 효력】① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 4.결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(2010.1.1. 개정) 제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 적법하지 아니하거나[심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우를 포함한다] 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다. 3.심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나필요한 처분의 결정을 한다. 제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.